MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rahnella aquatilis HX2 plasmid PRA1

Total Repeats: 61

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017060	TCATT	2	10	8434	8443	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017060	CAGCG	2	10	20929	20938	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
3	NC_017060	GTTTT	2	10	26156	26165	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017060	TTTTA	2	10	65516	65525	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017060	GATGT	2	10	65822	65831	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017060	CCGAG	2	10	67716	67725	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
7	NC_017060	CTAAA	2	10	68207	68216	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017060	TGATG	2	10	69949	69958	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017060	TTAAG	2	10	69975	69984	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017060	AGACC	2	10	86870	86879	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_017060	GTTTT	2	10	86884	86893	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017060	CGCGC	2	10	86937	86946	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
13	NC_017060	GCCGC	2	10	86971	86980	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
14	NC_017060	CAGCG	2	10	87478	87487	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
15	NC_017060	TTGCG	2	10	88148	88157	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017060	CGGGT	2	10	108936	108945	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017060	GCGCC	2	10	147827	147836	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
18	NC_017060	CGCGC	2	10	148622	148631	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
19	NC_017060	ACGGC	2	10	149236	149245	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_017060	TGCAT	2	10	149452	149461	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017060	TTCCC	2	10	159664	159673	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
22	NC_017060	ACCCC	2	10	162609	162618	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
23	NC_017060	CATTG	2	10	194702	194711	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017060	TGGGG	2	10	196179	196188	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017060	CACAA	2	10	204136	204145	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_017060	TTTTA	2	10	206068	206077	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017060	CTCAT	2	10	230752	230761	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_017060	CATTA	2	10	231643	231652	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017060	ATGTG	2	10	248507	248516	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017060	TTTAT	2	10	277041	277050	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017060	TAATC	2	10	277090	277099	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017060	GTAAA	2	10	294184	294193	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017060	CGGGA	2	10	294660	294669	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017060	GACGT	2	10	294770	294779	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017060	AAACA	2	10	295347	295356	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017060	CTCTG	2	10	319723	319732	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_017060	CCAGT	2	10	324467	324476	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_017060	AAAAG	2	10	324682	324691	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017060	CTTAC	2	10	349467	349476	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_017060	CATCC	2	10	358318	358327	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
41	NC_017060	CGGGT	2	10	369560	369569	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017060	GGTGT	2	10	370972	370981	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017060	GGCGC	2	10	371336	371345	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
44	NC_017060	ATGAA	2	10	380263	380272	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017060	ATAAC	2	10	387857	387866	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017060	CTGAC	2	10	390450	390459	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_017060	AAACC	2	10	391937	391946	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017060	GTACG	2	10	408720	408729	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017060	TCTCA	2	10	428145	428154	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_017060	GTTAA	2	10	429285	429294	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017060	TGGGG	2	10	439250	439259	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017060	CCTGT	2	10	455346	455355	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_017060	TTTCC	2	10	473423	473432	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_017060	GTGTT	2	10	493008	493017	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017060	AAATG	2	10	501198	501207	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017060	AATCT	2	10	501288	501297	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_017060	GTGAT	2	10	535081	535090	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017060	GCGGG	2	10	536629	536638	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017060	ATTTT	2	10	536839	536848	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017060	TCATC	2	10	553378	553387	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_017060	GTTAA	2	10	553468	553477	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.