MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. Katsinyian chromosome

Total Repeats: 411

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017050	TGACT	2	10	8808	8817	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017050	GATAC	2	10	8992	9001	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017050	ATTTA	2	10	9351	9360	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017050	TAAAC	2	10	14641	14650	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017050	ATTTA	2	10	19317	19326	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017050	AGTTT	2	10	19515	19524	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017050	TATAA	2	10	19748	19757	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017050	AATCT	2	10	20557	20566	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017050	TTGAG	2	10	28477	28486	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017050	ATTTT	2	10	29198	29207	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017050	TATTT	2	10	29774	29783	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017050	ATATT	2	10	31060	31069	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017050	ATTAA	2	10	31692	31701	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017050	CTTAA	2	10	32046	32055	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017050	ATTTA	2	10	32183	32192	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017050	GTATT	2	10	41418	41427	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017050	TTTAA	2	10	44137	44146	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017050	AATTG	2	10	46049	46058	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017050	AAATT	2	10	50892	50901	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017050	AATAT	2	10	54148	54157	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017050	ATATT	2	10	69951	69960	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017050	TAACA	2	10	70252	70261	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017050	AATGA	2	10	70294	70303	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017050	ACAAA	2	10	71896	71905	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017050	TTAAT	2	10	74807	74816	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017050	ATATA	2	10	79623	79632	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017050	TTGTA	2	10	79744	79753	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017050	AAAAT	2	10	80511	80520	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017050	TTAAT	2	10	88041	88050	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017050	TTATT	2	10	89062	89071	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017050	TTAAC	2	10	89086	89095	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017050	ATATT	2	10	89329	89338	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017050	TCTTT	2	10	90169	90178	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017050	TTTAA	2	10	90580	90589	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017050	TCCTT	2	10	91054	91063	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_017050	ATTGT	2	10	91132	91141	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017050	TACTT	2	10	93551	93560	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017050	TTATG	2	10	94483	94492	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017050	TTATG	2	10	96414	96423	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017050	AGTTA	2	10	96455	96464	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017050	TCTAT	2	10	98527	98536	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017050	TTAAT	2	10	109882	109891	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017050	ATTTT	2	10	109936	109945	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017050	TTATT	2	10	110105	110114	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017050	AGTAG	2	10	111877	111886	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017050	CACTA	2	10	112138	112147	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_017050	AATAC	2	10	112282	112291	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017050	GTAAT	2	10	113860	113869	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017050	TGTAT	2	10	135478	135487	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017050	TATGT	2	10	141768	141777	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017050	ATTAA	2	10	142019	142028	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017050	TAAGC	2	10	148479	148488	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017050	TAAAT	2	10	148500	148509	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017050	TGAAA	2	10	149853	149862	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017050	TTAAG	2	10	150389	150398	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017050	ATTAA	2	10	159930	159939	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017050	ATATT	2	10	160469	160478	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017050	TTCAT	2	10	172434	172443	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017050	AAGAT	2	10	175008	175017	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017050	ATTAT	2	10	175472	175481	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017050	TAAAA	2	10	176653	176662	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017050	TATTT	2	10	184013	184022	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017050	ATGTA	2	10	189378	189387	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017050	TAATA	2	10	201938	201947	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017050	AATTT	2	10	203388	203397	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017050	AACTT	2	10	205489	205498	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017050	ATTAA	2	10	207730	207739	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017050	AAATC	2	10	209607	209616	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017050	ATATT	2	10	209803	209812	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017050	TAAAA	2	10	209968	209977	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017050	ATTTT	2	10	210200	210209	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017050	ATGTG	2	10	226636	226645	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017050	ATAAA	2	10	229928	229937	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017050	TATCA	2	10	231305	231314	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017050	ATATG	2	10	233782	233791	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017050	TAAAA	2	10	234442	234451	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017050	AATTA	2	10	237440	237449	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017050	ATATA	2	10	237506	237515	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017050	ATTAT	2	10	237528	237537	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017050	ACTAA	2	10	237587	237596	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017050	ATTGC	2	10	238028	238037	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017050	TATAA	2	10	238203	238212	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017050	AATGT	2	10	238574	238583	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017050	TAGTA	2	10	239026	239035	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017050	AACAA	2	10	244455	244464	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017050	CTAAA	2	10	250038	250047	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017050	TTTAA	2	10	250056	250065	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017050	AAATT	2	10	250536	250545	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017050	ATTTA	2	10	250652	250661	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017050	ATTTT	2	10	255216	255225	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017050	ATCCC	2	10	260907	260916	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
