MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Riemerella anatipestifer ATCC 11845 = DSM 15868 chromosome

Total Repeats: 400

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017045	TGTGG	2	10	2223	2232	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017045	TTCAA	2	10	8456	8465	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017045	AAAGG	2	10	10325	10334	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017045	GAATT	2	10	16590	16599	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017045	TTCAA	2	10	17746	17755	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017045	ATAAA	2	10	18617	18626	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017045	GATGT	2	10	18842	18851	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017045	AGGAA	2	10	18900	18909	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017045	TTGAA	2	10	19098	19107	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017045	TTCAA	2	10	19794	19803	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017045	TTGAA	2	10	21459	21468	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017045	TTCAA	2	10	21497	21506	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017045	ACTAA	2	10	22420	22429	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017045	TCAAT	2	10	23752	23761	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017045	ATTTA	2	10	23768	23777	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017045	AAAGG	2	10	24953	24962	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017045	CGGCT	2	10	28350	28359	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_017045	ATGGA	2	10	29194	29203	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017045	TTGAA	2	10	30778	30787	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017045	AGACA	2	10	40672	40681	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017045	TTTAT	2	10	41953	41962	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017045	TTTTA	2	10	45826	45835	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017045	TATTT	2	10	46529	46538	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017045	TTTGT	2	10	49571	49580	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017045	GTAGG	2	10	50109	50118	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017045	TAAAT	2	10	53050	53059	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017045	AACTA	2	10	64433	64442	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017045	AACCA	2	10	64475	64484	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_017045	AACTA	2	10	64517	64526	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017045	AATAC	2	10	65341	65350	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017045	AAAGT	2	10	81072	81081	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017045	AAGAT	2	10	94564	94573	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017045	AGCGG	2	10	95671	95680	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017045	CTTTT	2	10	98476	98485	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017045	TAAAG	2	10	99517	99526	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017045	CATAG	2	10	108272	108281	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017045	AAACT	2	10	108488	108497	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017045	AAATT	2	10	121270	121279	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017045	AAAAT	2	10	130831	130840	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017045	TATTT	2	10	130927	130936	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017045	CAAAA	2	10	144611	144620	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017045	GTCTT	2	10	146277	146286	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017045	TATAG	2	10	146310	146319	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017045	TCATT	2	10	173235	173244	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017045	AAATA	2	10	175294	175303	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017045	TTTAC	2	10	175365	175374	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017045	AAAAT	2	10	180775	180784	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017045	TTTGT	2	10	182813	182822	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017045	AATCC	2	10	196103	196112	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_017045	GTTTT	2	10	200546	200555	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017045	ATGAA	2	10	204945	204954	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017045	ATAAA	2	10	208781	208790	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017045	GTAGG	2	10	209231	209240	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017045	AAAAT	2	10	210348	210357	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017045	GATTC	2	10	211161	211170	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017045	CATAT	2	10	213758	213767	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_017045	ACCCT	2	10	214894	214903	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
58	NC_017045	TAAAA	2	10	216344	216353	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017045	GATAA	2	10	220274	220283	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017045	ATTAA	2	10	221823	221832	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017045	AAATT	2	10	223282	223291	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017045	TATCA	2	10	230978	230987	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017045	TTTAG	2	10	233868	233877	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017045	AAACG	2	10	235332	235341	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017045	ACCAT	2	10	241679	241688	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
66	NC_017045	TTTAT	2	10	241955	241964	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017045	AAGCA	2	10	242178	242187	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017045	TCATT	2	10	249703	249712	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017045	TCTCA	2	10	255717	255726	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017045	AAAAT	2	10	264528	264537	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017045	TAGTT	2	10	268151	268160	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017045	TAAAT	2	10	268205	268214	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017045	ATTTA	2	10	279781	279790	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017045	TTAAA	2	10	281458	281467	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017045	TAAAA	2	10	284540	284549	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017045	GTTTT	2	10	289260	289269	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017045	GTTTT	2	10	301071	301080	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017045	ACTTT	2	10	305361	305370	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017045	GTATT	2	10	306342	306351	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017045	TAGTA	2	10	323729	323738	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017045	TATTT	2	10	336453	336462	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017045	TAACC	2	10	339666	339675	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_017045	TTTAG	2	10	341729	341738	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017045	AAAGG	2	10	349776	349785	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017045	CCGTT	2	10	350295	350304	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
86	NC_017045	TTTGG	2	10	351386	351395	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017045	TTTCG	2	10	351550	351559	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017045	GGAAA	2	10	351560	351569	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017045	TTTAA	2	10	358247	358256	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017045	ATTTA	2	10	380080	380089	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017045	TTTGG	2	10	381806	381815	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017045	AATAA	2	10	382170	382179	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017045	TTGGG	2	10	393552	393561	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017045	ATGTT	2	10	393571	393580	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017045	TAGGA	2	10	400838	400847	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017045	TAAAA	2	10	424283	424292	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017045	AACAA	2	10	427809	427818	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017045	GTTTT	2	10	442280	442289	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017045	TAATT	2	10	445293	445302	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017045	CACAA	2	10	452938	452947	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_017045	TTAAG	2	10	459128	459137	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017045	AAACA	2	10	469789	469798	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017045	ATTAG	2	10	471856	471865	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017045	ATTAA	2	10	475632	475641	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017045	TATAA	2	10	475662	475671	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017045	TATAT	2	10	475716	475725	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017045	AACGA	2	10	498111	498120	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017045	CCAAG	2	10	498355	498364	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
