MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Pasteurella multocida subsp. multocida str. HN06 chromosome

Total Repeats: 343

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017027	TCAAA	2	10	4369	4378	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017027	TTAAT	2	10	20626	20635	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017027	TTGAT	2	10	20860	20869	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017027	ATATA	2	10	21096	21105	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017027	ATCAT	2	10	30986	30995	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017027	TTGTG	2	10	35237	35246	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017027	ATGAA	2	10	37446	37455	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017027	GCATG	2	10	39679	39688	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017027	AACAA	2	10	47770	47779	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017027	GTATT	2	10	48949	48958	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017027	TAAAA	2	10	49070	49079	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017027	AATAC	2	10	60870	60879	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017027	AAACC	2	10	74765	74774	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
14	NC_017027	CGAAC	2	10	82471	82480	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_017027	GAAGC	2	10	83331	83340	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017027	GTCAA	2	10	85948	85957	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017027	TAAAA	2	10	87373	87382	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017027	TTTCC	2	10	87404	87413	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
19	NC_017027	TTTTG	2	10	88861	88870	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017027	GCGAA	2	10	91718	91727	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017027	ATACA	2	10	116594	116603	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017027	TTTCC	2	10	119161	119170	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_017027	ACTTT	2	10	123252	123261	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017027	TGCAT	2	10	124862	124871	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017027	TTTTC	2	10	125624	125633	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017027	AAATG	2	10	132720	132729	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017027	GAAAA	2	10	133709	133718	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017027	CTTTT	2	10	143117	143126	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017027	ATGAT	2	10	144382	144391	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017027	TTCAT	2	10	149096	149105	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017027	ATAGC	2	10	152827	152836	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017027	TTTTC	2	10	167122	167131	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017027	AAAAT	2	10	182305	182314	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017027	TTTTA	2	10	196197	196206	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017027	TTTTA	2	10	199220	199229	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017027	CTTTT	2	10	220885	220894	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017027	AAATG	2	10	226259	226268	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017027	ATCTT	2	10	226288	226297	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017027	ATCAT	2	10	236382	236391	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017027	CTTTT	2	10	247582	247591	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017027	TTTTA	2	10	252737	252746	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017027	CAGTA	2	10	263592	263601	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017027	CATTT	2	10	275751	275760	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017027	TCACT	2	10	276373	276382	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017027	TTTAT	2	10	277922	277931	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017027	ATAAA	2	10	281897	281906	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017027	GAGAA	2	10	287214	287223	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017027	ATTTT	2	10	291728	291737	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017027	TGATA	2	10	293546	293555	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017027	TTACT	2	10	294915	294924	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017027	TTGAA	2	10	320113	320122	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017027	AGTCG	2	10	323380	323389	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017027	AGGTT	2	10	323707	323716	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017027	TAACT	2	10	331046	331055	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017027	TTGTG	2	10	348155	348164	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017027	ATTAA	2	10	350724	350733	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017027	TATAA	2	10	354064	354073	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017027	TATTT	2	10	366270	366279	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017027	TAATA	2	10	372956	372965	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017027	CTTTC	2	10	378635	378644	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_017027	AGTTG	2	10	398814	398823	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017027	TTTTA	2	10	398913	398922	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017027	CTTTT	2	10	417979	417988	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017027	AAAAG	2	10	430826	430835	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017027	AAAAT	2	10	430844	430853	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017027	TTTTG	2	10	430959	430968	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017027	TATGC	2	10	439001	439010	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017027	GCTTG	2	10	444712	444721	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017027	TTTGG	2	10	444834	444843	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017027	TTAAA	2	10	456433	456442	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017027	TCATC	2	10	461589	461598	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_017027	ATTTA	2	10	461866	461875	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017027	AGAAA	2	10	464942	464951	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017027	TTGTT	2	10	465251	465260	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017027	GTTGT	2	10	466521	466530	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017027	AAGGC	2	10	485882	485891	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017027	ATTCA	2	10	485919	485928	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_017027	TGTGA	2	10	502161	502170	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017027	TGCAT	2	10	502210	502219	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017027	TTGAA	2	10	515559	515568	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017027	AGTCG	2	10	518603	518612	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017027	AGGTT	2	10	518930	