MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. GvV257 chromosome

Total Repeats: 422

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017048	GAAAT	2	10	2274	2283	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017048	CACGA	2	10	2870	2879	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_017048	AGATA	2	10	4925	4934	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017048	TTAGT	2	10	8823	8832	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017048	AGTTA	2	10	20677	20686	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017048	TATAT	2	10	21733	21742	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017048	TTTTA	2	10	24138	24147	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017048	CTAAT	2	10	30310	30319	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017048	AAAAT	2	10	32799	32808	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017048	TGTGT	2	10	35786	35795	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017048	TAATT	2	10	49429	49438	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017048	ATGTA	2	10	49476	49485	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017048	ATTAG	2	10	54792	54801	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017048	CAAAT	2	10	56640	56649	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017048	CCTAT	2	10	59191	59200	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_017048	TACCT	2	10	60917	60926	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_017048	TTATA	2	10	61985	61994	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017048	TATAA	2	10	62741	62750	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017048	ATATT	2	10	63509	63518	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017048	TAATT	2	10	63923	63932	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017048	CACAA	2	10	68297	68306	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
22	NC_017048	TTAGA	2	10	70085	70094	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017048	AATTT	2	10	70369	70378	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017048	AATAT	2	10	73642	73651	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017048	TAAAA	2	10	78006	78015	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017048	ATAAG	2	10	78152	78161	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017048	GAATT	2	10	78164	78173	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017048	TACTT	2	10	81517	81526	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017048	AAGTT	2	10	81903	81912	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017048	TATTT	2	10	84590	84599	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017048	ATTAT	2	10	91099	91108	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017048	ACATA	2	10	93652	93661	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017048	AGAAT	2	10	99937	99946	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017048	TAAAA	2	10	109586	109595	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017048	ATAAC	2	10	109794	109803	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017048	TGTCT	2	10	109811	109820	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017048	ATTAC	2	10	110110	110119	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017048	GCATT	2	10	110971	110980	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017048	TATTT	2	10	116638	116647	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017048	TATTT	2	10	120026	120035	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017048	ATACG	2	10	120464	120473	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017048	TTGAT	2	10	123170	123179	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017048	AGATA	2	10	123420	123429	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017048	AACTT	2	10	126445	126454	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017048	ATTAT	2	10	126800	126809	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017048	TTTGT	2	10	127666	127675	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017048	AGCTA	2	10	128688	128697	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017048	AGAAT	2	10	129228	129237	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017048	GAGAA	2	10	129301	129310	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017048	GATAA	2	10	131649	131658	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017048	TCTTT	2	10	135389	135398	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017048	ATTTA	2	10	135894	135903	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017048	GATAG	2	10	136046	136055	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017048	AAGAA	2	10	140779	140788	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017048	AAAAT	2	10	142124	142133	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017048	ATATC	2	10	142808	142817	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_017048	TGATT	2	10	142847	142856	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017048	TTAAG	2	10	144688	144697	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017048	TTTTA	2	10	151254	151263	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017048	AGTTT	2	10	158834	158843	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017048	AAATT	2	10	159107	159116	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017048	GTAAA	2	10	159213	159222	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017048	CGCGA	2	10	160798	160807	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_017048	AAACA	2	10	163828	163837	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017048	ATATT	2	10	165313	165322	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017048	AATAA	2	10	167914	167923	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017048	TATAA	2	10	171015	171024	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017048	AGAAT	2	10	171830	171839	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017048	AGTAT	2	10	172223	172232	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017048	TATAT	4	20	180057	180076	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017048	TACTA	2	10	183683	183692	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017048	CTAAA	2	10	184018	184027	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017048	ACAAT	2	10	184082	184091	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017048	ATAAC	2	10	184329	184338	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017048	AAAAT	2	10	186296	186305	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017048	TAAAT	2	10	186621	186630	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017048	GATAA	2	10	188396	188405	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017048	AATAT	2	10	188423	188432	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017048	TATAA	2	10	189896	189905	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017048	AATTT	2	10	192081	192090	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017048	AAATT	2	10	195835	195844	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017048	GTATT	2	10	196334	196343	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017048	