MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Rickettsia amblyommii str. GAT-30V chromosome

Total Repeats: 371

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017028	GATTA	2	10	5867	5876	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017028	TCACT	2	10	8836	8845	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
3	NC_017028	TTTTA	2	10	8894	8903	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017028	AATTA	2	10	11546	11555	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017028	AGAGC	2	10	11601	11610	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017028	TGTTC	2	10	14283	14292	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017028	AATAT	2	10	16106	16115	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017028	ATGAA	2	10	16923	16932	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017028	TGTTA	2	10	17000	17009	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017028	TAAAA	2	10	22981	22990	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017028	GCTAA	2	10	23999	24008	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017028	TAAAT	2	10	25791	25800	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017028	TTTCT	2	10	26718	26727	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017028	TATTT	2	10	26976	26985	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017028	TTATT	2	10	33687	33696	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017028	CACAG	2	10	40909	40918	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_017028	TACTT	2	10	45518	45527	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017028	GGAGC	2	10	53935	53944	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017028	TAAAT	2	10	54031	54040	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017028	ATAAC	2	10	56671	56680	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017028	TATAT	2	10	60066	60075	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017028	ATATA	2	10	60093	60102	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017028	AATTT	2	10	60803	60812	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017028	ATAAA	2	10	60938	60947	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017028	GCTTT	2	10	61008	61017	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017028	TCTGT	2	10	62230	62239	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017028	GGATT	2	10	63530	63539	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017028	AGAGA	2	10	65902	65911	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017028	ATTTA	2	10	69911	69920	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017028	ATTTA	2	10	71038	71047	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017028	TACTT	2	10	88219	88228	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017028	AATTA	2	10	88357	88366	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017028	GAATT	2	10	90446	90455	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017028	TAGCA	2	10	90934	90943	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017028	CTCTT	2	10	92761	92770	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_017028	TTGTT	2	10	96373	96382	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017028	ACTTA	2	10	98392	98401	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017028	ACTAA	2	10	103712	103721	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017028	ACTCA	2	10	106124	106133	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_017028	TAGCA	2	10	110394	110403	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017028	TTGTA	2	10	117401	117410	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017028	CCTGC	2	10	134633	134642	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
43	NC_017028	TTTCT	2	10	135291	135300	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017028	CATTA	2	10	136349	136358	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017028	ATTAT	2	10	143573	143582	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017028	TAAAT	2	10	150374	150383	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017028	TAAAT	2	10	154068	154077	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017028	ACATA	2	10	156795	156804	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017028	ATTAG	2	10	158455	158464	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017028	TTTCT	2	10	160047	160056	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017028	ATACA	2	10	168152	168161	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017028	TAAAT	2	10	172145	172154	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017028	AAGCA	2	10	201262	201271	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017028	AGCTT	2	10	201415	201424	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017028	TTTAA	2	10	204881	204890	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017028	TACAA	2	10	235078	235087	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_017028	AAAGA	2	10	236839	236848	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017028	AATTA	2	10	236878	236887	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017028	TTTAT	2	10	243646	243655	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017028	TTTAA	2	10	263224	263233	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017028	TATTT	2	10	263262	263271	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017028	GAGAG	2	10	263459	263468	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017028	TTTAT	2	10	288288	288297	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017028	AATTA	2	10	292300	292309	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017028	TAAAT	2	10	292317	292326	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017028	TAAAA	2	10	292352	292361	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017028	AGACA	2	10	292414	292423	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017028	ATTAT	2	10	294612	294621	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017028	ATTTA	2	10	297098	297107	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017028	AAATT	2	10	298627	298636	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017028	TTTCT	2	10	298642	298651	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017028	GTCAA	2	10	301117	301126	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017028	CGAGG	2	10	304202	304211	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017028	TAATA	2	10	307653	307662	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017028	ATTTA	2	10	309246	309255	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017028	TAAAT	2	10	309315	309324	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017028	TATAT	2	10	310685	310694	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017028	CCCAT	2	10	315691	315700	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
79	NC_017028	ATTAT	2	10	316338	316347	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017028	ATTCT	2	10	316929	316938	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017028	AAGAA	2	10	317371	317380	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017028	TTTGA	2	10	331654	331663	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017028	ATTTT	2	10	333324	333333	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017028	CTACA	2	10	340839	340848	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_017028	GAATA	2	10	347359	347368	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017028	ATTGG	2	10	364704	364713	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017028	AGCCT	2	10	364931	364940	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_017028	TTTAT	2	10	365160	365169	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017028	ATATT	2	10	366274	366283	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017028	TAAAA	2	10	366383	366392	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017028	GATAT	2	10	371631	371640	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017028	ATCCC	2	10	371753	371762	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
93	NC_017028	TGCAA	2	10	371838	371847	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017028	TAATA	2	10	374397	374406	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017028	GACAA	2	10	375026	375035	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017028	TCAAA	2	10	375471	375480	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017028	TAATT	2	10	377612	377621	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017028	GATAT	2	10	388143	388152	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017028	AAAGA	2	10	389336	389345	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017028	TAAAA	2	10	391009	391018	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017028	TTGTT	2	10	391094	391103	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017028	GATTT	2	10	404762	404771	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017028	ATAAG	2	10	407512	407521	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017028	ATCTA	2	10	407550	407559	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017028	TTAAA	2	10	410757	410766	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017028	TTTAT	2	10	412758	412767	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017028	ACAGT	2	10	419196	419205	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017028	TTTAT	2	10	420200	420209	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017028	TAAAA	2	10	430947	430956	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017028	TTTAA	2	10	436383	436392	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017028	TCTGC	2	10	448895	448904	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_017028	ATTAA	2	10	450737	450746	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017028	TGATA	2	10	451304	451313	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017028	TTTCA	2	10	451318	451327	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017028	TACTT	2	10	457357	457366	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_017028	ACTAT	2	10	457655	457664	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017028	GAAAA	2	10	459640	459649	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017028	GTTTG	2	10	460116	460125	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017028	GCTAA	2	10	460854	460863	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017028	TTAAT	2	10	476641	476650	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017028	TTGCA	2	10	485410	485419	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017028	AATTT	2	10	485473	485482	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017028	AATCC	2	10	494743	494752	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_017028	TAATT	2	10	500206	500215	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017028	TTATG	2	10	504376	504385	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017028	AGAAA	2	10	505445	505454	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017028	ATTAA	2	10	509681	509690	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017028	AATAA	2	10	512984	512993	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017028	CGCTC	2	10	520667	520676	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
130	NC_017028	TAATT	2	10	523362	523371	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017028	AAGCT	2	10	523418	523427	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017028	GATTT	2	10	524033	524042	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017028	CGCTC	2	10	528497	528506	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
134	NC_017028	CGCTC	2	10	528943	528952	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
135	NC_017028	ATTTA	2	10	531771	531780	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017028	TGATA	2	10	538209	538218	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017028	GAATA	2	10	553641	553650	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017028	ATATA	2	10	554562	554571	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017028	TGCAA	2	10	554644	554653	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017028	TATAT	2	10	562519	562528	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017028	GTCAC	2	10	562716	562725	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_017028	TTAAT	2	10	578095	578104	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017028	TAATT	2	10	583896	583905	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017028	CTTTA	2	10	583992	584001	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017028	ATTTT	2	10	588086	588095	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017028	TCAGC	2	10	588123	588132	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
147	NC_017028	TCGCT	2	10	592430	592439	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
148	NC_017028	TAAAA	2	10	592454	592463	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.