MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. Dachau chromosome

Total Repeats: 151

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017051	ATCTAA	2	12	19410	19421	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017051	AAAAAT	2	12	24262	24273	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017051	TACTAG	2	12	29585	29596	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017051	CTACGT	2	12	29774	29785	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017051	AGAAAC	2	12	29826	29837	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_017051	AATAAG	2	12	32592	32603	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017051	TTTAAT	2	12	37526	37537	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017051	CTTTGT	2	12	44600	44611	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017051	ATAAAA	2	12	52914	52925	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017051	AATATT	2	12	140840	140851	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017051	ATAATT	2	12	151238	151249	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017051	TAGAGA	2	12	151776	151787	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017051	TATGTA	2	12	171200	171211	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017051	ATCTCC	2	12	174513	174524	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_017051	TAAAAT	2	12	182668	182679	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017051	TTTAAT	2	12	189996	190007	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017051	TCACAA	2	12	191416	191427	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017051	TTAATA	2	12	194959	194970	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017051	TGAAGA	2	12	195586	195597	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017051	TCTTAA	2	12	201756	201767	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017051	AATTCA	2	12	207860	207871	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017051	ACTATA	2	12	208042	208053	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_017051	AATCTT	2	12	224663	224674	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017051	TTTCTT	2	12	231533	231544	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_017051	GCAATT	2	12	232867	232878	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017051	TAAAAA	2	12	235831	235842	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017051	GTAAAG	2	12	237030	237041	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017051	AAATAA	2	12	245874	245885	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017051	CAATTA	2	12	248209	248220	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017051	AGTAAA	2	12	252665	252676	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017051	TAAAAT	2	12	255848	255859	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017051	CAACTG	2	12	260679	260690	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017051	GATTTT	2	12	262636	262647	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017051	TCAGGA	2	12	265954	265965	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017051	TTGCAA	2	12	268691	268702	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_017051	AAAATA	2	12	269714	269725	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017051	TTACTA	2	12	275967	275978	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017051	TTATAA	2	12	301643	301654	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017051	AAGGAT	2	12	309226	309237	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017051	AATTTA	2	12	311148	311159	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017051	TTAATT	2	12	311411	311422	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017051	ATAATT	2	12	311758	311769	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017051	TAAAAT	2	12	321655	321666	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017051	TTTATT	2	12	328570	328581	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017051	ATTTTT	2	12	332459	332470	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017051	GCATTA	2	12	334302	334313	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017051	GTAAAA	2	12	337328	337339	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017051	ATATTT	2	12	339629	339640	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017051	CACTTT	2	12	340908	340919	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017051	TCAATA	2	12	349506	349517	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_017051	TAAAAT	2	12	351580	351591	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017051	TCAGTA	2	12	360018	360029	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_017051	TATCTA	2	12	366340	366351	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017051	TATTAG	2	12	368201	368212	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017051	AATTTT	2	12	373616	373627	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017051	CATTAT	2	12	421023	421034	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017051	AGAAAA	2	12	423263	423274	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017051	TTACTA	2	12	427769	427780	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_017051	AATTTA	2	12	428599	428610	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017051	ATCATG	2	12	428843	428854	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_017051	ATATCT	2	12	435459	435470	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017051	TTAATT	2	12	444078	444089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017051	ATTTTA	2	12	444686	444697	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017051	TTAGTA	3	18	448245	448262	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017051	TTTTTA	2	12	449602	449613	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017051	TCTATT	2	12	480685	480696	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017051	ATTTAG	2	12	481972	481983	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017051	TAAATA	2	12	482764	482775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017051	TTTATG	2	12	489047	489058	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017051	TCTATT	2	12	489078	489089	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_017051	TATTTT	2	12	502579	502590	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017051	ATTTTT	2	12	506027	506038	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017051	TTTTAT	2	12	521442	521453	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017051	AAATTT	2	12	530577	530588	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017051	TTTATA	2	12	542694	542705	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017051	GCAAAA	2	12	552635	552646	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_017051	CATTAA	2	12	553074	553085	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017051	ATACAG	2	12	561939	561950	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_017051	AATAAA	2	12	568000	568011	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017051	AAAGCA	2	12	578355	578366	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_017051	TCTATT	2	12	602314	602325	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_017051	ATTTTG	2	12	607242	607253	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017051	CATAAT	2	12	612102	612113	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017051	TTTAAA	2	12	627726	627737	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017051	ATTTAG	2	12	628598	628609	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017051	GAAATA	2	12	640249	640260	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017051	AAAATA	2	12	666701	666712	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017051	TGGTAT	2	12	667093	667104	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017051	TCAATT	2	12	678718	678729	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_017051	TTTTAA	2	12	687104	687115	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017051	TCAGAT	2	12	689280	689291	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_017051	TAAAAC	2	12	689690	689701	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_017051	GGAGTA	2	12	700029	700040	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017051	ACATCA	2	12	706629	706640	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_017051	ATTACA	2	12	713381	713392	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_017051	ATTAAT	2	12	713910	713921	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017051	TGATTT	2	12	719904	719915	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017051	TAATAT	2	12	720039	720050	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017051	TAATTT	2	12	724272	724283	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017051	TATTTT	2	12	735342	735353	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017051	TATTAA	2	12	739437	739448	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017051	TTAATA	2	12	741741	741752	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017051	TGATAT	2	12	741763	741774	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017051	CAAAAA	2	12	742418	742429	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_017051	GATATT	2	12	744867	744878	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017051	GTAATT	2	12	745939	745950	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017051	TTATTT	2	12	761634	761645	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017051	AATAAG	2	12	770725	770736	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017051	GAAAAA	2	12	776621	776632	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017051	TTCAAT	2	12	792099	792110	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_017051	TTTTAA	2	12	793764	793775	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017051	AAAATA	2	12	795570	795581	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017051	AAAAAT	2	12	798164	798175	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017051	GTTTAT	2	12	798836	798847	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017051	TAATCT	2	12	821146	821157	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_017051	GTACTT	2	12	829733	829744	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_017051	GTGTAT	2	12	829758	829769	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017051	ATATTT	2	12	830883	830894	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017051	TTTTTA	2	12	837715	837726	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017051	TACAAG	2	12	841366	841377	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_017051	ACTGAC	2	12	861856	861867	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_017051	AAATTT	2	12	867140	867151	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017051	CACAAA	2	12	867200	867211	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_017051	ATTTTG	2	12	883834	883845	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017051	TTAGAT	2	12	889802	889813	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017051	TAATGA	2	12	893415	893426	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017051	GATTTA	2	12	895601	895612	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017051	GGTAAA	2	12	896188	896199	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017051	GAAGCA	2	12	896771	896782	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_017051	TCTTTT	2	12	918674	918685	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_017051	AATAGC	2	12	930932	930943	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_017051	TATGTT	2	12	932295	932306	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017051	AAGCTG	2	12	974183	974194	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_017051	TAAATA	2	12	980282	980293	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017051	TTTATT	2	12	983099	983110	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017051	ATCTGT	2	12	996863	996874	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_017051	ATTATC	2	12	1012652	1012663	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_017051	TTACTG	2	12	1032272	1032283	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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140	NC_017051	TATTGT	2	12	1032753	1032764	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.