MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rahnella aquatilis HX2 chromosome

Total Repeats: 196

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017047	GCATCA	2	12	58084	58095	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017047	TGCATT	2	12	88071	88082	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017047	AATGCA	2	12	88086	88097	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017047	AAATAA	2	12	98599	98610	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017047	CACATC	2	12	98640	98651	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_017047	AAATCA	2	12	105828	105839	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017047	TTGTTT	2	12	112770	112781	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017047	AAAACT	2	12	139052	139063	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017047	TTTTAA	2	12	192695	192706	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017047	TTTCCG	2	12	198831	198842	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_017047	GGAAAA	2	12	201062	201073	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017047	AATGAT	2	12	210053	210064	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017047	CAAAAG	2	12	215306	215317	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017047	GCGGTC	2	12	224390	224401	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017047	AGACGA	2	12	243774	243785	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_017047	CTTTTT	2	12	339810	339821	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017047	TAAGAC	2	12	411266	411277	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_017047	TGTATT	2	12	421762	421773	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017047	ATTTTT	2	12	454428	454439	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017047	TTATGC	2	12	462758	462769	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017047	CTTTTT	2	12	509469	509480	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017047	AAATCA	2	12	583727	583738	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_017047	AACTTT	2	12	591740	591751	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017047	TGCAAA	2	12	598426	598437	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_017047	TTAATG	2	12	603669	603680	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017047	TTGGTT	2	12	604620	604631	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017047	TCTCGC	2	12	612115	612126	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
28	NC_017047	AACATG	2	12	636831	636842	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_017047	GTGGCA	2	12	693523	693534	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017047	GCAATT	2	12	698535	698546	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017047	AATGTG	2	12	700238	700249	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017047	GTTATT	2	12	700623	700634	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017047	TAAGAC	2	12	748962	748973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017047	AACGCA	2	12	749376	749387	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017047	AACAGA	2	12	785981	785992	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_017047	GAACTC	2	12	798824	798835	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_017047	TAAAAA	2	12	803215	803226	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017047	ATAGAA	2	12	810426	810437	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017047	TGCCGG	2	12	847533	847544	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017047	TGTTTT	2	12	866262	866273	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017047	TAAGAC	2	12	926940	926951	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_017047	TTTTTA	2	12	945311	945322	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017047	TAGGAA	2	12	985013	985024	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017047	CGGGGA	2	12	987936	987947	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017047	ACAAAG	2	12	990524	990535	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017047	CTGGCG	2	12	1019127	1019138	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017047	GAAGTG	2	12	1020159	1020170	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017047	CGACAG	2	12	1022876	1022887	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_017047	CTGATC	2	12	1023696	1023707	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017047	CGTGTC	2	12	1032847	1032858	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017047	CCTTAA	2	12	1036303	1036314	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_017047	TTGATT	2	12	1045081	1045092	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017047	GCTTTT	2	12	1069334	1069345	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017047	CTGTAC	2	12	1095596	1095607	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017047	AACGGG	2	12	1136591	1136602	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017047	GGAACC	2	12	1261473	1261484	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_017047	TTTTCT	2	12	1268275	1268286	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017047	TAAAAA	2	12	1282203	1282214	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017047	TGTTAT	2	12	1296656	1296667	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017047	TCAAAA	2	12	1381649	1381660	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_017047	CGCTGA	2	12	1409290	1409301	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017047	CTTTTT	2	12	1420365	1420376	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_017047	TTATAT	2	12	1445870	1445881	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017047	AAATCA	2	12	1546029	1546040	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_017047	CACTTA	2	12	1582199	1582210	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017047	CTGATG	2	12	1685481	1685492	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017047	GTTAAC	2	12	1719890	1719901	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_017047	GTTCAT	2	12	1724441	1724452	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_017047	CAAAAA	2	12	1796309	1796320	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_017047	CAAAAA	2	12	1796594	1796605	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_017047	GGAACC	2	12	1808849	1808860	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_017047	GAAGTG	2	12	1829312	1829323	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017047	TGTTTC	2	12	1840426	1840437	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_017047	ACTTTT	2	12	1888265	1888276	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017047	GTGATG	2	12	1895624	1895635	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017047	TTTGGC	2	12	1897474	1897485	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_017047	AAGGTC	2	12	1903843	1903854	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017047	AATACG	2	12	1966877	1966888	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_017047	TCTATT	2	12	1996898	1996909	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017047	TGTTAT	2	12	2039725	2039736	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017047	CTTCAA	2	12	2057714	2057725	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017047	CTTCTG	2	12	2062376	2062387	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_017047	TCCGGG	2	12	2069368	2069379	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017047	CTGATT	2	12	2110205	2110216	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017047	GCTTAA	2	12	2110469	2110480	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_017047	CAGCTC	2	12	2129711	2129722	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
