MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia parkeri str. Portsmouth chromosome

Total Repeats: 324

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017044	AATTA	2	10	12504	12513	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017044	CGCTC	2	10	12856	12865	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
3	NC_017044	AGCAG	2	10	13832	13841	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017044	TTAAT	2	10	13975	13984	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017044	TTTAA	2	10	20375	20384	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017044	TATAA	2	10	26333	26342	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017044	AAATA	2	10	28398	28407	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017044	ATGTT	2	10	29100	29109	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017044	TGCTA	2	10	32748	32757	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017044	AAGTG	2	10	35288	35297	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017044	ATTTT	2	10	35300	35309	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017044	TGAGT	2	10	37031	37040	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017044	TTAGT	2	10	39571	39580	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017044	ATTTA	2	10	41577	41586	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017044	CTTTT	2	10	41640	41649	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017044	TTATT	2	10	42046	42055	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017044	TTTTA	2	10	42150	42159	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017044	TAAGT	2	10	45365	45374	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017044	TTTAA	2	10	50269	50278	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017044	CATTA	2	10	52413	52422	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017044	TAGTT	2	10	53099	53108	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017044	ATTAT	2	10	58975	58984	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017044	TAAAT	2	10	70476	70485	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017044	ACATA	2	10	73200	73209	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017044	ATACA	2	10	84617	84626	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017044	AGAAA	2	10	96361	96370	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017044	TATAA	2	10	97898	97907	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017044	TTGTA	2	10	98038	98047	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017044	AATTA	2	10	99346	99355	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017044	ATTCG	2	10	122795	122804	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017044	TTAAA	2	10	127958	127967	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017044	TTTGA	2	10	128771	128780	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017044	TATTT	2	10	130276	130285	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017044	TCTTT	2	10	131426	131435	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017044	TGGTT	2	10	133243	133252	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017044	AAAGA	2	10	155517	155526	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017044	AAATC	2	10	182120	182129	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017044	TTTAA	2	10	182188	182197	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017044	GAGAG	2	10	182405	182414	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017044	CGCTC	2	10	191115	191124	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
41	NC_017044	TTTTA	2	10	192692	192701	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017044	AAGAG	2	10	195368	195377	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017044	AATTA	2	10	211104	211113	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017044	TAAAT	2	10	211121	211130	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017044	TAAAA	2	10	211156	211165	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017044	AGACA	2	10	211218	211227	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017044	GTTTT	2	10	211703	211712	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017044	ATTAT	2	10	213235	213244	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017044	ATTTA	2	10	215722	215731	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017044	AAATT	2	10	217175	217184	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017044	TTTCT	2	10	217190	217199	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017044	GTCAA	2	10	219656	219665	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017044	TAATA	2	10	226063	226072	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017044	ATTTA	2	10	227647	227656	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017044	TAAAT	2	10	227716	227725	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017044	TATAT	2	10	229086	229095	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017044	TATCG	2	10	229777	229786	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_017044	TTATA	2	10	233827	233836	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017044	TCGCT	2	10	246632	246641	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_017044	TTTGA	2	10	248586	248595	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017044	GACAA	2	10	255955	255964	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017044	CTACA	2	10	257806	257815	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_017044	GTATT	2	10	258801	258810	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017044	ATTAG	2	10	264092	264101	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017044	AAGGA	2	10	265277	265286	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017044	TATAA	2	10	265951	265960	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017044	ATTTC	2	10	278370	278379	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017044	ATTGG	2	10	282298	282307	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017044	TTATT	2	10	282489	282498	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017044	CGAAG	2	10	288282	288291	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017044	ATCCC	2	10	289342	289351	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
72	NC_017044	TGCAA	2	10	289427	289436	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017044	TATAC	2	10	290035	290044	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017044	TAATA	2	10	292907	292916	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017044	AGATA	2	10	294042	294051	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017044	GATAT	2	10	306575	306584	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017044	TATGA	2	10	307029	307038	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017044	AAAGA	2	10	309760	309769	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017044	GATTT	2	10	324802	324811	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017044	ATCTA	2	10	326108	326117	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017044	TTTAT	2	10	331085	331094	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017044	TTTAT	2	10	338381	338390	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017044	TAAAA	2	10	349098	349107	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017044	TTTAA	2	10	354456	354465	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017044	AATGA	2	10	358134	358143	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017044	ATAAA	2	10	359199	359208	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017044	CAACA	2	10	365637	365646	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
