MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rahnella aquatilis HX2 plasmid PRA1

Total Repeats: 221

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017060	TATT	2	8	3807	3814	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017060	ACGC	2	8	6181	6188	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_017060	TTAA	2	8	20783	20790	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017060	TCAG	2	8	20912	20919	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_017060	ATGA	2	8	26194	26201	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017060	TCGT	2	8	31223	31230	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_017060	CAAT	2	8	31263	31270	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_017060	GGCA	2	8	34147	34154	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
9	NC_017060	CGCC	2	8	34159	34166	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
10	NC_017060	TTCA	2	8	34605	34612	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017060	TTAA	2	8	37072	37079	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017060	GTTT	2	8	38198	38205	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017060	CTGC	2	8	38802	38809	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017060	AGTG	2	8	45592	45599	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017060	TAAT	2	8	55468	55475	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017060	TTCT	2	8	57033	57040	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_017060	TACT	2	8	59653	59660	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_017060	AACA	2	8	64742	64749	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_017060	GTTT	2	8	65556	65563	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017060	GAAA	2	8	65738	65745	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017060	TTCG	2	8	68238	68245	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_017060	GAAA	2	8	68285	68292	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017060	GATT	2	8	68744	68751	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017060	TTCC	2	8	69599	69606	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_017060	ATTG	2	8	69745	69752	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017060	AATG	2	8	70077	70084	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017060	TAAT	2	8	72182	72189	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017060	TCGG	2	8	87140	87147	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
29	NC_017060	CCAG	2	8	88094	88101	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_017060	GTGC	2	8	88176	88183	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_017060	ATTG	2	8	88209	88216	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017060	ATTT	2	8	91139	91146	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017060	TCAT	2	8	92373	92380	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_017060	TGAG	2	8	92410	92417	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017060	CCTA	2	8	94259	94266	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_017060	CCAG	2	8	94290	94297	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NC_017060	GAAG	2	8	94357	94364	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017060	ACGA	2	8	94688	94695	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_017060	TAGG	2	8	95193	95200	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017060	AATG	2	8	97337	97344	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017060	TTGT	2	8	101664	101671	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017060	TGTA	2	8	104468	104475	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017060	CACC	2	8	104591	104598	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
44	NC_017060	TGTA	2	8	104747	104754	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017060	CACC	2	8	104870	104877	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
46	NC_017060	TCAG	2	8	105255	105262	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_017060	GAAT	2	8	107576	107583	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017060	CCTT	2	8	107683	107690	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_017060	CTTT	2	8	108239	108246	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_017060	TGCC	2	8	108276	108283	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
51	NC_017060	AACC	2	8	108325	108332	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_017060	CTTT	2	8	108340	108347	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_017060	CCCG	2	8	109792	109799	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
54	NC_017060	AGGC	2	8	111105	111112	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_017060	ATTA	2	8	112840	112847	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017060	TATT	2	8	112970	112977	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017060	AGCC	2	8	117101	117108	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
58	NC_017060	ATAA	2	8	117247	117254	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017060	AATT	2	8	120834	120841	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017060	ATTT	2	8	120958	120965	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017060	TAAG	2	8	121352	121359	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017060	CAAA	2	8	127746	127753	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_017060	TCAG	2	8	143600	143607	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_017060	GACC	2	8	147537	147544	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
65	NC_017060	CGCC	2	8	147861	147868	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
66	NC_017060	CCCG	2	8	148416	148423	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
67	NC_017060	CTGG	2	8	149424	149431	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_017060	AAAG	2	8	152007	152014	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017060	ATAA	2	8	153288	153295	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017060	TAAA	2	8	156488	156495	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017060	TCCC	2	8	159697	159704	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
72	NC_017060	TCAT	2	8	159827	159834	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_017060	AAGC	2	8	162576	162583	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_017060	GGGA	2	8	162636	162643	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017060	AGAT	2	8	164882	164889	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017060	TATG	2	8	175210	175217	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017060	AAGC	2	8	186648	186655	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_017060	TGTT	2	8	190525	190532	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017060	GACA	2	8	192412	192419	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_017060	GCTG	2	8	192505	192512	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_017060	CACT	2	8	194026	194033	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_017060	GGGA	2	8	196089	196096	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017060	CTCC	2	8	196154	196161	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
84	NC_017060	GTCC	2	8	199741	199748	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
