MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. BuV67-CWPP chromosome

Total Repeats: 142

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017056	ATCTAA	2	12	19403	19414	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017056	TACTAG	2	12	29579	29590	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017056	CTACGT	2	12	29768	29779	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017056	AGAAAC	2	12	29820	29831	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017056	AATAAG	2	12	32586	32597	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017056	TTTAAT	2	12	37520	37531	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017056	CTTTGT	2	12	44594	44605	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017056	ATAAAA	2	12	52908	52919	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017056	AATATT	2	12	142646	142657	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017056	ATAATT	2	12	153043	153054	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017056	TAGAGA	2	12	153581	153592	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017056	TATGTA	2	12	173005	173016	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017056	ATCTCC	2	12	176319	176330	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017056	TAAAAT	2	12	184474	184485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017056	TTTAAT	2	12	191802	191813	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017056	TCACAA	2	12	193222	193233	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017056	TTAATA	2	12	196765	196776	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017056	TGAAGA	2	12	197392	197403	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017056	TCTTAA	2	12	203562	203573	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017056	AATTCA	2	12	209666	209677	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017056	ACTATA	2	12	209848	209859	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017056	AATCTT	2	12	226468	226479	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_017056	TTTCTT	2	12	233337	233348	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017056	GCAATT	2	12	234671	234682	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_017056	TAAAAA	2	12	237617	237628	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017056	GTAAAG	2	12	238816	238827	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017056	AAATAA	2	12	247660	247671	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017056	CAATTA	2	12	249995	250006	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_017056	AGTAAA	2	12	254460	254471	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017056	TAAAAT	2	12	257643	257654	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017056	CAACTG	2	12	262474	262485	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017056	GATTTT	2	12	264431	264442	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017056	TCAGGA	2	12	267749	267760	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017056	TTGCAA	2	12	270486	270497	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017056	AAAATA	2	12	271509	271520	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017056	TTACTA	2	12	277765	277776	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017056	TTATAA	2	12	303444	303455	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017056	AAGGAT	2	12	311027	311038	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017056	AATTTA	2	12	312949	312960	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017056	TTAATT	2	12	313212	313223	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017056	ATAATT	2	12	313559	313570	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017056	TAAAAT	2	12	323456	323467	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017056	TTTATT	2	12	330370	330381	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017056	ATTTTT	2	12	334262	334273	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017056	GCATTA	2	12	336105	336116	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017056	GTAAAA	2	12	339131	339142	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017056	ATATTT	2	12	341432	341443	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017056	CACTTT	2	12	342711	342722	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_017056	TCAATA	2	12	351308	351319	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017056	TAAAAT	2	12	353382	353393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017056	TCAGTA	2	12	361820	361831	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_017056	TTAACT	2	12	362361	362372	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_017056	TATCTA	2	12	368157	368168	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017056	TATTAG	2	12	370018	370029	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017056	AATTTT	2	12	375433	375444	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017056	CATTAT	2	12	422827	422838	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017056	AGAAAA	2	12	425066	425077	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017056	ATATCT	2	12	437261	437272	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_017056	TTAATT	2	12	445879	445890	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017056	ATTTTA	2	12	446487	446498	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017056	TTAGTA	3	18	450046	450063	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017056	TTTTTA	2	12	451403	451414	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017056	TCTATT	2	12	482484	482495	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_017056	ATTTAG	2	12	483771	483782	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017056	TAAATA	2	12	484563	484574	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017056	TATTTT	2	12	504379	504390	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017056	ATTTTT	2	12	507827	507838	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017056	AAATTT	2	12	532431	532442	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017056	TTTATA	2	12	544549	544560	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017056	GCAAAA	2	12	554490	554501	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_017056	CATTAA	2	12	554929	554940	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017056	ATACAG	2	12	563777	563788	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017056	AATAAA	2	12	569838	569849	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017056	AAAGCA	2	12	580193	580204	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017056	TCTATT	2	12	604152	604163	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_017056	ATTTTG	2	12	609080	609091	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017056	CATAAT	2	12	613940	613951	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017056	TTTAAA	2	12	629564	629575	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017056	GAAATA	2	12	642085	642096	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017056	AAAATA	2	12	668535	668546	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017056	TGGTAT	2	12	668927	668938	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017056	TCAATT	2	12	680552	680563	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_017056	TTTTAA	2	12	688938	688949	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017056	TCAGAT	2	12	691114	691125	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017056	TAAAAC	2	12	691524	691535	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_017056	GGAGTA	2	12	701863	701874	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017056	ACATCA	2	12	708463	708474	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017056	ATTACA	2	12	715215	715226	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_017056	ATTAAT	2	12	715744	715755	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017056	TGATTT	2	12	721743	721754	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017056	TAATAT	2	12	721878	721889	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017056	TAATTT	2	12	726111	726122	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017056	TATTTT	2	12	737182	737193	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017056	TATTAA	2	12	741276	741287	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017056	TTAATA	2	12	743580	743591	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017056	TGATAT	2	12	743602	743613	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017056	CAAAAA	2	12	744257	744268	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_017056	GATATT	2	12	746730	746741	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017056	GTAATT	2	12	747802	747813	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017056	TTATTT	2	12	763496	763507	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017056	AATAAG	2	12	772588	772599	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017056	GAAAAA	2	12	778484	778495	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017056	TTCAAT	2	12	793962	793973	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_017056	TTTTAA	2	12	795627	795638	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017056	AAAATA	2	12	797431	797442	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017056	AAAAAT	2	12	800025	800036	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017056	GTTTAT	2	12	800697	800708	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017056	TAATCT	2	12	823003	823014	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017056	GTACTT	2	12	831590	831601	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_017056	GTGTAT	2	12	831615	831626	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017056	ATATTT	2	12	832740	832751	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017056	TTTTTA	2	12	839572	839583	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017056	TACAAG	2	12	843223	843234	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_017056	ACTGAC	2	12	864513	864524	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017056	CACAAA	2	12	869859	869870	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_017056	ATTTTG	2	12	886494	886505	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017056	TTAGAT	2	12	892462	892473	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017056	TAATGA	2	12	896075	896086	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017056	GATTTA	2	12	898261	898272	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017056	GGTAAA	2	12	898848	898859	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017056	TCTTTT	2	12	921086	921097	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_017056	AATAGC	2	12	933343	933354	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_017056	TATGTT	2	12	934706	934717	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017056	AAGCTG	2	12	976581	976592	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_017056	TAAATA	2	12	982680	982691	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017056	TTTATT	2	12	985497	985508	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017056	ATCTGT	2	12	999261	999272	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_017056	ATTATC	2	12	1015050	1015061	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_017056	TTACTG	2	12	1034668	1034679	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_017056	AAATTT	2	12	1034957	1034968	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017056	TATTGT	2	12	1035149	1035160	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017056	TTCACT	2	12	1048580	1048591	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_017056	AAAAAT	2	12	1062318	1062329	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017056	TAACAA	2	12	1063985	1063996	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_017056	TTAAAG	2	12	1081885	1081896	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017056	AAGTAA	2	12	1093514	1093525	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017056	ATATTA	2	12	1094344	1094355	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017056	ATATAA	2	12	1099758	1099769	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017056	TTATTT	2	12	1100123	1100134	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017056	AACGTT	2	12	1105469	1105480	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_017056	TTCTTA	2	12	1105767	1105778	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_017056	TATAAA	2	12	1108396	1108407	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.