MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rickettsia massiliae str. AZT80 chromosome

Total Repeats: 582

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016931	AAAGTA	2	12	1293	1304	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379713089
2	NC_016931	AGGATA	2	12	3697	3708	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379713092
3	NC_016931	CTAATA	2	12	4618	4629	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379713092
4	NC_016931	CAAAAC	2	12	5072	5083	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379713092
5	NC_016931	CAAAAT	2	12	5925	5936	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379713092
6	NC_016931	CAACTA	2	12	6371	6382	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	379713094
7	NC_016931	CTTTTT	2	12	9885	9896	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379713097
8	NC_016931	TCACTA	2	12	10712	10723	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379713097
9	NC_016931	TGCTGT	2	12	11045	11056	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	379713097
10	NC_016931	ATATTA	2	12	11706	11717	50 %	50 %	0 %	0 %	379713098
11	NC_016931	CTTGTT	2	12	14910	14921	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379713101
12	NC_016931	CTCTTT	2	12	16785	16796	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379713103
13	NC_016931	ACAAAA	2	12	19119	19130	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	379713105
14	NC_016931	TTCTGA	2	12	21068	21079	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379713107
15	NC_016931	CTATTA	2	12	24120	24131	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379713111
16	NC_016931	GTGTTG	2	12	24368	24379	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016931	TCCTTA	2	12	24888	24899	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379713112
18	NC_016931	TAAGAA	2	12	27192	27203	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379713114
19	NC_016931	TAAAAA	2	12	34745	34756	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379713120
20	NC_016931	AGAAAA	2	12	36715	36726	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016931	ATTAAA	2	12	38052	38063	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379713122
22	NC_016931	CTAATT	2	12	39704	39715	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379713124
23	NC_016931	CTATAT	2	12	40319	40330	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379713124
24	NC_016931	ACCGGA	2	12	42210	42221	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379713126
25	NC_016931	AAAATA	2	12	43040	43051	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379713126
26	NC_016931	GAAAAA	2	12	44462	44473	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379713126
27	NC_016931	CAGATG	2	12	44849	44860	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379713126
28	NC_016931	GCATTA	2	12	46069	46080	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379713126
29	NC_016931	TCCGAT	2	12	46186	46197	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379713126
30	NC_016931	ATTTAA	2	12	46584	46595	50 %	50 %	0 %	0 %	379713126
31	NC_016931	AGAAAA	2	12	47880	47891	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016931	CAAATA	2	12	48952	48963	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_016931	TAAAGT	2	12	49126	49137	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016931	TTTAGG	2	12	50568	50579	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016931	GTTCTT	2	12	53942	53953	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379713134
36	NC_016931	CATATA	2	12	55642	55653	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379713136
37	NC_016931	ACTGCT	2	12	57764	57775	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379713138
38	NC_016931	AATACA	2	12	58896	58907	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_016931	TTTTTG	2	12	59433	59444	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016931	AAGAAA	2	12	60316	60327	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379713139
41	NC_016931	ATCTTT	2	12	62563	62574	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	379713142
42	NC_016931	AGAGTT	2	12	63357	63368	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016931	ATTAAT	2	12	66621	66632	50 %	50 %	0 %	0 %	379713147
44	NC_016931	ATTAAT	2	12	67137	67148	50 %	50 %	0 %	0 %	379713147
45	NC_016931	TTAAGG	2	12	67448	67459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379713148
46	NC_016931	GCACTA	2	12	67472	67483	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379713148
47	NC_016931	CAGCAA	2	12	67871	67882	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	379713149
48	NC_016931	TTTCTT	2	12	68958	68969	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_016931	GTCTTT	2	12	70159	70170	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_016931	TAAAAA	2	12	71850	71861	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016931	AATTTT	2	12	73909	73920	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379713155
52	NC_016931	AAAAAG	2	12	83027	83038	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379713166
53	NC_016931	CCGCTA	2	12	83386	83397	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379713166
54	NC_016931	TAGAGG	2	12	84470	84481	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016931	ATACTT	2	12	92966	92977	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379713171
56	NC_016931	AGCGGT	2	12	98165	98176	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	379713175
57	NC_016931	TATAGG	2	12	99746	99757	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379713176
58	NC_016931	TAGAAA	2	12	102342	102353	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379713179
59	NC_016931	ATCCGT	2	12	103528	103539	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379713180
60	NC_016931	TAAAAA	2	12	104598	104609	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379713182
