MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanocella conradii HZ254 chromosome

Total Repeats: 232

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017034	AATTA	2	10	5654	5663	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017034	CGCTA	2	10	7848	7857	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
3	NC_017034	CGTAG	2	10	8051	8060	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017034	AGCGA	2	10	12125	12134	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017034	GATGG	2	10	16336	16345	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017034	GCAGG	2	10	25982	25991	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017034	CTTTT	2	10	37120	37129	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017034	TAAAA	2	10	54294	54303	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017034	GAATA	2	10	72466	72475	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017034	AAAAG	2	10	72498	72507	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017034	CATGG	2	10	73404	73413	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017034	CTTTT	2	10	86720	86729	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017034	TAGAA	2	10	95032	95041	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017034	TGTTA	2	10	107232	107241	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017034	GGGGT	2	10	112669	112678	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017034	CTATC	2	10	130855	130864	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_017034	TTACG	2	10	136417	136426	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017034	ATTAT	2	10	202286	202295	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017034	ATTAT	2	10	224471	224480	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017034	AATAT	2	10	262808	262817	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017034	GTAAT	2	10	314414	314423	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017034	GCTTT	2	10	315590	315599	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017034	GCATA	2	10	344109	344118	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017034	GGGGC	2	10	344448	344457	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017034	AGCGA	2	10	356521	356530	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017034	GCTTT	2	10	380364	380373	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017034	CATTT	2	10	401986	401995	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017034	TTAAC	2	10	408876	408885	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017034	ATATA	2	10	452787	452796	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017034	ATAGT	2	10	492281	492290	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017034	TACCA	2	10	492965	492974	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
32	NC_017034	GACAA	2	10	507975	507984	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017034	TGCAA	2	10	514378	514387	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017034	GGACA	2	10	515868	515877	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017034	TGGCT	2	10	516658	516667	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017034	TCAAC	2	10	518954	518963	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_017034	TTTTA	2	10	537052	537061	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017034	GCCGT	2	10	539456	539465	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
39	NC_017034	ATATT	2	10	558064	558073	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017034	TAAAA	2	10	562311	562320	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017034	GGCGG	2	10	572692	572701	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017034	CTTGC	2	10	577766	577775	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_017034	TATAT	3	15	584946	584960	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017034	TTATG	2	10	591541	591550	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017034	TGCTG	2	10	603129	603138	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017034	TCCTT	2	10	603289	603298	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_017034	TACGT	2	10	626583	626592	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017034	AAAGG	2	10	652320	652329	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017034	AAAAT	2	10	661333	661342	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017034	ATAGT	2	10	662976	662985	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017034	CATAA	2	10	682935	682944	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017034	CCGTG	2	10	684368	684377	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_017034	CATCA	2	10	686880	686889	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_017034	CTTTT	2	10	689078	689087	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017034	TATAA	2	10	696015	696024	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017034	ATAAA	2	10	702371	702380	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017034	TTTAT	2	10	706456	706465	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017034	TTAAA	2	10	716479	716488	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017034	ATTAA	2	10	720747	720756	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017034	TTTAA	2	10	725159	725168	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017034	GAGAA	2	10	725251	725260	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017034	CTTGG	2	10	733376	733385	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017034	GGCTT	2	10	763755	763764	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017034	TGGCC	2	10	768486	768495	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_017034	ATATA	2	10	772637	772646	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017034	ACAAT	2	10	775996	776005	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017034	TGCGT	2	10	776905	776914	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017034	GAGGG	2	10	777366	777375	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017034	TTTTA	2	10	809966	809975	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017034	CATTT	2	10	815657	815666	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017034	ATAAA	2	10	819819	819828	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017034	TAATT	2	10	825247	825256	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017034	TTTTA	2	10	839389	839398	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017034	AGTTG	2	10	850318	850327	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017034	AATAG	2	10	865125	865134	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017034	CGCTA	2	10	877428	877437	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_017034	AGCGA	2	10	877650	877659	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_017034	TTTAT	2	10	900926	900935	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017034	CTCCA	2	10	901558	901567	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
80	NC_017034	CTAAG	2	10	908970	908979	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017034	AGTAT	2	10	909534	909543	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017034	AATAA	2	10	910208	910217	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017034	TAATA	2	10	910221	910230	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017034	TAATA	2	10	939943	939952	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017034	GCCGG	2	10	940805	940814	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
86	NC_017034	GCCAT	2	10	981468	981477	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_017034	AAAAT	2	10	995128	995137	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017034	TTATA	2	10	1012014	1012023	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017034	TAAAT	2	10	1012729	1012738	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017034	CATAA	2	10	1016000	1016009	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017034	GCCAG	2	10	1031535	1031544	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
92	NC_017034	AGATA	2	10	1031633	1031642	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017034	ATTTT	2	10	1057561	1057570	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017034	AGACT	2	10	1079591	1079600	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017034	TATAA	2	10	1083507	1083516	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017034	ATATT	2	10	1108943	1108952	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017034	CCCAA	2	10	1115167	1115176	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