92	NC_017050	TGCAA	2	10	260992	261001	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017050	TTTGT	2	10	262309	262318	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017050	ATATA	2	10	264754	264763	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017050	ACCAT	2	10	265308	265317	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_017050	AGTAA	2	10	265354	265363	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017050	CATTT	2	10	271470	271479	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017050	TAAAG	2	10	273808	273817	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017050	GTAAT	2	10	274145	274154	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017050	TGATA	2	10	274237	274246	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017050	ATTTC	2	10	274659	274668	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017050	TAATA	2	10	277299	277308	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017050	AAAAG	2	10	278937	278946	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017050	ATTAA	2	10	280714	280723	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017050	TAGTT	2	10	284543	284552	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017050	TAGAA	2	10	289729	289738	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017050	TAATT	2	10	294816	294825	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017050	ATAAG	2	10	303489	303498	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017050	TGCAA	2	10	308036	308045	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017050	TATAA	2	10	310458	310467	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017050	AAATA	2	10	310499	310508	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017050	TTATG	2	10	312281	312290	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017050	ATATA	2	10	316186	316195	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017050	AATAA	2	10	317701	317710	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017050	ATTTA	2	10	321941	321950	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017050	TATAA	2	10	325511	325520	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017050	TAATA	2	10	325705	325714	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017050	CAATA	2	10	332777	332786	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017050	AAATA	2	10	332935	332944	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017050	TATAA	2	10	333000	333009	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017050	ATTTG	2	10	336036	336045	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017050	TAAAC	2	10	339006	339015	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017050	AAATT	2	10	339286	339295	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017050	CATAA	2	10	341476	341485	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017050	AAATA	2	10	342102	342111	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017050	TTATT	2	10	346054	346063	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017050	TTAAT	2	10	353312	353321	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017050	CTATT	2	10	361894	361903	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017050	AATAT	2	10	368228	368237	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017050	ATATC	2	10	369677	369686	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017050	AATAA	2	10	369994	370003	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017050	TAATT	2	10	375592	375601	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017050	CATTA	2	10	380063	380072	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017050	ACATA	2	10	380182	380191	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017050	AATAA	2	10	382756	382765	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017050	TACAA	2	10	396250	396259	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017050	TACAC	2	10	397525	397534	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_017050	TAGAT	2	10	397823	397832	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017050	TTGTA	2	10	399953	399962	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017050	CATTA	2	10	402356	402365	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017050	GATAT	2	10	402509	402518	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017050	TGATA	2	10	403998	404007	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017050	TTATT	2	10	407992	408001	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017050	TATTG	2	10	408062	408071	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017050	AATAA	2	10	408163	408172	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017050	TATGG	2	10	422268	422277	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017050	TCTAT	2	10	432237	432246	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_017050	ATGAT	2	10	432351	432360	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017050	TTAAT	2	10	441657	441666	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017050	ATATT	2	10	443032	443041	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017050	GACAA	2	10	446302	446311	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
152	NC_017050	TGCTT	2	10	446952	446961	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
153	NC_017050	GTACT	2	10	449936	449945	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
154	NC_017050	GTTAT	2	10	450714	450723	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017050	TATAA	2	10	450858	450867	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_017050	AAAAT	2	10	456802	456811	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_017050	AAGAT	2	10	462987	462996	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
158	NC_017050	ATTTG	2	10	463071	463080	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
159	NC_017050	GTTTT	2	10	477157	477166	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
160	NC_017050	TATTT	2	10	477730	477739	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_017050	ATTTT	2	10	486718	486727	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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163	NC_017050	TTATT	2	10	493692	493701	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_017050	ATTTT	2	10	505296	505305	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_017050	GTATA	2	10	505543	505552	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
166	NC_017050	CTTTT	2	10	505795	505804	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
167	NC_017050	GTATC	2	10	505806	505815	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
168	NC_017050	TCCTA	2	10	506210	506219	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
169	NC_017050	TGTAA	2	10	506762	506771	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
170	NC_017050	TGTAA	2	10	506775	506784	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
171	NC_017050	CTATT	2	10	506857	506866	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
172	NC_017050	AATAT	2	10	506946	506955	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_017050	ATTAA	2	10	507438	507447	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_017050	TTAAT	2	10	507838	507847	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_017050	TAATT	2	10	509498	509507	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_017050	TATTG	2	10	512105	512114	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
177	NC_017050	TAATT	2	10	520469	520478	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_017050	TAATT	2	10	536878	536887	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_017050	AATAA	2	10	538167	538176	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_017050	GCTTA	2	10	541076	541085	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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187	NC_017050	TAAAT	2	10	544638	544647	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_017050	ATACT	2	10	544807	544816	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
189	NC_017050	GACAA	2	10	548959	548968	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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192	NC_017050	TAAAT	2	10	563850	563859	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_017050	TTTTA	2	10	564605	564614	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_017050	TACAT	2	10	565043	565052	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
195	NC_017050	ATTCT	2	10	566930	566939	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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199	NC_017050	AGTAT	2	10	574785	574794	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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201	NC_017050	ATATT	2	10	576399	576408	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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214	NC_017050	ATTTT	2	10	636229	636238	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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287	NC_017050	TAACA	2	10	805111	805120	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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290	NC_017050	ATGTA	2	10	819245	819254	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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292	NC_017050	CAAAT	2	10	826409	826418	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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401	NC_017050	TTATC	2	10	1082057	1082066	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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410	NC_017050	TAAAT	2	10	1111128	1111137	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.