MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. RpGvF24 chromosome

Total Repeats: 408

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017057	ATTATA	2	12	326	337	50 %	50 %	0 %	0 %	383500101
2	NC_017057	AAAGTA	2	12	1128	1139	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383500102
3	NC_017057	TTTCTC	2	12	1421	1432	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383500103
4	NC_017057	ATGCTA	2	12	1654	1665	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383500103
5	NC_017057	CTAATA	2	12	4443	4454	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383500105
6	NC_017057	CGATAT	2	12	5338	5349	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383500105
7	NC_017057	AAAATA	2	12	5541	5552	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383500105
8	NC_017057	ATATCT	2	12	8591	8602	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383500108
9	NC_017057	AGAAAA	2	12	10932	10943	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383500110
10	NC_017057	ATTAAA	2	12	11949	11960	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383500111
11	NC_017057	CTAATT	2	12	13541	13552	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383500113
12	NC_017057	CTATAT	2	12	14156	14167	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383500113
13	NC_017057	TTTTGA	2	12	21350	21361	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383500115
14	NC_017057	TTTGTA	2	12	21489	21500	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383500115
15	NC_017057	TATCAA	2	12	22142	22153	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383500116
16	NC_017057	TTAGAA	2	12	23342	23353	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383500119
17	NC_017057	AAAAAT	2	12	24248	24259	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383500120
18	NC_017057	CATATA	2	12	25744	25755	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383500122
19	NC_017057	ATTTTT	2	12	35029	35040	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383500128
20	NC_017057	GTGAGC	2	12	40038	40049	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383500130
21	NC_017057	ATTCTT	2	12	40177	40188	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383500130
22	NC_017057	ATTTAT	2	12	42115	42126	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383500131
23	NC_017057	TGCAGC	2	12	53487	53498	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	383500141
24	NC_017057	ATAGTG	2	12	54720	54731	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383500142
25	NC_017057	AAAAAG	2	12	55548	55559	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383500142
26	NC_017057	TAAAAT	2	12	60890	60901	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383500147
27	NC_017057	GAGTAG	2	12	62038	62049	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	383500147
28	NC_017057	ACTACA	2	12	65217	65228	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383500151
29	NC_017057	AGTAAA	2	12	69372	69383	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383500155
30	NC_017057	AATATT	2	12	73434	73445	50 %	50 %	0 %	0 %	383500158
31	NC_017057	TTGATT	2	12	74362	74373	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383500158
32	NC_017057	TCTTGC	2	12	74732	74743	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	383500158
33	NC_017057	GAAGCA	2	12	75338	75349	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383500159
34	NC_017057	TCAAGC	2	12	75484	75495	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383500159
35	NC_017057	CTATTA	2	12	77189	77200	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383500160
36	NC_017057	TAAAGG	2	12	77376	77387	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383500160
37	NC_017057	TTTTTA	2	12	80282	80293	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383500162
38	NC_017057	ACCTAT	2	12	85157	85168	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383500168
39	NC_017057	TATTTA	2	12	88160	88171	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383500171
40	NC_017057	AAATTA	2	12	98549	98560	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383500174
41	NC_017057	TAGCGG	2	12	100243	100254	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383500176
42	NC_017057	TCTTTT	2	12	100601	100612	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383500176
43	NC_017057	GGTATT	2	12	101342	101353	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	383500177
44	NC_017057	TTTAGT	2	12	102188	102199	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383500178
45	NC_017057	TGATTT	2	12	104996	105007	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383500180
46	NC_017057	TAAAAT	2	12	108752	108763	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383500184
47	NC_017057	AACTCT	2	12	109558	109569	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383500185
48	NC_017057	GGTGTT	2	12	111450	111461	0 %	50 %	50 %	0 %	383500186
49	NC_017057	TTGCTA	2	12	117113	117124	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383500191
50	NC_017057	AGATAG	2	12	117279	117290	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383500191
51	NC_017057	CATCTA	2	12	120327	120338	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383500192
52	NC_017057	TAATGC	2	12	122335	122346	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383500193
53	NC_017057	GTATCT	2	12	122696	122707	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383500193
54	NC_017057	TAAAAG	2	12	130271	130282	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383500195
55	NC_017057	GTATAG	2	12	130592	130603	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383500195
56	NC_017057	GATTTT	2	12	136235	136246	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383500201
57	NC_017057	GCTATG	2	12	136625	136636	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383500201
58	NC_017057	TTATAT	2	12	137650	137661	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383500202
59	NC_017057	CTTTTG	2	12	138778	138789	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383500203
60	NC_017057	AAAGAA	2	12	145771	145782	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383500209
