MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Rickettsia rhipicephali str. 3-7-female6-CWPP plasmid pMCC_1

Total Repeats: 235

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017055	TAA	2	6	16	21	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017055	ACA	2	6	60	65	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017055	TAA	2	6	151	156	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017055	CTT	2	6	174	179	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017055	AGA	2	6	244	249	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017055	TAA	2	6	250	255	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017055	TTA	2	6	258	263	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017055	ATG	2	6	291	296	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017055	TCT	2	6	337	342	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017055	TAA	2	6	354	359	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017055	CAA	2	6	395	400	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017055	TAA	2	6	415	420	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017055	CCT	2	6	470	475	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_017055	TAT	2	6	526	531	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017055	TTC	2	6	583	588	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_017055	GAA	2	6	605	610	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017055	TTC	2	6	673	678	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017055	GTT	2	6	702	707	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017055	TTG	2	6	777	782	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017055	CTT	2	6	964	969	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017055	ACA	2	6	1028	1033	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017055	AGA	3	9	1143	1151	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017055	CAA	2	6	1219	1224	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017055	AGC	2	6	1293	1298	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017055	TTA	2	6	1324	1329	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017055	AGG	2	6	1335	1340	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017055	AGA	2	6	1342	1347	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017055	GGA	2	6	1351	1356	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017055	GAA	2	6	1385	1390	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017055	GGA	2	6	1469	1474	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017055	GAA	2	6	1565	1570	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017055	GTA	2	6	1571	1576	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017055	CAA	2	6	1620	1625	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017055	TAA	2	6	1648	1653	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017055	TCC	2	6	1780	1785	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_017055	AAG	2	6	1800	1805	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017055	TAA	2	6	1818	1823	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017055	AGT	2	6	1899	1904	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017055	ATC	2	6	1943	1948	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017055	GAT	2	6	1982	1987	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017055	TCA	2	6	2095	2100	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_017055	ATA	2	6	2104	2109	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017055	GAA	2	6	2122	2127	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017055	CAT	2	6	2138	2143	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_017055	ATC	2	6	2460	2465	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
46	NC_017055	TTC	2	6	2508	2513	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356296
47	NC_017055	TAT	2	6	2525	2530	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
48	NC_017055	CAT	2	6	2612	2617	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
49	NC_017055	AAT	2	6	2618	2623	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
50	NC_017055	ATT	2	6	2754	2759	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
51	NC_017055	TCA	2	6	2849	2854	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
52	NC_017055	TTC	2	6	2856	2861	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356296
53	NC_017055	TCA	2	6	2881	2886	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
54	NC_017055	TAA	2	6	2906	2911	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
55	NC_017055	TCT	2	6	2937	2942	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356296
56	NC_017055	ACT	2	6	2964	2969	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
57	NC_017055	TGT	2	6	2978	2983	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
58	NC_017055	TAT	2	6	2987	2992	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
59	NC_017055	AAT	2	6	3022	3027	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
60	NC_017055	TAC	2	6	3035	3040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
61	NC_017055	TGT	2	6	3047	3052	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
62	NC_017055	TAT	2	6	3056	3061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
63	NC_017055	AAT	2	6	3091	3096	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
64	NC_017055	TAC	2	6	3104	3109	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
65	NC_017055	TGT	2	6	3116	3121	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
66	NC_017055	TAT	2	6	3125	3130	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
67	NC_017055	AAT	2	6	3160	3165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
68	NC_017055	TAC	2	6	3173	3178	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
69	NC_017055	TGT	2	6	3185	3190	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
70	NC_017055	TAT	2	6	3194	3199	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
71	NC_017055	AAT	2	6	3229	3234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
72	NC_017055	TAC	2	6	3242	3247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
73	NC_017055	TGT	2	6	3254	3259	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
74	NC_017055	TAT	2	6	3263	3268	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
75	NC_017055	AAT	2	6	3298	3303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
76	NC_017055	TAC	2	6	3311	3316	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
77	NC_017055	TGT	2	6	3323	3328	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
78	NC_017055	TAT	2	6	3332	3337	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
79	NC_017055	AAT	2	6	3367	3372	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
80	NC_017055	TAC	2	6	3380	3385	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
81	NC_017055	TGT	2	6	3392	3397	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	381356296
82	NC_017055	TAT	2	6	3401	3406	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
83	NC_017055	AAT	2	6	3436	3441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
84	NC_017055	CTA	2	6	3499	3504	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
85	NC_017055	GGA	2	6	3505	3510	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	381356296
86	NC_017055	ATT	2	6	3525	3530	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
87	NC_017055	GTA	2	6	3607	3612	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356296
88	NC_017055	ATG	2	6	3651	3656	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356296
89	NC_017055	TTA	2	6	3676	3681	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
90	NC_017055	GAT	2	6	3736	3741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356296
91	NC_017055	TAT	2	6	3794	3799	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
92	NC_017055	CTT	2	6	3810	3815	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356296
93	NC_017055	ATA	2	6	3984	3989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
94	NC_017055	TAT	2	6	4056	4061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
95	NC_017055	TAG	2	6	4112	4117	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356296
96	NC_017055	TAC	2	6	4121	4126	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356296
97	NC_017055	ATT	2	6	4185	4190	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
98	NC_017055	TAT	2	6	4302	4307	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
99	NC_017055	ATT	2	6	4329	4334	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
100	NC_017055	TAA	2	6	4349	4354	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
101	NC_017055	ATA	2	6	4383	4388	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
102	NC_017055	ATA	2	6	4453	4458	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
103	NC_017055	TAA	2	6	4592	4597	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
104	NC_017055	ATT	2	6	4801	4806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
105	NC_017055	TAA	2	6	4812	4817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
106	NC_017055	TTA	2	6	4829	4834	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
107	NC_017055	TTC	2	6	4959	4964	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356296
108	NC_017055	TAA	2	6	5033	5038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356296
109	NC_017055	TTA	2	6	5095	5100	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356296
110	NC_017055	ATG	2	6	5157	5162	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356296
111	NC_017055	ATG	2	6	5203	5208	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	381356296
112	NC_017055	ACA	2	6	5375	5380	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_017055	AGG	2	6	5391	5396	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017055	AGT	2	6	5422	5427	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017055	TAA	2	6	5449	5454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017055	TAC	2	6	5600	5605	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017055	CTT	2	6	5678	5683	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356297
118	NC_017055	TGC	2	6	5706	5711	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	381356297
119	NC_017055	CAC	2	6	5757	5762	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	381356297
120	NC_017055	TCT	2	6	5801	5806	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	381356297
121	NC_017055	ATC	2	6	5854	5859	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_017055	TAA	2	6	6055	6060	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017055	CTT	2	6	6121	6126	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_017055	TGT	2	6	6374	6379	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017055	TTA	2	6	6401	6406	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017055	GGC	2	6	6619	6624	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	381356298
127	NC_017055	AAG	2	6	6627	6632	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381356298
128	NC_017055	AAG	2	6	6919	6924	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	381356298
129	NC_017055	AGA	2	6	7216	7221	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017055	ATT	2	6	7331	7336	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	381356299
131	NC_017055	TCA	2	6	7419	7424	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356299
132	NC_017055	TAC	2	6	7591	7596	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356299
133	NC_017055	CAT	2	6	7670	7675	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356299
134	NC_017055	TCA	3	9	7701	7709	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356299
135	NC_017055	CAA	2	6	7726	7731	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	381356299
136	NC_017055	AAT	2	6	7779	7784	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	381356299
137	NC_017055	TAC	2	6	7829	7834	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	381356299
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235	NC_017055	ATA	2	6	14937	14942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.