MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia australis str. Cutlack plasmid pMC5_1

Total Repeats: 295

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017041	TAT	2	6	803	808	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479186
2	NC_017041	ATT	2	6	812	817	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479186
3	NC_017041	TAG	2	6	850	855	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479186
4	NC_017041	CTA	2	6	880	885	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479186
5	NC_017041	AAT	2	6	894	899	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479186
6	NC_017041	ATT	2	6	932	937	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479186
7	NC_017041	CAA	2	6	943	948	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383479186
8	NC_017041	AGC	2	6	953	958	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383479186
9	NC_017041	TGA	2	6	1020	1025	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479186
10	NC_017041	TAT	2	6	1036	1041	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479186
11	NC_017041	GTA	2	6	1175	1180	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479187
12	NC_017041	CAT	2	6	1233	1238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479187
13	NC_017041	GAA	2	6	1395	1400	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
14	NC_017041	GCT	2	6	1437	1442	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383479188
15	NC_017041	ATT	2	6	1446	1451	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479188
16	NC_017041	GAA	2	6	1491	1496	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
17	NC_017041	AGA	3	9	1622	1630	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
18	NC_017041	ATG	2	6	1795	1800	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
19	NC_017041	AGG	2	6	1820	1825	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	383479188
20	NC_017041	AGA	2	6	1853	1858	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
21	NC_017041	GAA	2	6	2121	2126	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
22	NC_017041	AAG	2	6	2350	2355	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
23	NC_017041	ATT	2	6	2432	2437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479188
24	NC_017041	CTA	2	6	2581	2586	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479188
25	NC_017041	AGA	2	6	2615	2620	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
26	NC_017041	GTA	2	6	2691	2696	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
27	NC_017041	TTA	2	6	2773	2778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479188
28	NC_017041	ATA	2	6	2806	2811	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
29	NC_017041	GTT	2	6	2816	2821	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383479188
30	NC_017041	GCA	2	6	2826	2831	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383479188
31	NC_017041	TGA	2	6	2894	2899	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
32	NC_017041	AAG	2	6	2932	2937	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
33	NC_017041	ATG	2	6	2947	2952	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
34	NC_017041	ACA	2	6	3066	3071	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383479188
35	NC_017041	AGA	2	6	3143	3148	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
36	NC_017041	GAA	2	6	3163	3168	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
37	NC_017041	TTA	2	6	3173	3178	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479188
38	NC_017041	AAC	2	6	3188	3193	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383479188
39	NC_017041	ACA	2	6	3251	3256	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383479188
40	NC_017041	ATA	2	6	3270	3275	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
41	NC_017041	AGT	2	6	3377	3382	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
42	NC_017041	GCA	2	6	3482	3487	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383479188
43	NC_017041	GTT	2	6	3507	3512	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383479188
44	NC_017041	TAA	2	6	3586	3591	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
45	NC_017041	TAC	2	6	3605	3610	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479188
46	NC_017041	CAT	2	6	3630	3635	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479188
47	NC_017041	ATG	2	6	3664	3669	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
48	NC_017041	AGC	2	6	3687	3692	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383479188
49	NC_017041	ACT	2	6	3711	3716	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479188
50	NC_017041	TAC	2	6	3731	3736	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479188
51	NC_017041	AAC	2	6	3812	3817	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383479188
52	NC_017041	AGA	2	6	3818	3823	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
53	NC_017041	CTT	2	6	4174	4179	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383479188
54	NC_017041	AGA	2	6	4205	4210	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
55	NC_017041	TAA	2	6	4388	4393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
56	NC_017041	TAA	2	6	4463	4468	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
57	NC_017041	TAA	2	6	4544	4549	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
58	NC_017041	ATA	2	6	4582	4587	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
59	NC_017041	TAA	2	6	4712	4717	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
60	NC_017041	GAG	2	6	4807	4812	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	383479188
61	NC_017041	ATG	2	6	4974	4979	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
62	NC_017041	TTG	2	6	5053	5058	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383479188
63	NC_017041	CTG	2	6	5062	5067	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383479188
64	NC_017041	TGA	2	6	5153	5158	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
65	NC_017041	CAA	2	6	5187	5192	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383479188
66	NC_017041	AAT	2	6	5205	5210	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
