MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rickettsia parkeri str. Portsmouth chromosome

Total Repeats: 586

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017044	AATATC	2	12	1250	1261	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383483343
2	NC_017044	TTTTCC	2	12	2250	2261	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383483344
3	NC_017044	AAAGTA	2	12	4290	4301	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383483346
4	NC_017044	CAAAAC	2	12	8132	8143	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383483349
5	NC_017044	CAAAAT	2	12	8985	8996	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383483349
6	NC_017044	ACCGTA	2	12	10583	10594	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383483353
7	NC_017044	AGAAAA	2	12	14299	14310	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017044	TAGCTC	2	12	14362	14373	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_017044	ATTAAA	2	12	15402	15413	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383483356
10	NC_017044	TTTAAA	2	12	17002	17013	50 %	50 %	0 %	0 %	383483358
11	NC_017044	CTAATT	2	12	17051	17062	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383483358
12	NC_017044	CTATAT	2	12	17666	17677	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383483358
13	NC_017044	AGAACA	2	12	18249	18260	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017044	ATTTAG	2	12	22582	22593	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383483363
15	NC_017044	TAGATG	2	12	23329	23340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383483363
16	NC_017044	GCATTA	2	12	24936	24947	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383483363
17	NC_017044	TCCGAT	2	12	25053	25064	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383483363
18	NC_017044	ATTTAA	2	12	25451	25462	50 %	50 %	0 %	0 %	383483363
19	NC_017044	AGAAAA	2	12	26455	26466	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383483364
20	NC_017044	CAAATA	2	12	27248	27259	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017044	TAAAGT	2	12	27411	27422	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017044	TTTAGG	2	12	28793	28804	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017044	CATATA	2	12	34096	34107	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383483377
24	NC_017044	AATACA	2	12	37666	37677	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383483381
25	NC_017044	TTTTTG	2	12	38239	38250	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	383483383
26	NC_017044	AAGAAA	2	12	39173	39184	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017044	ATCTTT	2	12	41598	41609	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017044	ATATTA	2	12	45644	45655	50 %	50 %	0 %	0 %	383483395
29	NC_017044	AAAGCT	2	12	45831	45842	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383483395
30	NC_017044	TACTAA	2	12	46035	46046	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383483395
31	NC_017044	ATTAAT	2	12	46387	46398	50 %	50 %	0 %	0 %	383483395
32	NC_017044	TTTTTA	2	12	47369	47380	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383483397
33	NC_017044	AGTATT	2	12	52026	52037	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017044	ATTGCT	2	12	56382	56393	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383483405
35	NC_017044	ATTTAT	2	12	56969	56980	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383483406
36	NC_017044	ATAAGG	2	12	57168	57179	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	383483406
37	NC_017044	ATCAGA	2	12	60999	61010	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383483411
38	NC_017044	AAAACA	2	12	64738	64749	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	383483413
39	NC_017044	ATAAAA	2	12	69214	69225	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017044	ATTTAT	2	12	69247	69258	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017044	TAATAT	2	12	70065	70076	50 %	50 %	0 %	0 %	383483420
42	NC_017044	CAGCAA	2	12	70726	70737	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	383483421
43	NC_017044	ATAGTG	2	12	71057	71068	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383483421
44	NC_017044	AAAAAG	2	12	71885	71896	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383483421
45	NC_017044	TATAGT	2	12	75655	75666	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383483426
46	NC_017044	TACCCT	2	12	77298	77309	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	383483429
47	NC_017044	ATCCTG	2	12	77320	77331	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383483429
48	NC_017044	AAAGCT	2	12	77739	77750	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	383483429
49	NC_017044	GTAATA	2	12	78378	78389	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383483429
50	NC_017044	TTTAAG	2	12	78470	78481	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017044	AGTAAA	2	12	87102	87113	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383483438
52	NC_017044	TATTAA	2	12	87703	87714	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017044	CGTGAT	2	12	89614	89625	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383483442
54	NC_017044	TTGATT	2	12	92110	92121	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383483443
55	NC_017044	GAAGCA	2	12	93202	93213	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	383483444
56	NC_017044	TTTTAA	2	12	93475	93486	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017044	TAAAAA	2	12	96203	96214	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017044	TTTTTA	2	12	98567	98578	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383483448
59	NC_017044	CCTATA	2	12	103339	103350	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383483454
60	NC_017044	ACCTAT	2	12	103575	103586	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383483454
61	NC_017044	ACCGCT	2	12	104923	104934	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	383483455
62	NC_017044	AAATAT	2	12	110236	110247	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383483460
63	NC_017044	GTGGCG	2	12	110602	110613	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	383483460
64	NC_017044	TAGCGG	2	12	119492	119503	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383483464
65	NC_017044	CTCAAT	2	12	122727	122738	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017044	TTTATT	2	12	124942	124953	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383483469
67	NC_017044	TAAAAT	2	12	128931	128942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383483474
