MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Rahnella aquatilis HX2 plasmid PRA1

Total Repeats: 310

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017060	CATAA	2	10	5113	5122	60 %	20 %	0 %	20 %	384527590
2	NC_017060	GCGGT	2	10	5747	5756	0 %	20 %	60 %	20 %	384527591
3	NC_017060	ACGCC	2	10	7700	7709	20 %	0 %	20 %	60 %	384527593
4	NC_017060	TTCGC	2	10	13992	14001	0 %	40 %	20 %	40 %	384527599
5	NC_017060	GCGCA	2	10	14333	14342	20 %	0 %	40 %	40 %	384527599
6	NC_017060	GGTCA	2	10	14932	14941	20 %	20 %	40 %	20 %	384527600
7	NC_017060	GCAAA	2	10	15141	15150	60 %	0 %	20 %	20 %	384527600
8	NC_017060	CGCGC	2	10	17028	17037	0 %	0 %	40 %	60 %	384527602
9	NC_017060	CCATA	2	10	18319	18328	40 %	20 %	0 %	40 %	384527603
10	NC_017060	CGCAG	2	10	18683	18692	20 %	0 %	40 %	40 %	384527603
11	NC_017060	AGCCG	2	10	23282	23291	20 %	0 %	40 %	40 %	384527606
12	NC_017060	CGCTT	2	10	30492	30501	0 %	40 %	20 %	40 %	384527613
13	NC_017060	GCACC	2	10	30842	30851	20 %	0 %	20 %	60 %	384527613
14	NC_017060	AGCAC	2	10	32407	32416	40 %	0 %	20 %	40 %	384527614
15	NC_017060	ATGTC	2	10	34850	34859	20 %	40 %	20 %	20 %	384527616
16	NC_017060	ACGGT	2	10	35717	35726	20 %	20 %	40 %	20 %	384527617
17	NC_017060	GCCGT	2	10	36481	36490	0 %	20 %	40 %	40 %	384527617
18	NC_017060	TGCTG	2	10	36966	36975	0 %	40 %	40 %	20 %	384527617
19	NC_017060	GCTCG	2	10	37217	37226	0 %	20 %	40 %	40 %	384527618
20	NC_017060	TGGCA	2	10	40699	40708	20 %	20 %	40 %	20 %	384527621
21	NC_017060	CTGAA	2	10	40897	40906	40 %	20 %	20 %	20 %	384527621
22	NC_017060	GCGCA	2	10	41517	41526	20 %	0 %	40 %	40 %	384527621
23	NC_017060	GCTGA	2	10	44123	44132	20 %	20 %	40 %	20 %	384527622
24	NC_017060	ATGAA	2	10	44316	44325	60 %	20 %	20 %	0 %	384527622
25	NC_017060	CGGCG	2	10	50295	50304	0 %	0 %	60 %	40 %	384527627
26	NC_017060	TGGCG	2	10	50444	50453	0 %	20 %	60 %	20 %	384527627
27	NC_017060	GATGG	2	10	50588	50597	20 %	20 %	60 %	0 %	384527627
28	NC_017060	ATCAC	2	10	54180	54189	40 %	20 %	0 %	40 %	384527630
29	NC_017060	AATTT	2	10	55549	55558	40 %	60 %	0 %	0 %	384527631
30	NC_017060	TGTGT	2	10	55616	55625	0 %	60 %	40 %	0 %	384527631
31	NC_017060	TCAGC	2	10	57366	57375	20 %	20 %	20 %	40 %	384527633
32	NC_017060	ATCAG	2	10	57895	57904	40 %	20 %	20 %	20 %	384527634
33	NC_017060	CCGCG	2	10	60016	60025	0 %	0 %	40 %	60 %	384527636
34	NC_017060	CGCGG	2	10	61505	61514	0 %	0 %	60 %	40 %	384527637
35	NC_017060	ATTTC	2	10	70489	70498	20 %	60 %	0 %	20 %	384527645
36	NC_017060	TTTTC	2	10	70708	70717	0 %	80 %	0 %	20 %	384527645
37	NC_017060	ATTTC	2	10	70820	70829	20 %	60 %	0 %	20 %	384527645
38	NC_017060	AAGTA	2	10	71021	71030	60 %	20 %	20 %	0 %	384527645
39	NC_017060	GGAAA	2	10	71640	71649	60 %	0 %	40 %	0 %	384527646