61	NC_016931	ATTTAT	2	12	105284	105295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016931	TAAAGA	2	12	107296	107307	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016931	TTAAAA	2	12	110206	110217	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016931	AAATCA	2	12	111570	111581	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379713187
65	NC_016931	CGATCA	2	12	114065	114076	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379713188
66	NC_016931	GTCCTT	2	12	115035	115046	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	379713190
67	NC_016931	ATTTTG	2	12	115647	115658	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016931	TTAAAT	2	12	115843	115854	50 %	50 %	0 %	0 %	379713193
69	NC_016931	TTAAAA	2	12	118344	118355	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379713197
70	NC_016931	TCTATT	2	12	121746	121757	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	379713200
71	NC_016931	GCTTCA	2	12	124075	124086	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379713202
72	NC_016931	TCAGGA	2	12	126955	126966	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379713204
73	NC_016931	CTTCAT	2	12	128431	128442	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379713206
74	NC_016931	ACCGTC	2	12	128492	128503	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379713206
75	NC_016931	ACCGTA	2	12	129473	129484	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379713208
76	NC_016931	GCCTAT	2	12	129963	129974	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_016931	AATCAA	2	12	132596	132607	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_016931	CTTTGT	2	12	136563	136574	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379713217
79	NC_016931	TTGCTA	2	12	138653	138664	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379713218
80	NC_016931	AAGATA	2	12	138818	138829	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379713218
81	NC_016931	CTTTAG	2	12	138980	138991	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379713218
82	NC_016931	TTTAGT	2	12	139639	139650	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379713218
83	NC_016931	TAATGC	2	12	143788	143799	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379713220
84	NC_016931	AAAGAT	2	12	144611	144622	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379713220
85	NC_016931	TAAAGA	2	12	144835	144846	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379713220
86	NC_016931	TTTATC	2	12	157235	157246	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	379713226
87	NC_016931	GATTTT	2	12	157529	157540	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379713227
88	NC_016931	TTTTGT	2	12	160087	160098	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	379713229
89	NC_016931	GTAAAA	2	12	161410	161421	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379713230
90	NC_016931	ATTGAG	2	12	163967	163978	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379713234
91	NC_016931	CTTCAT	2	12	164193	164204	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379713234
92	NC_016931	AAAGAA	2	12	166607	166618	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379713236
93	NC_016931	TCAAGC	2	12	166624	166635	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379713236
94	NC_016931	GCTGAT	2	12	167036	167047	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379713237
95	NC_016931	GTTGAG	2	12	167196	167207	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	379713237
96	NC_016931	AGTAAA	2	12	168993	169004	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379713238
97	NC_016931	TTTTAA	2	12	170302	170313	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016931	TAGAGC	2	12	171745	171756	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379713242
99	NC_016931	AATTTA	2	12	174026	174037	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016931	GAACAA	2	12	175224	175235	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379713246
101	NC_016931	TTTTTA	2	12	177690	177701	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379713247
102	NC_016931	CTGTAG	2	12	180725	180736	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379713252
103	NC_016931	TTAAAA	2	12	182880	182891	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379713253
104	NC_016931	ATAATT	2	12	190836	190847	50 %	50 %	0 %	0 %	379713255
105	NC_016931	TCCATG	2	12	191696	191707	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379713255
106	NC_016931	GATGTT	2	12	192717	192728	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	379713256
107	NC_016931	AAGCCC	2	12	203908	203919	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	379713264
108	NC_016931	AAATGA	2	12	211586	211597	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379713274
109	NC_016931	CTTTAG	2	12	213588	213599	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379713275
110	NC_016931	ATATTT	2	12	214577	214588	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379713275
111	NC_016931	GTTTCA	2	12	217863	217874	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379713279
112	NC_016931	TGCATT	2	12	218933	218944	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_016931	AAAAGC	2	12	219061	219072	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379713280
114	NC_016931	TTTCTT	2	12	220519	220530	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379713282
115	NC_016931	AAAATT	2	12	221691	221702	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379713284
116	NC_016931	AGTTAA	2	12	223632	223643	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379713285
117	NC_016931	TAATAT	2	12	225733	225744	50 %	50 %	0 %	0 %	379713286
118	NC_016931	AAGTGA	2	12	227309	227320	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379713288
119	NC_016931	TAAATT	2	12	227329	227340	50 %	50 %	0 %	0 %	379713288
120	NC_016931	CACTAC	2	12	228828	228839	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_016931	AGCTTC	2	12	230770	230781	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_016931	CTAGCA	2	12	231169	231180	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_016931	TATTAA	2	12	234372	234383	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016931	AAAGCA	2	12	235432	235443	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379713295
