MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia massiliae str. AZT80 plasmid pRMB

Total Repeats: 48

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016939	TCTT	2	8	446	453	0 %	75 %	0 %	25 %	378750099
2	NC_016939	GAAG	2	8	827	834	50 %	0 %	50 %	0 %	378750099
3	NC_016939	TAAT	2	8	858	865	50 %	50 %	0 %	0 %	378750099
4	NC_016939	ATAA	2	8	1979	1986	75 %	25 %	0 %	0 %	378750101
5	NC_016939	ATGA	2	8	2888	2895	50 %	25 %	25 %	0 %	378750102
6	NC_016939	TAAT	2	8	3432	3439	50 %	50 %	0 %	0 %	378750102
7	NC_016939	TGTA	2	8	3644	3651	25 %	50 %	25 %	0 %	378750102
8	NC_016939	TACA	2	8	3963	3970	50 %	25 %	0 %	25 %	378750102
9	NC_016939	TACA	2	8	4035	4042	50 %	25 %	0 %	25 %	378750102
10	NC_016939	TACA	2	8	4107	4114	50 %	25 %	0 %	25 %	378750102
11	NC_016939	TACA	2	8	4179	4186	50 %	25 %	0 %	25 %	378750102
12	NC_016939	TACA	2	8	4251	4258	50 %	25 %	0 %	25 %	378750102
13	NC_016939	TACA	2	8	4323	4330	50 %	25 %	0 %	25 %	378750102
14	NC_016939	TACA	2	8	4395	4402	50 %	25 %	0 %	25 %	378750102
15	NC_016939	TACA	2	8	4467	4474	50 %	25 %	0 %	25 %	378750102
16	NC_016939	TGAA	2	8	5000	5007	50 %	25 %	25 %	0 %	378750103
17	NC_016939	CCCT	2	8	5077	5084	0 %	25 %	0 %	75 %	378750103
18	NC_016939	ATCA	2	8	5094	5101	50 %	25 %	0 %	25 %	378750103
19	NC_016939	TAAA	2	8	5105	5112	75 %	25 %	0 %	0 %	378750103
20	NC_016939	GAGC	2	8	6137	6144	25 %	0 %	50 %	25 %	378750104
21	NC_016939	AAGA	2	8	6469	6476	75 %	0 %	25 %	0 %	378750104
22	NC_016939	CTTG	2	8	6602	6609	0 %	50 %	25 %	25 %	378750104
23	NC_016939	AGCT	2	8	6835	6842	25 %	25 %	25 %	25 %	378750104
24	NC_016939	TAAA	2	8	6862	6869	75 %	25 %	0 %	0 %	378750104
25	NC_016939	CCAT	2	8	7442	7449	25 %	25 %	0 %	50 %	378750105
26	NC_016939	ATCT	2	8	7623	7630	25 %	50 %	0 %	25 %	378750105
27	NC_016939	TTAT	2	8	9460	9467	25 %	75 %	0 %	0 %	378750107
28	NC_016939	TTTA	2	8	9550	9557	25 %	75 %	0 %	0 %	378750107
29	NC_016939	TGTT	2	8	9598	9605	0 %	75 %	25 %	0 %	378750107
30	NC_016939	AGTT	2	8	9678	9685	25 %	50 %	25 %	0 %	378750107
31	NC_016939	AATG	2	8	9857	9864	50 %	25 %	25 %	0 %	378750107
32	NC_016939	ATCA	2	8	9954	9961	50 %	25 %	0 %	25 %	378750107
33	NC_016939	TACA	2	8	9963	9970	50 %	25 %	0 %	25 %	378750107
34	NC_016939	ATCT	2	8	10267	10274	25 %	50 %	0 %	25 %	378750107
35	NC_016939	AGTA	2	8	10345	10352	50 %	25 %	25 %	0 %	378750107
36	NC_016939	AGTT	2	8	10474	10481	25 %	50 %	25 %	0 %	378750107
37	NC_016939	AATA	2	8	10660	10667	75 %	25 %	0 %	0 %	378750107
38	NC_016939	ATTT	2	8	10978	10985	25 %	75 %	0 %	0 %	378750107
39	NC_016939	AATA	2	8	11929	11936	75 %	25 %	0 %	0 %	378750107
40	NC_016939	CATA	2	8	11956	11963	50 %	25 %	0 %	25 %	378750107
41	NC_016939	CTTT	2	8	12904	12911	0 %	75 %	0 %	25 %	378750109
42	NC_016939	TCGC	2	8	13006	13013	0 %	25 %	25 %	50 %	378750109
43	NC_016939	TCGC	2	8	13280	13287	0 %	25 %	25 %	50 %	378750109
44	NC_016939	TTCT	2	8	13555	13562	0 %	75 %	0 %	25 %	378750109
45	NC_016939	TTAT	2	8	13877	13884	25 %	75 %	0 %	0 %	378750109
46	NC_016939	TTCT	2	8	14041	14048	0 %	75 %	0 %	25 %	378750109
47	NC_016939	CTGT	2	8	14204	14211	0 %	50 %	25 %	25 %	378750109
48	NC_016939	TGAT	2	8	14815	14822	25 %	50 %	25 %	0 %	378750109

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.