MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Synechocystis sp. PCC 6803 substr. GT-I

Total Repeats: 407

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017038	TAAAG	2	10	13447	13456	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017038	TAAAT	2	10	33654	33663	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017038	CTAGG	2	10	33847	33856	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017038	AAAGA	2	10	51912	51921	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017038	ATTAA	2	10	64957	64966	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017038	GGGCT	2	10	92496	92505	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017038	GAAAA	2	10	105135	105144	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017038	TTGGT	2	10	107097	107106	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017038	GACAA	2	10	110333	110342	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017038	CTGTT	2	10	146694	146703	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017038	AATCT	2	10	149686	149695	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017038	TCGGT	2	10	182251	182260	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017038	ATTAA	2	10	185733	185742	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017038	GCCAA	2	10	189804	189813	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_017038	CTAAA	2	10	192844	192853	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017038	CAATT	2	10	206490	206499	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017038	AATTT	2	10	210573	210582	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017038	GGGAA	2	10	210708	210717	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017038	ATCAA	2	10	219102	219111	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017038	ATTTT	2	10	230575	230584	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017038	AGTTA	2	10	268491	268500	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017038	TGAGC	2	10	268581	268590	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017038	GAGCC	2	10	289188	289197	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_017038	CAGCT	2	10	299473	299482	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_017038	GAAGG	2	10	312242	312251	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017038	GATTC	2	10	317070	317079	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017038	CCTAG	2	10	326133	326142	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_017038	TCATA	2	10	339642	339651	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017038	GTTAA	2	10	341060	341069	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017038	TAAAA	2	10	368953	368962	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017038	ATTTT	2	10	390937	390946	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017038	TAGAT	2	10	403584	403593	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017038	AAGCT	2	10	414882	414891	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017038	AAACA	2	10	429728	429737	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017038	TGGTT	2	10	439229	439238	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017038	GGATA	2	10	450408	450417	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017038	TCATT	2	10	450466	450475	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017038	ACTAA	2	10	453047	453056	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017038	CAAAA	2	10	460982	460991	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017038	CTTTT	2	10	474590	474599	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017038	AAGGA	2	10	475905	475914	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017038	AATTG	2	10	502395	502404	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017038	TCAAG	2	10	508251	508260	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017038	CAGGC	2	10	517090	517099	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017038	TCCCT	2	10	524431	524440	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
46	NC_017038	TTAAA	2	10	533085	533094	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017038	AATTC	2	10	557484	557493	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017038	AGAGA	2	10	572806	572815	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017038	TTTGC	2	10	574617	574626	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017038	TGTGG	2	10	594474	594483	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017038	CAGGA	2	10	599068	599077	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017038	TAAAC	2	10	615916	615925	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017038	CTTAA	2	10	626432	626441	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017038	AGCCT	2	10	646219	646228	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017038	CTTTC	2	10	664919	664928	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_017038	CGTCC	2	10	671978	671987	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
57	NC_017038	ACTGG	2	10	716295	716304	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_017038	GGGAA	2	10	727931	727940	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017038	TTTAT	2	10	728147	728156	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017038	CCACA	2	10	732369	732378	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_017038	TTTAG	2	10	732389	732398	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017038	TCTAT	2	10	758878	758887	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017038	TAAAG	2	10	764203	764212	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017038	GCTAT	2	10	768535	768544	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017038	ATTGT	2	10	771626	771635	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017038	CCCAG	2	10	776489	776498	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
67	NC_017038	AGCCT	2	10	801433	801442	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_017038	AGTAA	2	10	802265	802274	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017038	CTCCA	2	10	803395	803404	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
70	NC_017038	ATCAA	2	10	803462	803471	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017038	ACATG	2	10	810853	810862	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017038	GAGCT	2	10	810872	810881	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017038	AAGGA	2	10	813032	813041	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017038	GGGGA	2	10	821475	821484	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017038	TTAAG	2	10	826662	826671	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017038	ACAGG	2	10	830714	830723	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017038	ATTAA	2	10	831390	831399	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017038	AAGTT	2	10	835917	835926	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017038	CGTGA	2	10	839513	839522	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017038	AGTTC	2	10	840192	840201	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017038	GCAAT	2	10	846561	846570	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017038	GAAGG	2	10	853507	853516	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017038	GGCAA	2	10	857577	857586	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017038	ATCAG	2	10	879368	879377	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017038	GCAGA	2	10	888206	888215	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017038	CGTGG	2	10	906947	906956	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017038	CTTGC	2	10	927397	927406	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_017038	GGAAG	2	10	935366	935375	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017038	GTAAT	2	10	953469	953478	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017038	AGCCA	2	10	983665	983674	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
91	NC_017038	TATTC	2	10	989694	989703	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017038	AAGGC	2	10	991779	991788	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017038	TCATT	2	10	995343	995352	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017038	TGGAG	2	10	1014669	1014678	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017038	AAGTA	2	10	1019765	1019774	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017038	CTTTC	2	10	1030249	1030258	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
97	NC_017038	ACCCA	2	10	1033896	1033905	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
