MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia montanensis str. OSU 85-930 chromosome

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017043	CAAAAA	2	12	1187	1198	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017043	AATATA	2	12	15228	15239	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017043	GCTTGT	2	12	29144	29155	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017043	TGAGGT	2	12	50607	50618	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017043	AGGTAT	2	12	50856	50867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017043	TAACAA	2	12	84189	84200	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017043	CAATCT	2	12	103416	103427	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017043	CTTCAA	2	12	120849	120860	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_017043	ATTTAA	2	12	120955	120966	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017043	GGATAT	2	12	122894	122905	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017043	ATCTTG	2	12	140994	141005	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017043	TATCAA	2	12	147468	147479	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_017043	ATTTTA	2	12	157605	157616	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017043	AATATA	2	12	161212	161223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017043	TGATGG	2	12	168841	168852	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017043	TACAAA	2	12	176353	176364	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017043	ATACCG	2	12	206540	206551	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017043	TTATAT	2	12	207011	207022	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017043	CATTTA	2	12	245149	245160	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017043	TAAATC	2	12	256531	256542	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017043	TATTTT	2	12	268885	268896	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017043	ATTAAT	2	12	274137	274148	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017043	TATTTT	2	12	297460	297471	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017043	TTAATA	2	12	304376	304387	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017043	TTAAAA	2	12	307514	307525	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017043	CTAAAC	2	12	307819	307830	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017043	ATTTAA	2	12	313953	313964	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017043	AACATC	2	12	332900	332911	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017043	AATATT	2	12	341405	341416	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017043	TATCCA	2	12	357177	357188	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017043	ATTAAT	2	12	362617	362628	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017043	TTCAAA	2	12	367053	367064	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017043	AGGTTT	2	12	367800	367811	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017043	ACTTCC	2	12	377847	377858	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_017043	ACAAAA	2	12	404575	404586	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_017043	TTTTTA	2	12	412386	412397	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017043	TTGCTT	2	12	413265	413276	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017043	TAATTT	2	12	418302	418313	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017043	TTTAAA	2	12	434307	434318	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017043	ATATCC	2	12	435330	435341	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017043	ATTAGG	2	12	440650	440661	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017043	AATTAT	2	12	443535	443546	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017043	TCAATA	2	12	444449	444460	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017043	CATTGT	2	12	445291	445302	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017043	AATTTA	2	12	464254	464265	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017043	TTAATA	2	12	483287	483298	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017043	CAAGAA	2	12	483390	483401	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017043	AAAAAT	2	12	494241	494252	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017043	TTAAAT	2	12	494383	494394	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017043	TTATAT	2	12	494584	494595	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017043	TTCAAT	2	12	494845	494856	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_017043	TTAGTT	2	12	496252	496263	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017043	AGCATT	2	12	498551	498562	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017043	TGAGGC	2	12	505289	505300	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017043	ATTTAA	2	12	523258	523269	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017043	AGCTTA	2	12	533999	534010	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017043	AACACC	2	12	552227	552238	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_017043	AAATAT	2	12	556970	556981	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017043	TAAATA	2	12	571341	571352	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017043	GTTCTT	2	12	609025	609036	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_017043	CCGGTA	2	12	612877	612888	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017043	TATCAA	2	12	623721	623732	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_017043	TATAAA	2	12	638391	638402	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017043	TCATTT	2	12	649311	649322	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_017043	CCTAAT	2	12	661433	661444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017043	TTTATC	2	12	697935	697946	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017043	AAGAAA	2	12	732167	732178	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017043	AAAACA	2	12	737701	737712	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_017043	AGAAAA	2	12	746599	746610	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017043	TTTAGG	2	12	747742	747753	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017043	AAGAAA	2	12	757877	757888	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017043	AAAGCT	2	12	763696	763707	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017043	AATGAA	2	12	764703	764714	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017043	TTAAAG	2	12	766109	766120	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017043	AGTATT	2	12	771248	771259	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017043	ATAAAA	2	12	788497	788508	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017043	ATTTAT	2	12	788530	788541	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017043	TATAGT	2	12	794966	794977	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017043	GAAAGA	2	12	795041	795052	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017043	TTTTAA	2	12	813650	813661	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017043	TATTTT	2	12	851902	851913	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017043	AATTTA	2	12	894110	894121	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017043	TAAATA	2	12	901751	901762	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017043	TATTTA	2	12	930548	930559	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017043	CACTAC	2	12	949104	949115	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_017043	AGCTTC	2	12	951049	951060	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_017043	CTAGCA	2	12	951261	951272	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017043	TCTGTC	2	12	953314	953325	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_017043	CGAAAT	2	12	972684	972695	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_017043	TTTTTA	2	12	976921	976932	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017043	TAATTA	2	12	977938	977949	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017043	AAATAA	2	12	983622	983633	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017043	ATGACG	2	12	990358	990369	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_017043	ATTGCA	2	12	994408	994419	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_017043	TAAAAT	2	12	1003178	1003189	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017043	CCTGAA	2	12	1004796	1004807	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_017043	GCCTTT	2	12	1007107	1007118	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_017043	TATTGT	2	12	1013469	1013480	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017043	CAGAAA	2	12	1049638	1049649	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_017043	AATATT	2	12	1060943	1060954	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017043	ATGATT	2	12	1102547	1102558	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017043	AAATTA	2	12	1102644	1102655	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017043	AGTATT	2	12	1130935	1130946	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017043	TGTAGG	2	12	1178819	1178830	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017043	AATATC	2	12	1197114	1197125	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_017043	TTGGCG	2	12	1206071	1206082	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_017043	AAATTT	2	12	1206119	1206130	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017043	ATCAGT	2	12	1220258	1220269	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017043	ATTTGA	2	12	1220537	1220548	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017043	TTGTTA	2	12	1220967	1220978	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017043	GAACAA	2	12	1229157	1229168	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_017043	TTAATT	2	12	1235723	1235734	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017043	ACCACA	2	12	1248160	1248171	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_017043	GATTGT	2	12	1253246	1253257	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017043	AATTTA	2	12	1257630	1257641	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017043	TAGTTT	2	12	1261244	1261255	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017043	TATTAA	2	12	1264683	1264694	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017043	TTAATT	2	12	1265478	1265489	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017043	ATTAAT	2	12	1273495	1273506	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017043	TAGTAT	2	12	1273569	1273580	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017043	CTATAT	2	12	1274707	1274718	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_017043	CATATT	2	12	1275022	1275033	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_017043	TGCTTG	2	12	1275148	1275159	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_017043	TATCAA	2	12	1275448	1275459	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_017043	ATCTTC	2	12	1278292	1278303	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.