MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Vibrio cholerae IEC224 chromosome I

Total Repeats: 123

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016944	GACGCC	2	12	4702	4713	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_016944	ATCAAA	2	12	7187	7198	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_016944	AAGAGT	2	12	20923	20934	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016944	AAGCGA	2	12	23077	23088	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_016944	AAAGAG	2	12	23221	23232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016944	GCTGTT	2	12	36594	36605	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_016944	TGAAAT	2	12	57777	57788	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016944	CTTTTT	2	12	102664	102675	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_016944	TCTCGC	2	12	102686	102697	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
10	NC_016944	CTAATG	2	12	149117	149128	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_016944	TGAAAT	2	12	155019	155030	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016944	TACCGC	2	12	175178	175189	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
13	NC_016944	ATTTTT	2	12	178449	178460	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016944	CTTTGT	2	12	229951	229962	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_016944	CTATGT	2	12	285148	285159	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_016944	TGAAAT	2	12	328197	328208	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016944	TGTCTT	2	12	329589	329600	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_016944	GCTTTT	2	12	339721	339732	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_016944	TCAAAA	2	12	356241	356252	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_016944	TAAGGT	2	12	362126	362137	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016944	TGAAAT	2	12	405803	405814	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016944	TGGGAT	2	12	438268	438279	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016944	TTTATT	2	12	454445	454456	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016944	CCTTAT	2	12	459997	460008	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_016944	ACGTGA	2	12	460073	460084	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_016944	TCACTG	2	12	462015	462026	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_016944	CTATGC	2	12	463328	463339	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_016944	TTTCCC	2	12	481606	481617	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_016944	CTGCAA	2	12	486419	486430	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_016944	ACTTTG	2	12	510654	510665	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_016944	AAAGCA	2	12	521117	521128	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_016944	TTGGTT	2	12	522927	522938	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016944	ATTAAC	2	12	538424	538435	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_016944	GGGAAA	2	12	538541	538552	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016944	TTTAGT	2	12	591322	591333	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016944	TAAATT	2	12	602689	602700	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016944	TGATGG	2	12	613664	613675	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016944	CATTAT	2	12	662805	662816	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_016944	TGAAAT	2	12	763751	763762	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016944	TTGGCG	2	12	774356	774367	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_016944	TCCTTG	2	12	835353	835364	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_016944	TTTAAA	2	12	850040	850051	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016944	TCCTCA	2	12	867450	867461	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_016944	CTTTTG	2	12	924093	924104	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_016944	ATTTTT	2	12	933433	933444	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016944	TAATAT	2	12	934683	934694	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016944	CCAGTG	2	12	960704	960715	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_016944	TATCCT	2	12	975338	975349	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_016944	TAATAC	2	12	975501	975512	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_016944	AAAGAG	2	12	990405	990416	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016944	TTATTT	2	12	995922	995933	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016944	AGCCTA	2	12	1005711	1005722	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_016944	ATTTAT	2	12	1034622	1034633	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016944	ACACCG	2	12	1040306	1040317	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
55	NC_016944	GTGTTG	2	12	1099091	1099102	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016944	AGTGTG	2	12	1118332	1118343	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016944	AAAGGA	2	12	1133305	1133316	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016944	TGCAAT	2	12	1209425	1209436	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_016944	TTAGAT	2	12	1272420	1272431	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016944	CCTGAC	2	12	1305680	1305691	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
61	NC_016944	AGAGCC	2	12	1321690	1321701	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_016944	TGCCTA	2	12	1330011	1330022	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_016944	AACGCT	2	12	1359296	1359307	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_016944	GGCTTT	2	12	1370230	1370241	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_016944	GTTTAC	2	12	1414388	1414399	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_016944	GCAGCG	2	12	1415487	1415498	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_016944	TTCAAG	2	12	1438801	1438812	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_016944	CTCTGG	2	12	1575160	1575171	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_016944	CTCTGG	2	12	1580011	1580022	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_016944	CTAGAA	2	12	1650680	1650691	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_016944	GGTATC	2	12	1780365	1780376	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_016944	GTGATG	2	12	1781311	1781322	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016944	ATCACC	2	12	1781649	1781660	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_016944	GTGCTG	2	12	1786306	1786317	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_016944	GTTAAG	2	12	1803518	1803529	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016944	CCAAAA	2	12	1846664	1846675	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_016944	ATAAAA	2	12	2013683	2013694	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016944	GATCAA	2	12	2051265	2051276	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_016944	GGGATT	2	12	2094301	2094312	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016944	AACGAA	2	12	2094356	2094367	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_016944	TGAAAC	2	12	2097463	2097474	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_016944	TTTATG	2	12	2130443	2130454	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016944	TACCTA	2	12	2130614	2130625	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_016944	CAAGCT	2	12	2135531	2135542	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_016944	CGGCAT	2	12	2137946	2137957	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_016944	AATTCC	2	12	2144542	2144553	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_016944	AAAGAG	2	12	2170622	2170633	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016944	ATTTTT	2	12	2190213	2190224	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016944	TAAATG	2	12	2205584	2205595	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016944	ACCCAA	2	12	2210962	2210973	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_016944	AATTGA	2	12	2220347	2220358	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016944	GACTTC	2	12	2273604	2273615	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_016944	TATTAA	2	12	2282599	2282610	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016944	TTACAT	2	12	2282772	2282783	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_016944	CAAAAG	2	12	2300779	2300790	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_016944	TCACCT	2	12	2317610	2317621	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_016944	TAGCCA	2	12	2348030	2348041	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_016944	CAGCTG	2	12	2379246	2379257	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_016944	CATCTC	2	12	2395304	2395315	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_016944	AAAAAG	2	12	2412697	2412708	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016944	GGCTTT	2	12	2412840	2412851	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_016944	AAGGTT	2	12	2414447	2414458	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016944	ATGGTT	2	12	2432152	2432163	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016944	GAAGCG	2	12	2432805	2432816	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_016944	CCCTGC	2	12	2480230	2480241	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_016944	GGTAAT	2	12	2568723	2568734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016944	ATTTTT	2	12	2570133	2570144	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016944	AGCTCT	2	12	2640592	2640603	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_016944	GCCTCC	2	12	2664432	2664443	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_016944	ACACAA	2	12	2718100	2718111	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_016944	ATTTCA	2	12	2723669	2723680	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_016944	AATATG	2	12	2729581	2729592	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016944	TTTTGA	2	12	2730434	2730445	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016944	TAACAA	2	12	2758183	2758194	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_016944	GGTTCA	2	12	2768738	2768749	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_016944	TTGCAG	2	12	2793972	2793983	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_016944	TTTCGC	2	12	2796653	2796664	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_016944	TGAAAT	2	12	2841605	2841616	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016944	TCGATG	2	12	2889967	2889978	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_016944	ATTCAG	2	12	2900446	2900457	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_016944	CAAAGG	2	12	2901902	2901913	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_016944	ATTTCA	2	12	2975326	2975337	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_016944	ATTTCA	2	12	2981074	2981085	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.