MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia rhipicephali str. 3-7-female6-CWPP chromosome

Total Repeats: 359

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017042	ATTTA	2	10	5932	5941	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017042	GATTA	2	10	6749	6758	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017042	TCACT	2	10	9718	9727	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
4	NC_017042	TTTTA	2	10	9776	9785	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017042	AATTA	2	10	12450	12459	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017042	TGTTC	2	10	15189	15198	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017042	GCTTA	2	10	17221	17230	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017042	TAAAT	2	10	34780	34789	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017042	TCTCT	2	10	38560	38569	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
10	NC_017042	AACAG	2	10	42133	42142	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017042	ACAGA	2	10	42243	42252	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017042	AAAGC	2	10	43272	43281	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017042	TTTAT	2	10	43348	43357	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017042	AAATT	2	10	43475	43484	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017042	TATAT	2	10	44264	44273	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017042	ATATA	2	10	44291	44300	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017042	ATTTA	2	10	50308	50317	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017042	CGCTC	2	10	50403	50412	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
19	NC_017042	TTGTT	2	10	63902	63911	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017042	ACTTA	2	10	66078	66087	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017042	ATATA	2	10	69922	69931	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017042	ACTAA	2	10	73270	73279	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017042	TATAG	2	10	79806	79815	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017042	AACAT	2	10	83315	83324	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017042	TAATA	2	10	84503	84512	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017042	TGAAC	2	10	86726	86735	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017042	TTATA	2	10	86835	86844	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017042	ATTAA	2	10	98697	98706	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017042	AAAAT	2	10	101073	101082	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017042	TTTAT	2	10	109297	109306	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017042	GAAAG	2	10	113390	113399	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017042	TATAA	2	10	117529	117538	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017042	TTATT	2	10	117620	117629	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017042	TTTAT	2	10	117683	117692	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017042	AAGAG	2	10	127416	127425	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017042	TTTCT	2	10	129171	129180	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017042	GATAA	2	10	143083	143092	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017042	TAAAT	2	10	148261	148270	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017042	ACATA	2	10	150978	150987	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017042	CACTT	2	10	152286	152295	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_017042	ATACA	2	10	162182	162191	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017042	TTGTA	2	10	176724	176733	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017042	AATTA	2	10	178032	178041	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017042	TTTAT	2	10	185863	185872	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017042	TAATA	2	10	186780	186789	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017042	GCAAG	2	10	205142	205151	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017042	TTAAA	2	10	207085	207094	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017042	TATTT	2	10	209408	209417	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017042	TCATA	2	10	210313	210322	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017042	TCTTT	2	10	211527	211536	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017042	AAATA	2	10	234707	234716	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017042	AAATC	2	10	261410	261419	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017042	TTTAA	2	10	261478	261487	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017042	TATTT	2	10	261516	261525	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017042	GAGAG	2	10	261694	261703	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017042	CGCTC	2	10	270407	270416	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
57	NC_017042	TTTAT	2	10	286361	286370	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017042	TCGCT	2	10	286766	286775	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_017042	AAAGT	2	10	289640	289649	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017042	AATAA	2	10	290208	290217	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017042	AATTA	2	10	290471	290480	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017042	TAAAT	2	10	290488	290497	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017042	TAAAA	2	10	290523	290532	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017042	AGACA	2	10	290585	290594	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017042	GTTTT	2	10	291067	291076	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017042	ATTAT	2	10	292655	292664	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017042	ATTTA	2	10	295139	295148	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017042	AAATT	2	10	296681	296690	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017042	TTTCT	2	10	296696	296705	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017042	GTCAA	2	10	299175	299184	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017042	TAATA	2	10	305702	305711	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017042	TAAAT	2	10	307348	307357	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017042	TATAT	2	10	308718	308727	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017042	ATTAA	2	10	311236	311245	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017042	TCCCA	2	10	313846	313855	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
76	NC_017042	ATTAT	2	10	314499	314508	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017042	TGGAG	2	10	326006	326015	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017042	TTTGA	2	10	329220	329229	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017042	CTACA	2	10	338266	338275	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_017042	CCCAA	2	10	339966	339975	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
81	NC_017042	AAGGA	2	10	344467	344476	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017042	TATAA	2	10	345144	345153	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017042	AAAAT	2	10	355827	355836	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017042	TAAAA	2	10	362343	362352	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017042	CGAAG	2	10	366655	366664	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017042	ATCCC	2	10	367717	367726	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