68	NC_017044	TATTTT	2	12	130990	131001	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017044	CTTTGT	2	12	136269	136280	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383483483
70	NC_017044	TTGCTA	2	12	138359	138370	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383483484
71	NC_017044	AAGATA	2	12	138524	138535	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383483484
72	NC_017044	CTTTAG	2	12	138686	138697	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383483484
73	NC_017044	TTTAGT	2	12	139345	139356	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383483484
74	NC_017044	TAATGC	2	12	143065	143076	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383483486
75	NC_017044	AAAGAT	2	12	143888	143899	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383483486
76	NC_017044	TAAAGA	2	12	144112	144123	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383483486
77	NC_017044	TTTATC	2	12	156971	156982	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383483494
78	NC_017044	GATTTT	2	12	157265	157276	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383483495
79	NC_017044	CTTTTG	2	12	159824	159835	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383483497
80	NC_017044	GTAAAA	2	12	161148	161159	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383483498
81	NC_017044	ATTGAG	2	12	164430	164441	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383483503
82	NC_017044	CTTCAT	2	12	164656	164667	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383483503
83	NC_017044	AAAGAA	2	12	167070	167081	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383483505
84	NC_017044	TCAAGC	2	12	167087	167098	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383483505
85	NC_017044	ACTGAT	2	12	167495	167506	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383483506
86	NC_017044	GTTGAG	2	12	167655	167666	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	383483506
87	NC_017044	AAGTAA	2	12	169451	169462	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	383483507
88	NC_017044	TTTTAA	2	12	170865	170876	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017044	TAGAGC	2	12	172296	172307	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	383483512
90	NC_017044	GAACAA	2	12	175817	175828	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383483516
91	NC_017044	ATAAAA	2	12	177234	177245	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383483516
92	NC_017044	TTTTTA	2	12	178297	178308	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	383483517
93	NC_017044	CTGTAG	2	12	181331	181342	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383483522
94	NC_017044	TTAAAA	2	12	183580	183591	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383483523
95	NC_017044	GCTATT	2	12	185427	185438	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383483523
96	NC_017044	TCCATG	2	12	192396	192407	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383483525
97	NC_017044	GATGTT	2	12	193422	193433	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	383483526
98	NC_017044	AAAAAT	2	12	195899	195910	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383483529
99	NC_017044	AAGCCC	2	12	204849	204860	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	383483535
100	NC_017044	CCCTAA	2	12	210099	210110	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	383483542
101	NC_017044	TATTTA	2	12	211247	211258	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017044	CTTTAG	2	12	214480	214491	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383483546
103	NC_017044	TGCCGA	2	12	214970	214981	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	383483546
104	NC_017044	ATATTT	2	12	215469	215480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383483546
105	NC_017044	GTTTCA	2	12	218659	218670	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383483550
106	NC_017044	AAAAGC	2	12	219835	219846	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383483551
107	NC_017044	TTTCTT	2	12	221293	221304	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383483553
108	NC_017044	TTTTCT	2	12	221313	221324	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383483553
109	NC_017044	AAATTA	2	12	222469	222480	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383483555
110	NC_017044	AGTTAA	2	12	224411	224422	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383483556
111	NC_017044	TCATAA	2	12	226317	226328	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383483557
112	NC_017044	TAATAT	2	12	226422	226433	50 %	50 %	0 %	0 %	383483557
113	NC_017044	TAAATT	2	12	228016	228027	50 %	50 %	0 %	0 %	383483559
114	NC_017044	AAAGCA	2	12	235023	235034	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	383483570
115	NC_017044	GTACGA	2	12	239067	239078	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	383483574
116	NC_017044	CTTCTA	2	12	240064	240075	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383483574
117	NC_017044	ATCTCA	2	12	242939	242950	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383483576
118	NC_017044	TTCTTT	2	12	244332	244343	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	383483577
119	NC_017044	TACTTC	2	12	246659	246670	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383483581
120	NC_017044	TATTTT	2	12	255896	255907	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017044	CAATAT	2	12	256220	256231	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383483590
122	NC_017044	TAATTA	2	12	256821	256832	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017044	GCACCG	2	12	263961	263972	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	383483598
124	NC_017044	CTTTAA	2	12	264288	264299	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383483599
125	NC_017044	AAATAA	2	12	264434	264445	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017044	AAAATG	2	12	264500	264511	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017044	GCACCG	2	12	265756	265767	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	383483602
128	NC_017044	TTACTC	2	12	266698	266709	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383483604
129	NC_017044	CATTAT	2	12	271167	271178	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	383483609
130	NC_017044	ATGACG	2	12	273240	273251	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_017044	ATTGCA	2	12	277281	277292	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_017044	TTAAAG	2	12	280124	280135	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	383483617
