MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Candidatus Rickettsia amblyommii str. GAT-30V plasmid pMCE_1

Total Repeats: 264

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017020	ATA	2	6	1102	1107	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327250
2	NC_017020	AAG	2	6	1120	1125	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327250
3	NC_017020	TAC	2	6	1268	1273	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327250
4	NC_017020	ACT	2	6	1500	1505	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327250
5	NC_017020	CTT	2	6	1531	1536	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327250
6	NC_017020	TAC	2	6	2920	2925	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327251
7	NC_017020	TCT	2	6	2940	2945	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327251
8	NC_017020	TTG	2	6	2956	2961	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383327251
9	NC_017020	ATG	2	6	3019	3024	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327251
10	NC_017020	CCT	2	6	3073	3078	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383327251
11	NC_017020	ACT	2	6	3173	3178	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327251
12	NC_017020	TCA	2	6	3585	3590	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327252
13	NC_017020	TTC	2	6	3611	3616	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327252
14	NC_017020	TAC	2	6	3631	3636	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327252
15	NC_017020	TAA	2	6	3824	3829	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327252
16	NC_017020	TTC	2	6	3830	3835	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327252
17	NC_017020	TCT	2	6	3852	3857	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327252
18	NC_017020	TTA	2	6	3900	3905	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327252
19	NC_017020	CTT	2	6	3910	3915	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327252
20	NC_017020	GCT	2	6	3978	3983	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327252
21	NC_017020	TCT	2	6	4044	4049	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327252
22	NC_017020	CAT	2	6	4099	4104	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327252
23	NC_017020	TCT	2	6	4155	4160	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327252
24	NC_017020	TGG	2	6	4186	4191	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383327252
25	NC_017020	ACT	2	6	4283	4288	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327252
26	NC_017020	ATA	2	6	4318	4323	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327252
27	NC_017020	ATC	2	6	4331	4336	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327252
28	NC_017020	TCC	2	6	4353	4358	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383327252
29	NC_017020	TAT	2	6	4360	4365	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327252
30	NC_017020	CCT	3	9	4444	4452	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383327252
31	NC_017020	TTA	2	6	4479	4484	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327252
32	NC_017020	TGT	2	6	4514	4519	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383327252
33	NC_017020	ATC	2	6	4559	4564	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327252
34	NC_017020	TAT	2	6	4619	4624	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327252
35	NC_017020	GTA	2	6	4635	4640	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327252
36	NC_017020	ATG	2	6	4664	4669	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327252
37	NC_017020	CAT	2	6	4729	4734	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327252
38	NC_017020	TGC	2	6	4760	4765	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327252
39	NC_017020	TAA	2	6	4876	4881	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327252
40	NC_017020	ACC	2	6	4935	4940	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383327252
41	NC_017020	TAT	2	6	5029	5034	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327252
42	NC_017020	CTA	2	6	5047	5052	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327252
43	NC_017020	TCT	2	6	5430	5435	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327253
44	NC_017020	TAA	2	6	5438	5443	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327253
45	NC_017020	TAT	3	9	5466	5474	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327253
46	NC_017020	TGC	2	6	5728	5733	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327253
47	NC_017020	ACT	2	6	5951	5956	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327254
48	NC_017020	CTG	2	6	5989	5994	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327254
49	NC_017020	TGC	2	6	6086	6091	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327254
50	NC_017020	TGC	2	6	6116	6121	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327254
51	NC_017020	CAA	2	6	6244	6249	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327255
52	NC_017020	TCA	2	6	6278	6283	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327255
53	NC_017020	ATC	2	6	6313	6318	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327255
54	NC_017020	TGT	2	6	6489	6494	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383327255
55	NC_017020	CTT	2	6	6565	6570	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327255
56	NC_017020	TCA	2	6	6605	6610	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327255
57	NC_017020	ATC	2	6	6844	6849	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327255
58	NC_017020	TGC	2	6	6923	6928	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327255
59	NC_017020	TCT	2	6	7213	7218	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327256
60	NC_017020	TAA	2	6	7405	7410	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327257
61	NC_017020	TCA	2	6	7518	7523	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327257
62	NC_017020	ATT	2	6	7566	7571	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327258
63	NC_017020	TTA	2	6	7591	7596	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327258
64	NC_017020	CTA	2	6	7616	7621	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327258
65	NC_017020	CTT	2	6	7724	7729	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327258
66	NC_017020	TTC	2	6	7734	7739	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327258
67	NC_017020	ATA	3	9	7767	7775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327258
68	NC_017020	TCA	2	6	7783	7788	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327258
69	NC_017020	ATC	2	6	7855	7860	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327258
70	NC_017020	ATA	2	6	7866	7871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327259
71	NC_017020	TCT	2	6	7909	7914	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327259
72	NC_017020	TTG	2	6	8008	8013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	383327259
