MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. Dachau chromosome

Total Repeats: 413

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017051	ATTATA	2	12	326	337	50 %	50 %	0 %	0 %	383489124
2	NC_017051	AAAGTA	2	12	1128	1139	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383489125
3	NC_017051	TTTCTC	2	12	1421	1432	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383489126
4	NC_017051	ATGCTA	2	12	1654	1665	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383489126
5	NC_017051	CTAATA	2	12	4443	4454	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383489128
6	NC_017051	CGATAT	2	12	5338	5349	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383489128
7	NC_017051	AAAATA	2	12	5541	5552	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383489128
8	NC_017051	ATATCT	2	12	8591	8602	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383489131
9	NC_017051	TTTTAT	2	12	10701	10712	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383489133
10	NC_017051	AGAAAA	2	12	10932	10943	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383489133
11	NC_017051	ATTAAA	2	12	11963	11974	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383489134
12	NC_017051	CTAATT	2	12	13555	13566	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383489136
13	NC_017051	CTATAT	2	12	14170	14181	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383489136
14	NC_017051	GAAGAT	2	12	16362	16373	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383489138
15	NC_017051	AATATA	2	12	17085	17096	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383489138
16	NC_017051	ATTTAA	2	12	18328	18339	50 %	50 %	0 %	0 %	383489139
17	NC_017051	AATTAT	2	12	18551	18562	50 %	50 %	0 %	0 %	383489139
18	NC_017051	TTTTGA	2	12	21363	21374	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383489141
19	NC_017051	TTTGTA	2	12	21502	21513	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383489141
20	NC_017051	TATCAA	2	12	22155	22166	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383489142
21	NC_017051	TTAGAA	2	12	23355	23366	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383489145
22	NC_017051	CATATA	2	12	25758	25769	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383489147
23	NC_017051	ATTTTT	2	12	35043	35054	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383489153
24	NC_017051	GTGAGC	2	12	40046	40057	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383489155
25	NC_017051	ATTCTT	2	12	40185	40196	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383489155
26	NC_017051	ATTTAT	2	12	42123	42134	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383489156
27	NC_017051	TGCAGC	2	12	53495	53506	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	383489166
28	NC_017051	ATAGTG	2	12	54728	54739	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383489167
29	NC_017051	AAAAAG	2	12	55556	55567	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383489167
30	NC_017051	CACTTG	2	12	56806	56817	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383489169
31	NC_017051	GAAAAA	2	12	56970	56981	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383489169
32	NC_017051	TAAAAT	2	12	60897	60908	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383489173
33	NC_017051	GAGTAG	2	12	62045	62056	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	383489173
34	NC_017051	ACTACA	2	12	65224	65235	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383489177
35	NC_017051	AGTAAA	2	12	69379	69390	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383489181
36	NC_017051	AATATT	2	12	73441	73452	50 %	50 %	0 %	0 %	383489184
37	NC_017051	TTGATT	2	12	74369	74380	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383489184
38	NC_017051	TCTTGC	2	12	74739	74750	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	383489184
39	NC_017051	GAAGCA	2	12	75345	75356	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383489185
40	NC_017051	TCAAGC	2	12	75491	75502	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383489185
41	NC_017051	CTATTA	2	12	77196	77207	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383489186
42	NC_017051	TAAAGG	2	12	77383	77394	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383489186
43	NC_017051	TTTTTA	2	12	80289	80300	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383489188
44	NC_017051	ACCTAT	2	12	85165	85176	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383489193
45	NC_017051	TATTTA	2	12	88168	88179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383489196
46	NC_017051	AAATTA	2	12	96626	96637	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383489199
47	NC_017051	TAGCGG	2	12	98320	98331	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383489201
48	NC_017051	TCTTTT	2	12	98678	98689	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383489201
49	NC_017051	GGTATT	2	12	99419	99430	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	383489202
50	NC_017051	TTTAGT	2	12	100265	100276	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383489203
51	NC_017051	TGATTT	2	12	103073	103084	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383489205
52	NC_017051	TAAAAT	2	12	106829	106840	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383489209
53	NC_017051	AACTCT	2	12	107635	107646	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383489210
54	NC_017051	GGTGTT	2	12	109527	109538	0 %	50 %	50 %	0 %	383489211
55	NC_017051	TTGCTA	2	12	115190	115201	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383489216
56	NC_017051	AGATAG	2	12	115356	115367	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383489216
57	NC_017051	CATCTA	2	12	118314	118325	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383489217
58	NC_017051	TAATGC	2	12	120322	120333	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383489218
59	NC_017051	GTATCT	2	12	120683	120694	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383489218
60	NC_017051	TAAAAG	2	12	128258	128269	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383489220
61	NC_017051	GTATAG	2	12	128579	128590	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383489220
