MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 798 chromosome

Total Repeats: 203

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017046	TCTTAA	2	12	23203	23214	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017046	CAGCGC	2	12	62308	62319	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
3	NC_017046	AATAGC	2	12	67747	67758	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017046	TGTGGT	2	12	74861	74872	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017046	AAAGAA	2	12	75356	75367	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017046	CGGGTG	2	12	116768	116779	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017046	CAATTG	2	12	121286	121297	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017046	AATGCT	2	12	121394	121405	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017046	AAGAGG	2	12	128584	128595	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017046	GGATAA	2	12	134225	134236	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017046	CAATAT	2	12	229775	229786	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017046	TGAAAA	2	12	338749	338760	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017046	AGATGA	2	12	350353	350364	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017046	TTCTCA	2	12	358402	358413	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017046	CTCATT	2	12	377667	377678	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_017046	GTGATA	2	12	477246	477257	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017046	AAATTT	2	12	497916	497927	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017046	TGCTAT	2	12	527506	527517	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017046	GGGTGC	2	12	539484	539495	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017046	CAGGCG	2	12	539637	539648	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017046	AGCGCC	2	12	545365	545376	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
22	NC_017046	TGCAAT	2	12	590794	590805	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_017046	TGCAAT	2	12	590809	590820	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017046	TAACGT	2	12	623578	623589	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_017046	TGCAAA	2	12	643405	643416	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017046	GGGGCG	2	12	769035	769046	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_017046	CAAAAA	2	12	808505	808516	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017046	GCAGCC	2	12	811881	811892	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
29	NC_017046	TGAAAA	2	12	899303	899314	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017046	ATTTTT	2	12	905925	905936	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017046	CTTAAA	2	12	929672	929683	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_017046	TTACTG	2	12	929858	929869	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017046	TCCAGT	2	12	945135	945146	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017046	CATCGT	2	12	946773	946784	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017046	GATGAC	2	12	968393	968404	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_017046	AAAGAT	2	12	1047586	1047597	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017046	AAAATC	2	12	1062186	1062197	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017046	ACCCAA	2	12	1062361	1062372	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_017046	AAAGCA	2	12	1065259	1065270	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017046	GTTTTT	2	12	1069007	1069018	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017046	CTTTTT	2	12	1069337	1069348	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_017046	TAAATG	2	12	1100057	1100068	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017046	ATCTCG	2	12	1100523	1100534	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017046	AAAAAT	2	12	1119573	1119584	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017046	AAGAGA	2	12	1125616	1125627	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017046	CGTTTA	2	12	1131597	1131608	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017046	TGAGTA	2	12	1134019	1134030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017046	TGTCAT	2	12	1175965	1175976	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017046	TAATTA	2	12	1198733	1198744	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017046	AAAAAG	2	12	1253939	1253950	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017046	AAAAAC	2	12	1282576	1282587	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_017046	GGTTTA	2	12	1295714	1295725	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017046	GATTTT	2	12	1317102	1317113	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017046	AAGCGC	2	12	1318730	1318741	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017046	GGACAT	2	12	1325457	1325468	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017046	CGCTCG	2	12	1403364	1403375	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
57	NC_017046	AGTCTT	2	12	1418265	1418276	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017046	CCAGCG	2	12	1586064	1586075	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
59	NC_017046	GATATT	2	12	1611401	1611412	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017046	CATTAA	2	12	1625967	1625978	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_017046	TTCCCC	2	12	1628881	1628892	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_017046	AGTATA	2	12	1650009	1650020	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017046	TTTATG	2	12	1675874	1675885	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017046	TATTTA	2	12	1680004	1680015	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017046	TTATTT	2	12	1683522	1683533	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017046	ACTGCC	2	12	1685197	1685208	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
67	NC_017046	TTCAGA	2	12	1702899	1702910	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_017046	TTTTAT	2	12	1709201	1709212	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017046	TATAGT	2	12	1756607	1756618	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017046	TCTGCG	2	12	1769212	1769223	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017046	CCCGCG	2	12	1847396	1847407	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_017046	TTGGCT	2	12	1851251	1851262	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017046	TGTTAA	2	12	1855974	1855985	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017046	TCAACG	2	12	1892792	1892803	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_017046	GGAAAT	2	12	1948438	1948449	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017046	CTTTCA	2	12	1949390	1949401	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017046	CAGGTA	2	12	1961437	1961448	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017046	TAAAGC	2	12	1979738	1979749	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_017046	CTCCAG	2	12	2050280	2050291	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
80	NC_017046	TCGTGA	2	12	2066779	2066790	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_017046	CTGGCG	2	12	2126405	2126416	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017046	GATTCG	2	12	2131084	2131095	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_017046	AATCAG	2	12	2141125	2141136	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017046	CATATA	2	12	2141307	2141318	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017046	GTTATT	2	12	2185522	2185533	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017046	ATAACA	2	12	2222350	2222361	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_017046	ACATAA	2	12	2222568	2222579	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_017046	TGTTTA	2	12	2230554	2230565	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017046	TTTATC	2	12	2260562	2260573	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_017046	TCCAGT	2	12	2328547	2328558	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017046	ATTTTC	2	12	2328910	2328921	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_017046	CCTTCA	2	12	2364348	2364359	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_017046	TAACGC	2	12	2370605	2370616	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017046	CATTAA	2	12	2436786	2436797	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_017046	AGAAAA	2	12	2473511	2473522	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017046	TTCTCA	2	12	2484045	2484056	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_017046	ATTTTT	2	12	2501800	2501811	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017046	GTAAGT	2	12	2512914	2512925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017046	TTTTCA	2	12	2522223	2522234	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_017046	CAAGTG	2	12	2539229	2539240	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_017046	TATCCG	2	12	2631884	2631895	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_017046	CAGCGT	2	12	2634020	2634031	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_017046	TTCACC	2	12	2635695	2635706	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_017046	CGGTGA	2	12	2637292	2637303	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_017046	GCTACA	2	12	2655488	2655499	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_017046	TGTTTT	2	12	2671018	2671029	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017046	GCAAGG	10	60	2727951	2728010	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_017046	TTGGGT	2	12	2766574	2766585	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017046	TTTGTT	2	12	2779485	2779496	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017046	TATTTT	2	12	2779680	2779691	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017046	ACAAAA	2	12	2795757	2795768	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_017046	CAGCAA	2	12	2824842	2824853	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_017046	AAAATA	2	12	2861591	2861602	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017046	CAAAAT	2	12	2877609	2877620	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_017046	TAAAAA	2	12	2899089	2899100	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017046	CGACAT	2	12	2900252	2900263	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017046	CGCAGG	2	12	2900511	2900522	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_017046	AAAGGC	2	12	2907144	2907155	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_017046	ATTAAA	2	12	2909605	2909616	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017046	TAAGGG	2	12	2920670	2920681	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017046	CACTGA	2	12	2926802	2926813	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_017046	CAAGAG	2	12	2933824	2933835	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_017046	CTTAGG	2	12	2947843	2947854	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_017046	ATCTTA	2	12	2950763	2950774	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_017046	CAATAA	2	12	2964299	2964310	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_017046	ATTAAA	2	12	3067411	3067422	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017046	CCATCG	2	12	3069591	3069602	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
128	NC_017046	GATTAT	2	12	3115438	3115449	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017046	CCTGTT	2	12	3116357	3116368	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_017046	GGCGTC	2	12	3135424	3135435	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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156	NC_017046	TCATTC	2	12	3735658	3735669	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.