MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Rickettsia australis str. Cutlack plasmid pMC5_1

Total Repeats: 425

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017041	TGA	2	6	223	228	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017041	TTC	2	6	266	271	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017041	AGA	2	6	427	432	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017041	AAT	2	6	452	457	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017041	TCA	2	6	490	495	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_017041	AAC	2	6	501	506	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017041	TAT	2	6	803	808	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479186
8	NC_017041	ATT	2	6	812	817	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479186
9	NC_017041	TAG	2	6	850	855	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479186
10	NC_017041	CTA	2	6	880	885	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479186
11	NC_017041	AAT	2	6	894	899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479186
12	NC_017041	ATT	2	6	932	937	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479186
13	NC_017041	CAA	2	6	943	948	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383479186
14	NC_017041	AGC	2	6	953	958	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383479186
15	NC_017041	TGA	2	6	1020	1025	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479186
16	NC_017041	TAT	2	6	1036	1041	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479186
17	NC_017041	GTA	2	6	1175	1180	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479187
18	NC_017041	CAT	2	6	1233	1238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479187
19	NC_017041	GTT	2	6	1242	1247	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017041	ACT	2	6	1252	1257	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017041	TGC	2	6	1280	1285	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017041	TAA	2	6	1371	1376	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017041	GAA	2	6	1395	1400	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
24	NC_017041	GCT	2	6	1437	1442	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383479188
25	NC_017041	ATT	2	6	1446	1451	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479188
26	NC_017041	GAA	2	6	1491	1496	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
27	NC_017041	AGA	3	9	1622	1630	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
28	NC_017041	ATG	2	6	1795	1800	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
29	NC_017041	AGG	2	6	1820	1825	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	383479188
30	NC_017041	AGA	2	6	1853	1858	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
31	NC_017041	GAA	2	6	2121	2126	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
32	NC_017041	AAG	2	6	2350	2355	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
33	NC_017041	ATT	2	6	2432	2437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479188
34	NC_017041	CTA	2	6	2581	2586	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479188
35	NC_017041	AGA	2	6	2615	2620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
36	NC_017041	GTA	2	6	2691	2696	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
37	NC_017041	TTA	2	6	2773	2778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479188
38	NC_017041	ATA	2	6	2806	2811	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
39	NC_017041	GTT	2	6	2816	2821	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383479188
40	NC_017041	GCA	2	6	2826	2831	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383479188
41	NC_017041	TGA	2	6	2894	2899	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
42	NC_017041	AAG	2	6	2932	2937	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
43	NC_017041	ATG	2	6	2947	2952	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
44	NC_017041	ACA	2	6	3066	3071	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383479188
45	NC_017041	AGA	2	6	3143	3148	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
46	NC_017041	GAA	2	6	3163	3168	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
47	NC_017041	TTA	2	6	3173	3178	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479188
48	NC_017041	AAC	2	6	3188	3193	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383479188
49	NC_017041	ACA	2	6	3251	3256	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383479188
50	NC_017041	ATA	2	6	3270	3275	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
51	NC_017041	AGT	2	6	3377	3382	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
52	NC_017041	GCA	2	6	3482	3487	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383479188
53	NC_017041	GTT	2	6	3507	3512	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383479188
54	NC_017041	TAA	2	6	3586	3591	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
55	NC_017041	TAC	2	6	3605	3610	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479188
56	NC_017041	CAT	2	6	3630	3635	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479188
57	NC_017041	ATG	2	6	3664	3669	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
58	NC_017041	AGC	2	6	3687	3692	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383479188
59	NC_017041	ACT	2	6	3711	3716	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479188
60	NC_017041	TAC	2	6	3731	3736	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479188
61	NC_017041	AAC	2	6	3812	3817	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383479188
62	NC_017041	AGA	2	6	3818	3823	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
63	NC_017041	CTT	2	6	4174	4179	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383479188
64	NC_017041	AGA	2	6	4205	4210	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
65	NC_017041	TAA	2	6	4388	4393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
66	NC_017041	TAA	2	6	4463	4468	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
67	NC_017041	TAA	2	6	4544	4549	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
68	NC_017041	ATA	2	6	4582	4587	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
69	NC_017041	TAA	2	6	4712	4717	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
70	NC_017041	GAG	2	6	4807	4812	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	383479188
71	NC_017041	ATG	2	6	4974	4979	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
72	NC_017041	TTG	2	6	5053	5058	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383479188
73	NC_017041	CTG	2	6	5062	5067	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383479188
74	NC_017041	TGA	2	6	5153	5158	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
75	NC_017041	CAA	2	6	5187	5192	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383479188
76	NC_017041	AAT	2	6	5205	5210	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
77	NC_017041	ATA	2	6	5221	5226	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
78	NC_017041	ATA	2	6	5244	5249	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
79	NC_017041	TCC	2	6	5255	5260	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383479188
80	NC_017041	GAA	2	6	5289	5294	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
81	NC_017041	ATT	2	6	5307	5312	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479188
82	NC_017041	TTA	2	6	5371	5376	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479188
83	NC_017041	ATG	2	6	5473	5478	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
84	NC_017041	TGA	2	6	5522	5527	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
85	NC_017041	CAA	3	9	5577	5585	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383479188
