MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. BuV67-CWPP chromosome

Total Repeats: 418

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017056	ATTATA	2	12	326	337	50 %	50 %	0 %	0 %	383499257
2	NC_017056	AAAGTA	2	12	1128	1139	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383499258
3	NC_017056	TTTCTC	2	12	1421	1432	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383499259
4	NC_017056	ATGCTA	2	12	1654	1665	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383499259
5	NC_017056	CGATAT	2	12	5338	5349	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383499261
6	NC_017056	AAAATA	2	12	5541	5552	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383499261
7	NC_017056	ATATCT	2	12	8590	8601	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383499264
8	NC_017056	TTTTAT	2	12	10700	10711	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383499266
9	NC_017056	AGAAAA	2	12	10931	10942	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383499266
10	NC_017056	ATTAAA	2	12	11962	11973	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383499267
11	NC_017056	CTAATT	2	12	13554	13565	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383499269
12	NC_017056	CTATAT	2	12	14169	14180	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383499269
13	NC_017056	GAAGAT	2	12	16355	16366	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383499271
14	NC_017056	AATATA	2	12	17078	17089	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383499271
15	NC_017056	ATTTAA	2	12	18321	18332	50 %	50 %	0 %	0 %	383499272
16	NC_017056	AATTAT	2	12	18544	18555	50 %	50 %	0 %	0 %	383499272
17	NC_017056	TTTTGA	2	12	21358	21369	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383499274
18	NC_017056	TTTGTA	2	12	21497	21508	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383499274
19	NC_017056	TATCAA	2	12	22150	22161	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383499275
20	NC_017056	TTAGAA	2	12	23350	23361	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383499278
21	NC_017056	AAAAAT	2	12	24256	24267	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383499279
22	NC_017056	CATATA	2	12	25752	25763	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383499281
23	NC_017056	ATTTTT	2	12	35037	35048	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383499287
24	NC_017056	GTGAGC	2	12	40040	40051	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383499289
25	NC_017056	ATTCTT	2	12	40179	40190	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383499289
26	NC_017056	ATTTAT	2	12	42117	42128	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383499290
27	NC_017056	TGCAGC	2	12	53489	53500	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	383499300
28	NC_017056	ATAGTG	2	12	54722	54733	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383499301
29	NC_017056	AAAAAG	2	12	55550	55561	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383499301
30	NC_017056	CACTTG	2	12	56800	56811	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383499303
31	NC_017056	GAAAAA	2	12	56964	56975	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383499303
32	NC_017056	TAAAAT	2	12	60892	60903	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383499307
33	NC_017056	GAGTAG	2	12	62040	62051	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	383499307
34	NC_017056	ACTACA	2	12	65219	65230	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383499311
35	NC_017056	AGTAAA	2	12	69374	69385	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383499315
36	NC_017056	AATATT	2	12	73436	73447	50 %	50 %	0 %	0 %	383499318
37	NC_017056	TTGATT	2	12	74364	74375	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383499318
38	NC_017056	TCTTGC	2	12	74734	74745	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	383499318
39	NC_017056	GAAGCA	2	12	75340	75351	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383499319
40	NC_017056	TCAAGC	2	12	75486	75497	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383499319
41	NC_017056	CTATTA	2	12	77191	77202	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383499320
42	NC_017056	TAAAGG	2	12	77378	77389	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383499320
43	NC_017056	TTTTTA	2	12	80284	80295	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383499322
44	NC_017056	ACCTAT	2	12	85159	85170	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383499328
45	NC_017056	TATTTA	2	12	88162	88173	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383499331
46	NC_017056	AAATTA	2	12	98432	98443	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383499334
47	NC_017056	TAGCGG	2	12	100126	100137	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383499336
48	NC_017056	TCTTTT	2	12	100484	100495	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383499336
49	NC_017056	GGTATT	2	12	101225	101236	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	383499337
50	NC_017056	TTTAGT	2	12	102071	102082	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383499338
51	NC_017056	TGATTT	2	12	104879	104890	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383499340
52	NC_017056	TAAAAT	2	12	108635	108646	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383499344
53	NC_017056	AACTCT	2	12	109441	109452	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383499345
54	NC_017056	GGTGTT	2	12	111333	111344	0 %	50 %	50 %	0 %	383499346
55	NC_017056	TTGCTA	2	12	116996	117007	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383499351
56	NC_017056	AGATAG	2	12	117162	117173	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383499351
57	NC_017056	CATCTA	2	12	120120	120131	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383499352
58	NC_017056	TAATGC	2	12	122128	122139	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383499353
59	NC_017056	GTATCT	2	12	122489	122500	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383499353
60	NC_017056	TAAAAG	2	12	130064	130075	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383499355
61	NC_017056	GTATAG	2	12	130385	130396	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383499355
