MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rickettsia prowazekii str. Katsinyian chromosome

Total Repeats: 561

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017050	ATTATA	2	12	326	337	50 %	50 %	0 %	0 %	383488279
2	NC_017050	AAAGTA	2	12	1128	1139	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383488280
3	NC_017050	TTTCTC	2	12	1421	1432	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383488281
4	NC_017050	ATGCTA	2	12	1654	1665	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383488281
5	NC_017050	CTAATA	2	12	4443	4454	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383488283
6	NC_017050	CGATAT	2	12	5338	5349	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383488283
7	NC_017050	AAAATA	2	12	5541	5552	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383488283
8	NC_017050	ATATCT	2	12	8591	8602	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383488286
9	NC_017050	TTTTAT	2	12	10701	10712	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017050	AGAAAA	2	12	10932	10943	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383488288
11	NC_017050	ATTAAA	2	12	11949	11960	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383488289
12	NC_017050	CTAATT	2	12	13541	13552	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383488291
13	NC_017050	CTATAT	2	12	14156	14167	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383488291
14	NC_017050	GAAGAT	2	12	16348	16359	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383488293
15	NC_017050	AATATA	2	12	17071	17082	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383488293
16	NC_017050	ATTTAA	2	12	18314	18325	50 %	50 %	0 %	0 %	383488294
17	NC_017050	AATTAT	2	12	18537	18548	50 %	50 %	0 %	0 %	383488294
18	NC_017050	ATCTAA	2	12	19396	19407	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017050	TTTTGA	2	12	21348	21359	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383488296
20	NC_017050	TTTGTA	2	12	21487	21498	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383488296
21	NC_017050	TATCAA	2	12	22140	22151	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383488297
22	NC_017050	TTAGAA	2	12	23340	23351	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383488300
23	NC_017050	AAAAAT	2	12	24246	24257	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383488301
24	NC_017050	CATATA	2	12	25742	25753	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383488303
25	NC_017050	TACTAG	2	12	29569	29580	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017050	CTACGT	2	12	29758	29769	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017050	AGAAAC	2	12	29810	29821	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017050	AATAAG	2	12	32576	32587	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017050	ATTTTT	2	12	35027	35038	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383488309
30	NC_017050	TTTAAT	2	12	37510	37521	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017050	GTGAGC	2	12	40030	40041	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383488311
32	NC_017050	ATTCTT	2	12	40169	40180	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383488311
33	NC_017050	ATTTAT	2	12	42107	42118	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383488312
34	NC_017050	CTTTGT	2	12	44584	44595	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017050	ATAAAA	2	12	52898	52909	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017050	TGCAGC	2	12	53479	53490	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	383488322
37	NC_017050	ATAGTG	2	12	54712	54723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383488323
38	NC_017050	AAAAAG	2	12	55540	55551	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383488323
39	NC_017050	CACTTG	2	12	56790	56801	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383488325
40	NC_017050	GAAAAA	2	12	56954	56965	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383488325
41	NC_017050	TAAAAT	2	12	60881	60892	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383488329
42	NC_017050	GAGTAG	2	12	62029	62040	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	383488329
43	NC_017050	ACTACA	2	12	65208	65219	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383488333
44	NC_017050	AGTAAA	2	12	69363	69374	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383488337
45	NC_017050	AATATT	2	12	73425	73436	50 %	50 %	0 %	0 %	383488340
46	NC_017050	TTGATT	2	12	74353	74364	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383488340
47	NC_017050	TCTTGC	2	12	74723	74734	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	383488340
48	NC_017050	GAAGCA	2	12	75329	75340	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383488341
49	NC_017050	TCAAGC	2	12	75475	75486	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383488341
50	NC_017050	CTATTA	2	12	77180	77191	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383488342
51	NC_017050	TAAAGG	2	12	77367	77378	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383488342
52	NC_017050	TTTTTA	2	12	80273	80284	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383488344
53	NC_017050	ACCTAT	2	12	85148	85159	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383488350
54	NC_017050	TATTTA	2	12	88151	88162	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383488353
55	NC_017050	AAATTA	2	12	98422	98433	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383488356
56	NC_017050	TAGCGG	2	12	100116	100127	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383488358
57	NC_017050	TCTTTT	2	12	100474	100485	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383488358
58	NC_017050	GGTATT	2	12	101215	101226	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	383488359
59	NC_017050	TTTAGT	2	12	102061	102072	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383488360
60	NC_017050	TGATTT	2	12	104869	104880	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383488362
61	NC_017050	TAAAAT	2	12	108625	108636	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383488366
62	NC_017050	AACTCT	2	12	109431	109442	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383488367
63	NC_017050	GGTGTT	2	12	111323	111334	0 %	50 %	50 %	0 %	383488368
64	NC_017050	TTGCTA	2	12	116986	116997	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383488373
65	NC_017050	AGATAG	2	12	117152	117163	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383488373
66	NC_017050	CATCTA	2	12	120110	120121	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383488374
67	NC_017050	TAATGC	2	12	122118	122129	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383488375
68	NC_017050	GTATCT	2	12	122479	122490	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383488375
69	NC_017050	TAAAAG	2	12	130054	130065	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383488377
70	NC_017050	GTATAG	2	12	130375	130386	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383488377
71	NC_017050	GATTTT	2	12	136009	136020	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383488383
72	NC_017050	GCTATG	2	12	136399	136410	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383488383
73	NC_017050	TTATAT	2	12	137428	137439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383488384
74	NC_017050	CTTTTG	2	12	138556	138567	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383488385
