MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. Katsinyian chromosome

Total Repeats: 418

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017050	ATTATA	2	12	326	337	50 %	50 %	0 %	0 %	383488279
2	NC_017050	AAAGTA	2	12	1128	1139	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383488280
3	NC_017050	TTTCTC	2	12	1421	1432	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383488281
4	NC_017050	ATGCTA	2	12	1654	1665	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383488281
5	NC_017050	CTAATA	2	12	4443	4454	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383488283
6	NC_017050	CGATAT	2	12	5338	5349	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383488283
7	NC_017050	AAAATA	2	12	5541	5552	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383488283
8	NC_017050	ATATCT	2	12	8591	8602	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383488286
9	NC_017050	AGAAAA	2	12	10932	10943	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383488288
10	NC_017050	ATTAAA	2	12	11949	11960	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383488289
11	NC_017050	CTAATT	2	12	13541	13552	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383488291
12	NC_017050	CTATAT	2	12	14156	14167	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383488291
13	NC_017050	GAAGAT	2	12	16348	16359	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383488293
14	NC_017050	AATATA	2	12	17071	17082	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383488293
15	NC_017050	ATTTAA	2	12	18314	18325	50 %	50 %	0 %	0 %	383488294
16	NC_017050	AATTAT	2	12	18537	18548	50 %	50 %	0 %	0 %	383488294
17	NC_017050	TTTTGA	2	12	21348	21359	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383488296
18	NC_017050	TTTGTA	2	12	21487	21498	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383488296
19	NC_017050	TATCAA	2	12	22140	22151	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383488297
20	NC_017050	TTAGAA	2	12	23340	23351	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383488300
21	NC_017050	AAAAAT	2	12	24246	24257	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383488301
22	NC_017050	CATATA	2	12	25742	25753	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383488303
23	NC_017050	ATTTTT	2	12	35027	35038	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383488309
24	NC_017050	GTGAGC	2	12	40030	40041	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383488311
25	NC_017050	ATTCTT	2	12	40169	40180	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383488311
26	NC_017050	ATTTAT	2	12	42107	42118	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383488312
27	NC_017050	TGCAGC	2	12	53479	53490	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	383488322
28	NC_017050	ATAGTG	2	12	54712	54723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383488323
29	NC_017050	AAAAAG	2	12	55540	55551	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383488323
30	NC_017050	CACTTG	2	12	56790	56801	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383488325
31	NC_017050	GAAAAA	2	12	56954	56965	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383488325
32	NC_017050	TAAAAT	2	12	60881	60892	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383488329
33	NC_017050	GAGTAG	2	12	62029	62040	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	383488329
34	NC_017050	ACTACA	2	12	65208	65219	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383488333
35	NC_017050	AGTAAA	2	12	69363	69374	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383488337
36	NC_017050	AATATT	2	12	73425	73436	50 %	50 %	0 %	0 %	383488340
37	NC_017050	TTGATT	2	12	74353	74364	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383488340
38	NC_017050	TCTTGC	2	12	74723	74734	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	383488340
39	NC_017050	GAAGCA	2	12	75329	75340	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383488341
40	NC_017050	TCAAGC	2	12	75475	75486	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383488341
41	NC_017050	CTATTA	2	12	77180	77191	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383488342
42	NC_017050	TAAAGG	2	12	77367	77378	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383488342
43	NC_017050	TTTTTA	2	12	80273	80284	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383488344
44	NC_017050	ACCTAT	2	12	85148	85159	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383488350
45	NC_017050	TATTTA	2	12	88151	88162	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383488353
46	NC_017050	AAATTA	2	12	98422	98433	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383488356
47	NC_017050	TAGCGG	2	12	100116	100127	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383488358
48	NC_017050	TCTTTT	2	12	100474	100485	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383488358
49	NC_017050	GGTATT	2	12	101215	101226	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	383488359
50	NC_017050	TTTAGT	2	12	102061	102072	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383488360
51	NC_017050	TGATTT	2	12	104869	104880	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383488362
52	NC_017050	TAAAAT	2	12	108625	108636	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383488366
53	NC_017050	AACTCT	2	12	109431	109442	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383488367
54	NC_017050	GGTGTT	2	12	111323	111334	0 %	50 %	50 %	0 %	383488368
55	NC_017050	TTGCTA	2	12	116986	116997	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383488373
56	NC_017050	AGATAG	2	12	117152	117163	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383488373
57	NC_017050	CATCTA	2	12	120110	120121	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383488374
58	NC_017050	TAATGC	2	12	122118	122129	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383488375
59	NC_017050	GTATCT	2	12	122479	122490	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383488375
60	NC_017050	TAAAAG	2	12	130054	130065	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383488377
61	NC_017050	GTATAG	2	12	130375	130386	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383488377
