MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Rickettsia massiliae str. AZT80 plasmid pRMB

Total Repeats: 199

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016939	TTC	2	6	217	222	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378750098
2	NC_016939	AAT	2	6	291	296	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016939	ATT	2	6	317	322	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016939	TTA	2	6	432	437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750099
5	NC_016939	AAT	2	6	628	633	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750099
6	NC_016939	ATT	2	6	677	682	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750099
7	NC_016939	ACC	2	6	688	693	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378750099
8	NC_016939	GTA	2	6	740	745	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750099
9	NC_016939	AAG	2	6	807	812	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378750099
10	NC_016939	CAG	2	6	975	980	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378750099
11	NC_016939	ATA	2	6	1008	1013	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750099
12	NC_016939	TAC	2	6	1137	1142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750100
13	NC_016939	AGA	2	6	1227	1232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378750100
14	NC_016939	GGC	2	6	1257	1262	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378750100
15	NC_016939	AGG	2	6	1264	1269	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378750100
16	NC_016939	AAT	2	6	1287	1292	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750100
17	NC_016939	TTA	2	6	1360	1365	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016939	TAC	2	6	1403	1408	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_016939	GTA	2	6	1449	1454	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016939	AAT	2	6	1539	1544	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750101
21	NC_016939	TAT	2	6	1581	1586	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750101
22	NC_016939	TAA	2	6	1599	1604	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750101
23	NC_016939	TAC	3	9	1617	1625	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750101
24	NC_016939	ATT	2	6	1705	1710	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750101
25	NC_016939	TGA	2	6	1830	1835	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750101
26	NC_016939	TAG	2	6	1875	1880	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750101
27	NC_016939	TGT	2	6	1916	1921	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378750101
28	NC_016939	AAT	2	6	2157	2162	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016939	CAT	2	6	2266	2271	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_016939	ATA	2	6	2435	2440	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016939	ACT	2	6	2442	2447	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_016939	AGA	2	6	2582	2587	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016939	CCA	2	6	2592	2597	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_016939	TTA	2	6	2675	2680	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016939	TAC	2	6	2707	2712	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_016939	ATG	2	6	2806	2811	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016939	TAA	2	6	2962	2967	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750102
38	NC_016939	TGT	2	6	2977	2982	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378750102
39	NC_016939	TAA	2	6	3043	3048	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750102
40	NC_016939	ATT	2	6	3250	3255	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750102
41	NC_016939	TGC	2	6	3408	3413	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378750102
42	NC_016939	CTT	3	9	3463	3471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378750102
43	NC_016939	AAC	2	6	3564	3569	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378750102
44	NC_016939	TAA	2	6	3652	3657	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750102
45	NC_016939	CTG	2	6	3693	3698	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378750102
46	NC_016939	TAG	2	6	3736	3741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750102
47	NC_016939	TTC	2	6	3769	3774	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378750102
48	NC_016939	ATT	2	6	4509	4514	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750102
49	NC_016939	ACC	2	6	4543	4548	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378750102
50	NC_016939	CAT	2	6	4580	4585	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750102
51	NC_016939	GAT	2	6	4586	4591	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750102
52	NC_016939	ATA	2	6	4640	4645	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016939	TAA	2	6	4805	4810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016939	GCC	2	6	4826	4831	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
55	NC_016939	TTA	2	6	4854	4859	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016939	TAT	2	6	4911	4916	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016939	TAT	2	6	4956	4961	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750103
58	NC_016939	CAA	2	6	5008	5013	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378750103
59	NC_016939	TCT	2	6	5118	5123	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378750103
60	NC_016939	ATC	2	6	5406	5411	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_016939	GTT	2	6	5481	5486	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016939	ATA	2	6	5675	5680	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016939	ACA	2	6	5773	5778	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_016939	GTG	2	6	5804	5809	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016939	AGC	2	6	5818	5823	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_016939	ATA	2	6	5902	5907	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016939	AAC	2	6	6061	6066	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378750104
68	NC_016939	ATG	2	6	6112	6117	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750104