40	NC_017060	CCATC	2	10	76196	76205	20 %	20 %	0 %	60 %	384527649
41	NC_017060	GTGAC	2	10	79187	79196	20 %	20 %	40 %	20 %	384527653
42	NC_017060	CTGCC	2	10	83686	83695	0 %	20 %	20 %	60 %	384527659
43	NC_017060	GCGCC	2	10	83732	83741	0 %	0 %	40 %	60 %	384527659
44	NC_017060	CGCGG	2	10	85343	85352	0 %	0 %	60 %	40 %	384527661
45	NC_017060	AGCGG	2	10	88625	88634	20 %	0 %	60 %	20 %	384527663
46	NC_017060	CAGCG	2	10	92746	92755	20 %	0 %	40 %	40 %	384527666
47	NC_017060	GGTCA	2	10	92794	92803	20 %	20 %	40 %	20 %	384527666
48	NC_017060	GCAAG	2	10	94490	94499	40 %	0 %	40 %	20 %	384527669
49	NC_017060	GAAAA	2	10	96865	96874	80 %	0 %	20 %	0 %	384527672
50	NC_017060	CAGCA	2	10	98793	98802	40 %	0 %	20 %	40 %	384527675
51	NC_017060	GGTCA	2	10	100785	100794	20 %	20 %	40 %	20 %	384527678
52	NC_017060	GTGAT	2	10	102937	102946	20 %	40 %	40 %	0 %	384527682
53	NC_017060	GAAAT	2	10	105742	105751	60 %	20 %	20 %	0 %	384527685
54	NC_017060	GTGAA	2	10	105757	105766	40 %	20 %	40 %	0 %	384527685
55	NC_017060	TACGT	2	10	107238	107247	20 %	40 %	20 %	20 %	384527686
56	NC_017060	TTTGC	2	10	108520	108529	0 %	60 %	20 %	20 %	384527688
57	NC_017060	GGCCG	2	10	109714	109723	0 %	0 %	60 %	40 %	384527689
58	NC_017060	TCTGC	2	10	113925	113934	0 %	40 %	20 %	40 %	384527693
59	NC_017060	GCGAA	2	10	115486	115495	40 %	0 %	40 %	20 %	384527693
60	NC_017060	CACCG	2	10	116157	116166	20 %	0 %	20 %	60 %	384527694
61	NC_017060	TGAAC	2	10	117762	117771	40 %	20 %	20 %	20 %	384527695
62	NC_017060	CTGCC	2	10	117917	117926	0 %	20 %	20 %	60 %	384527695
63	NC_017060	GCGCT	2	10	119306	119315	0 %	20 %	40 %	40 %	384527696
64	NC_017060	AATGA	2	10	121653	121662	60 %	20 %	20 %	0 %	384527697
65	NC_017060	CGGTA	2	10	121962	121971	20 %	20 %	40 %	20 %	384527698
66	NC_017060	AGAAC	2	10	123933	123942	60 %	0 %	20 %	20 %	384527699
67	NC_017060	GAAAT	2	10	124807	124816	60 %	20 %	20 %	0 %	384527699
68	NC_017060	TACGG	2	10	125757	125766	20 %	20 %	40 %	20 %	384527701
69	NC_017060	TGCCG	2	10	125917	125926	0 %	20 %	40 %	40 %	384527701
70	NC_017060	AACGG	2	10	126010	126019	40 %	0 %	40 %	20 %	384527701
71	NC_017060	AAAAC	2	10	132954	132963	80 %	0 %	0 %	20 %	384527705
72	NC_017060	AATCT	2	10	137829	137838	40 %	40 %	0 %	20 %	384527708
73	NC_017060	TTCAG	2	10	138110	138119	20 %	40 %	20 %	20 %	384527709
74	NC_017060	AAAGG	2	10	138144	138153	60 %	0 %	40 %	0 %	384527709
75	NC_017060	GCAGT	2	10	139904	139913	20 %	20 %	40 %	20 %	384527711
76	NC_017060	CTGGC	2	10	142259	142268	0 %	20 %	40 %	40 %	384527712
77	NC_017060	AACTC	2	10	142876	142885	40 %	20 %	0 %	40 %	384527712
78	NC_017060	CAGCT	2	10	143174	143183	20 %	20 %	20 %	40 %	384527712
79	NC_017060	CTGTC	2	10	143955	143964	0 %	40 %	20 %	40 %	384527713
