MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia massiliae str. AZT80 plasmid pRMB

Total Repeats: 157

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016939	TTC	2	6	217	222	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378750098
2	NC_016939	TTA	2	6	432	437	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750099
3	NC_016939	AAT	2	6	628	633	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750099
4	NC_016939	ATT	2	6	677	682	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750099
5	NC_016939	ACC	2	6	688	693	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378750099
6	NC_016939	GTA	2	6	740	745	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750099
7	NC_016939	AAG	2	6	807	812	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378750099
8	NC_016939	CAG	2	6	975	980	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378750099
9	NC_016939	ATA	2	6	1008	1013	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750099
10	NC_016939	TAC	2	6	1137	1142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750100
11	NC_016939	AGA	2	6	1227	1232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378750100
12	NC_016939	GGC	2	6	1257	1262	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378750100
13	NC_016939	AGG	2	6	1264	1269	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	378750100
14	NC_016939	AAT	2	6	1287	1292	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750100
15	NC_016939	AAT	2	6	1539	1544	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750101
16	NC_016939	TAT	2	6	1581	1586	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750101
17	NC_016939	TAA	2	6	1599	1604	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750101
18	NC_016939	TAC	3	9	1617	1625	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750101
19	NC_016939	ATT	2	6	1705	1710	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750101
20	NC_016939	TGA	2	6	1830	1835	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750101
21	NC_016939	TAG	2	6	1875	1880	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750101
22	NC_016939	TGT	2	6	1916	1921	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378750101
23	NC_016939	TAA	2	6	2962	2967	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750102
24	NC_016939	TGT	2	6	2977	2982	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378750102
25	NC_016939	TAA	2	6	3043	3048	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750102
26	NC_016939	ATT	2	6	3250	3255	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750102
27	NC_016939	TGC	2	6	3408	3413	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378750102
28	NC_016939	CTT	3	9	3463	3471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378750102
29	NC_016939	AAC	2	6	3564	3569	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378750102
30	NC_016939	TAA	2	6	3652	3657	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750102
31	NC_016939	CTG	2	6	3693	3698	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378750102
32	NC_016939	TAG	2	6	3736	3741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750102
33	NC_016939	TTC	2	6	3769	3774	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378750102
34	NC_016939	ATT	2	6	4509	4514	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750102
35	NC_016939	ACC	2	6	4543	4548	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	378750102
36	NC_016939	CAT	2	6	4580	4585	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750102
37	NC_016939	GAT	2	6	4586	4591	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750102
38	NC_016939	TAT	2	6	4956	4961	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750103
39	NC_016939	CAA	2	6	5008	5013	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378750103
40	NC_016939	TCT	2	6	5118	5123	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378750103
41	NC_016939	AAC	2	6	6061	6066	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378750104
42	NC_016939	ATG	2	6	6112	6117	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750104
43	NC_016939	ATT	2	6	6119	6124	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750104
44	NC_016939	TGC	2	6	6149	6154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378750104
45	NC_016939	ATT	2	6	6172	6177	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750104
46	NC_016939	TGT	2	6	6272	6277	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378750104
47	NC_016939	TAG	2	6	6377	6382	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750104
48	NC_016939	TGC	2	6	6418	6423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378750104
49	NC_016939	TAT	2	6	6424	6429	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750104
50	NC_016939	AAC	2	6	6459	6464	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378750104
51	NC_016939	TAG	2	6	6502	6507	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750104
52	NC_016939	ATT	2	6	6554	6559	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750104
53	NC_016939	TGA	2	6	6629	6634	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750104
54	NC_016939	ATG	2	6	6663	6668	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750104
55	NC_016939	AGT	2	6	6741	6746	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750104
56	NC_016939	TGA	2	6	6914	6919	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750104
57	NC_016939	TAA	2	6	7001	7006	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750104
58	NC_016939	CTT	3	9	7396	7404	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378750105
59	NC_016939	GCC	2	6	7699	7704	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	378750105
60	NC_016939	TGA	2	6	7780	7785	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750105
61	NC_016939	TGA	2	6	8421	8426	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750106
62	NC_016939	AGA	2	6	8475	8480	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378750106
63	NC_016939	GCA	2	6	8570	8575	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	378750106
64	NC_016939	AAG	2	6	8598	8603	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378750106
65	NC_016939	CAT	2	6	9073	9078	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750107