62	NC_017056	GATTTT	2	12	136019	136030	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383499361
63	NC_017056	GCTATG	2	12	136409	136420	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383499361
64	NC_017056	TTATAT	2	12	137438	137449	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383499362
65	NC_017056	CTTTTG	2	12	138566	138577	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383499363
66	NC_017056	AAAGAA	2	12	145559	145570	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383499369
67	NC_017056	GGTGAT	2	12	146674	146685	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383499370
68	NC_017056	TTAGAG	2	12	150752	150763	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383499375
69	NC_017056	AACTAC	2	12	154165	154176	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383499379
70	NC_017056	ATAAAA	2	12	155673	155684	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383499379
71	NC_017056	TTTTTA	2	12	156677	156688	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383499380
72	NC_017056	AGTTTC	2	12	157281	157292	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383499381
73	NC_017056	GCAGAA	2	12	159743	159754	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383499385
74	NC_017056	TTAAAA	2	12	161695	161706	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383499386
75	NC_017056	CTATTG	2	12	163543	163554	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383499386
76	NC_017056	AGTTTA	2	12	166696	166707	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383499387
77	NC_017056	ATCTTG	2	12	186192	186203	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383499401
78	NC_017056	AACATT	2	12	186294	186305	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383499401
79	NC_017056	TGATGG	2	12	190146	190157	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383499404
80	NC_017056	TATATT	2	12	190935	190946	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383499404
81	NC_017056	ATATTT	2	12	191545	191556	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383499404
82	NC_017056	TCCTTT	2	12	195458	195469	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383499408
83	NC_017056	TTTCTT	2	12	197314	197325	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383499411
84	NC_017056	AAATTA	2	12	198454	198465	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383499413
85	NC_017056	CACTAC	2	12	205641	205652	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	383499418
86	NC_017056	AAATTC	2	12	208827	208838	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383499419
87	NC_017056	AAAGCA	2	12	211118	211129	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383499420
88	NC_017056	ATTATA	2	12	211841	211852	50 %	50 %	0 %	0 %	383499421
89	NC_017056	GTATCT	2	12	213734	213745	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383499423
90	NC_017056	TTCTAC	2	12	216211	216222	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383499424
91	NC_017056	TTCTTT	2	12	220425	220436	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383499427
92	NC_017056	CTTCTC	2	12	221857	221868	0 %	50 %	0 %	50 %	383499428
93	NC_017056	TAATTG	2	12	224731	224742	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383499430
94	NC_017056	AAAGCA	2	12	227435	227446	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383499433
95	NC_017056	TTATTT	2	12	230747	230758	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383499436
96	NC_017056	TTAAAT	2	12	236457	236468	50 %	50 %	0 %	0 %	383499440
97	NC_017056	ATTGCA	2	12	249192	249203	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383499451
98	NC_017056	TTAAAG	2	12	252173	252184	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383499452
99	NC_017056	CGTAAC	2	12	252273	252284	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383499452
100	NC_017056	TGTATC	2	12	261392	261403	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383499456
101	NC_017056	TTTATT	2	12	261623	261634	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383499456
102	NC_017056	TAAAAA	2	12	261820	261831	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383499456
103	NC_017056	GAAAAT	2	12	262975	262986	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383499457
104	NC_017056	ATCATT	2	12	263384	263395	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383499457
105	NC_017056	CCTGAA	2	12	265998	266009	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383499458
106	NC_017056	TTTTGC	2	12	271233	271244	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383499462
107	NC_017056	GGGATA	2	12	275632	275643	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	383499465
108	NC_017056	GGCAAT	2	12	276640	276651	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	383499465
109	NC_017056	TTGTTC	2	12	278987	278998	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383499466
110	NC_017056	ACATTA	2	12	279304	279315	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383499466
111	NC_017056	TTGTAA	2	12	279476	279487	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383499467
112	NC_017056	TCACTA	2	12	280777	280788	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383499468
113	NC_017056	AATGAA	2	12	282921	282932	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383499470
114	NC_017056	CTTTAG	2	12	283738	283749	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383499470
115	NC_017056	AATAAA	2	12	284073	284084	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383499470
116	NC_017056	GAAGTA	2	12	285263	285274	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383499471
117	NC_017056	ATTGCT	2	12	285785	285796	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383499471
118	NC_017056	TTTTAC	2	12	286936	286947	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383499472
119	NC_017056	CAAGAT	2	12	288444	288455	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383499473
120	NC_017056	TTAATA	2	12	288499	288510	50 %	50 %	0 %	0 %	383499473
121	NC_017056	GAACAA	2	12	290066	290077	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383499474
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.