MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia montanensis str. OSU 85-930 chromosome

Total Repeats: 309

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017043	AAGAA	2	10	740	749	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017043	TTTTA	2	10	19639	19648	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017043	ACATA	2	10	26131	26140	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017043	TTATT	2	10	29262	29271	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017043	CAAGC	2	10	33333	33342	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017043	TTAAT	2	10	38255	38264	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017043	AAATT	2	10	43670	43679	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017043	TATAT	2	10	47390	47399	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017043	AGTAA	2	10	49819	49828	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017043	AAAAT	2	10	52706	52715	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017043	GTCAA	2	10	59233	59242	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017043	TAATT	2	10	67427	67436	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017043	TTAAT	2	10	69708	69717	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017043	ATAAA	2	10	71310	71319	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017043	TTTAA	2	10	80055	80064	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017043	TTTAT	2	10	83368	83377	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017043	GTGCT	2	10	95805	95814	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017043	AATAA	2	10	111415	111424	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017043	TAGGG	2	10	119262	119271	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017043	TTACC	2	10	121500	121509	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_017043	CTATG	2	10	132383	132392	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017043	ACACT	2	10	136483	136492	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_017043	CATTA	2	10	140673	140682	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017043	ACTTT	2	10	142440	142449	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017043	TTTAA	2	10	148498	148507	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017043	TTATT	2	10	153093	153102	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017043	AGTCA	2	10	155902	155911	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017043	GTTTT	2	10	157687	157696	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017043	AATTC	2	10	161924	161933	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017043	ATTTA	2	10	169015	169024	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017043	ATATT	2	10	172561	172570	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017043	ATACT	2	10	175934	175943	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017043	TAATA	2	10	176518	176527	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017043	TAACT	2	10	177448	177457	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017043	TAATT	2	10	180638	180647	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017043	TTTAA	2	10	182054	182063	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017043	TTTTA	2	10	183456	183465	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017043	ATATC	2	10	185435	185444	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017043	GTAAT	2	10	190906	190915	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017043	AAAGT	2	10	191426	191435	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017043	ATTAT	2	10	205085	205094	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017043	CCCAT	2	10	206119	206128	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
43	NC_017043	AATTT	2	10	211359	211368	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017043	TATAA	2	10	211689	211698	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017043	TACCG	2	10	222224	222233	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_017043	TTAAA	2	10	222488	222497	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017043	GTATA	2	10	222622	222631	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017043	TTTAT	2	10	227256	227265	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017043	TTTAT	2	10	235385	235394	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017043	AAATT	2	10	242492	242501	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017043	ATGCT	2	10	244072	244081	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017043	GTTAG	2	10	244301	244310	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017043	GAAGT	2	10	247794	247803	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017043	TTAGT	2	10	254977	254986	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017043	TTAAT	2	10	265630	265639	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017043	ATTTG	2	10	270859	270868	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017043	ATTTT	2	10	274153	274162	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017043	TCGCT	2	10	286140	286149	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_017043	TTAAT	2	10	294358	294367	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017043	TGAGC	2	10	296638	296647	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017043	TTATT	2	10	296930	296939	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017043	TAAGC	2	10	307716	307725	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017043	GAATA	2	10	308082	308091	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017043	ATAAA	2	10	308099	308108	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017043	ATTTT	2	10	308130	308139	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017043	AATTT	2	10	308793	308802	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017043	ATAAA	2	10	310922	310931	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017043	AACCA	2	10	314103	314112	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_017043	TTTAT	2	10	315587	315596	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017043	CTTTT	2	10	323651	323660	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017043	AAGTA	2	10	328334	328343	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017043	AGTAC	2	10	330401	330410	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017043	AAATT	2	10	335663	335672	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017043	CACGA	2	10	336934	336943	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_017043	ATGAC	2	10	338980	338989	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017043	AGAAA	2	10	342916	342925	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017043	TAATA	3	15	352849	352863	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017043	TATAT	2	10	358032	358041	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017043	ATGCC	2	10	361703	361712	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_017043	TTTAA	2	10	362370	362379	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017043	CTTTT	2	10	362519	362528	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017043	CTACC	2	10	363989	363998	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
83	NC_017043	TATTT	2	10	364540	364549	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017043	CATCC	2	10	367570	367579	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
