MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia australis str. Cutlack chromosome

Total Repeats: 149

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017058	AAAATC	2	12	118	129	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017058	TAAAAA	2	12	45917	45928	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017058	ATAGCA	2	12	47180	47191	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017058	AATACA	2	12	55795	55806	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017058	TTTTTG	2	12	56370	56381	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017058	AAGAAA	2	12	57324	57335	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017058	TAATGT	2	12	57698	57709	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017058	TAATCA	2	12	63724	63735	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017058	AAATGA	2	12	66179	66190	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017058	TTAAAG	2	12	67600	67611	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017058	TTATCA	2	12	70505	70516	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017058	AGTATT	2	12	74016	74027	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017058	ATAAAA	2	12	93303	93314	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017058	ATTTAT	2	12	93336	93347	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017058	TTAAAA	2	12	113622	113633	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017058	TTTTAA	2	12	131615	131626	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017058	ATCTTC	2	12	143194	143205	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017058	AATCAG	2	12	143823	143834	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017058	GTAGAT	2	12	144224	144235	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017058	CGGTGG	4	24	144328	144351	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017058	TAATAT	2	12	150461	150472	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017058	TTAAAA	2	12	151750	151761	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017058	GTATTG	2	12	173731	173742	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017058	TCTTTT	2	12	178488	178499	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_017058	AAAATA	2	12	186472	186483	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017058	GATAAA	2	12	194238	194249	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017058	CAATGA	2	12	201049	201060	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017058	ATATTA	2	12	213615	213626	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017058	TTAAAA	2	12	232079	232090	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017058	ATTAAA	2	12	236136	236147	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017058	ACAATA	2	12	258641	258652	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_017058	AGTAGG	2	12	275003	275014	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017058	TGTTAA	2	12	276221	276232	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017058	ATAAAA	2	12	277320	277331	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017058	GGAGAC	2	12	277397	277408	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_017058	CGGGTA	2	12	279778	279789	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017058	TTTATT	2	12	281554	281565	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017058	CAAGAA	2	12	286627	286638	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_017058	TTAAAA	2	12	287163	287174	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017058	AAATAA	2	12	294213	294224	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017058	CTTTTT	2	12	352992	353003	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_017058	GCTGAG	2	12	354090	354101	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017058	TTATAT	2	12	372060	372071	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017058	TTAGTT	2	12	373517	373528	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017058	TATATT	2	12	387200	387211	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017058	CTGAAC	2	12	387251	387262	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017058	TATAAA	2	12	415394	415405	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017058	AAAAGA	2	12	430556	430567	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017058	TAAATT	2	12	431091	431102	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017058	CTGCAG	2	12	450827	450838	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017058	TAAGAA	2	12	450927	450938	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017058	AGAATT	2	12	451172	451183	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017058	GATTTA	2	12	453567	453578	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017058	GACAAG	2	12	460415	460426	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017058	AGAGCT	2	12	460950	460961	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017058	AAAAAG	2	12	467367	467378	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017058	CAAAAA	2	12	467801	467812	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017058	CCTTGC	2	12	478071	478082	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
59	NC_017058	GCAAAA	2	12	482035	482046	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017058	TAAAAA	2	12	482920	482931	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017058	TTTTGT	2	12	490200	490211	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017058	GATAAA	2	12	495467	495478	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017058	TTTATA	2	12	496971	496982	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017058	AGTGCT	2	12	522036	522047	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_017058	AAAAAG	2	12	522745	522756	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017058	TTTATA	2	12	525542	525553	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017058	GAGTAA	2	12	527245	527256	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017058	AATATT	2	12	554983	554994	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017058	TAGATA	2	12	558304	558315	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017058	TAGATA	2	12	558448	558459	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017058	GCAATA	2	12	561723	561734	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017058	GCGGAT	2	12	571576	571587	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017058	ATCAGG	2	12	588215	588226	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_017058	ATACTA	2	12	595394	595405	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017058	ATTAAG	2	12	