109	NC_017045	AATAA	2	10	498633	498642	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017045	ATGAT	2	10	501698	501707	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017045	ATTTT	2	10	506183	506192	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017045	CACTA	2	10	520615	520624	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
113	NC_017045	CAATT	2	10	522716	522725	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017045	CTTTA	2	10	524078	524087	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017045	AGATG	2	10	532137	532146	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017045	ATTAA	2	10	554039	554048	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017045	TTTTC	2	10	558563	558572	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017045	AACAA	2	10	562744	562753	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017045	ATGGC	2	10	573942	573951	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017045	CGAAG	2	10	574154	574163	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017045	ATTTT	2	10	574660	574669	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017045	CAAGT	2	10	575547	575556	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017045	GCTTA	2	10	575705	575714	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017045	ATTTT	2	10	578568	578577	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017045	CAATT	2	10	579842	579851	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_017045	AGTTT	2	10	581336	581345	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017045	CTTGT	2	10	581918	581927	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017045	AAATT	2	10	591371	591380	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017045	TAACA	2	10	591393	591402	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017045	AAAAT	2	10	598518	598527	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017045	AAAAG	2	10	617132	617141	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017045	GCACC	2	10	622129	622138	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
133	NC_017045	AAAAT	2	10	626339	626348	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017045	TTTAA	2	10	626494	626503	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017045	ATTAT	2	10	629685	629694	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017045	ATAAG	2	10	631565	631574	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017045	TAAAA	2	10	635484	635493	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017045	AGGCA	2	10	640018	640027	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017045	GAAAG	2	10	640588	640597	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017045	TTTTC	2	10	641587	641596	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017045	AAAAG	2	10	643317	643326	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017045	GAAAA	2	10	644342	644351	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017045	TAAAT	2	10	647040	647049	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017045	AAATT	2	10	649022	649031	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017045	ACTAA	2	10	649275	649284	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_017045	TAAAA	2	10	649558	649567	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017045	TATTT	2	10	649605	649614	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017045	ATTAT	2	10	649872	649881	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017045	GTTTT	2	10	650324	650333	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017045	GTAAA	2	10	651481	651490	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017045	GTCAA	2	10	654053	654062	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
152	NC_017045	TATTT	2	10	655225	655234	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017045	TTTTA	2	10	655806	655815	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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156	NC_017045	TTTTA	2	10	680241	680250	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_017045	TTTAG	2	10	691559	691568	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
158	NC_017045	GCTCT	2	10	693996	694005	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
159	NC_017045	ATTTT	2	10	694513	694522	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_017045	CTTCT	2	10	695156	695165	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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162	NC_017045	TCTTA	2	10	695553	695562	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
163	NC_017045	ATATT	2	10	723426	723435	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_017045	AATTA	2	10	728540	728549	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_017045	AAAAT	2	10	728583	728592	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_017045	AACTT	2	10	728733	728742	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
167	NC_017045	TAAAA	2	10	739507	739516	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_017045	ATAGT	2	10	742602	742611	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
169	NC_017045	TACTA	2	10	745563	745572	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
170	NC_017045	CCTTA	2	10	750765	750774	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
171	NC_017045	ATTGT	2	10	750814	750823	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
172	NC_017045	TATAA	2	10	756087	756096	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_017045	AAAAT	2	10	756194	756203	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_017045	CTACG	2	10	764071	764080	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
175	NC_017045	TTCTG	2	10	764212	764221	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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177	NC_017045	ATTTT	2	10	777912	777921	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_017045	ATAAA	2	10	795357	795366	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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184	NC_017045	TCCAC	2	10	796448	796457	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
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187	NC_017045	AAATC	2	10	809650	809659	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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192	NC_017045	ATAAA	2	10	839905	839914	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_017045	ATTTT	2	10	846956	846965	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_017045	ATTTA	2	10	854164	854173	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_017045	TAAAA	2	10	860011	860020	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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233	NC_017045	ATTAG	2	10	1038632	1038641	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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253	NC_017045	AAGTT	2	10	1113893	1113902	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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274	NC_017045	ATCTT	2	10	1321692	1321701	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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277	NC_017045	TGATA	2	10	1345143	1345152	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
278	NC_017045	TACCT	2	10	1348700	1348709	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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280	NC_017045	TATAT	2	10	1353727	1353736	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
281	NC_017045	CAAAT	2	10	1353972	1353981	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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283	NC_017045	AAAAT	2	10	1356131	1356140	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
284	NC_017045	TATTT	2	10	1356160	1356169	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
285	NC_017045	TTTTA	2	10	1357179	1357188	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
286	NC_017045	TTTTA	2	10	1361903	1361912	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
287	NC_017045	AAGAT	2	10	1366621	1366630	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
288	NC_017045	TTAAA	2	10	1390358	1390367	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_017045	TAAAA	2	10	1404613	1404622	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.