85	NC_017043	AGCTT	2	10	367729	367738	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017043	ATATA	2	10	368731	368740	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017043	CTTGA	2	10	373700	373709	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017043	TAATT	2	10	375299	375308	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017043	TATTT	2	10	376054	376063	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017043	GTAAT	2	10	378081	378090	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017043	AAATA	2	10	387144	387153	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017043	TAAAA	2	10	393774	393783	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017043	ATTTT	2	10	397517	397526	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017043	TCGCA	2	10	405586	405595	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_017043	GGAGC	2	10	408337	408346	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017043	AATTT	2	10	413133	413142	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017043	TCATT	2	10	424553	424562	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017043	AAGTA	2	10	427110	427119	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017043	AGTTT	2	10	427514	427523	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017043	AAATT	2	10	433310	433319	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017043	AAGGA	2	10	434695	434704	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017043	CAAAA	2	10	435042	435051	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017043	AAACT	2	10	439660	439669	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017043	CTTGC	2	10	440697	440706	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_017043	TATAT	2	10	442941	442950	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017043	TAATG	2	10	444187	444196	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017043	ACTTT	2	10	445163	445172	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017043	TTCTA	2	10	445597	445606	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017043	TACTT	2	10	445902	445911	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017043	TATAA	2	10	449961	449970	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017043	TCGCT	2	10	451565	451574	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_017043	ACAAA	2	10	453652	453661	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017043	TCATA	2	10	463754	463763	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017043	CCGAA	2	10	464076	464085	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
115	NC_017043	TACAT	2	10	464089	464098	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_017043	ATTAT	2	10	471449	471458	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017043	AAATC	2	10	471763	471772	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017043	TTTTA	2	10	481682	481691	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017043	AAAAG	2	10	483443	483452	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017043	ACTAT	2	10	483709	483718	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017043	TTTAT	2	10	485426	485435	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017043	ATACT	3	15	485526	485540	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017043	GAGAG	2	10	490647	490656	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017043	ATATA	2	10	494024	494033	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017043	ATTTT	2	10	496714	496723	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017043	TAAAG	2	10	497351	497360	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017043	GTTTT	2	10	500497	500506	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017043	TATGG	2	10	500936	500945	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017043	TGGTA	2	10	506288	506297	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017043	GCAAG	2	10	511648	511657	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017043	GAGCG	2	10	511658	511667	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017043	TTAAA	2	10	513891	513900	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017043	AAAAT	2	10	513976	513985	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017043	TAATA	2	10	518641	518650	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017043	ATTTA	2	10	520804	520813	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017043	GAGAA	2	10	522659	522668	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017043	AGATA	2	10	523210	523219	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017043	TAAAT	2	10	538342	538351	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017043	ACTAA	2	10	549908	549917	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017043	AACAA	2	10	587586	587595	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017043	TCGCT	2	10	594864	594873	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_017043	TCTTT	2	10	596769	596778	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017043	TAAAA	2	10	604608	604617	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017043	CTTTA	2	10	612425	612434	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017043	TAATA	2	10	612739	612748	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017043	GTAAC	2	10	613388	613397	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_017043	ACTAC	2	10	614663	614672	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
148	NC_017043	TTTTG	2	10	615546	615555	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017043	TGAAC	2	10	615870	615879	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
150	NC_017043	TTGAC	2	10	616771	616780	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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290	NC_017043	TAAAA	2	10	1212555	1212564	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
291	NC_017043	ATTAA	2	10	1217859	1217868	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_017043	AATTA	2	10	1220582	1220591	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
293	NC_017043	TTTCA	2	10	1221350	1221359	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
294	NC_017043	ATGTT	2	10	1226242	1226251	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
295	NC_017043	ATTTT	2	10	1246243	1246252	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
296	NC_017043	ATTAA	2	10	1249009	1249018	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_017043	CCCAG	2	10	1252921	1252930	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
298	NC_017043	TATGA	2	10	1253456	1253465	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
299	NC_017043	TTTAT	2	10	1264657	1264666	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
300	NC_017043	CGCTC	2	10	1265822	1265831	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
301	NC_017043	GTGTT	2	10	1270119	1270128	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
302	NC_017043	AGACA	2	10	1271237	1271246	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
303	NC_017043	ACATA	2	10	1273209	1273218	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
304	NC_017043	TCTGC	2	10	1275665	1275674	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
305	NC_017043	GTAGA	2	10	1275734	1275743	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
306	NC_017043	ATTTA	2	10	1275945	1275954	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
307	NC_017043	ATAAA	2	10	1278136	1278145	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
308	NC_017043	TGATC	2	10	1278190	1278199	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
309	NC_017043	AATAA	2	10	1278220	1278229	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.