61	NC_017057	GGTGAT	2	12	146886	146897	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383500210
62	NC_017057	TTAGAG	2	12	150964	150975	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383500215
63	NC_017057	AACTAC	2	12	154377	154388	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383500219
64	NC_017057	ATAAAA	2	12	155885	155896	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383500219
65	NC_017057	TTTTTA	2	12	156889	156900	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383500220
66	NC_017057	AGTTTC	2	12	157493	157504	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383500221
67	NC_017057	GCAGAA	2	12	159955	159966	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383500225
68	NC_017057	TTAAAA	2	12	161907	161918	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383500226
69	NC_017057	CTATTG	2	12	163755	163766	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383500226
70	NC_017057	AGTTTA	2	12	166908	166919	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383500227
71	NC_017057	ATCTCC	2	12	176530	176541	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	383500232
72	NC_017057	ATCTTG	2	12	186403	186414	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383500242
73	NC_017057	AACATT	2	12	186505	186516	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383500242
74	NC_017057	TGATGG	2	12	190357	190368	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383500245
75	NC_017057	TATATT	2	12	191146	191157	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383500245
76	NC_017057	ATATTT	2	12	191756	191767	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383500245
77	NC_017057	TCCTTT	2	12	195669	195680	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383500249
78	NC_017057	TTTCTT	2	12	197525	197536	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383500252
79	NC_017057	AAATTA	2	12	198665	198676	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383500254
80	NC_017057	CACTAC	2	12	205854	205865	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	383500259
81	NC_017057	AAATTC	2	12	209040	209051	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383500260
82	NC_017057	AAAGCA	2	12	211333	211344	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383500261
83	NC_017057	ATTATA	2	12	212056	212067	50 %	50 %	0 %	0 %	383500262
84	NC_017057	GTATCT	2	12	213949	213960	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383500264
85	NC_017057	TTCTAC	2	12	216426	216437	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383500265
86	NC_017057	TTCTTT	2	12	220640	220651	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383500268
87	NC_017057	CTTCTC	2	12	222072	222083	0 %	50 %	0 %	50 %	383500269
88	NC_017057	TAATTG	2	12	224946	224957	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383500271
89	NC_017057	AAAGCA	2	12	227648	227659	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383500272
90	NC_017057	TTATTT	2	12	230958	230969	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383500275
91	NC_017057	TTAAAT	2	12	236686	236697	50 %	50 %	0 %	0 %	383500279
92	NC_017057	ATTGCA	2	12	249421	249432	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383500290
93	NC_017057	TTAAAG	2	12	252402	252413	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383500291
94	NC_017057	CGTAAC	2	12	252502	252513	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383500291
95	NC_017057	TGTATC	2	12	261618	261629	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383500295
96	NC_017057	TTTATT	2	12	261849	261860	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383500295
97	NC_017057	TAAAAA	2	12	262046	262057	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383500295
98	NC_017057	GAAAAT	2	12	263201	263212	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383500296
99	NC_017057	ATCATT	2	12	263610	263621	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383500296
100	NC_017057	CCTGAA	2	12	266224	266235	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383500297
101	NC_017057	TTTTGC	2	12	271459	271470	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383500301
102	NC_017057	GGGATA	2	12	275858	275869	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	383500304
103	NC_017057	GGCAAT	2	12	276866	276877	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	383500304
104	NC_017057	TTGTTC	2	12	279209	279220	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383500305
105	NC_017057	ACATTA	2	12	279526	279537	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383500305
106	NC_017057	TTGTAA	2	12	279698	279709	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383500306
107	NC_017057	TCACTA	2	12	280999	281010	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383500307
108	NC_017057	AATGAA	2	12	283143	283154	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383500309
109	NC_017057	CTTTAG	2	12	283960	283971	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383500309
110	NC_017057	AATAAA	2	12	284295	284306	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383500309
111	NC_017057	GAAGTA	2	12	285485	285496	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383500310
112	NC_017057	ATTGCT	2	12	286007	286018	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383500310
113	NC_017057	TTTTAC	2	12	287158	287169	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383500311
114	NC_017057	CAAGAT	2	12	288666	288677	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383500312
115	NC_017057	TTAATA	2	12	288721	288732	50 %	50 %	0 %	0 %	383500312
116	NC_017057	GAACAA	2	12	290288	290299	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383500313
117	NC_017057	TAACTC	2	12	295761	295772	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383500319
118	NC_017057	ATATCT	2	12	295799	295810	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383500319
119	NC_017057	TATAAA	2	12	300531	300542	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383500325
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.