MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rickettsia prowazekii str. Chernikova chromosome

Total Repeats: 562

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017049	ATTATA	2	12	326	337	50 %	50 %	0 %	0 %	383487433
2	NC_017049	AAAGTA	2	12	1128	1139	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383487434
3	NC_017049	TTTCTC	2	12	1421	1432	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383487435
4	NC_017049	ATGCTA	2	12	1654	1665	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383487435
5	NC_017049	CTAATA	2	12	4443	4454	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383487437
6	NC_017049	CGATAT	2	12	5338	5349	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383487437
7	NC_017049	AAAATA	2	12	5541	5552	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383487437
8	NC_017049	ATATCT	2	12	8590	8601	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383487440
9	NC_017049	TTTTAT	2	12	10700	10711	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383487442
10	NC_017049	AGAAAA	2	12	10931	10942	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383487442
11	NC_017049	ATTAAA	2	12	11962	11973	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383487443
12	NC_017049	CTAATT	2	12	13554	13565	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383487445
13	NC_017049	CTATAT	2	12	14169	14180	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383487445
14	NC_017049	GAAGAT	2	12	16361	16372	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383487447
15	NC_017049	AATATA	2	12	17084	17095	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383487447
16	NC_017049	ATTTAA	2	12	18327	18338	50 %	50 %	0 %	0 %	383487448
17	NC_017049	AATTAT	2	12	18550	18561	50 %	50 %	0 %	0 %	383487448
18	NC_017049	ATCTAA	2	12	19409	19420	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017049	TTTTGA	2	12	21362	21373	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383487450
20	NC_017049	TTTGTA	2	12	21501	21512	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383487450
21	NC_017049	TATCAA	2	12	22154	22165	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383487451
22	NC_017049	TTAGAA	2	12	23354	23365	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383487454
23	NC_017049	AAAAAT	2	12	24260	24271	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383487455
24	NC_017049	CATATA	2	12	25756	25767	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383487457
25	NC_017049	TACTAG	2	12	29583	29594	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017049	CTACGT	2	12	29772	29783	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017049	AGAAAC	2	12	29824	29835	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017049	AATAAG	2	12	32590	32601	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017049	ATTTTT	2	12	35041	35052	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383487463
30	NC_017049	TTTAAT	2	12	37524	37535	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017049	GTGAGC	2	12	40044	40055	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383487465
32	NC_017049	ATTCTT	2	12	40183	40194	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383487465
33	NC_017049	ATTTAT	2	12	42121	42132	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383487466
34	NC_017049	CTTTGT	2	12	44598	44609	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017049	ATAAAA	2	12	52912	52923	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017049	TGCAGC	2	12	53493	53504	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	383487476
37	NC_017049	ATAGTG	2	12	54726	54737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383487477
38	NC_017049	AAAAAG	2	12	55554	55565	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383487477
39	NC_017049	CACTTG	2	12	56804	56815	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383487479
40	NC_017049	GAAAAA	2	12	56968	56979	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383487479
41	NC_017049	TAAAAT	2	12	60895	60906	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383487483
42	NC_017049	GAGTAG	2	12	62043	62054	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	383487483
43	NC_017049	ACTACA	2	12	65222	65233	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383487487
44	NC_017049	AGTAAA	2	12	69377	69388	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383487491
45	NC_017049	AATATT	2	12	73439	73450	50 %	50 %	0 %	0 %	383487494
46	NC_017049	TTGATT	2	12	74367	74378	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383487494
47	NC_017049	TCTTGC	2	12	74737	74748	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	383487494
48	NC_017049	GAAGCA	2	12	75343	75354	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383487495
49	NC_017049	TCAAGC	2	12	75489	75500	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383487495
50	NC_017049	CTATTA	2	12	77194	77205	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383487496
51	NC_017049	TAAAGG	2	12	77381	77392	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383487496
52	NC_017049	TTTTTA	2	12	80287	80298	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383487498
53	NC_017049	ACCTAT	2	12	85162	85173	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383487504
54	NC_017049	TATTTA	2	12	88165	88176	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383487507
55	NC_017049	AAATTA	2	12	96623	96634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383487510
56	NC_017049	TAGCGG	2	12	98317	98328	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383487512
57	NC_017049	TCTTTT	2	12	98675	98686	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383487512
58	NC_017049	GGTATT	2	12	99416	99427	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	383487513
59	NC_017049	TTTAGT	2	12	100262	100273	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383487514
60	NC_017049	TGATTT	2	12	103070	103081	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383487516
61	NC_017049	TAAAAT	2	12	106826	106837	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383487520
62	NC_017049	AACTCT	2	12	107632	107643	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383487521
63	NC_017049	GGTGTT	2	12	109524	109535	0 %	50 %	50 %	0 %	383487522
64	NC_017049	TTGCTA	2	12	115187	115198	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383487527
65	NC_017049	AGATAG	2	12	115353	115364	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383487527
66	NC_017049	CATCTA	2	12	118311	118322	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383487528
67	NC_017049	TAATGC	2	12	120319	120330	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383487529
68	NC_017049	GTATCT	2	12	120680	120691	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383487529
