MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. Chernikova chromosome

Total Repeats: 140

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017049	ATCTAA	2	12	19409	19420	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017049	TACTAG	2	12	29583	29594	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017049	CTACGT	2	12	29772	29783	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017049	AGAAAC	2	12	29824	29835	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017049	AATAAG	2	12	32590	32601	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017049	TTTAAT	2	12	37524	37535	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017049	CTTTGT	2	12	44598	44609	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017049	ATAAAA	2	12	52912	52923	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017049	AATATT	2	12	140837	140848	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017049	ATAATT	2	12	151234	151245	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017049	TAGAGA	2	12	151772	151783	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017049	TATGTA	2	12	171196	171207	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017049	ATCTCC	2	12	174509	174520	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017049	TAAAAT	2	12	182664	182675	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017049	TTTAAT	2	12	189992	190003	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017049	TCACAA	2	12	191412	191423	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017049	TTAATA	2	12	194955	194966	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017049	TGAAGA	2	12	195582	195593	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017049	TCTTAA	2	12	201752	201763	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017049	AATTCA	2	12	207856	207867	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017049	ACTATA	2	12	208038	208049	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017049	AATCTT	2	12	224659	224670	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_017049	TTTCTT	2	12	231529	231540	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017049	GCAATT	2	12	232863	232874	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_017049	TAAAAA	2	12	235827	235838	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017049	GTAAAG	2	12	237026	237037	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017049	AAATAA	2	12	245870	245881	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017049	CAATTA	2	12	248205	248216	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_017049	AGTAAA	2	12	252661	252672	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017049	TAAAAT	2	12	255844	255855	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017049	CAACTG	2	12	260675	260686	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017049	GATTTT	2	12	262632	262643	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017049	TCAGGA	2	12	265950	265961	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017049	TTGCAA	2	12	268687	268698	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017049	AAAATA	2	12	269710	269721	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017049	TTACTA	2	12	275963	275974	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017049	TTATAA	2	12	301639	301650	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017049	AAGGAT	2	12	309222	309233	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017049	ATAATT	2	12	311754	311765	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017049	TAAAAT	2	12	321651	321662	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017049	TTTATT	2	12	328565	328576	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017049	ATTTTT	2	12	332454	332465	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017049	GCATTA	2	12	334297	334308	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017049	GTAAAA	2	12	337323	337334	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017049	ATATTT	2	12	339624	339635	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017049	CACTTT	2	12	340903	340914	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017049	TCAATA	2	12	349500	349511	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017049	TAAAAT	2	12	351574	351585	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017049	TCAGTA	2	12	360012	360023	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017049	TATCTA	2	12	366334	366345	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_017049	TATTAG	2	12	368195	368206	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017049	AATTTT	2	12	373610	373621	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017049	CATTAT	2	12	421015	421026	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017049	AGAAAA	2	12	423254	423265	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017049	ATATCT	2	12	435449	435460	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017049	TTAATT	2	12	444068	444079	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017049	ATTTTA	2	12	444676	444687	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017049	TTAGTA	3	18	448235	448252	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017049	TTTTTA	2	12	449592	449603	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017049	TCTATT	2	12	480674	480685	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_017049	ATTTAG	2	12	481961	481972	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017049	TAAATA	2	12	482753	482764	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017049	TATTTT	2	12	502569	502580	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017049	ATTTTT	2	12	506017	506028	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017049	AAATTT	2	12	530566	530577	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017049	TTTATA	2	12	542683	542694	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017049	GCAAAA	2	12	552624	552635	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_017049	CATTAA	2	12	553063	553074	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_017049	ATACAG	2	12	561928	561939	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_017049	AATAAA	2	12	567989	568000	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017049	AAAGCA	2	12	578344	578355	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017049	TCTATT	2	12	602303	602314	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017049	ATTTTG	2	12	607231	607242	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017049	CATAAT	2	12	612091	612102	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017049	TTTAAA	2	12	627715	627726	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017049	GAAATA	2	12	640237	640248	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017049	AAAATA	2	12	666689	666700	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017049	TGGTAT	2	12	667081	667092	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017049	TCAATT	2	12	678706	678717	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017049	TTTTAA	2	12	687092	687103	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017049	TCAGAT	2	12	689268	689279	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_017049	TAAAAC	2	12	689678	689689	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_017049	GGAGTA	2	12	700017	700028	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017049	ACATCA	2	12	706617	706628	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_017049	ATTACA	2	12	713369	713380	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_017049	ATTAAT	2	12	713898	713909	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017049	TGATTT	2	12	719891	719902	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017049	TAATAT	2	12	720026	720037	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017049	TAATTT	2	12	724259	724270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017049	TATTTT	2	12	735329	735340	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017049	TATTAA	2	12	739423	739434	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017049	TTAATA	2	12	741727	741738	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017049	TGATAT	2	12	741749	741760	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017049	CAAAAA	2	12	742404	742415	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_017049	GATATT	2	12	744853	744864	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017049	GTAATT	2	12	745925	745936	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017049	TTATTT	2	12	761619	761630	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017049	AATAAG	2	12	770710	770721	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017049	GAAAAA	2	12	776606	776617	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017049	TTCAAT	2	12	792084	792095	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_017049	TTTTAA	2	12	793749	793760	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017049	AAAATA	2	12	795554	795565	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017049	AAAAAT	2	12	798148	798159	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017049	GTTTAT	2	12	798820	798831	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017049	TAATCT	2	12	821126	821137	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_017049	GTACTT	2	12	829713	829724	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_017049	GTGTAT	2	12	829738	829749	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017049	ATATTT	2	12	830863	830874	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017049	TTTTTA	2	12	837695	837706	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017049	TACAAG	2	12	841346	841357	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_017049	ACTGAC	2	12	862625	862636	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017049	AAATTT	2	12	867909	867920	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017049	CACAAA	2	12	867969	867980	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_017049	ATTTTG	2	12	884603	884614	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017049	TTAGAT	2	12	890571	890582	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017049	TAATGA	2	12	894184	894195	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017049	GATTTA	2	12	896370	896381	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017049	GGTAAA	2	12	896957	896968	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017049	GAAGCA	2	12	897540	897551	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_017049	TCTTTT	2	12	919441	919452	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_017049	AATAGC	2	12	931698	931709	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_017049	TATGTT	2	12	933061	933072	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017049	AAGCTG	2	12	974940	974951	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_017049	TAAATA	2	12	981039	981050	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017049	TTTATT	2	12	983856	983867	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017049	ATCTGT	2	12	997620	997631	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_017049	ATTATC	2	12	1013409	1013420	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_017049	TTACTG	2	12	1033027	1033038	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_017049	AAATTT	2	12	1033316	1033327	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017049	TTCACT	2	12	1046939	1046950	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_017049	AAAAAT	2	12	1060677	1060688	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017049	TAACAA	2	12	1062344	1062355	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_017049	TTAAAG	2	12	1080244	1080255	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017049	AAGTAA	2	12	1091873	1091884	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017049	ATATTA	2	12	1092703	1092714	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017049	ATATAA	2	12	1098117	1098128	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017049	TTATTT	2	12	1098482	1098493	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017049	AACGTT	2	12	1103828	1103839	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_017049	TTCTTA	2	12	1104126	1104137	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_017049	TATAAA	2	12	1106755	1106766	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.