MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. BuV67-CWPP chromosome

Total Repeats: 413

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017056	TGACT	2	10	8807	8816	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017056	GATAC	2	10	8991	9000	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017056	ATTTA	2	10	9350	9359	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017056	TAAAC	2	10	14654	14663	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017056	ATTTA	2	10	19324	19333	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017056	AGTTT	2	10	19522	19531	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017056	TATAA	2	10	19755	19764	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017056	AATCT	2	10	20567	20576	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017056	TTGAG	2	10	28487	28496	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017056	ATTTT	2	10	29208	29217	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017056	TATTT	2	10	29784	29793	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017056	ATATT	2	10	31070	31079	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017056	ATTAA	2	10	31702	31711	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017056	CTTAA	2	10	32056	32065	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017056	ATTTA	2	10	32193	32202	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017056	GTATT	2	10	41428	41437	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017056	TTTAA	2	10	44147	44156	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017056	AATTG	2	10	46059	46068	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017056	AAATT	2	10	50902	50911	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017056	AATAT	2	10	54158	54167	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017056	ATATT	2	10	69962	69971	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017056	TAACA	2	10	70263	70272	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017056	AATGA	2	10	70305	70314	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017056	ACAAA	2	10	71907	71916	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017056	TTAAT	2	10	74818	74827	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017056	ATATA	2	10	79634	79643	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017056	TTGTA	2	10	79755	79764	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017056	AAAAT	2	10	80522	80531	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017056	TTAAT	2	10	88052	88061	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017056	TTATT	2	10	89073	89082	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017056	TTAAC	2	10	89097	89106	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017056	ATATT	2	10	89340	89349	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017056	TCTTT	2	10	90180	90189	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017056	TTTAA	2	10	90591	90600	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017056	TCCTT	2	10	91065	91074	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_017056	ATTGT	2	10	91143	91152	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017056	TACTT	2	10	93562	93571	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017056	TTATG	2	10	94493	94502	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017056	TTATG	2	10	96424	96433	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017056	AGTTA	2	10	96465	96474	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017056	TCTAT	2	10	98537	98546	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017056	TTAAT	2	10	109892	109901	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017056	ATTTT	2	10	109946	109955	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017056	TTATT	2	10	110115	110124	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017056	AGTAG	2	10	111887	111896	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017056	CACTA	2	10	112148	112157	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_017056	AATAC	2	10	112292	112301	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017056	GTAAT	2	10	113870	113879	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017056	TGTAT	2	10	135488	135497	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017056	TATGT	2	10	141778	141787	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017056	ATTAA	2	10	142029	142038	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017056	TAAGC	2	10	148489	148498	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017056	TAAAT	2	10	148510	148519	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017056	TGAAA	2	10	149863	149872	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017056	TTAAG	2	10	150399	150408	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017056	ATTAA	2	10	159940	159949	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017056	ATATT	2	10	160479	160488	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017056	TTCAT	2	10	172444	172453	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017056	AAGAT	2	10	175018	175027	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017056	ATTAT	2	10	175483	175492	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017056	TAAAA	2	10	176664	176673	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017056	TATTT	2	10	184024	184033	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017056	ATGTA	2	10	189389	189398	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017056	TAATA	2	10	201949	201958	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017056	AATTT	2	10	203399	203408	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017056	AACTT	2	10	205500	205509	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017056	ATTAA	2	10	207741	207750	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017056	AAATC	2	10	209618	209627	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017056	ATATT	2	10	209814	209823	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017056	TAAAA	2	10	209979	209988	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017056	ATTTT	2	10	210211	210220	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017056	ATGTG	2	10	226644	226653	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017056	ATAAA	2	10	229936	229945	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017056	TATCA	2	10	231313	231322	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017056	ATATG	2	10	233790	233799	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017056	TAAAA	2	10	234450	234459	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017056	AATTA	2	10	237448	237457	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017056	ATATA	2	10	237514	237523	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017056	ATTAT	2	10	237536	237545	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017056	ACTAA	2	10	237595	237604	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017056	ATTGC	2	10	238036	238045	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017056	TATAA	2	10	238211	238220	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017056	AATGT	2	10	238582	238591	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017056	TAGTA	2	10	239034	239043	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017056	AACAA	2	10	244463	244472	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017056	CTAAA	2	10	250046	250055	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017056	TTTAA	2	10	250064	250073	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017056	AAATT	2	10	250544	250553	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017056	ATTTA	2	10	250660	250669	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017056	ATTTT	2	10	255224	255233	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017056	ATCCC	2	10	260915	260924	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