518939	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017027	ATGAA	2	10	521461	521470	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017027	GATGT	2	10	528518	528527	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017027	TAATT	2	10	537045	537054	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017027	TAAAA	2	10	537401	537410	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017027	GGGGA	2	10	542621	542630	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017027	GTTTT	2	10	555102	555111	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017027	CATTA	2	10	560511	560520	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017027	TGTAT	2	10	561876	561885	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017027	ATTGT	2	10	565683	565692	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017027	CTTTT	2	10	572717	572726	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017027	CATTT	2	10	572774	572783	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017027	ATTAA	2	10	602306	602315	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017027	GAAAA	2	10	616840	616849	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017027	ATAAA	2	10	619631	619640	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017027	TTGTT	2	10	622546	622555	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017027	TAACT	2	10	627164	627173	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017027	AAATT	2	10	631114	631123	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017027	TAAAT	2	10	632115	632124	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017027	AACAA	2	10	686218	686227	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017027	TTCTT	2	10	687168	687177	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017027	TAGCG	2	10	687275	687284	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017027	GCTTA	2	10	699012	699021	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017027	TTAAA	2	10	699318	699327	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017027	AGTGA	2	10	720121	720130	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017027	ATTTG	2	10	726738	726747	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017027	GTTTT	2	10	741329	741338	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017027	TAAAA	2	10	742886	742895	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017027	TAATA	2	10	746991	747000	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017027	AAATA	2	10	754962	754971	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017027	TTGTT	2	10	755719	755728	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017027	AATAC	2	10	757738	757747	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017027	TAAAA	2	10	760625	760634	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017027	TTTAA	2	10	763682	763691	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017027	AAAAG	2	10	794132	794141	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017027	ATAAA	2	10	794179	794188	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017027	AAAAT	2	10	794218	794227	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017027	AAAGA	2	10	797352	797361	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017027	TTTCA	2	10	800787	800796	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017027	AATGA	2	10	817347	817356	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017027	GTGCG	2	10	823333	823342	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017027	AAAAG	2	10	824901	824910	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017027	AAAAC	2	10	834014	834023	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017027	CATCT	2	10	877064	877073	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_017027	TTTTC	2	10	883754	883763	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017027	TCCTT	2	10	885101	885110	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_017027	GGTAT	2	10	885268	885277	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017027	AATCC	2	10	912605	912614	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_017027	AAATA	2	10	925047	925056	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017027	AAAAG	2	10	934201	934210	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017027	TAGAA	2	10	937003	937012	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017027	GCAAA	2	10	937033	937042	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017027	TTTAT	2	10	943430	943439	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017027	CGCGT	2	10	945920	945929	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
136	NC_017027	CTCAT	2	10	949148	949157	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_017027	GAAAA	2	10	955206	955215	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017027	ATAAA	2	10	955485	955494	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017027	GAAAA	2	10	957988	957997	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017027	ATTAA	2	10	969589	969598	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017027	TTTGT	2	10	972984	972993	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017027	TTTAA	2	10	993140	993149	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017027	AATAA	2	10	1004202	1004211	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017027	AATAA	2	10	1004743	1004752	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017027	AATAT	2	10	1005249	1005258	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017027	AAAAG	2	10	1005821	1005830	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017027	AAATT	2	10	1012119	1012128	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017027	ACTTT	2	10	1018486	1018495	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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330	NC_017027	CTTTT	2	10	2263401	2263410	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
331	NC_017027	AGCAA	2	10	2276518	2276527	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
332	NC_017027	ATGAG	2	10	2293410	2293419	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
333	NC_017027	AATAA	2	10	2303394	2303403	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
334	NC_017027	TTAAT	2	10	2307289	2307298	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
335	NC_017027	ATAAC	2	10	2309339	2309348	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
336	NC_017027	AGATG	2	10	2334661	2334670	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
337	NC_017027	AGGCA	2	10	2351144	2351153	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
338	NC_017027	TTATT	2	10	2355572	2355581	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
339	NC_017027	AACAT	2	10	2357474	2357483	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
340	NC_017027	TTGTT	2	10	2375283	2375292	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
341	NC_017027	TCGCT	2	10	2376876	2376885	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
342	NC_017027	AGGAG	2	10	2385857	2385866	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
343	NC_017027	TAAAA	2	10	2389085	2389094	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.