MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. RpGvF24 chromosome

Total Repeats: 416

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017057	TGACT	2	10	8808	8817	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017057	GATAC	2	10	8992	9001	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017057	ATTTA	2	10	9351	9360	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017057	TAAAC	2	10	14641	14650	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017057	TCAAT	2	10	15892	15901	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017057	AATCA	2	10	16113	16122	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017057	TTACT	2	10	17212	17221	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017057	AGATA	2	10	18449	18458	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017057	TCAAA	2	10	18479	18488	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017057	ATTTA	2	10	19318	19327	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017057	AGTTT	2	10	19516	19525	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017057	TATAA	2	10	19749	19758	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017057	AATCT	2	10	20559	20568	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017057	TTGAG	2	10	28479	28488	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017057	ATTTT	2	10	29200	29209	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017057	TATTT	2	10	29776	29785	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017057	ATATT	2	10	31062	31071	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017057	ATTAA	2	10	31694	31703	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017057	CTTAA	2	10	32048	32057	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017057	ATTTA	2	10	32185	32194	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017057	GTATT	2	10	41426	41435	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017057	TTTAA	2	10	44145	44154	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017057	AATTG	2	10	46057	46066	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017057	AATAT	2	10	54156	54165	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017057	TAAAT	2	10	56736	56745	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017057	ATATT	2	10	69960	69969	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017057	TAACA	2	10	70261	70270	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017057	AATGA	2	10	70303	70312	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017057	ACAAA	2	10	71905	71914	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017057	TTAAT	2	10	74816	74825	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017057	ATATA	2	10	79632	79641	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017057	TTGTA	2	10	79753	79762	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017057	AAAAT	2	10	80520	80529	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017057	TTAAT	2	10	88050	88059	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017057	TTATT	2	10	89071	89080	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017057	TTAAC	2	10	89095	89104	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017057	ATATT	2	10	89338	89347	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017057	TCTTT	2	10	90178	90187	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017057	TTTAA	2	10	90588	90597	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017057	TCCTT	2	10	91062	91071	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_017057	ATTGT	2	10	91140	91149	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017057	TACTT	2	10	93686	93695	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017057	TTATG	2	10	94610	94619	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017057	TTATG	2	10	96541	96550	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017057	AGTTA	2	10	96582	96591	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017057	TCTAT	2	10	98654	98663	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017057	TTAAT	2	10	110009	110018	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017057	ATTTT	2	10	110063	110072	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017057	TTATT	2	10	110232	110241	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017057	AGTAG	2	10	112004	112013	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017057	CACTA	2	10	112265	112274	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_017057	AATAC	2	10	112409	112418	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017057	GTAAT	2	10	113987	113996	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017057	TGTAT	2	10	135704	135713	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017057	TATGT	2	10	141990	141999	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017057	ATTAA	2	10	142241	142250	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017057	TAAGC	2	10	148701	148710	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_017057	TAAAT	2	10	148722	148731	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017057	TGAAA	2	10	150075	150084	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017057	TTAAG	2	10	150611	150620	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017057	ATTAA	2	10	160152	160161	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017057	ATATT	2	10	160691	160700	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017057	TTCAT	2	10	172656	172665	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017057	AAGAT	2	10	175230	175239	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017057	TATTT	2	10	184235	184244	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017057	ATGTA	2	10	189600	189609	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017057	TAATA	2	10	202161	202170	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017057	AATTT	2	10	203611	203620	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017057	AACTT	2	10	205713	205722	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017057	ATTAA	2	10	207954	207963	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017057	AAATC	2	10	209833	209842	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017057	ATATT	2	10	210029	210038	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017057	TAAAA	2	10	210194	210203	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017057	ATTTT	2	10	210426	210435	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017057	AGCGT	2	10	226213	226222	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017057	TGAAA	2	10	226305	226314	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017057	ATGAT	2	10	226454	226463	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017057	ATGTG	2	10	226857	226866	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017057	ATAAA	2	10	230147	230156	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017057	TATCA	2	10	231524	231533	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017057	ATATG	2	10	234001	234010	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017057	TAAAA	2	10	234661	234670	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017057	AATTA	2	10	237677	237686	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017057	ATATA	2	10	237743	237752	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017057	ATTAT	2	10	237765	237774	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017057	ACTAA	2	10	237824	237833	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017057	ATTGC	2	10	238265	238274	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017057	TATAA	2	10	238440	238449	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017057	AATGT	2	10	238811	238820	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017057	TAGTA	2	10	239263	239272	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017057	AACAA	2	10	244692	244701	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017057	CTAAA	2	10	250275	250284	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017057	TTTAA	2	10	250293	250302	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017057	AAATT	2	10	250773	250782	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017057	ATTTA	2	10	250889	250898	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017057	ATTTT	2	10	255453	255462	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017057	ATCCC	2	10	261141	261150	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