92	NC_017056	TGCAA	2	10	261000	261009	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017056	TTTGT	2	10	262317	262326	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017056	ATATA	2	10	264762	264771	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017056	ACCAT	2	10	265316	265325	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_017056	AGTAA	2	10	265362	265371	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017056	CATTT	2	10	271478	271487	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017056	TAAAG	2	10	273816	273825	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017056	GTAAT	2	10	274153	274162	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017056	TGATA	2	10	274245	274254	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017056	ATTTC	2	10	274667	274676	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017056	TAATA	2	10	277307	277316	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017056	AAAAG	2	10	278945	278954	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017056	ATTAA	2	10	280722	280731	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017056	TAGTT	2	10	284551	284560	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017056	TAGAA	2	10	289737	289746	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017056	TAATT	2	10	294824	294833	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017056	ATAAG	2	10	303487	303496	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017056	TGCAA	2	10	308034	308043	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017056	TATAA	2	10	310456	310465	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017056	AAATA	2	10	310497	310506	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017056	TTATG	2	10	312279	312288	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017056	ATATA	2	10	316184	316193	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017056	AATAA	2	10	317699	317708	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017056	ATTTA	2	10	321939	321948	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017056	TATAA	2	10	325509	325518	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017056	TAATA	2	10	325703	325712	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017056	CAATA	2	10	332775	332784	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017056	AAATA	2	10	332933	332942	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017056	TATAA	2	10	332998	333007	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017056	ATTTG	2	10	336035	336044	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017056	TAAAC	2	10	339005	339014	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017056	AAATT	2	10	339285	339294	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017056	CATAA	2	10	341475	341484	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017056	AAATA	2	10	342101	342110	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017056	TTATT	2	10	346053	346062	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017056	TTAAT	2	10	353311	353320	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017056	CTATT	2	10	361893	361902	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017056	AATAT	2	10	368227	368236	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017056	ATATC	2	10	369676	369685	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017056	AATAA	2	10	369993	370002	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017056	TAATT	2	10	375591	375600	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017056	CATTA	2	10	380075	380084	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017056	ACATA	2	10	380194	380203	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017056	AATAA	2	10	382768	382777	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017056	TACAA	2	10	396262	396271	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017056	TACAC	2	10	397537	397546	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_017056	TAGAT	2	10	397835	397844	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017056	TTGTA	2	10	399965	399974	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017056	CATTA	2	10	402368	402377	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017056	GATAT	2	10	402521	402530	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017056	TGATA	2	10	404010	404019	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017056	TTATT	2	10	408004	408013	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017056	AATAA	2	10	408164	408173	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017056	TATGG	2	10	422269	422278	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017056	TCTAT	2	10	432220	432229	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_017056	ATGAT	2	10	432334	432343	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017056	TTAAT	2	10	441638	441647	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017056	ATATT	2	10	443013	443022	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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152	NC_017056	GTACT	2	10	449917	449926	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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154	NC_017056	TATAA	2	10	450839	450848	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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169	NC_017056	TGTAA	2	10	506754	506763	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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174	NC_017056	TAATT	2	10	509477	509486	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_017056	TAAAT	2	10	544628	544637	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_017056	ATACT	2	10	544797	544806	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
188	NC_017056	GACAA	2	10	548949	548958	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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191	NC_017056	TAAAT	2	10	563823	563832	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_017056	TTTTA	2	10	564578	564587	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.