86	NC_017041	GTG	2	6	5689	5694	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383479188
87	NC_017041	TAG	2	6	5708	5713	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
88	NC_017041	TAA	2	6	5732	5737	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
89	NC_017041	TTA	2	6	5740	5745	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479188
90	NC_017041	CAA	2	6	5776	5781	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383479188
91	NC_017041	ATG	2	6	5830	5835	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
92	NC_017041	TAA	2	6	5840	5845	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
93	NC_017041	CAA	2	6	6018	6023	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383479188
94	NC_017041	TGC	2	6	6078	6083	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383479188
95	NC_017041	CTA	2	6	6091	6096	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_017041	CAA	2	6	6101	6106	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_017041	ATA	2	6	6298	6303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479189
98	NC_017041	TGA	2	6	6321	6326	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479189
99	NC_017041	TAT	2	6	6480	6485	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479190
100	NC_017041	AGG	2	6	6514	6519	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	383479190
101	NC_017041	CAG	2	6	6645	6650	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383479190
102	NC_017041	CAT	2	6	6672	6677	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479190
103	NC_017041	TGC	2	6	6713	6718	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383479190
104	NC_017041	TAT	2	6	6741	6746	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479190
105	NC_017041	ACT	2	6	7012	7017	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_017041	TTA	2	6	7131	7136	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479191
107	NC_017041	ATT	2	6	7145	7150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479191
108	NC_017041	TTA	2	6	7181	7186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479191
109	NC_017041	GCA	2	6	7289	7294	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383479191
110	NC_017041	CTA	2	6	7341	7346	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479191
111	NC_017041	TGA	2	6	7362	7367	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017041	TAT	2	6	7370	7375	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017041	GTT	2	6	7406	7411	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017041	TAT	2	6	7538	7543	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017041	TAA	2	6	7678	7683	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479192
116	NC_017041	TAA	2	6	7779	7784	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479192
117	NC_017041	TAC	2	6	7786	7791	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479192
118	NC_017041	TAC	2	6	7794	7799	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479192
119	NC_017041	TGT	2	6	7901	7906	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383479193
120	NC_017041	AAT	2	6	7908	7913	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479193
121	NC_017041	TTC	2	6	7946	7951	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383479193
122	NC_017041	ATC	2	6	7964	7969	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479193
123	NC_017041	GAT	2	6	7980	7985	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479193
124	NC_017041	TAT	2	6	8264	8269	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479193
125	NC_017041	CCA	2	6	8369	8374	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383479193
126	NC_017041	GCA	2	6	8454	8459	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383479193
127	NC_017041	TAA	2	6	8554	8559	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017041	ATT	2	6	8623	8628	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017041	TAA	2	6	8637	8642	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017041	AGA	2	6	8715	8720	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479194
131	NC_017041	TTA	2	6	8756	8761	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479194
132	NC_017041	ATA	2	6	8798	8803	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479194
133	NC_017041	ATC	2	6	8806	8811	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479194
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135	NC_017041	CTA	2	6	8912	8917	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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389	NC_017041	CTA	2	6	24274	24279	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
390	NC_017041	GCA	2	6	24283	24288	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
391	NC_017041	CTG	2	6	24384	24389	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383479206
392	NC_017041	TAA	2	6	24426	24431	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479206
393	NC_017041	ATG	2	6	24444	24449	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479206
394	NC_017041	AAT	2	6	24500	24505	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479206
395	NC_017041	TTG	2	6	24525	24530	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383479206
396	NC_017041	GCT	2	6	24659	24664	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383479206
397	NC_017041	AGT	2	6	24749	24754	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
398	NC_017041	ACA	2	6	24776	24781	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
399	NC_017041	AGA	2	6	24911	24916	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
400	NC_017041	AAT	2	6	24921	24926	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
401	NC_017041	AGG	2	6	24956	24961	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
402	NC_017041	ATT	2	6	24973	24978	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
403	NC_017041	AGT	2	6	25104	25109	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
404	NC_017041	ACT	2	6	25116	25121	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
405	NC_017041	GAT	2	6	25158	25163	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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407	NC_017041	CAG	2	6	25207	25212	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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409	NC_017041	CCA	2	6	25367	25372	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
410	NC_017041	ATA	2	6	25417	25422	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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412	NC_017041	GAA	2	6	25473	25478	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
413	NC_017041	ACA	2	6	25581	25586	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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416	NC_017041	CAG	2	6	25743	25748	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
417	NC_017041	TAT	2	6	25864	25869	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
418	NC_017041	ATA	2	6	25924	25929	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
419	NC_017041	CAT	2	6	26055	26060	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
420	NC_017041	AGC	2	6	26074	26079	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
421	NC_017041	GAT	2	6	26085	26090	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
422	NC_017041	ATA	2	6	26158	26163	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
423	NC_017041	ATG	2	6	26370	26375	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
424	NC_017041	TTG	2	6	26496	26501	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
425	NC_017041	GAT	2	6	26555	26560	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.