125	NC_016931	GTACGA	2	12	239491	239502	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379713300
126	NC_016931	CTTCTA	2	12	240488	240499	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379713300
127	NC_016931	ATCTCA	2	12	243267	243278	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379713301
128	NC_016931	TTCTTT	2	12	244660	244671	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379713302
129	NC_016931	CTTTTT	2	12	251900	251911	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379713308
130	NC_016931	CAATAT	2	12	256692	256703	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379713314
131	NC_016931	TAATTA	2	12	257293	257304	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016931	GCACCG	2	12	259945	259956	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
133	NC_016931	ATGACG	2	12	267001	267012	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_016931	ATTGCA	2	12	271034	271045	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379713330
135	NC_016931	TTAAAG	2	12	273174	273185	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379713331
136	NC_016931	TCTTTT	2	12	275877	275888	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379713333
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139	NC_016931	ATTAGA	2	12	282513	282524	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
140	NC_016931	GCCTTT	2	12	282646	282657	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_016931	TAAAAA	2	12	283787	283798	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379713339
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143	NC_016931	CAAATA	2	12	285880	285891	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_016931	CCTGAA	2	12	287527	287538	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379713344
145	NC_016931	TATTGT	2	12	289243	289254	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016931	TACTAA	2	12	296118	296129	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379713353
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148	NC_016931	TATTGA	2	12	296850	296861	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379713353
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150	NC_016931	GGCAAT	2	12	298756	298767	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379713354
151	NC_016931	TATTAA	2	12	300651	300662	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_016931	CAAGAA	2	12	305146	305157	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
153	NC_016931	AGAGAA	2	12	305325	305336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_016931	TATTTT	2	12	310526	310537	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_016931	AAATGA	2	12	310624	310635	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
156	NC_016931	AAAATA	2	12	313188	313199	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_016931	GAGTTA	2	12	313934	313945	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379713367
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159	NC_016931	TCCTGC	2	12	319205	319216	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	379713371
160	NC_016931	GCTATG	2	12	327974	327985	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379713378
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170	NC_016931	ACTTTA	2	12	356566	356577	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
171	NC_016931	TTGCTT	2	12	357530	357541	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379713399
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175	NC_016931	AGAACA	2	12	363684	363695	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379713407
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222	NC_016931	TAAATT	2	12	450282	450293	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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227	NC_016931	TTGAAT	2	12	466695	466706	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379713503
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229	NC_016931	ATAATT	2	12	470515	470526	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
230	NC_016931	CCTAAT	2	12	473406	473417	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
231	NC_016931	TCATAA	2	12	474878	474889	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379713507
232	NC_016931	GGATAT	2	12	478709	478720	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
233	NC_016931	AATCAT	2	12	481194	481205	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379713511
234	NC_016931	CTTTAC	2	12	481527	481538	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379713511
235	NC_016931	AGCTGT	2	12	483313	483324	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379713513
236	NC_016931	CCGACT	2	12	490662	490673	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379713518
237	NC_016931	TAGCGG	2	12	491396	491407	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	379713519
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242	NC_016931	ATAATG	2	12	499771	499782	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
243	NC_016931	TAAAAA	2	12	500159	500170	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379713528
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278	NC_016931	TAGATA	2	12	572960	572971	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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355	NC_016931	TTATAT	2	12	786262	786273	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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471	NC_016931	CTATTG	2	12	1053578	1053589	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379714069
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473	NC_016931	TGCAAT	2	12	1058972	1058983	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379714075
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