62	NC_017050	GATTTT	2	12	136009	136020	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383488383
63	NC_017050	GCTATG	2	12	136399	136410	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383488383
64	NC_017050	TTATAT	2	12	137428	137439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383488384
65	NC_017050	CTTTTG	2	12	138556	138567	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383488385
66	NC_017050	AAAGAA	2	12	145549	145560	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383488391
67	NC_017050	GGTGAT	2	12	146664	146675	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383488392
68	NC_017050	TTAGAG	2	12	150742	150753	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383488397
69	NC_017050	AACTAC	2	12	154155	154166	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383488401
70	NC_017050	ATAAAA	2	12	155663	155674	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383488401
71	NC_017050	TTTTTA	2	12	156667	156678	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383488402
72	NC_017050	AGTTTC	2	12	157271	157282	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383488403
73	NC_017050	GCAGAA	2	12	159733	159744	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383488407
74	NC_017050	TTAAAA	2	12	161685	161696	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383488408
75	NC_017050	CTATTG	2	12	163533	163544	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383488408
76	NC_017050	AGTTTA	2	12	166686	166697	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383488409
77	NC_017050	ATCTTG	2	12	186181	186192	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383488423
78	NC_017050	AACATT	2	12	186283	186294	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383488423
79	NC_017050	TGATGG	2	12	190135	190146	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383488426
80	NC_017050	TATATT	2	12	190924	190935	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383488426
81	NC_017050	ATATTT	2	12	191534	191545	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383488426
82	NC_017050	TCCTTT	2	12	195447	195458	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383488430
83	NC_017050	TTTCTT	2	12	197303	197314	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383488433
84	NC_017050	AAATTA	2	12	198443	198454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383488435
85	NC_017050	CACTAC	2	12	205630	205641	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	383488440
86	NC_017050	AAATTC	2	12	208816	208827	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383488441
87	NC_017050	AAAGCA	2	12	211107	211118	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383488442
88	NC_017050	ATTATA	2	12	211830	211841	50 %	50 %	0 %	0 %	383488443
89	NC_017050	GTATCT	2	12	213723	213734	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383488445
90	NC_017050	TTCTAC	2	12	216200	216211	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383488446
91	NC_017050	TTCTTT	2	12	220417	220428	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383488449
92	NC_017050	CTTCTC	2	12	221849	221860	0 %	50 %	0 %	50 %	383488450
93	NC_017050	TAATTG	2	12	224723	224734	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383488452
94	NC_017050	AAAGCA	2	12	227427	227438	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383488455
95	NC_017050	TTATTT	2	12	230739	230750	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383488458
96	NC_017050	TTAAAT	2	12	236449	236460	50 %	50 %	0 %	0 %	383488462
97	NC_017050	ATTGCA	2	12	249184	249195	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383488473
98	NC_017050	TTAAAG	2	12	252165	252176	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383488474
99	NC_017050	CGTAAC	2	12	252265	252276	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383488474
100	NC_017050	TGTATC	2	12	261384	261395	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383488478
101	NC_017050	TTTATT	2	12	261615	261626	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383488478
102	NC_017050	TAAAAA	2	12	261812	261823	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383488478
103	NC_017050	GAAAAT	2	12	262967	262978	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383488479
104	NC_017050	ATCATT	2	12	263376	263387	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383488479
105	NC_017050	CCTGAA	2	12	265990	266001	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383488480
106	NC_017050	TTTTGC	2	12	271225	271236	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383488484
107	NC_017050	GGGATA	2	12	275624	275635	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	383488487
108	NC_017050	GGCAAT	2	12	276632	276643	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	383488487
109	NC_017050	TTGTTC	2	12	278979	278990	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383488488
110	NC_017050	ACATTA	2	12	279296	279307	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383488488
111	NC_017050	TTGTAA	2	12	279468	279479	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383488489
112	NC_017050	TCACTA	2	12	280769	280780	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383488490
113	NC_017050	AATGAA	2	12	282913	282924	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383488492
114	NC_017050	CTTTAG	2	12	283730	283741	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383488492
115	NC_017050	AATAAA	2	12	284065	284076	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383488492
116	NC_017050	GAAGTA	2	12	285255	285266	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383488493
117	NC_017050	ATTGCT	2	12	285777	285788	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383488493
118	NC_017050	TTTTAC	2	12	286928	286939	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383488494
119	NC_017050	CAAGAT	2	12	288436	288447	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383488495
120	NC_017050	TTAATA	2	12	288491	288502	50 %	50 %	0 %	0 %	383488495
121	NC_017050	GAACAA	2	12	290058	290069	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383488496
122	NC_017050	TAACTC	2	12	295535	295546	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383488502
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.