98	NC_017057	TGCAA	2	10	261226	261235	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017057	TTTGT	2	10	262543	262552	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017057	ATATA	2	10	264988	264997	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017057	ACCAT	2	10	265542	265551	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
102	NC_017057	AGTAA	2	10	265588	265597	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017057	CATTT	2	10	271704	271713	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017057	TAAAG	2	10	274042	274051	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017057	GTAAT	2	10	274379	274388	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017057	TGATA	2	10	274471	274480	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017057	ATTTC	2	10	274893	274902	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017057	TAATA	2	10	277533	277542	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017057	AAAAG	2	10	279167	279176	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017057	ATTAA	2	10	280944	280953	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017057	TAGTT	2	10	284773	284782	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017057	TAGAA	2	10	289959	289968	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017057	TAATT	2	10	295042	295051	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017057	ATAAG	2	10	303715	303724	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017057	TGCAA	2	10	308262	308271	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_017057	TATAA	2	10	310684	310693	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017057	AAATA	2	10	310725	310734	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017057	TTATG	2	10	312507	312516	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017057	ATATA	2	10	316412	316421	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017057	AATAA	2	10	317927	317936	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017057	ATTTA	2	10	322160	322169	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017057	TATAA	2	10	325730	325739	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017057	TAATA	2	10	325924	325933	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017057	CAATA	2	10	333007	333016	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017057	AAATA	2	10	333165	333174	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017057	TATAA	2	10	333230	333239	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017057	ATTTG	2	10	336267	336276	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017057	TAAAC	2	10	339237	339246	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017057	AAATT	2	10	339517	339526	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017057	CATAA	2	10	341707	341716	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017057	AAATA	2	10	342333	342342	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017057	TTATT	2	10	346285	346294	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017057	TTAAT	2	10	353526	353535	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017057	CTATT	2	10	362108	362117	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017057	AATAT	2	10	368442	368451	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017057	ATATC	2	10	369891	369900	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017057	AATAA	2	10	370210	370219	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017057	TAATT	2	10	375808	375817	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017057	CATTA	2	10	380292	380301	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017057	ACATA	2	10	380411	380420	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017057	AATAA	2	10	382985	382994	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017057	TACAA	2	10	396479	396488	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017057	TACAC	2	10	397754	397763	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_017057	TAGAT	2	10	398052	398061	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017057	TTGTA	2	10	400182	400191	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017057	CATTA	2	10	402585	402594	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_017057	GATAT	2	10	402738	402747	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017057	TGATA	2	10	404227	404236	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017057	TTATT	2	10	408221	408230	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017057	TATTG	2	10	408291	408300	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017057	AATAA	2	10	408392	408401	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017057	TATGG	2	10	422497	422506	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017057	TCTAT	2	10	432448	432457	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
154	NC_017057	ATGAT	2	10	432562	432571	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017057	TTAAT	2	10	441868	441877	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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160	NC_017057	GTTAT	2	10	450923	450932	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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169	NC_017057	TTATT	2	10	493891	493900	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_017057	ATTTT	2	10	505495	505504	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_017057	GTATA	2	10	505742	505751	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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174	NC_017057	TCCTA	2	10	506409	506418	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
175	NC_017057	TGTAA	2	10	506961	506970	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
176	NC_017057	TGTAA	2	10	506974	506983	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_017057	TAATT	2	10	509699	509708	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_017057	TATTG	2	10	512306	512315	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
183	NC_017057	TAATT	2	10	520670	520679	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_017057	TCTAA	2	10	525628	525637	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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186	NC_017057	TATAT	2	10	536941	536950	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_017057	TAATT	2	10	537090	537099	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_017057	AATAA	2	10	538379	538388	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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193	NC_017057	TAAAT	2	10	544850	544859	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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198	NC_017057	TAAAT	2	10	564063	564072	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.