88	NC_017044	TTACT	2	10	366766	366775	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017044	TCTGC	2	10	367091	367100	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_017044	TTGGT	2	10	368079	368088	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017044	TGATA	2	10	369419	369428	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017044	AATTA	2	10	369619	369628	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017044	GAAAA	2	10	374223	374232	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017044	GGATA	2	10	375296	375305	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017044	ATGAG	2	10	375681	375690	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017044	ATAAA	2	10	377161	377170	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017044	ATTTA	2	10	390915	390924	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017044	TTGCA	2	10	399016	399025	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017044	AATTT	2	10	399736	399745	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017044	TTAAT	2	10	400850	400859	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017044	TAATT	2	10	414306	414315	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017044	TCAAG	2	10	417057	417066	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017044	TTATG	2	10	418482	418491	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017044	ATATA	2	10	419662	419671	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017044	TGTAT	2	10	420710	420719	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017044	CTCTT	2	10	422533	422542	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
107	NC_017044	AATAA	2	10	426115	426124	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017044	TAATT	2	10	436414	436423	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017044	AAGCT	2	10	436470	436479	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017044	GATTT	2	10	437084	437093	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017044	CGCTC	2	10	441197	441206	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
112	NC_017044	TGATA	2	10	450870	450879	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017044	GAACC	2	10	454867	454876	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
114	NC_017044	TAAAT	2	10	460176	460185	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017044	GAATA	2	10	466067	466076	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017044	ATATA	2	10	467217	467226	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017044	TGCAA	2	10	467299	467308	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017044	TATAT	2	10	472143	472152	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017044	ATATT	2	10	481634	481643	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017044	TTTTA	2	10	481786	481795	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017044	CTTTA	2	10	496142	496151	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017044	TCTTT	2	10	499332	499341	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017044	TCGCT	2	10	501190	501199	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_017044	TCGCT	2	10	502948	502957	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_017044	TAAAA	2	10	502972	502981	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017044	ATTAA	2	10	508270	508279	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017044	ATGTT	2	10	517101	517110	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017044	GATTA	2	10	519984	519993	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017044	ATTTA	2	10	535344	535353	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017044	ATTTT	2	10	536795	536804	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017044	ATTAA	2	10	539572	539581	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017044	ATGTC	2	10	544209	544218	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017044	AAATT	2	10	553308	553317	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017044	TTTAT	2	10	554934	554943	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017044	CGTAG	2	10	555667	555676	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_017044	GCTCC	2	10	556098	556107	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
137	NC_017044	TGATA	2	10	561196	561205	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017044	CTTTT	2	10	566039	566048	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017044	TCTGC	2	10	566605	566614	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
140	NC_017044	ATTTA	2	10	566885	566894	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017044	ATAAA	2	10	569144	569153	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017044	AATAA	2	10	569228	569237	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017044	TAATT	2	10	581085	581094	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017044	TTTAA	2	10	585923	585932	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017044	TTTTA	2	10	590581	590590	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017044	TTATT	2	10	600259	600268	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017044	ATTTA	2	10	600503	600512	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017044	AATAA	2	10	602307	602316	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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291	NC_017044	TATGA	2	10	1125532	1125541	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
292	NC_017044	ACTAA	2	10	1131799	1131808	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
293	NC_017044	AAAAT	2	10	1135208	1135217	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_017044	TCTTG	2	10	1138489	1138498	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
295	NC_017044	AAATT	2	10	1167424	1167433	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
296	NC_017044	AAGGC	2	10	1181202	1181211	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
297	NC_017044	AATAT	2	10	1183534	1183543	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
298	NC_017044	GAATT	2	10	1183654	1183663	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
299	NC_017044	CTTTA	2	10	1194164	1194173	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
300	NC_017044	ACTAC	2	10	1196351	1196360	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
301	NC_017044	TTTTG	2	10	1197264	1197273	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
302	NC_017044	TTGAC	2	10	1201523	1201532	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
303	NC_017044	GTCAA	2	10	1203182	1203191	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
304	NC_017044	ATATT	2	10	1226193	1226202	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
305	NC_017044	GATTA	2	10	1233099	1233108	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
306	NC_017044	TCACT	2	10	1236068	1236077	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
307	NC_017044	TTTTA	2	10	1236126	1236135	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
308	NC_017044	TGTTC	2	10	1241536	1241545	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
309	NC_017044	CGAAC	2	10	1244223	1244232	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
310	NC_017044	TAAAA	2	10	1249890	1249899	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
311	NC_017044	ATATT	2	10	1250864	1250873	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
312	NC_017044	ATTTT	2	10	1251080	1251089	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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314	NC_017044	TTATT	2	10	1260476	1260485	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
315	NC_017044	ATTTC	2	10	1275313	1275322	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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318	NC_017044	ATAAA	2	10	1287399	1287408	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
319	NC_017044	GCTTT	2	10	1287475	1287484	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
320	NC_017044	GTAAT	2	10	1288184	1288193	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
321	NC_017044	GGATT	2	10	1289823	1289832	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
322	NC_017044	AGAGA	2	10	1292193	1292202	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
323	NC_017044	ATTTA	2	10	1296182	1296191	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
324	NC_017044	ATTTT	2	10	1299373	1299382	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.