MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Rickettsia amblyommii str. GAT-30V chromosome

Total Repeats: 156

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017028	TCATTT	2	12	4771	4782	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017028	CCTAAT	2	12	17545	17556	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017028	ATAAAA	2	12	62779	62790	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017028	ATATTA	2	12	70813	70824	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017028	TCAATT	2	12	71657	71668	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_017028	ATCTGA	2	12	93237	93248	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017028	CTTTAA	2	12	95414	95425	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017028	TGAGCT	2	12	96696	96707	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017028	ATTAAT	2	12	98108	98119	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017028	AAATTA	2	12	104067	104078	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017028	ATGAAG	2	12	104691	104702	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017028	CAAAAA	2	12	104933	104944	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_017028	TTAAAG	2	12	110474	110485	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017028	ACCTAA	2	12	114354	114365	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017028	ACTTTA	2	12	115775	115786	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_017028	AAATTA	3	18	123854	123871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017028	TTTTCT	2	12	129164	129175	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_017028	TTCTAA	2	12	134991	135002	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017028	AATAAG	2	12	150416	150427	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017028	ATAAAA	2	12	152796	152807	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017028	AATTTT	2	12	159481	159492	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017028	TTTTAA	2	12	177360	177371	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017028	ATTTAT	2	12	235231	235242	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017028	AATTTA	2	12	255825	255836	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017028	ATTATG	2	12	263521	263532	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017028	TCAGTA	2	12	273688	273699	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_017028	AAATGA	2	12	293844	293855	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017028	TAACAA	2	12	301213	301224	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_017028	TCTGTC	2	12	315228	315239	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017028	TATTTT	2	12	338855	338866	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017028	TAATTA	2	12	339865	339876	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017028	CTTTAA	2	12	347406	347417	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017028	AAATAA	2	12	347553	347564	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017028	AAAATG	2	12	347619	347630	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017028	GCACCG	2	12	348231	348242	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
36	NC_017028	TTATAA	2	12	348380	348391	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017028	TTACTC	2	12	349135	349146	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017028	ATGACG	2	12	355669	355680	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_017028	TAAAAT	2	12	368468	368479	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017028	CCTGAA	2	12	370085	370096	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017028	CAAATA	2	12	374652	374663	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_017028	TATTGT	2	12	378113	378124	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017028	CAGAAA	2	12	415376	415387	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017028	AATATT	2	12	426702	426713	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017028	ATAATT	2	12	428233	428244	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017028	GCTATA	2	12	450384	450395	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017028	CGTCAA	2	12	452573	452584	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_017028	GTCCAT	2	12	458003	458014	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_017028	AAGATA	2	12	459817	459828	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017028	ACAAAA	2	12	460227	460238	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_017028	ATAAAA	2	12	460244	460255	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017028	TTGATA	2	12	461532	461543	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017028	TTTTAC	2	12	462599	462610	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017028	TAAAAT	2	12	476711	476722	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017028	AAATTA	2	12	476734	476745	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017028	AATGTA	2	12	493322	493333	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017028	TTTAAG	2	12	505969	505980	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017028	AGTATT	2	12	507806	507817	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017028	ATTTAA	2	12	508049	508060	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017028	TTCTAA	2	12	536247	536258	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_017028	TGTAGG	2	12	555917	555928	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017028	ATATCA	2	12	559369	559380	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_017028	CCCCGT	2	12	562703	562714	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_017028	AATATC	2	12	575109	575120	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_017028	TTGGCG	2	12	584060	584071	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_017028	AAATTT	2	12	584108	584119	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017028	CAAAAC	2	12	593509	593520	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_017028	AGGAAG	2	12	596737	596748	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017028	ATTTGA	2	12	600625	600636	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017028	TAATAG	2	12	603985	603996	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017028	GCGGAA	2	12	611818	611829	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017028	AATTTA	2	12	637243	637254	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017028	TATTAA	2	12	644007	644018	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017028	CTATAT	2	12	653758	653769	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017028	TATCAA	2	12	654484	654495	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_017028	ATCTTC	2	12	657392	657403	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017028	CAAAAA	2	12	660091	660102	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017028	AATATA	2	12	674177	