73	NC_017020	ATT	2	6	8041	8046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327259
74	NC_017020	CAG	2	6	8697	8702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	383327260
75	NC_017020	TAC	2	6	8731	8736	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327260
76	NC_017020	CTA	2	6	8738	8743	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327260
77	NC_017020	AGA	2	6	9030	9035	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327261
78	NC_017020	ATT	2	6	9110	9115	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327261
79	NC_017020	ATT	2	6	9149	9154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327261
80	NC_017020	TGA	2	6	9184	9189	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327261
81	NC_017020	CAA	3	9	9230	9238	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327261
82	NC_017020	TTA	2	6	9285	9290	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327261
83	NC_017020	GTA	2	6	9384	9389	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327261
84	NC_017020	AGT	2	6	9404	9409	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327261
85	NC_017020	ATT	2	6	9432	9437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327261
86	NC_017020	ATT	2	6	9632	9637	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327262
87	NC_017020	TTC	2	6	9673	9678	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327262
88	NC_017020	ATT	2	6	9841	9846	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327263
89	NC_017020	ATA	2	6	10023	10028	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327263
90	NC_017020	TTA	2	6	10092	10097	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327263
91	NC_017020	ATA	2	6	10149	10154	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327263
92	NC_017020	CTT	2	6	10221	10226	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327263
93	NC_017020	AAT	2	6	10227	10232	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327263
94	NC_017020	TCA	2	6	10251	10256	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327263
95	NC_017020	TCT	2	6	10302	10307	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327263
96	NC_017020	TAA	2	6	10316	10321	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327263
97	NC_017020	TTA	2	6	10353	10358	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327263
98	NC_017020	AAT	2	6	10434	10439	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327263
99	NC_017020	TGA	2	6	10528	10533	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327263
100	NC_017020	ATG	2	6	10774	10779	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327264
101	NC_017020	ATT	2	6	11097	11102	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327265
102	NC_017020	ACC	2	6	11155	11160	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	383327265
103	NC_017020	TCT	2	6	11227	11232	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327265
104	NC_017020	AGA	2	6	11382	11387	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327265
105	NC_017020	AAT	2	6	11434	11439	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327265
106	NC_017020	ATT	2	6	11446	11451	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327265
107	NC_017020	CAA	2	6	11456	11461	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327265
108	NC_017020	ATA	2	6	11525	11530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327265
109	NC_017020	ATA	2	6	11573	11578	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327265
110	NC_017020	TAA	2	6	11702	11707	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327265
111	NC_017020	TCT	2	6	11737	11742	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327265
112	NC_017020	TAA	2	6	11745	11750	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327265
113	NC_017020	TGA	2	6	11760	11765	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327265
114	NC_017020	TAT	2	6	11790	11795	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327265
115	NC_017020	CTT	2	6	11798	11803	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327265
116	NC_017020	AGA	2	6	11868	11873	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327265
117	NC_017020	TAA	2	6	11874	11879	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327265
118	NC_017020	ATG	2	6	11915	11920	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327265
119	NC_017020	ACT	2	6	11961	11966	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327265
120	NC_017020	CAA	2	6	12010	12015	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	383327265
121	NC_017020	GTG	2	6	12026	12031	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	383327265
122	NC_017020	ATT	2	6	12181	12186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327265
123	NC_017020	AAT	2	6	12211	12216	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327265
124	NC_017020	TTC	2	6	12246	12251	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327265
125	NC_017020	AGA	2	6	12267	12272	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	383327265
126	NC_017020	GCT	2	6	12391	12396	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327265
127	NC_017020	ATC	2	6	12403	12408	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327265
128	NC_017020	AGT	2	6	12432	12437	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	383327265
129	NC_017020	CTG	2	6	12446	12451	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327265
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252	NC_017020	ATT	2	6	29623	29628	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327280
253	NC_017020	ATA	2	6	29638	29643	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327280
254	NC_017020	CTT	2	6	29664	29669	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327280
255	NC_017020	ATT	2	6	29703	29708	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327280
256	NC_017020	ATT	2	6	29735	29740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327280
257	NC_017020	CTT	2	6	29960	29965	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	383327281
258	NC_017020	TTA	2	6	30033	30038	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327281
259	NC_017020	TAA	2	6	30047	30052	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	383327281
260	NC_017020	CTG	2	6	30192	30197	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	383327282
261	NC_017020	TTA	2	6	30236	30241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327282
262	NC_017020	TTA	2	6	30365	30370	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	383327283
263	NC_017020	ACT	2	6	30402	30407	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	383327283
264	NC_017020	CCT	2	6	30590	30595	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	383327283

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.