67	NC_017041	ATA	2	6	5221	5226	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
68	NC_017041	ATA	2	6	5244	5249	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
69	NC_017041	TCC	2	6	5255	5260	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383479188
70	NC_017041	GAA	2	6	5289	5294	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479188
71	NC_017041	ATT	2	6	5307	5312	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479188
72	NC_017041	TTA	2	6	5371	5376	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479188
73	NC_017041	ATG	2	6	5473	5478	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
74	NC_017041	TGA	2	6	5522	5527	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
75	NC_017041	CAA	3	9	5577	5585	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383479188
76	NC_017041	GTG	2	6	5689	5694	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383479188
77	NC_017041	TAG	2	6	5708	5713	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
78	NC_017041	TAA	2	6	5732	5737	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
79	NC_017041	TTA	2	6	5740	5745	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479188
80	NC_017041	CAA	2	6	5776	5781	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383479188
81	NC_017041	ATG	2	6	5830	5835	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479188
82	NC_017041	TAA	2	6	5840	5845	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479188
83	NC_017041	CAA	2	6	6018	6023	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383479188
84	NC_017041	TGC	2	6	6078	6083	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383479188
85	NC_017041	ATA	2	6	6298	6303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479189
86	NC_017041	TGA	2	6	6321	6326	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479189
87	NC_017041	TAT	2	6	6480	6485	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479190
88	NC_017041	AGG	2	6	6514	6519	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	383479190
89	NC_017041	CAG	2	6	6645	6650	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383479190
90	NC_017041	CAT	2	6	6672	6677	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479190
91	NC_017041	TGC	2	6	6713	6718	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383479190
92	NC_017041	TAT	2	6	6741	6746	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479190
93	NC_017041	TTA	2	6	7131	7136	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479191
94	NC_017041	ATT	2	6	7145	7150	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479191
95	NC_017041	TTA	2	6	7181	7186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479191
96	NC_017041	GCA	2	6	7289	7294	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383479191
97	NC_017041	CTA	2	6	7341	7346	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479191
98	NC_017041	TAA	2	6	7678	7683	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479192
99	NC_017041	TAA	2	6	7779	7784	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479192
100	NC_017041	TAC	2	6	7786	7791	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479192
101	NC_017041	TAC	2	6	7794	7799	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479192
102	NC_017041	TGT	2	6	7901	7906	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383479193
103	NC_017041	AAT	2	6	7908	7913	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479193
104	NC_017041	TTC	2	6	7946	7951	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383479193
105	NC_017041	ATC	2	6	7964	7969	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479193
106	NC_017041	GAT	2	6	7980	7985	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479193
107	NC_017041	TAT	2	6	8264	8269	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479193
108	NC_017041	CCA	2	6	8369	8374	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383479193
109	NC_017041	GCA	2	6	8454	8459	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383479193
110	NC_017041	AGA	2	6	8715	8720	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479194
111	NC_017041	TTA	2	6	8756	8761	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479194
112	NC_017041	ATA	2	6	8798	8803	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479194
113	NC_017041	ATC	2	6	8806	8811	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479194
114	NC_017041	GTC	2	6	9074	9079	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383479195
115	NC_017041	TCT	2	6	9139	9144	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383479195
116	NC_017041	CTC	2	6	9192	9197	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383479195
117	NC_017041	AAT	2	6	9346	9351	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479195
118	NC_017041	ATT	2	6	9358	9363	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383479195
119	NC_017041	CAA	2	6	9368	9373	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383479195
120	NC_017041	ATG	2	6	9437	9442	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479195
121	NC_017041	ACA	2	6	9519	9524	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383479195
122	NC_017041	TCT	2	6	9649	9654	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383479195
123	NC_017041	TAA	2	6	9657	9662	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479195
124	NC_017041	ATG	2	6	9671	9676	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383479195
125	NC_017041	CTT	2	6	9719	9724	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383479195
126	NC_017041	AGA	2	6	9789	9794	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479195
127	NC_017041	TAA	2	6	9795	9800	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383479195
128	NC_017041	AGA	2	6	9837	9842	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479195
129	NC_017041	TCA	2	6	9899	9904	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383479195
130	NC_017041	AAG	2	6	9956	9961	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383479195
131	NC_017041	TTG	2	6	10127	10132	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383479195
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.