87	NC_017047	AGAGGA	2	12	2139444	2139455	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017047	GCTTTT	2	12	2160408	2160419	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_017047	GTATTT	2	12	2184469	2184480	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017047	AACTTC	2	12	2187202	2187213	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017047	ATTCTG	2	12	2205935	2205946	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_017047	GTTTCT	2	12	2211678	2211689	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_017047	ATCATT	2	12	2223602	2223613	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_017047	TGAAAA	2	12	2229350	2229361	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017047	AAATCA	2	12	2257956	2257967	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_017047	TGTAAG	2	12	2281075	2281086	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017047	ATTCAG	2	12	2338771	2338782	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_017047	AGGAAG	2	12	2348513	2348524	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017047	TTCAAA	2	12	2362963	2362974	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_017047	GGTGCT	2	12	2407397	2407408	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_017047	ACGCCA	2	12	2408210	2408221	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
102	NC_017047	ATATGT	2	12	2418752	2418763	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017047	GTGCAT	2	12	2420902	2420913	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_017047	CCATCG	2	12	2436692	2436703	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
105	NC_017047	TTTAAA	2	12	2453235	2453246	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017047	TGCTAC	2	12	2539461	2539472	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_017047	AAATCA	2	12	2571618	2571629	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_017047	TGGTCA	2	12	2576528	2576539	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017047	CGGGTA	2	12	2577310	2577321	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_017047	GGGTCA	2	12	2577473	2577484	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_017047	AAATAT	2	12	2587116	2587127	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017047	CTAAGC	2	12	2591471	2591482	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_017047	ATTTTT	2	12	2628434	2628445	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017047	ATATGA	2	12	2633720	2633731	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017047	ATCCTT	2	12	2666477	2666488	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_017047	TCACCA	2	12	2673994	2674005	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_017047	ATTTTG	2	12	2674437	2674448	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017047	CCAGCA	2	12	2676111	2676122	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
119	NC_017047	GGAGAA	2	12	2687807	2687818	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017047	AATATC	2	12	2699198	2699209	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_017047	AAGGTC	2	12	2713377	2713388	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_017047	GACCTT	2	12	2713888	2713899	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_017047	TTCTAT	2	12	2722651	2722662	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_017047	TCAACT	2	12	2723524	2723535	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_017047	TTGAAT	5	30	2724051	2724080	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017047	AAAACA	2	12	2759862	2759873	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_017047	GTTGAG	2	12	2762953	2762964	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017047	TTTCTG	2	12	2813173	2813184	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_017047	AGCCTC	2	12	2839432	2839443	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
130	NC_017047	CTTTTA	2	12	2874516	2874527	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_017047	AGACAA	2	12	2904263	2904274	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_017047	GAGCCA	2	12	2920249	2920260	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_017047	CAGACT	2	12	2934731	2934742	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_017047	ACGCTG	2	12	2939025	2939036	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017047	TCGTTT	2	12	2962978	2962989	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_017047	CATATT	2	12	3029861	3029872	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_017047	AAACAT	2	12	3029884	3029895	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_017047	TACCGA	2	12	3133907	3133918	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_017047	TTTTCA	2	12	3148059	3148070	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_017047	TTGATT	2	12	3157486	3157497	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017047	TCATTT	2	12	3177650	3177661	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_017047	TGAATA	2	12	3186284	3186295	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017047	AAGTGT	2	12	3219454	3219465	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017047	TCACGC	2	12	3237190	3237201	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
145	NC_017047	AAATCA	2	12	3239853	3239864	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
146	NC_017047	TTGATT	2	12	3262332	3262343	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017047	CAAAAG	2	12	3292561	3292572	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
148	NC_017047	TATGAA	2	12	3313327	3313338	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017047	TTGAAT	4	24	3353017	3353040	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017047	TTGAAG	4	24	3353041	3353064	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017047	CTTCAT	2	12	3435854	3435865	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_017047	TCCTTT	2	12	3449050	3449061	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_017047	ACGTTA	2	12	3561188	3561199	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
154	NC_017047	ATGAAA	2	12	3594641	3594652	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017047	CATAAT	2	12	3753603	3753614	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
156	NC_017047	ATCAGA	2	12	3799688	3799699	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_017047	AGTTTC	2	12	3872888	3872899	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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161	NC_017047	GTCCGG	2	12	3928949	3928960	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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164	NC_017047	AATTTT	5	30	4080749	4080778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.