87	NC_017042	TGCAA	2	10	367802	367811	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017042	TAATA	2	10	371476	371485	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017042	TAATT	2	10	374700	374709	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017042	GATAT	2	10	385239	385248	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017042	CTATA	2	10	385307	385316	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017042	TATGA	2	10	386786	386795	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017042	AAAGA	2	10	389698	389707	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017042	ATAAA	2	10	391172	391181	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017042	TAAAA	2	10	391366	391375	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017042	TTAAA	2	10	409736	409745	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017042	TTTAT	2	10	411707	411716	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017042	TATTT	2	10	415096	415105	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017042	TTTAT	2	10	419066	419075	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017042	TAAAA	2	10	429782	429791	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017042	TTTAA	2	10	435164	435173	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017042	ATAAA	2	10	443591	443600	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017042	TTTAG	2	10	447249	447258	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017042	TCTGC	2	10	447718	447727	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_017042	ATTAA	2	10	449486	449495	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017042	TTAAT	2	10	453582	453591	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017042	ACAAA	2	10	453639	453648	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017042	TACTT	2	10	455293	455302	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017042	ACTAT	2	10	455596	455605	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017042	AATTT	2	10	455913	455922	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017042	ATAAA	2	10	456447	456456	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017042	GTAAA	2	10	456609	456618	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017042	AATTC	2	10	457131	457140	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017042	GAAAA	2	10	457624	457633	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017042	GTTTG	2	10	458137	458146	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017042	GCTAA	2	10	458864	458873	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017042	TTAAT	2	10	471363	471372	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017042	TTGCA	2	10	480113	480122	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017042	TAAAT	2	10	480174	480183	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017042	AAGAT	2	10	488866	488875	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017042	TAATT	2	10	494824	494833	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017042	TTATG	2	10	498994	499003	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017042	TAATT	2	10	515880	515889	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017042	AAGCT	2	10	515936	515945	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017042	GATTT	2	10	516552	516561	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017042	CGCTC	2	10	520978	520987	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
127	NC_017042	CGCTC	2	10	521424	521433	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
128	NC_017042	TGATA	2	10	530561	530570	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017042	CTTTA	2	10	534137	534146	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017042	AAATT	2	10	539861	539870	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017042	GAATA	2	10	545765	545774	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017042	TGCAA	2	10	546992	547001	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017042	TGCCT	2	10	550260	550269	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
134	NC_017042	CATAA	2	10	550907	550916	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017042	ATATC	2	10	558668	558677	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_017042	TATAT	2	10	559233	559242	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017042	TTAAT	2	10	559859	559868	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017042	ATAAA	2	10	560750	560759	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017042	TTTTA	2	10	561961	561970	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017042	TGGAG	2	10	567048	567057	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017042	TTAAT	2	10	570652	570661	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017042	CTTTA	2	10	576432	576441	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017042	TCGCT	2	10	582952	582961	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_017042	TAAAA	2	10	582976	582985	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017042	ATTAA	2	10	588279	588288	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017042	GCTTC	2	10	589876	589885	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
147	NC_017042	ATGTT	2	10	597013	597022	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017042	GGCAT	2	10	597991	598000	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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271	NC_017042	TAATA	3	15	997825	997839	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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274	NC_017042	TTTAA	2	10	1007272	1007281	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
275	NC_017042	CTTTT	2	10	1007421	1007430	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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279	NC_017042	AGCTT	2	10	1012400	1012409	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
280	NC_017042	ATATA	2	10	1013371	1013380	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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283	NC_017042	ATTTT	2	10	1019208	1019217	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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287	NC_017042	TAAAA	2	10	1037326	1037335	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
288	NC_017042	TACCT	2	10	1048731	1048740	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
289	NC_017042	TCGCA	2	10	1049310	1049319	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
290	NC_017042	GGAGC	2	10	1052077	1052086	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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292	NC_017042	TCATT	2	10	1067968	1067977	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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347	NC_017042	TCATA	2	10	1259762	1259771	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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350	NC_017042	TTTTG	2	10	1261405	1261414	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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353	NC_017042	TACTA	2	10	1265024	1265033	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
354	NC_017042	TTGAC	2	10	1265588	1265597	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
355	NC_017042	TCGCT	2	10	1275546	1275555	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
356	NC_017042	ATATA	2	10	1284176	1284185	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
357	NC_017042	ATTTT	2	10	1284718	1284727	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
358	NC_017042	ATATT	2	10	1290163	1290172	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
359	NC_017042	ATAAA	2	10	1290235	1290244	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.