80	NC_017060	CAGCG	2	10	146056	146065	20 %	0 %	40 %	40 %	384527714
81	NC_017060	ATTAT	2	10	156728	156737	40 %	60 %	0 %	0 %	384527721
82	NC_017060	ATCAT	2	10	157091	157100	40 %	40 %	0 %	20 %	384527721
83	NC_017060	CGCAT	2	10	157345	157354	20 %	20 %	20 %	40 %	384527721
84	NC_017060	TCGCT	2	10	157878	157887	0 %	40 %	20 %	40 %	384527722
85	NC_017060	GGCAT	2	10	160530	160539	20 %	20 %	40 %	20 %	384527724
86	NC_017060	GCTTT	2	10	161000	161009	0 %	60 %	20 %	20 %	384527724
87	NC_017060	GTGAT	2	10	161476	161485	20 %	40 %	40 %	0 %	384527725
88	NC_017060	ACTGG	2	10	161804	161813	20 %	20 %	40 %	20 %	384527725
89	NC_017060	TCGCG	2	10	166324	166333	0 %	20 %	40 %	40 %	384527729
90	NC_017060	GGCGC	2	10	166877	166886	0 %	0 %	60 %	40 %	384527730
91	NC_017060	GTATC	2	10	173030	173039	20 %	40 %	20 %	20 %	384527736
92	NC_017060	GCCTG	2	10	175636	175645	0 %	20 %	40 %	40 %	384527738
93	NC_017060	GGCGT	2	10	176979	176988	0 %	20 %	60 %	20 %	384527739
94	NC_017060	CGATG	2	10	180143	180152	20 %	20 %	40 %	20 %	384527743
95	NC_017060	CGGCG	2	10	182812	182821	0 %	0 %	60 %	40 %	384527746
96	NC_017060	GCGCA	2	10	184019	184028	20 %	0 %	40 %	40 %	384527748
97	NC_017060	TGTGC	2	10	184918	184927	0 %	40 %	40 %	20 %	384527748
98	NC_017060	CAAGG	2	10	186842	186851	40 %	0 %	40 %	20 %	384527750
99	NC_017060	CTGTA	2	10	187470	187479	20 %	40 %	20 %	20 %	384527751
100	NC_017060	AAGGC	2	10	188617	188626	40 %	0 %	40 %	20 %	384527753
101	NC_017060	ATTTT	2	10	189053	189062	20 %	80 %	0 %	0 %	384527753
102	NC_017060	ATAAA	2	10	191132	191141	80 %	20 %	0 %	0 %	384527755
103	NC_017060	GCCCC	2	10	191264	191273	0 %	0 %	20 %	80 %	384527756
104	NC_017060	TCTGC	2	10	193072	193081	0 %	40 %	20 %	40 %	384527757
105	NC_017060	ACTGA	2	10	194219	194228	40 %	20 %	20 %	20 %	384527759
106	NC_017060	CGGCT	2	10	197143	197152	0 %	20 %	40 %	40 %	384527762
107	NC_017060	ATTTC	2	10	197319	197328	20 %	60 %	0 %	20 %	384527762
108	NC_017060	TGGCC	2	10	202903	202912	0 %	20 %	40 %	40 %	384527768
109	NC_017060	GAATG	2	10	205044	205053	40 %	20 %	40 %	0 %	384527771
110	NC_017060	CCGCG	2	10	207146	207155	0 %	0 %	40 %	60 %	384527774
111	NC_017060	CCAAA	2	10	207250	207259	60 %	0 %	0 %	40 %	384527774
112	NC_017060	GCGCA	2	10	209563	209572	20 %	0 %	40 %	40 %	384527775
113	NC_017060	AATCA	2	10	210485	210494	60 %	20 %	0 %	20 %	384527776
114	NC_017060	GACGC	2	10	212925	212934	20 %	0 %	40 %	40 %	384527779
115	NC_017060	TTATT	2	10	214516	214525	20 %	80 %	0 %	0 %	384527781
116	NC_017060	ATGCC	2	10	215972	215981	20 %	20 %	20 %	40 %	384527782
117	NC_017060	GGCTG	2	10	219434	219443	0 %	20 %	60 %	20 %	384527786
118	NC_017060	CCCTT	2	10	220537	220546	0 %	40 %	0 %	60 %	384527786
119	NC_017060	TGACC	2	10	220906	220915	20 %	20 %	20 %	40 %	384527786
