MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rickettsia prowazekii str. BuV67-CWPP chromosome

Total Repeats: 560

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017056	ATTATA	2	12	326	337	50 %	50 %	0 %	0 %	383499257
2	NC_017056	AAAGTA	2	12	1128	1139	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383499258
3	NC_017056	TTTCTC	2	12	1421	1432	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383499259
4	NC_017056	ATGCTA	2	12	1654	1665	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383499259
5	NC_017056	CGATAT	2	12	5338	5349	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383499261
6	NC_017056	AAAATA	2	12	5541	5552	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383499261
7	NC_017056	ATATCT	2	12	8590	8601	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383499264
8	NC_017056	TTTTAT	2	12	10700	10711	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383499266
9	NC_017056	AGAAAA	2	12	10931	10942	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383499266
10	NC_017056	ATTAAA	2	12	11962	11973	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383499267
11	NC_017056	CTAATT	2	12	13554	13565	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383499269
12	NC_017056	CTATAT	2	12	14169	14180	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383499269
13	NC_017056	GAAGAT	2	12	16355	16366	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383499271
14	NC_017056	AATATA	2	12	17078	17089	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383499271
15	NC_017056	ATTTAA	2	12	18321	18332	50 %	50 %	0 %	0 %	383499272
16	NC_017056	AATTAT	2	12	18544	18555	50 %	50 %	0 %	0 %	383499272
17	NC_017056	ATCTAA	2	12	19403	19414	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_017056	TTTTGA	2	12	21358	21369	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383499274
19	NC_017056	TTTGTA	2	12	21497	21508	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383499274
20	NC_017056	TATCAA	2	12	22150	22161	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383499275
21	NC_017056	TTAGAA	2	12	23350	23361	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383499278
22	NC_017056	AAAAAT	2	12	24256	24267	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383499279
23	NC_017056	CATATA	2	12	25752	25763	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383499281
24	NC_017056	TACTAG	2	12	29579	29590	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_017056	CTACGT	2	12	29768	29779	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_017056	AGAAAC	2	12	29820	29831	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_017056	AATAAG	2	12	32586	32597	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017056	ATTTTT	2	12	35037	35048	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383499287
29	NC_017056	TTTAAT	2	12	37520	37531	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017056	GTGAGC	2	12	40040	40051	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383499289
31	NC_017056	ATTCTT	2	12	40179	40190	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383499289
32	NC_017056	ATTTAT	2	12	42117	42128	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383499290
33	NC_017056	CTTTGT	2	12	44594	44605	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017056	ATAAAA	2	12	52908	52919	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017056	TGCAGC	2	12	53489	53500	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	383499300
36	NC_017056	ATAGTG	2	12	54722	54733	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383499301
37	NC_017056	AAAAAG	2	12	55550	55561	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383499301
38	NC_017056	CACTTG	2	12	56800	56811	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383499303
39	NC_017056	GAAAAA	2	12	56964	56975	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383499303
40	NC_017056	TAAAAT	2	12	60892	60903	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383499307
41	NC_017056	GAGTAG	2	12	62040	62051	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	383499307
42	NC_017056	ACTACA	2	12	65219	65230	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383499311
43	NC_017056	AGTAAA	2	12	69374	69385	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383499315
44	NC_017056	AATATT	2	12	73436	73447	50 %	50 %	0 %	0 %	383499318
45	NC_017056	TTGATT	2	12	74364	74375	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383499318
46	NC_017056	TCTTGC	2	12	74734	74745	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	383499318
47	NC_017056	GAAGCA	2	12	75340	75351	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383499319
48	NC_017056	TCAAGC	2	12	75486	75497	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383499319
49	NC_017056	CTATTA	2	12	77191	77202	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383499320
50	NC_017056	TAAAGG	2	12	77378	77389	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383499320
51	NC_017056	TTTTTA	2	12	80284	80295	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383499322
52	NC_017056	ACCTAT	2	12	85159	85170	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383499328
53	NC_017056	TATTTA	2	12	88162	88173	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383499331
54	NC_017056	AAATTA	2	12	98432	98443	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383499334
55	NC_017056	TAGCGG	2	12	100126	100137	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383499336
56	NC_017056	TCTTTT	2	12	100484	100495	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383499336
57	NC_017056	GGTATT	2	12	101225	101236	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	383499337
58	NC_017056	TTTAGT	2	12	102071	102082	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383499338
59	NC_017056	TGATTT	2	12	104879	104890	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383499340
60	NC_017056	TAAAAT	2	12	108635	108646	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383499344
61	NC_017056	AACTCT	2	12	109441	109452	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383499345
62	NC_017056	GGTGTT	2	12	111333	111344	0 %	50 %	50 %	0 %	383499346
63	NC_017056	TTGCTA	2	12	116996	117007	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383499351
64	NC_017056	AGATAG	2	12	117162	117173	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383499351
65	NC_017056	CATCTA	2	12	120120	120131	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383499352
66	NC_017056	TAATGC	2	12	122128	122139	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383499353
67	NC_017056	GTATCT	2	12	122489	122500	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383499353
68	NC_017056	TAAAAG	2	12	130064	130075	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383499355
69	NC_017056	GTATAG	2	12	130385	130396	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383499355
70	NC_017056	GATTTT	2	12	136019	136030	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383499361