69	NC_016939	ATT	2	6	6119	6124	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750104
70	NC_016939	TGC	2	6	6149	6154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378750104
71	NC_016939	ATT	2	6	6172	6177	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750104
72	NC_016939	TGT	2	6	6272	6277	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378750104
73	NC_016939	TAG	2	6	6377	6382	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750104
74	NC_016939	TGC	2	6	6418	6423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378750104
75	NC_016939	TAT	2	6	6424	6429	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750104
76	NC_016939	AAC	2	6	6459	6464	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378750104
77	NC_016939	TAG	2	6	6502	6507	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750104
78	NC_016939	ATT	2	6	6554	6559	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750104
79	NC_016939	TGA	2	6	6629	6634	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750104
80	NC_016939	ATG	2	6	6663	6668	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750104
81	NC_016939	AGT	2	6	6741	6746	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750104
82	NC_016939	TGA	2	6	6914	6919	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750104
83	NC_016939	TAA	2	6	7001	7006	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750104
84	NC_016939	TTC	2	6	7116	7121	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_016939	CTT	3	9	7396	7404	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378750105
86	NC_016939	GCC	2	6	7699	7704	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378750105
87	NC_016939	TGA	2	6	7780	7785	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750105
88	NC_016939	TAA	2	6	7916	7921	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016939	ACA	2	6	7943	7948	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_016939	GAA	2	6	8195	8200	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016939	TGA	2	6	8421	8426	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750106
92	NC_016939	AGA	2	6	8475	8480	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378750106
93	NC_016939	GCA	2	6	8570	8575	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378750106
94	NC_016939	AAG	2	6	8598	8603	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378750106
95	NC_016939	AGT	2	6	8675	8680	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016939	ATC	2	6	8682	8687	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_016939	ATA	2	6	8809	8814	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016939	TTA	2	6	8827	8832	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016939	ACT	2	6	8854	8859	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_016939	CCT	2	6	8885	8890	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_016939	TTG	2	6	8900	8905	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016939	CAT	2	6	9073	9078	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750107
103	NC_016939	ATC	2	6	9117	9122	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750107
104	NC_016939	AAT	2	6	9179	9184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
105	NC_016939	TTA	2	6	9243	9248	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750107
106	NC_016939	GAA	2	6	9317	9322	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378750107
107	NC_016939	ATT	2	6	9352	9357	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750107
108	NC_016939	GTT	2	6	9403	9408	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378750107
109	NC_016939	TTA	2	6	9443	9448	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750107
110	NC_016939	ATA	2	6	9476	9481	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
111	NC_016939	TAT	2	6	9893	9898	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750107
112	NC_016939	TTA	2	6	9927	9932	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750107
113	NC_016939	TAA	2	6	9972	9977	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
114	NC_016939	TAA	2	6	10090	10095	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
115	NC_016939	TAG	2	6	10153	10158	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750107
116	NC_016939	CTA	2	6	10164	10169	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750107
117	NC_016939	AAC	2	6	10330	10335	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378750107
118	NC_016939	ATA	2	6	10482	10487	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
119	NC_016939	ATC	2	6	10540	10545	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750107
120	NC_016939	TAA	2	6	10600	10605	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
121	NC_016939	ATC	2	6	10623	10628	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750107
122	NC_016939	AAT	2	6	10760	10765	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
123	NC_016939	TAA	2	6	10774	10779	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
124	NC_016939	TCC	2	6	10780	10785	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378750107
125	NC_016939	TAA	2	6	10798	10803	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
126	NC_016939	ATT	2	6	10849	10854	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750107
127	NC_016939	AAT	2	6	10883	10888	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
128	NC_016939	ACA	2	6	10893	10898	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378750107
129	NC_016939	GTA	2	6	10905	10910	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750107
130	NC_016939	AGA	2	6	10934	10939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378750107
131	NC_016939	CAA	2	6	10943	10948	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378750107
132	NC_016939	ATT	2	6	10964	10969	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750107
133	NC_016939	TGA	2	6	10987	10992	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750107
134	NC_016939	TGA	2	6	11022	11027	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750107
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.