595788	595799	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017058	TTTTTA	2	12	596095	596106	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017058	TTTTAT	2	12	604549	604560	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017058	AGATGA	2	12	623305	623316	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017058	TAGAAC	2	12	624206	624217	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017058	TGATAG	2	12	628751	628762	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017058	TCTAAT	2	12	628983	628994	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_017058	ATATAA	2	12	629400	629411	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017058	ATTACA	2	12	665760	665771	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017058	TAATTA	2	12	666482	666493	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017058	ATAAAA	2	12	666689	666700	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017058	TAGCCA	2	12	666920	666931	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_017058	TAAATG	2	12	667485	667496	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017058	TTCGCT	2	12	671746	671757	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_017058	TTTTAA	2	12	679303	679314	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017058	TAATTT	2	12	692064	692075	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017058	GCTATC	2	12	692078	692089	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_017058	AAGATA	2	12	703322	703333	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017058	AAAAGC	2	12	718947	718958	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_017058	TATATT	2	12	748124	748135	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017058	TGCAAA	2	12	752870	752881	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_017058	GAAATA	2	12	753202	753213	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017058	TTGTTC	2	12	772810	772821	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_017058	CTTTTA	2	12	774739	774750	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_017058	GTTTTA	2	12	774811	774822	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017058	CTCCAC	2	12	776257	776268	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_017058	TAGCCA	2	12	792468	792479	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_017058	ATATTA	2	12	806319	806330	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017058	TAAAAA	2	12	813273	813284	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017058	TTAAAG	2	12	817966	817977	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017058	CCTGTA	2	12	826491	826502	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_017058	GTTTAT	2	12	845157	845168	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017058	TCACAA	2	12	845403	845414	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_017058	TAAATC	2	12	848581	848592	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017058	TGATAT	2	12	848768	848779	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017058	AAATAA	2	12	851439	851450	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017058	TAATAT	2	12	854653	854664	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017058	TTATAT	2	12	861048	861059	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017058	TGTAGT	2	12	878911	878922	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017058	CAAGCA	2	12	880675	880686	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017058	TTTTAA	2	12	881523	881534	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017058	TTAATA	2	12	882581	882592	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017058	CAATAT	2	12	883423	883434	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_017058	ATTAAA	2	12	893109	893120	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017058	TATTAA	2	12	894966	894977	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017058	ATGGGA	2	12	895407	895418	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017058	TAAGAT	2	12	912690	912701	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017058	ACGCCA	2	12	950098	950109	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
123	NC_017058	ATTATA	2	12	958569	958580	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017058	GATATT	2	12	958655	958666	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017058	TATAGA	2	12	961283	961294	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017058	TAAGCA	2	12	966984	966995	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_017058	GCAAAT	2	12	972289	972300	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_017058	CCTACA	2	12	978144	978155	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_017058	ATTTTT	2	12	987413	987424	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017058	ATTAGA	2	12	999698	999709	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017058	AATTGC	2	12	1004056	1004067	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_017058	GAATTA	2	12	1006019	1006030	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017058	CTTAAA	2	12	1014495	1014506	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_017058	TACCTA	2	12	1022445	1022456	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017058	TTAAAA	2	12	1028165	1028176	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017058	GGTAAT	2	12	1051159	1051170	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017058	TACCAA	3	18	1055565	1055582	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_017058	TATAAA	2	12	1064800	1064811	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017058	TAATTT	2	12	1064998	1065009	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017058	ACAATA	2	12	1066788	1066799	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_017058	AGTATA	2	12	1082298	1082309	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017058	TTAAAT	2	12	1152296	1152307	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017058	ATATTT	2	12	1155391	1155402	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017058	AAAGGC	2	12	1159101	1159112	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
145	NC_017058	CATATG	2	12	1160094	1160105	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
146	NC_017058	TTCAGG	2	12	1161470	1161481	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_017058	TTTTGC	2	12	1184565	1184576	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
148	NC_017058	ACGGAT	2	12	1250266	1250277	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
149	NC_017058	TAAATT	2	12	1278680	1278691	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.