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136	NC_017044	TAAAAT	2	12	286049	286060	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017044	CCTGAA	2	12	287676	287687	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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140	NC_017044	CAAATA	2	12	293172	293183	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_017044	CCTGAA	2	12	294828	294839	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383483629
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149	NC_017044	TTGTTC	2	12	309801	309812	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383483641
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220	NC_017044	TGTAGG	2	12	468481	468492	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
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224	NC_017044	TTTCAG	2	12	480275	480286	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	383483821
225	NC_017044	AATATC	2	12	487426	487437	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
226	NC_017044	ATTTTG	2	12	490554	490565	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383483833
227	NC_017044	CTAAAT	2	12	494022	494033	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383483835
228	NC_017044	TTGGCG	2	12	496210	496221	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
229	NC_017044	AAATTT	2	12	496258	496269	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
230	NC_017044	ATCAAA	2	12	502163	502174	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	383483848
231	NC_017044	CGGTGA	2	12	505708	505719	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383483850
232	NC_017044	TATTCC	2	12	507080	507091	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	383483851
233	NC_017044	AGGAAG	2	12	507248	507259	50 %	0 %	50 %	0 %	383483851
234	NC_017044	ATCAGT	2	12	511017	511028	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	383483858
235	NC_017044	ATTTGA	2	12	511293	511304	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383483858
236	NC_017044	TGTTAT	2	12	511705	511716	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383483859
237	NC_017044	TCGGGA	2	12	516666	516677	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	383483865
238	NC_017044	ATATTA	2	12	518077	518088	50 %	50 %	0 %	0 %	383483866
239	NC_017044	ATACCG	2	12	520675	520686	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
240	NC_017044	AAAAAG	2	12	525893	525904	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	383483874
241	NC_017044	TTAATT	2	12	526549	526560	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
242	NC_017044	GTCAGC	2	12	530002	530013	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	383483878
243	NC_017044	TCATTG	2	12	531757	531768	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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250	NC_017044	AATCCC	2	12	551187	551198	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	383483898
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255	NC_017044	TAATTT	2	12	555754	555765	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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347	NC_017044	TTTAAA	2	12	739030	739041	50 %	50 %	0 %	0 %	383484075
348	NC_017044	ATGCCG	2	12	739401	739412	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	383484075
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352	NC_017044	ATCTTT	2	12	754678	754689	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	383484091
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354	NC_017044	TTTGTA	2	12	762268	762279	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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356	NC_017044	TATCAA	2	12	763670	763681	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383484101
357	NC_017044	TTGCTC	2	12	767155	767166	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	383484106
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359	NC_017044	TTAGGC	2	12	770182	770193	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	383484109
360	NC_017044	GTAAGC	2	12	770605	770616	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	383484110
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363	NC_017044	TAATGT	2	12	777612	777623	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	383484120
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458	NC_017044	ATATCC	2	12	1011827	1011838	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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460	NC_017044	AATTAT	2	12	1019113	1019124	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
461	NC_017044	TTTGTC	2	12	1019527	1019538	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	383484383
462	NC_017044	ATCAAT	2	12	1019863	1019874	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
463	NC_017044	CATTGT	2	12	1020488	1020499	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
464	NC_017044	CATATT	2	12	1025522	1025533	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
465	NC_017044	AATTTA	2	12	1039913	1039924	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
466	NC_017044	TTACCG	2	12	1043389	1043400	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	383484405
467	NC_017044	AGACCT	2	12	1043701	1043712	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	383484405
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470	NC_017044	CAAATT	2	12	1051019	1051030	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	383484410
471	NC_017044	AAACCA	2	12	1051350	1051361	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383484411
472	NC_017044	GTTTTT	2	12	1057738	1057749	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	383484416
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474	NC_017044	TTAATA	2	12	1059293	1059304	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
475	NC_017044	CAAGAA	2	12	1059395	1059406	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
476	NC_017044	AACAAT	2	12	1062929	1062940	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
477	NC_017044	CTTTAT	2	12	1063192	1063203	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
478	NC_017044	ATTTTG	2	12	1067157	1067168	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	383484427
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480	NC_017044	AAAAAT	2	12	1071673	1071684	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	383484431
481	NC_017044	TTAAAT	2	12	1071826	1071837	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
482	NC_017044	TTATAT	2	12	1072034	1072045	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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