98	NC_017038	ACTTC	2	10	1049443	1049452	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_017038	CCATA	2	10	1052345	1052354	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_017038	GGGGA	2	10	1058586	1058595	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017038	ATCCT	2	10	1077266	1077275	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
102	NC_017038	TTTGT	2	10	1077575	1077584	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017038	CTCTG	2	10	1077711	1077720	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_017038	TCCTA	2	10	1080748	1080757	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
105	NC_017038	AAAAT	2	10	1094671	1094680	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017038	TAAAA	2	10	1120654	1120663	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017038	GAAGG	2	10	1135733	1135742	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017038	ACAGA	2	10	1142166	1142175	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017038	TGGTA	2	10	1143070	1143079	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017038	CCCCT	2	10	1144604	1144613	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
111	NC_017038	AACTA	2	10	1149558	1149567	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017038	TAAAA	2	10	1152568	1152577	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017038	CTGGG	2	10	1159078	1159087	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017038	AACCA	2	10	1164500	1164509	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_017038	TTTAA	2	10	1167588	1167597	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017038	TATGC	2	10	1190803	1190812	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017038	TTAAA	2	10	1190926	1190935	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017038	ATTTG	2	10	1199762	1199771	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017038	TCAGG	2	10	1203153	1203162	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017038	GTTTG	2	10	1206928	1206937	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017038	TTCCA	2	10	1210462	1210471	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_017038	AGTCA	2	10	1210520	1210529	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017038	TAGAT	2	10	1241185	1241194	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017038	ATGCT	2	10	1246064	1246073	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017038	CTATC	2	10	1272213	1272222	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_017038	GTAAA	2	10	1276324	1276333	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017038	TAAGA	2	10	1295861	1295870	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017038	TTGAT	2	10	1299551	1299560	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017038	TTGAT	2	10	1302014	1302023	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017038	AATCA	2	10	1302176	1302185	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017038	ATTTC	2	10	1321582	1321591	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017038	TTGAG	2	10	1331330	1331339	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017038	GACGA	2	10	1348917	1348926	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017038	AATTT	2	10	1352844	1352853	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017038	TAGGG	2	10	1364463	1364472	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017038	AAAAT	2	10	1365327	1365336	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017038	TAGAA	2	10	1369892	1369901	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017038	ATACT	2	10	1394715	1394724	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017038	TGATC	2	10	1399258	1399267	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017038	ATTTT	2	10	1466420	1466429	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017038	TTCTC	2	10	1470288	1470297	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
142	NC_017038	TGCAA	2	10	1483012	1483021	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017038	GATTC	2	10	1489478	1489487	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_017038	GCCAT	2	10	1508832	1508841	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
145	NC_017038	ACCAC	2	10	1508872	1508881	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
146	NC_017038	AAAGA	2	10	1516382	1516391	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017038	GTAAC	2	10	1517943	1517952	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
148	NC_017038	TAATT	2	10	1524018	1524027	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017038	AAAGA	2	10	1552318	1552327	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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152	NC_017038	GATAC	2	10	1575650	1575659	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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155	NC_017038	ATTTG	2	10	1580751	1580760	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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158	NC_017038	ACTGG	2	10	1584100	1584109	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
159	NC_017038	TTCTC	2	10	1605839	1605848	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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161	NC_017038	AGCAA	2	10	1622034	1622043	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
162	NC_017038	TTTCA	2	10	1630043	1630052	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
163	NC_017038	CCCAG	2	10	1639535	1639544	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
164	NC_017038	ACTAA	2	10	1639591	1639600	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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169	NC_017038	CCAGC	2	10	1678372	1678381	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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171	NC_017038	TTTAT	2	10	1679292	1679301	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_017038	AGACT	2	10	1679390	1679399	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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181	NC_017038	TGGGA	2	10	1743133	1743142	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
182	NC_017038	TATTG	2	10	1750050	1750059	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
183	NC_017038	AAGTT	2	10	1754388	1754397	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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189	NC_017038	ATATA	2	10	1782650	1782659	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_017038	TTTAA	2	10	1787350	1787359	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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193	NC_017038	TTTGG	2	10	1822148	1822157	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
194	NC_017038	AGCCC	2	10	1822246	1822255	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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213	NC_017038	CTATG	2	10	1923033	1923042	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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272	NC_017038	AAGTT	2	10	2472548	2472557	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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274	NC_017038	ATTAG	2	10	2479613	2479622	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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281	NC_017038	AGTTT	2	10	2553642	2553651	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
282	NC_017038	AAAAG	2	10	2556067	2556076	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
283	NC_017038	TTTTA	2	10	2582259	2582268	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
284	NC_017038	TAAGT	2	10	2582471	2582480	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
285	NC_017038	TGTAT	2	10	2601512	2601521	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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401	NC_017038	TGCCC	2	10	3561359	3561368	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
402	NC_017038	CAGGG	2	10	3564381	3564390	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
403	NC_017038	GATAG	2	10	3565579	3565588	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
404	NC_017038	GCCCC	2	10	3569006	3569015	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
405	NC_017038	TAATT	2	10	3569174	3569183	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
406	NC_017038	CCATC	2	10	3569345	3569354	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
407	NC_017038	ATCCT	2	10	3569893	3569902	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.