66	NC_016939	ATC	2	6	9117	9122	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750107
67	NC_016939	AAT	2	6	9179	9184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
68	NC_016939	TTA	2	6	9243	9248	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750107
69	NC_016939	GAA	2	6	9317	9322	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378750107
70	NC_016939	ATT	2	6	9352	9357	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750107
71	NC_016939	GTT	2	6	9403	9408	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378750107
72	NC_016939	TTA	2	6	9443	9448	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750107
73	NC_016939	ATA	2	6	9476	9481	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
74	NC_016939	TAT	2	6	9893	9898	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750107
75	NC_016939	TTA	2	6	9927	9932	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750107
76	NC_016939	TAA	2	6	9972	9977	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
77	NC_016939	TAA	2	6	10090	10095	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
78	NC_016939	TAG	2	6	10153	10158	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750107
79	NC_016939	CTA	2	6	10164	10169	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750107
80	NC_016939	AAC	2	6	10330	10335	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378750107
81	NC_016939	ATA	2	6	10482	10487	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
82	NC_016939	ATC	2	6	10540	10545	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750107
83	NC_016939	TAA	2	6	10600	10605	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
84	NC_016939	ATC	2	6	10623	10628	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750107
85	NC_016939	AAT	2	6	10760	10765	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
86	NC_016939	TAA	2	6	10774	10779	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
87	NC_016939	TCC	2	6	10780	10785	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378750107
88	NC_016939	TAA	2	6	10798	10803	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
89	NC_016939	ATT	2	6	10849	10854	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750107
90	NC_016939	AAT	2	6	10883	10888	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
91	NC_016939	ACA	2	6	10893	10898	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378750107
92	NC_016939	GTA	2	6	10905	10910	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750107
93	NC_016939	AGA	2	6	10934	10939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378750107
94	NC_016939	CAA	2	6	10943	10948	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378750107
95	NC_016939	ATT	2	6	10964	10969	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750107
96	NC_016939	TGA	2	6	10987	10992	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750107
97	NC_016939	TGA	2	6	11022	11027	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750107
98	NC_016939	AAT	3	9	11069	11077	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
99	NC_016939	AAT	2	6	11198	11203	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
100	NC_016939	GGC	2	6	11266	11271	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	378750107
101	NC_016939	AGT	2	6	11309	11314	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750107
102	NC_016939	AAT	2	6	11315	11320	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
103	NC_016939	TAC	2	6	11329	11334	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750107
104	NC_016939	GAT	2	6	11339	11344	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750107
105	NC_016939	GCT	2	6	11360	11365	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378750107
106	NC_016939	ACA	2	6	11406	11411	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378750107
107	NC_016939	TAA	2	6	11488	11493	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
108	NC_016939	ATT	2	6	11670	11675	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750107
109	NC_016939	ATG	2	6	11676	11681	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750107
110	NC_016939	ATA	2	6	11763	11768	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750107
111	NC_016939	GAA	2	6	11780	11785	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	378750107
112	NC_016939	TGA	2	6	11827	11832	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750107
113	NC_016939	ACA	2	6	12134	12139	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	378750108
114	NC_016939	TCT	2	6	12153	12158	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378750108
115	NC_016939	TAT	2	6	12173	12178	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750108
116	NC_016939	ATG	2	6	12181	12186	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750108
117	NC_016939	ATT	2	6	12628	12633	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	378750109
118	NC_016939	TTG	2	6	12657	12662	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378750109
119	NC_016939	TAC	3	9	12700	12708	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	378750109
120	NC_016939	TTC	2	6	12709	12714	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378750109
121	NC_016939	ATG	2	6	12769	12774	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	378750109
122	NC_016939	TGT	2	6	12859	12864	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378750109
123	NC_016939	TCC	2	6	12923	12928	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378750109
124	NC_016939	TCT	2	6	12932	12937	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	378750109
125	NC_016939	CCT	2	6	12939	12944	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	378750109
126	NC_016939	ATA	2	6	12949	12954	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	378750109
127	NC_016939	GCT	2	6	12981	12986	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	378750109
128	NC_016939	TGT	2	6	13053	13058	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378750109
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130	NC_016939	TGT	2	6	13246	13251	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	378750109
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.