69	NC_017049	TAAAAG	2	12	128255	128266	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383487531
70	NC_017049	GTATAG	2	12	128576	128587	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383487531
71	NC_017049	GATTTT	2	12	134210	134221	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383487537
72	NC_017049	GCTATG	2	12	134600	134611	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383487537
73	NC_017049	TTATAT	2	12	135629	135640	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383487538
74	NC_017049	CTTTTG	2	12	136757	136768	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383487539
75	NC_017049	AATATT	2	12	140837	140848	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017049	AAAGAA	2	12	143750	143761	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383487545
77	NC_017049	GGTGAT	2	12	144865	144876	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383487546
78	NC_017049	TTAGAG	2	12	148943	148954	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383487551
79	NC_017049	ATAATT	2	12	151234	151245	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017049	TAGAGA	2	12	151772	151783	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017049	AACTAC	2	12	152356	152367	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383487555
82	NC_017049	ATAAAA	2	12	153864	153875	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383487555
83	NC_017049	TTTTTA	2	12	154868	154879	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383487556
84	NC_017049	AGTTTC	2	12	155472	155483	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383487557
85	NC_017049	GCAGAA	2	12	157934	157945	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383487561
86	NC_017049	TTAAAA	2	12	159886	159897	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383487562
87	NC_017049	CTATTG	2	12	161734	161745	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383487562
88	NC_017049	AGTTTA	2	12	164887	164898	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383487563
89	NC_017049	TATGTA	2	12	171196	171207	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017049	ATCTCC	2	12	174509	174520	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_017049	TAAAAT	2	12	182664	182675	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017049	ATCTTG	2	12	184382	184393	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383487577
93	NC_017049	AACATT	2	12	184484	184495	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383487577
94	NC_017049	TGATGG	2	12	188336	188347	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383487580
95	NC_017049	TATATT	2	12	189125	189136	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383487580
96	NC_017049	ATATTT	2	12	189735	189746	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383487580
97	NC_017049	TTTAAT	2	12	189992	190003	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017049	TCACAA	2	12	191412	191423	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017049	TCCTTT	2	12	193648	193659	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383487584
100	NC_017049	TTAATA	2	12	194955	194966	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017049	TTTCTT	2	12	195504	195515	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383487587
102	NC_017049	TGAAGA	2	12	195582	195593	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017049	AAATTA	2	12	196644	196655	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383487589
104	NC_017049	TCTTAA	2	12	201752	201763	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_017049	CACTAC	2	12	203831	203842	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	383487594
106	NC_017049	AAATTC	2	12	207017	207028	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383487595
107	NC_017049	AATTCA	2	12	207856	207867	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_017049	ACTATA	2	12	208038	208049	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017049	AAAGCA	2	12	209308	209319	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383487596
110	NC_017049	ATTATA	2	12	210031	210042	50 %	50 %	0 %	0 %	383487597
111	NC_017049	GTATCT	2	12	211924	211935	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383487599
112	NC_017049	TTCTAC	2	12	214401	214412	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383487600
113	NC_017049	TTCTTT	2	12	218616	218627	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383487602
114	NC_017049	CTTCTC	2	12	220048	220059	0 %	50 %	0 %	50 %	383487603
115	NC_017049	TAATTG	2	12	222922	222933	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383487605
116	NC_017049	AATCTT	2	12	224659	224670	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_017049	AAAGCA	2	12	225627	225638	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383487608
118	NC_017049	TTATTT	2	12	228939	228950	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383487611
119	NC_017049	TTTCTT	2	12	231529	231540	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_017049	GCAATT	2	12	232863	232874	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_017049	TTAAAT	2	12	234667	234678	50 %	50 %	0 %	0 %	383487615
122	NC_017049	TAAAAA	2	12	235827	235838	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017049	GTAAAG	2	12	237026	237037	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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242	NC_017049	CAAATG	2	12	432390	432401	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383487768
243	NC_017049	ATATCT	2	12	435449	435460	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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247	NC_017049	ATTTTA	2	12	444676	444687	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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250	NC_017049	TTTTTA	2	12	449592	449603	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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350	NC_017049	TAGTGA	2	12	653822	653833	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383487932
351	NC_017049	TAATAT	2	12	655930	655941	50 %	50 %	0 %	0 %	383487936
352	NC_017049	AATACC	2	12	656138	656149	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	383487936
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354	NC_017049	TGCTAC	2	12	662589	662600	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383487940
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356	NC_017049	TATCCA	2	12	665162	665173	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383487941
357	NC_017049	AAAATA	2	12	666689	666700	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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