TATTT	2	10	200211	200220	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017048	TAAAA	2	10	200386	200395	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017048	AAAAT	2	10	201660	201669	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017048	CTTTG	2	10	202046	202055	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017048	TTAAT	2	10	205511	205520	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017048	ACAAT	2	10	219095	219104	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017048	ATTGT	2	10	227732	227741	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017048	GAATA	2	10	228647	228656	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017048	AAAAT	2	10	228740	228749	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017048	TATCT	2	10	245216	245225	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017048	TATAA	2	10	245361	245370	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017048	ATTAT	2	10	249754	249763	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017048	TAAAG	2	10	249808	249817	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017048	AGAGT	2	10	252894	252903	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017048	TCTTA	2	10	253275	253284	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017048	TACAT	2	10	253829	253838	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017048	GATTT	2	10	253861	253870	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017048	TCTGC	2	10	253985	253994	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_017048	TTTAT	2	10	254381	254390	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017048	AATAC	2	10	257381	257390	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017048	ATTTA	2	10	257411	257420	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017048	ATTAT	2	10	264037	264046	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017048	AGTAA	2	10	264796	264805	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017048	AGCAA	2	10	265645	265654	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017048	TACTG	2	10	265713	265722	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017048	ACATA	2	10	266302	266311	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017048	AATTA	2	10	266592	266601	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017048	ATTTT	2	10	269394	269403	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017048	TAATG	2	10	270898	270907	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017048	ATATT	2	10	274211	274220	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017048	GATTA	2	10	279189	279198	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017048	TTTTA	2	10	282188	282197	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017048	ATTAG	2	10	282768	282777	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017048	AATTT	2	10	283695	283704	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017048	AATAT	2	10	285152	285161	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017048	TTTAT	2	10	285532	285541	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017048	TTCTT	2	10	285717	285726	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017048	TATAA	2	10	292702	292711	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017048	TAAAA	2	10	295637	295646	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017048	AAATA	2	10	304686	304695	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017048	AGATA	2	10	306583	306592	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017048	AGATT	2	10	311999	312008	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017048	TAAAC	2	10	312126	312135	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_017048	CTAGC	2	10	312157	312166	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
127	NC_017048	TAAAA	2	10	312508	312517	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017048	TTATC	2	10	312537	312546	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017048	AAGTG	2	10	312702	312711	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017048	TATGA	2	10	324204	324213	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017048	ATAAG	2	10	327086	327095	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017048	GAAAT	2	10	327129	327138	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017048	GCTAA	2	10	332629	332638	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017048	TGACT	2	10	335439	335448	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017048	ATTCC	2	10	338525	338534	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_017048	TAATA	2	10	339043	339052	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017048	TAAAT	2	10	341609	341618	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017048	TTTAG	2	10	341744	341753	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017048	TGACT	2	10	350744	350753	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017048	GATAC	2	10	350928	350937	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017048	ATTTA	2	10	351287	351296	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017048	TAAAC	2	10	356577	356586	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017048	TCAAT	2	10	357828	357837	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_017048	AATCA	2	10	358049	358058	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017048	TTACT	2	10	359148	359157	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_017048	AGATA	2	10	360385	360394	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017048	TCAAA	2	10	360415	360424	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_017048	ATTTA	2	10	361254	361263	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017048	AGTTT	2	10	361452	361461	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017048	TATAA	2	10	361685	361694	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017048	AATCT	2	10	362494	362503	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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153	NC_017048	ATTTT	2	10	371135	371144	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017048	TATTT	2	10	371711	371720	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017048	ATATT	2	10	372997	373006	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_017048	ATTAA	2	10	373629	373638	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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158	NC_017048	ATTTA	2	10	374120	374129	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_017048	GTATT	2	10	383361	383370	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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166	NC_017048	ATATT	2	10	411895	411904	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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187	NC_017048	ATTTT	2	10	452007	452016	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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283	NC_017048	TTGTA	2	10	742113	742122	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_017048	AATAA	2	10	750323	750332	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.