62	NC_017051	GATTTT	2	12	134213	134224	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383489226
63	NC_017051	GCTATG	2	12	134603	134614	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383489226
64	NC_017051	TTATAT	2	12	135632	135643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383489227
65	NC_017051	CTTTTG	2	12	136760	136771	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383489228
66	NC_017051	AAAGAA	2	12	143754	143765	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383489234
67	NC_017051	GGTGAT	2	12	144869	144880	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383489235
68	NC_017051	TTAGAG	2	12	148947	148958	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383489240
69	NC_017051	AACTAC	2	12	152360	152371	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383489244
70	NC_017051	ATAAAA	2	12	153868	153879	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383489244
71	NC_017051	TTTTTA	2	12	154872	154883	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383489245
72	NC_017051	AGTTTC	2	12	155476	155487	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383489246
73	NC_017051	GCAGAA	2	12	157938	157949	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383489250
74	NC_017051	TTAAAA	2	12	159890	159901	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383489251
75	NC_017051	CTATTG	2	12	161738	161749	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383489251
76	NC_017051	AGTTTA	2	12	164891	164902	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383489252
77	NC_017051	ATCTTG	2	12	184386	184397	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383489266
78	NC_017051	AACATT	2	12	184488	184499	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383489266
79	NC_017051	TGATGG	2	12	188340	188351	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383489269
80	NC_017051	TATATT	2	12	189129	189140	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383489269
81	NC_017051	ATATTT	2	12	189739	189750	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383489269
82	NC_017051	TCCTTT	2	12	193652	193663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383489273
83	NC_017051	TTTCTT	2	12	195508	195519	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383489276
84	NC_017051	AAATTA	2	12	196648	196659	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383489278
85	NC_017051	CACTAC	2	12	203835	203846	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	383489283
86	NC_017051	AAATTC	2	12	207021	207032	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383489284
87	NC_017051	AAAGCA	2	12	209312	209323	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383489285
88	NC_017051	ATTATA	2	12	210035	210046	50 %	50 %	0 %	0 %	383489286
89	NC_017051	GTATCT	2	12	211928	211939	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383489288
90	NC_017051	TTCTAC	2	12	214405	214416	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383489289
91	NC_017051	TTCTTT	2	12	218620	218631	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383489291
92	NC_017051	CTTCTC	2	12	220052	220063	0 %	50 %	0 %	50 %	383489292
93	NC_017051	TAATTG	2	12	222926	222937	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383489294
94	NC_017051	AAAGCA	2	12	225631	225642	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383489297
95	NC_017051	TTATTT	2	12	228943	228954	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383489300
96	NC_017051	TTAAAT	2	12	234671	234682	50 %	50 %	0 %	0 %	383489304
97	NC_017051	ATTGCA	2	12	247406	247417	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383489315
98	NC_017051	TTAAAG	2	12	250378	250389	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383489316
99	NC_017051	CGTAAC	2	12	250478	250489	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383489316
100	NC_017051	TGTATC	2	12	259597	259608	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383489320
101	NC_017051	TTTATT	2	12	259828	259839	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383489320
102	NC_017051	TAAAAA	2	12	260025	260036	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383489320
103	NC_017051	GAAAAT	2	12	261180	261191	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383489321
104	NC_017051	ATCATT	2	12	261589	261600	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383489321
105	NC_017051	CCTGAA	2	12	264203	264214	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383489322
106	NC_017051	TTTTGC	2	12	269438	269449	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383489326
107	NC_017051	GGGATA	2	12	273834	273845	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	383489329
108	NC_017051	GGCAAT	2	12	274842	274853	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	383489329
109	NC_017051	TTGTTC	2	12	277176	277187	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383489330
110	NC_017051	ACATTA	2	12	277493	277504	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383489330
111	NC_017051	TTGTAA	2	12	277665	277676	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383489331
112	NC_017051	TCACTA	2	12	278966	278977	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383489332
113	NC_017051	AATGAA	2	12	281110	281121	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383489334
114	NC_017051	CTTTAG	2	12	281927	281938	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383489334
115	NC_017051	AATAAA	2	12	282262	282273	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383489334
116	NC_017051	GAAGTA	2	12	283452	283463	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383489335
117	NC_017051	ATTGCT	2	12	283974	283985	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383489335
118	NC_017051	TTTTAC	2	12	285125	285136	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383489336
119	NC_017051	CAAGAT	2	12	286633	286644	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383489337
120	NC_017051	TTAATA	2	12	286688	286699	50 %	50 %	0 %	0 %	383489337
121	NC_017051	GAACAA	2	12	288255	288266	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383489338
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.