98	NC_017034	TACAT	2	10	1122572	1122581	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017034	TATAC	2	10	1123750	1123759	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017034	ACGAT	2	10	1133851	1133860	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017034	TCATT	2	10	1137818	1137827	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017034	GTTTT	2	10	1138895	1138904	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017034	CCAGC	2	10	1143060	1143069	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
104	NC_017034	CGCGC	2	10	1145196	1145205	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
105	NC_017034	CGTAG	2	10	1160212	1160221	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017034	ATGAT	2	10	1164204	1164213	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017034	CATAG	2	10	1182708	1182717	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017034	GTTTG	2	10	1189601	1189610	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017034	CACAA	2	10	1199631	1199640	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_017034	TAAGC	2	10	1207322	1207331	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_017034	TTAAT	2	10	1252661	1252670	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017034	GATGG	2	10	1272036	1272045	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017034	GTTTT	2	10	1272329	1272338	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017034	ACCGT	2	10	1272941	1272950	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
115	NC_017034	TAACC	2	10	1273703	1273712	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
116	NC_017034	AGGCG	2	10	1301658	1301667	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017034	TTTCC	2	10	1303790	1303799	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_017034	CCACC	2	10	1303878	1303887	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
119	NC_017034	ATGAT	2	10	1315933	1315942	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017034	TGAAA	2	10	1324378	1324387	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017034	ATTAA	2	10	1360622	1360631	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017034	TTATA	2	10	1362637	1362646	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017034	AGATA	2	10	1366160	1366169	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017034	TTATA	2	10	1368373	1368382	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017034	AGATA	2	10	1371897	1371906	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017034	ATGAA	2	10	1386778	1386787	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017034	TAATT	2	10	1394921	1394930	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017034	GCATA	2	10	1413496	1413505	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017034	GATTG	2	10	1419066	1419075	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017034	TAGCC	2	10	1431694	1431703	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
131	NC_017034	CTGTG	2	10	1432972	1432981	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017034	TGGTC	2	10	1433840	1433849	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017034	GTGTA	2	10	1436383	1436392	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017034	CACTA	2	10	1441338	1441347	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_017034	CTTCT	2	10	1444181	1444190	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_017034	CTCTT	2	10	1444262	1444271	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_017034	GCGGG	2	10	1471763	1471772	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017034	TATCC	2	10	1476624	1476633	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_017034	TGGCA	2	10	1496866	1496875	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017034	AAATT	2	10	1508503	1508512	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017034	ATAGA	2	10	1513316	1513325	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017034	ATTAA	2	10	1523158	1523167	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017034	TTCTT	2	10	1529923	1529932	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_017034	TACAA	2	10	1544359	1544368	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017034	ATGAA	2	10	1553741	1553750	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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147	NC_017034	TCCAA	2	10	1586533	1586542	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
148	NC_017034	TTAAA	2	10	1589957	1589966	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017034	TTTAA	2	10	1605613	1605622	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017034	TAAAA	2	10	1628619	1628628	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017034	TTAAT	2	10	1631533	1631542	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017034	AAAGA	2	10	1636562	1636571	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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154	NC_017034	ATATA	2	10	1651490	1651499	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017034	ATTAT	2	10	1657752	1657761	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_017034	TCTAT	2	10	1661515	1661524	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
157	NC_017034	AATTT	2	10	1666125	1666134	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_017034	GGCCT	2	10	1678298	1678307	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
163	NC_017034	TAAAA	2	10	1693839	1693848	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_017034	TAATA	2	10	1721502	1721511	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_017034	CATAA	2	10	1740916	1740925	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
166	NC_017034	ATTCA	2	10	1753370	1753379	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
167	NC_017034	TGATA	2	10	1783327	1783336	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
168	NC_017034	CAATC	2	10	1790338	1790347	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
169	NC_017034	CTATT	2	10	1794698	1794707	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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173	NC_017034	TTATT	2	10	1835274	1835283	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_017034	TATCA	2	10	1836433	1836442	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
175	NC_017034	TTATT	2	10	1836532	1836541	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_017034	TATTT	2	10	1867661	1867670	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_017034	AGATC	2	10	1893889	1893898	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
182	NC_017034	TATTT	2	10	1896934	1896943	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_017034	ATTAT	2	10	1900133	1900142	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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189	NC_017034	TAAAT	2	10	1959110	1959119	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_017034	TAAAA	2	10	1965209	1965218	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_017034	GCTGG	2	10	1970729	1970738	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
192	NC_017034	TTCGA	2	10	1981286	1981295	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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195	NC_017034	AGCAA	2	10	2035270	2035279	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
196	NC_017034	AAAAC	2	10	2035585	2035594	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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208	NC_017034	TAAAA	2	10	2165022	2165031	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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227	NC_017034	TATGA	2	10	2337420	2337429	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
228	NC_017034	AGCAA	2	10	2339189	2339198	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
229	NC_017034	TAATA	2	10	2349801	2349810	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
230	NC_017034	GCTTT	2	10	2363154	2363163	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
231	NC_017034	CGTAG	2	10	2363377	2363386	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
232	NC_017034	TTTAT	2	10	2372391	2372400	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.