71	NC_017056	GCTATG	2	12	136409	136420	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383499361
72	NC_017056	TTATAT	2	12	137438	137449	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383499362
73	NC_017056	CTTTTG	2	12	138566	138577	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383499363
74	NC_017056	AATATT	2	12	142646	142657	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017056	AAAGAA	2	12	145559	145570	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383499369
76	NC_017056	GGTGAT	2	12	146674	146685	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383499370
77	NC_017056	TTAGAG	2	12	150752	150763	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383499375
78	NC_017056	ATAATT	2	12	153043	153054	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017056	TAGAGA	2	12	153581	153592	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017056	AACTAC	2	12	154165	154176	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383499379
81	NC_017056	ATAAAA	2	12	155673	155684	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383499379
82	NC_017056	TTTTTA	2	12	156677	156688	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383499380
83	NC_017056	AGTTTC	2	12	157281	157292	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383499381
84	NC_017056	GCAGAA	2	12	159743	159754	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383499385
85	NC_017056	TTAAAA	2	12	161695	161706	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383499386
86	NC_017056	CTATTG	2	12	163543	163554	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383499386
87	NC_017056	AGTTTA	2	12	166696	166707	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383499387
88	NC_017056	TATGTA	2	12	173005	173016	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017056	ATCTCC	2	12	176319	176330	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_017056	TAAAAT	2	12	184474	184485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017056	ATCTTG	2	12	186192	186203	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383499401
92	NC_017056	AACATT	2	12	186294	186305	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383499401
93	NC_017056	TGATGG	2	12	190146	190157	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383499404
94	NC_017056	TATATT	2	12	190935	190946	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383499404
95	NC_017056	ATATTT	2	12	191545	191556	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383499404
96	NC_017056	TTTAAT	2	12	191802	191813	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017056	TCACAA	2	12	193222	193233	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_017056	TCCTTT	2	12	195458	195469	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383499408
99	NC_017056	TTAATA	2	12	196765	196776	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017056	TTTCTT	2	12	197314	197325	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383499411
101	NC_017056	TGAAGA	2	12	197392	197403	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017056	AAATTA	2	12	198454	198465	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383499413
103	NC_017056	TCTTAA	2	12	203562	203573	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_017056	CACTAC	2	12	205641	205652	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	383499418
105	NC_017056	AAATTC	2	12	208827	208838	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383499419
106	NC_017056	AATTCA	2	12	209666	209677	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_017056	ACTATA	2	12	209848	209859	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_017056	AAAGCA	2	12	211118	211129	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383499420
109	NC_017056	ATTATA	2	12	211841	211852	50 %	50 %	0 %	0 %	383499421
110	NC_017056	GTATCT	2	12	213734	213745	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383499423
111	NC_017056	TTCTAC	2	12	216211	216222	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383499424
112	NC_017056	TTCTTT	2	12	220425	220436	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383499427
113	NC_017056	CTTCTC	2	12	221857	221868	0 %	50 %	0 %	50 %	383499428
114	NC_017056	TAATTG	2	12	224731	224742	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383499430
115	NC_017056	AATCTT	2	12	226468	226479	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_017056	AAAGCA	2	12	227435	227446	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383499433
117	NC_017056	TTATTT	2	12	230747	230758	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383499436
118	NC_017056	TTTCTT	2	12	233337	233348	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_017056	GCAATT	2	12	234671	234682	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_017056	TTAAAT	2	12	236457	236468	50 %	50 %	0 %	0 %	383499440
121	NC_017056	TAAAAA	2	12	237617	237628	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017056	GTAAAG	2	12	238816	238827	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017056	AAATAA	2	12	247660	247671	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017056	ATTGCA	2	12	249192	249203	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383499451
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240	NC_017056	ATCATG	2	12	430646	430657	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383499589
241	NC_017056	TAAATT	2	12	434182	434193	50 %	50 %	0 %	0 %	383499593
242	NC_017056	CAAATG	2	12	434202	434213	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383499593
243	NC_017056	ATATCT	2	12	437261	437272	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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247	NC_017056	ATTTTA	2	12	446487	446498	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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250	NC_017056	TTTTTA	2	12	451403	451414	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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348	NC_017056	GACGCT	2	12	654076	654087	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	383499757
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350	NC_017056	TAGTGA	2	12	655670	655681	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383499758
351	NC_017056	TAATAT	2	12	657776	657787	50 %	50 %	0 %	0 %	383499761
352	NC_017056	AATACC	2	12	657984	657995	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383499761
353	NC_017056	GTTTTA	2	12	658768	658779	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383499762
354	NC_017056	TGCTAC	2	12	664435	664446	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383499765
355	NC_017056	TAACTT	2	12	664456	664467	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383499765
356	NC_017056	TATCCA	2	12	667008	667019	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383499766
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358	NC_017056	TGGTAT	2	12	668927	668938	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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