120	NC_017060	GATCA	2	10	224214	224223	40 %	20 %	20 %	20 %	384527789
121	NC_017060	CTGCA	2	10	224731	224740	20 %	20 %	20 %	40 %	384527790
122	NC_017060	GCGAT	2	10	226790	226799	20 %	20 %	40 %	20 %	384527794
123	NC_017060	ATTTT	2	10	229286	229295	20 %	80 %	0 %	0 %	384527797
124	NC_017060	GCGCC	2	10	231461	231470	0 %	0 %	40 %	60 %	384527802
125	NC_017060	GCTGA	2	10	232255	232264	20 %	20 %	40 %	20 %	384527804
126	NC_017060	GCTGA	2	10	233399	233408	20 %	20 %	40 %	20 %	384527806
127	NC_017060	GGAAG	2	10	238594	238603	40 %	0 %	60 %	0 %	384527811
128	NC_017060	GCGCG	2	10	242975	242984	0 %	0 %	60 %	40 %	384527815
129	NC_017060	TTTGT	2	10	244889	244898	0 %	80 %	20 %	0 %	384527817
130	NC_017060	ATCTT	2	10	247203	247212	20 %	60 %	0 %	20 %	384527820
131	NC_017060	GCTTT	2	10	249557	249566	0 %	60 %	20 %	20 %	384527822
132	NC_017060	TGGCG	2	10	253052	253061	0 %	20 %	60 %	20 %	384527826
133	NC_017060	CTGAA	2	10	254218	254227	40 %	20 %	20 %	20 %	384527827
134	NC_017060	TTCAG	2	10	255094	255103	20 %	40 %	20 %	20 %	384527828
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141	NC_017060	GGAAA	2	10	265271	265280	60 %	0 %	40 %	0 %	384527836
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145	NC_017060	AGCTG	2	10	269996	270005	20 %	20 %	40 %	20 %	384527841
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155	NC_017060	TGCCC	2	10	290264	290273	0 %	20 %	20 %	60 %	384527859
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159	NC_017060	CTGGA	2	10	302600	302609	20 %	20 %	40 %	20 %	384527867
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252	NC_017060	CAACC	2	10	475951	475960	40 %	0 %	0 %	60 %	384528020
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254	NC_017060	GGCTG	2	10	478747	478756	0 %	20 %	60 %	20 %	384528023
255	NC_017060	GGCAA	2	10	479815	479824	40 %	0 %	40 %	20 %	384528024
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259	NC_017060	GGGCT	2	10	484829	484838	0 %	20 %	60 %	20 %	384528029
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301	NC_017060	GGACT	2	10	554649	554658	20 %	20 %	40 %	20 %	384528092
302	NC_017060	GCAGT	2	10	555476	555485	20 %	20 %	40 %	20 %	384528092
303	NC_017060	CTGCG	2	10	556175	556184	0 %	20 %	40 %	40 %	384528092
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306	NC_017060	ATAAC	2	10	560281	560290	60 %	20 %	0 %	20 %	384528097
307	NC_017060	AAAAG	2	10	563564	563573	80 %	0 %	20 %	0 %	384528101
308	NC_017060	GATGC	2	10	563813	563822	20 %	20 %	40 %	20 %	384528101
309	NC_017060	GCGCC	2	10	565346	565355	0 %	0 %	40 %	60 %	384528101
310	NC_017060	CTGCG	2	10	568516	568525	0 %	20 %	40 %	40 %	384528103

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.