674188	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017028	CTATAA	2	12	681134	681145	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017028	GATTTT	2	12	688335	688346	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017028	GCTTGT	2	12	688559	688570	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_017028	ACAAAA	2	12	697595	697606	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_017028	TTTAGC	2	12	712703	712714	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017028	AATTTT	2	12	712946	712957	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017028	ATTTAA	2	12	749108	749119	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017028	AATTAT	2	12	750128	750139	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017028	CTTCAA	2	12	782369	782380	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017028	GTAGAA	2	12	782423	782434	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017028	TAAAAA	2	12	791119	791130	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017028	ATGACT	2	12	796625	796636	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_017028	AATTAA	2	12	798095	798106	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017028	TTTTAT	2	12	811631	811642	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017028	AGCTAT	2	12	814276	814287	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_017028	ATTTAT	2	12	834728	834739	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017028	GCATTG	2	12	859551	859562	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_017028	TAAATG	2	12	869019	869030	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017028	TAGTTA	2	12	875436	875447	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017028	TAAATA	2	12	893112	893123	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017028	ATAAAA	2	12	904813	904824	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017028	CTAGAG	2	12	910164	910175	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_017028	ATCCAA	2	12	910284	910295	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_017028	AAAAAG	2	12	926026	926037	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017028	TTTGTA	2	12	942784	942795	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017028	CCATCA	2	12	950392	950403	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_017028	ATAATT	2	12	955153	955164	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017028	TATATT	2	12	958167	958178	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017028	ATAATT	2	12	961150	961161	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017028	CAAGAT	2	12	969079	969090	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017028	AAGGAG	2	12	969623	969634	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017028	TTGATA	2	12	1000833	1000844	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017028	ATATTA	2	12	1008148	1008159	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017028	TAATTT	2	12	1019956	1019967	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017028	GCAAAA	2	12	1026194	1026205	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_017028	AATAAA	2	12	1031399	1031410	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017028	TTAAAA	2	12	1056626	1056637	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017028	CTAAAC	2	12	1056928	1056939	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017028	ATTTAA	2	12	1062757	1062768	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017028	AGTTTA	2	12	1074018	1074029	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017028	GCACTA	2	12	1087260	1087271	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017028	AATATT	2	12	1096034	1096045	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017028	TTATTC	2	12	1124033	1124044	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_017028	ACTTCC	2	12	1130645	1130656	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_017028	CTATAA	2	12	1132469	1132480	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_017028	CCGATA	2	12	1154403	1154414	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_017028	TAAAAC	2	12	1159373	1159384	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_017028	TTAATA	2	12	1160618	1160629	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017028	TTTTTA	2	12	1166765	1166776	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017028	TTGCTT	2	12	1167630	1167641	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_017028	AAAAAC	2	12	1168253	1168264	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_017028	TAATTT	2	12	1172614	1172625	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017028	TGCTCT	2	12	1174113	1174124	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_017028	TGTTAT	2	12	1187747	1187758	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017028	TTTAAA	2	12	1188689	1188700	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017028	ATATCC	2	12	1189728	1189739	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_017028	AATTAT	2	12	1197864	1197875	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017028	ATCAAT	2	12	1198811	1198822	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_017028	CATTGT	2	12	1199662	1199673	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_017028	GTTTTT	2	12	1234332	1234343	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017028	TTAATA	2	12	1235897	1235908	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017028	CAAGAA	2	12	1235979	1235990	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_017028	CTTTAT	2	12	1239780	1239791	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_017028	CAAAAT	2	12	1248267	1248278	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_017028	TTAAAT	2	12	1248420	1248431	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017028	TTAGTT	2	12	1250297	1250308	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017028	TAGTGA	2	12	1252135	1252146	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017028	AGCATT	2	12	1258409	1258420	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_017028	TTTTTG	2	12	1266534	1266545	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017028	ATTTAA	2	12	1283730	1283741	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017028	AGTTTA	2	12	1295268	1295279	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017028	CAAATC	2	12	1297110	1297121	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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152	NC_017028	TTTCTC	2	12	1372089	1372100	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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154	NC_017028	CCGGTA	2	12	1376256	1376267	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_017028	TGTTCC	2	12	1381491	1381502	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_017028	TATAAA	2	12	1401701	1401712	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.