MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Rickettsia rhipicephali str. 3-7-female6-CWPP plasmid pMCC_1

Total Repeats: 55

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017055	ACAG	2	8	41	48	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017055	AGAA	2	8	192	199	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017055	AAGA	2	8	716	723	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017055	GCGA	2	8	992	999	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_017055	AGCG	2	8	1265	1272	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_017055	GAAA	2	8	1367	1374	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017055	AGCA	2	8	1891	1898	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_017055	AAAG	2	8	2043	2050	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017055	TATG	2	8	2330	2337	25 %	50 %	25 %	0 %	381356296
10	NC_017055	TTAT	2	8	2356	2363	25 %	75 %	0 %	0 %	381356296
11	NC_017055	AAAT	2	8	2891	2898	75 %	25 %	0 %	0 %	381356296
12	NC_017055	AACT	2	8	3800	3807	50 %	25 %	0 %	25 %	381356296
13	NC_017055	GATA	2	8	4004	4011	50 %	25 %	25 %	0 %	381356296
14	NC_017055	TATT	2	8	4085	4092	25 %	75 %	0 %	0 %	381356296
15	NC_017055	TGTA	2	8	4311	4318	25 %	50 %	25 %	0 %	381356296
16	NC_017055	TGAT	2	8	4320	4327	25 %	50 %	25 %	0 %	381356296
17	NC_017055	CATT	2	8	4417	4424	25 %	50 %	0 %	25 %	381356296
18	NC_017055	AAAC	2	8	4675	4682	75 %	0 %	0 %	25 %	381356296
19	NC_017055	TAAA	2	8	4724	4731	75 %	25 %	0 %	0 %	381356296
20	NC_017055	TTAT	2	8	5462	5469	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017055	TATT	2	8	5921	5928	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017055	AAAG	2	8	6046	6053	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017055	AAAT	2	8	6065	6072	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017055	TTAA	2	8	6450	6457	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017055	AGTT	2	8	6531	6538	25 %	50 %	25 %	0 %	381356298
26	NC_017055	TAGA	2	8	6692	6699	50 %	25 %	25 %	0 %	381356298
27	NC_017055	ATGG	2	8	6874	6881	25 %	25 %	50 %	0 %	381356298
28	NC_017055	TTTA	2	8	7469	7476	25 %	75 %	0 %	0 %	381356299
29	NC_017055	TAGC	2	8	7495	7502	25 %	25 %	25 %	25 %	381356299
30	NC_017055	TCTT	2	8	7862	7869	0 %	75 %	0 %	25 %	381356299
31	NC_017055	GCTC	2	8	8194	8201	0 %	25 %	25 %	50 %	381356299
32	NC_017055	TACC	2	8	8675	8682	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_017055	TACA	2	8	8969	8976	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_017055	TTTA	2	8	9565	9572	25 %	75 %	0 %	0 %	381356302
35	NC_017055	TGAT	2	8	9576	9583	25 %	50 %	25 %	0 %	381356302
36	NC_017055	TTCA	2	8	9669	9676	25 %	50 %	0 %	25 %	381356302
37	NC_017055	ATTT	2	8	9751	9758	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017055	TATT	2	8	10626	10633	25 %	75 %	0 %	0 %	381356303
39	NC_017055	ATAC	2	8	10634	10641	50 %	25 %	0 %	25 %	381356303
40	NC_017055	TCAT	2	8	11388	11395	25 %	50 %	0 %	25 %	381356303
41	NC_017055	ATTA	2	8	11630	11637	50 %	50 %	0 %	0 %	381356304
42	NC_017055	TTAT	2	8	12367	12374	25 %	75 %	0 %	0 %	381356305
43	NC_017055	GTAG	2	8	12724	12731	25 %	25 %	50 %	0 %	381356305
44	NC_017055	ACAT	2	8	12859	12866	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_017055	CCTC	2	8	13078	13085	0 %	25 %	0 %	75 %	381356306
46	NC_017055	ATTA	2	8	13486	13493	50 %	50 %	0 %	0 %	381356307
47	NC_017055	CTTC	2	8	13517	13524	0 %	50 %	0 %	50 %	381356307
48	NC_017055	CTTT	2	8	13754	13761	0 %	75 %	0 %	25 %	381356307
49	NC_017055	AAGA	2	8	13898	13905	75 %	0 %	25 %	0 %	381356307
50	NC_017055	ACAT	2	8	13957	13964	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_017055	ACAT	2	8	13995	14002	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_017055	TAAA	2	8	14272	14279	75 %	25 %	0 %	0 %	381356308
53	NC_017055	TTGA	2	8	14347	14354	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017055	AATC	2	8	14528	14535	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_017055	ATCT	2	8	14665	14672	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.