85	NC_017060	CCAC	2	8	199908	199915	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
86	NC_017060	GTGG	2	8	200398	200405	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017060	GATG	2	8	202664	202671	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017060	GTAC	2	8	205540	205547	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_017060	AAAT	2	8	213649	213656	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017060	GCCC	2	8	214911	214918	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
91	NC_017060	AAAT	2	8	216721	216728	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017060	CTTT	2	8	216731	216738	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_017060	AAAT	2	8	216820	216827	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017060	ATAA	2	8	216967	216974	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017060	GAGT	2	8	218191	218198	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017060	TAAT	2	8	218207	218214	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017060	CAAT	2	8	218418	218425	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_017060	ATTT	2	8	218517	218524	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017060	CATT	2	8	225322	225329	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_017060	TTTA	2	8	228836	228843	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017060	GGAT	2	8	232440	232447	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017060	AATG	2	8	235285	235292	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017060	TTAA	2	8	262395	262402	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017060	ATTA	2	8	262741	262748	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017060	ATAA	2	8	277082	277089	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017060	CACG	2	8	281565	281572	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
107	NC_017060	GTTT	2	8	283733	283740	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017060	TTAT	2	8	294202	294209	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017060	AGGA	2	8	295237	295244	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017060	CAGA	2	8	295425	295432	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_017060	CCAG	2	8	295484	295491	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
112	NC_017060	GAAA	2	8	296312	296319	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017060	TACA	2	8	296768	296775	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_017060	TTCA	2	8	296911	296918	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_017060	ATTA	2	8	297132	297139	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017060	TTTA	2	8	297300	297307	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017060	TTGT	2	8	298895	298902	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017060	AAAT	2	8	300633	300640	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017060	CAGA	2	8	302070	302077	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_017060	CCGC	2	8	302167	302174	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
121	NC_017060	GCAC	2	8	310316	310323	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
122	NC_017060	TCTT	2	8	311108	311115	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_017060	CAGG	2	8	311150	311157	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
124	NC_017060	GGTG	2	8	319142	319149	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017060	AATG	2	8	319642	319649	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017060	ATAA	2	8	319673	319680	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017060	ATCG	2	8	320098	320105	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_017060	ATGA	2	8	320594	320601	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017060	TCAA	2	8	320654	320661	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_017060	TAAA	2	8	324534	324541	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017060	TAAG	2	8	325590	325597	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017060	GGAA	2	8	326228	326235	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017060	TGTT	2	8	328765	328772	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017060	CAGG	2	8	334504	334511	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
135	NC_017060	TAAA	2	8	337881	337888	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017060	AGTG	2	8	337954	337961	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017060	TATT	2	8	342969	342976	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017060	TGCG	2	8	343276	343283	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
139	NC_017060	TCAG	2	8	345641	345648	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_017060	GGCT	2	8	369291	369298	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
141	NC_017060	GAGG	2	8	369751	369758	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017060	GCCA	2	8	370247	370254	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
143	NC_017060	CTGA	2	8	371071	371078	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_017060	CTCA	2	8	371156	371163	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_017060	GCCG	2	8	371243	371250	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
146	NC_017060	GCCA	2	8	371524	371531	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
147	NC_017060	CGGG	2	8	371596	371603	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
148	NC_017060	ATGA	2	8	380298	380305	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017060	ATGT	2	8	380376	380383	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017060	AGGC	2	8	389463	389470	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
151	NC_017060	CAGC	2	8	389592	389599	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
152	NC_017060	GTAA	2	8	394776	394783	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017060	AAAT	2	8	397415	397422	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017060	TGAT	2	8	404491	404498	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017060	TGCA	2	8	411370	411377	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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170	NC_017060	TTTC	2	8	441556	441563	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
171	NC_017060	TAAA	2	8	441803	441810	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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175	NC_017060	TAAA	2	8	448398	448405	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_017060	TAAA	2	8	461701	461708	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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187	NC_017060	AATA	2	8	482273	482280	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_017060	GATT	2	8	491079	491086	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
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196	NC_017060	TAAT	2	8	499097	499104	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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209	NC_017060	TAAC	2	8	548491	548498	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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221	NC_017060	TTGA	2	8	563528	563535	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.