75	NC_017050	AATATT	2	12	142636	142647	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017050	AAAGAA	2	12	145549	145560	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383488391
77	NC_017050	GGTGAT	2	12	146664	146675	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383488392
78	NC_017050	TTAGAG	2	12	150742	150753	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383488397
79	NC_017050	ATAATT	2	12	153033	153044	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017050	TAGAGA	2	12	153571	153582	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017050	AACTAC	2	12	154155	154166	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383488401
82	NC_017050	ATAAAA	2	12	155663	155674	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383488401
83	NC_017050	TTTTTA	2	12	156667	156678	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383488402
84	NC_017050	AGTTTC	2	12	157271	157282	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383488403
85	NC_017050	GCAGAA	2	12	159733	159744	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383488407
86	NC_017050	TTAAAA	2	12	161685	161696	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383488408
87	NC_017050	CTATTG	2	12	163533	163544	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383488408
88	NC_017050	AGTTTA	2	12	166686	166697	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383488409
89	NC_017050	TATGTA	2	12	172995	173006	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017050	ATCTCC	2	12	176308	176319	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_017050	TAAAAT	2	12	184463	184474	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017050	ATCTTG	2	12	186181	186192	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383488423
93	NC_017050	AACATT	2	12	186283	186294	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383488423
94	NC_017050	TGATGG	2	12	190135	190146	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383488426
95	NC_017050	TATATT	2	12	190924	190935	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383488426
96	NC_017050	ATATTT	2	12	191534	191545	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383488426
97	NC_017050	TTTAAT	2	12	191791	191802	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017050	TCACAA	2	12	193211	193222	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017050	TCCTTT	2	12	195447	195458	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383488430
100	NC_017050	TTAATA	2	12	196754	196765	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017050	TTTCTT	2	12	197303	197314	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383488433
102	NC_017050	TGAAGA	2	12	197381	197392	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017050	AAATTA	2	12	198443	198454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383488435
104	NC_017050	TCTTAA	2	12	203551	203562	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_017050	CACTAC	2	12	205630	205641	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	383488440
106	NC_017050	AAATTC	2	12	208816	208827	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383488441
107	NC_017050	AATTCA	2	12	209655	209666	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_017050	ACTATA	2	12	209837	209848	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017050	AAAGCA	2	12	211107	211118	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383488442
110	NC_017050	ATTATA	2	12	211830	211841	50 %	50 %	0 %	0 %	383488443
111	NC_017050	GTATCT	2	12	213723	213734	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383488445
112	NC_017050	TTCTAC	2	12	216200	216211	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383488446
113	NC_017050	TTCTTT	2	12	220417	220428	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383488449
114	NC_017050	CTTCTC	2	12	221849	221860	0 %	50 %	0 %	50 %	383488450
115	NC_017050	TAATTG	2	12	224723	224734	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383488452
116	NC_017050	AATCTT	2	12	226460	226471	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_017050	AAAGCA	2	12	227427	227438	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383488455
118	NC_017050	TTATTT	2	12	230739	230750	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383488458
119	NC_017050	TTTCTT	2	12	233329	233340	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_017050	GCAATT	2	12	234663	234674	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_017050	TTAAAT	2	12	236449	236460	50 %	50 %	0 %	0 %	383488462
122	NC_017050	TAAAAA	2	12	237609	237620	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017050	GTAAAG	2	12	238808	238819	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017050	AAATAA	2	12	247652	247663	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017050	ATTGCA	2	12	249184	249195	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383488473
126	NC_017050	CAATTA	2	12	249987	249998	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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241	NC_017050	AATTTA	2	12	430419	430430	50 %	50 %	0 %	0 %	383488611
242	NC_017050	ATCATG	2	12	430663	430674	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383488611
243	NC_017050	TAAATT	2	12	434199	434210	50 %	50 %	0 %	0 %	383488615
244	NC_017050	CAAATG	2	12	434219	434230	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383488615
245	NC_017050	ATATCT	2	12	437278	437289	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
246	NC_017050	CAAAGC	2	12	438334	438345	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	383488620
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249	NC_017050	ATTTTA	2	12	446506	446517	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
250	NC_017050	TAAGTA	2	12	448734	448745	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383488629
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344	NC_017050	GAAATA	2	12	642107	642118	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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347	NC_017050	AGGATA	2	12	651549	651560	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383488775
348	NC_017050	TGCTTT	2	12	653785	653796	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383488777
349	NC_017050	GACGCT	2	12	654098	654109	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	383488777
350	NC_017050	TAGCAT	2	12	655217	655228	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383488778
351	NC_017050	TAGTGA	2	12	655692	655703	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383488778
352	NC_017050	TAATAT	2	12	657799	657810	50 %	50 %	0 %	0 %	383488781
353	NC_017050	AATACC	2	12	658007	658018	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383488781
354	NC_017050	GTTTTA	2	12	658791	658802	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383488782
355	NC_017050	TGCTAC	2	12	664458	664469	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383488785
356	NC_017050	TAACTT	2	12	664479	664490	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383488785
357	NC_017050	TATCCA	2	12	667031	667042	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383488786
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359	NC_017050	TGGTAT	2	12	668950	668961	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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480	NC_017050	ATTTTG	2	12	916135	916146	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383488972
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