MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia massiliae str. AZT80 chromosome

Total Repeats: 149

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016931	GTGTTG	2	12	24368	24379	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016931	AGAAAA	2	12	36715	36726	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016931	AGAAAA	2	12	47880	47891	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016931	CAAATA	2	12	48952	48963	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_016931	TAAAGT	2	12	49126	49137	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016931	TTTAGG	2	12	50568	50579	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016931	AATACA	2	12	58896	58907	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_016931	TTTTTG	2	12	59433	59444	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016931	AGAGTT	2	12	63357	63368	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016931	TTTCTT	2	12	68958	68969	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_016931	GTCTTT	2	12	70159	70170	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_016931	TAAAAA	2	12	71850	71861	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016931	TAGAGG	2	12	84470	84481	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016931	ATTTAT	2	12	105284	105295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016931	TAAAGA	2	12	107296	107307	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016931	TTAAAA	2	12	110206	110217	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016931	ATTTTG	2	12	115647	115658	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016931	GCCTAT	2	12	129963	129974	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_016931	AATCAA	2	12	132596	132607	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_016931	TTTTAA	2	12	170302	170313	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016931	AATTTA	2	12	174026	174037	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016931	TGCATT	2	12	218933	218944	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_016931	CACTAC	2	12	228828	228839	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_016931	AGCTTC	2	12	230770	230781	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_016931	CTAGCA	2	12	231169	231180	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_016931	TATTAA	2	12	234372	234383	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016931	TAATTA	2	12	257293	257304	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016931	GCACCG	2	12	259945	259956	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
29	NC_016931	ATGACG	2	12	267001	267012	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_016931	CCTGAA	2	12	280362	280373	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_016931	ATTAGA	2	12	282513	282524	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016931	GCCTTT	2	12	282646	282657	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_016931	CAAATA	2	12	285880	285891	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_016931	TATTGT	2	12	289243	289254	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016931	TATTAA	2	12	300651	300662	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016931	CAAGAA	2	12	305146	305157	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_016931	AGAGAA	2	12	305325	305336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016931	TATTTT	2	12	310526	310537	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016931	AAATGA	2	12	310624	310635	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016931	AAAATA	2	12	313188	313199	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016931	ACTTTA	2	12	356566	356577	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_016931	GGTGTT	2	12	362677	362688	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016931	ATGCAT	2	12	379283	379294	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_016931	TAAGCT	2	12	381069	381080	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_016931	TTAAAA	2	12	398648	398659	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016931	TCAGCC	2	12	409440	409451	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
47	NC_016931	AGCAAT	2	12	413417	413428	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_016931	AGCTAA	2	12	413493	413504	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_016931	GGTATG	2	12	413536	413547	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016931	AATGCT	2	12	416790	416801	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_016931	GCGAGC	2	12	424262	424273	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_016931	TTTAGC	2	12	426939	426950	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_016931	CCCATA	2	12	431474	431485	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_016931	GTTAAT	2	12	437375	437386	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016931	TGCTAA	2	12	444655	444666	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_016931	CAGTGA	2	12	444738	444749	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_016931	TTGATT	2	12	446191	446202	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016931	TAGGTC	2	12	447241	447252	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_016931	TAAATT	2	12	450282	450293	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016931	AATATG	2	12	464468	464479	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016931	TATTGA	2	12	469556	469567	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016931	ATAATT	2	12	470515	470526	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016931	CCTAAT	2	12	473406	473417	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_016931	GGATAT	2	12	478709	478720	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016931	AAAAGC	2	12	499589	499600	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_016931	ATAATG	2	12	499771	499782	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016931	GCTTCT	2	12	506219	506230	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_016931	TTTTGT	2	12	507915	507926	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016931	TATCGG	2	12	512666	512677	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_016931	AGATAT	2	12	541306	541317	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016931	TTTGAA	2	12	543931	543942	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016931	TGGACA	2	12	549394	549405	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_016931	TTTCAG	2	12	562817	562828	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_016931	GTATTT	2	12	562867	562878	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016931	AATATT	2	12	569599	569610	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016931	TAGATA	2	12	572960	572971	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016931	TATTAA	2	12	575839	575850	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016931	TTTTAT	2	12	589087	589098	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016931	TTTAAA	2	12	600687	600698	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016931	GAGCAA	2	12	605986	605997	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_016931	GGTTTA	2	12	606604	606615	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016931	TTTTAA	2	12	606900	606911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016931	TTTTAT	2	12	617825	617836	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016931	GATTTA	2	12	660396	660407	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016931	AGCTAG	2	12	666620	666631	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_016931	AATAGT	2	12	675332	675343	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016931	GGAGTA	2	12	691764	691775	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016931	ATTGGT	2	12	707779	707790	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016931	CTAGAG	2	12	708020	708031	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_016931	ATCCAA	2	12	708140	708151	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_016931	AAGATA	2	12	737409	737420	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016931	TTTGTA	2	12	740031	740042	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016931	TATATT	2	12	754784	754795	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016931	TTGAAG	2	12	770621	770632	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016931	TTATAT	2	12	786262	786273	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016931	TTTAAA	2	12	801043	801054	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016931	TATTAA	2	12	829795	829806	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016931	TTTGCA	2	12	849365	849376	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_016931	GCACAA	2	12	860240	860251	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_016931	AAAATC	2	12	860466	860477	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_016931	AAATAA	2	12	864395	864406	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016931	AATAAA	2	12	864474	864485	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016931	TATATT	2	12	874460	874471	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016931	TTTTGA	2	12	893882	893893	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016931	TTGATA	2	12	893927	893938	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016931	TATTAA	2	12	895058	895069	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016931	CAATAT	2	12	896975	896986	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_016931	TTAATA	2	12	905164	905175	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016931	AAACTA	2	12	908597	908608	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_016931	AATTAA	2	12	933925	933936	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016931	TTTATT	2	12	947452	947463	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016931	TCAAAT	2	12	949153	949164	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_016931	CTTCCT	2	12	952386	952397	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_016931	TTTATT	2	12	952757	952768	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016931	AAATTT	2	12	961858	961869	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016931	ACGCCA	2	12	961905	961916	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
117	NC_016931	CATTAT	2	12	970513	970524	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_016931	GATATT	2	12	970600	970611	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016931	AACTTA	2	12	977597	977608	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_016931	ACGGGG	2	12	983066	983077	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_016931	TGATAT	2	12	986403	986414	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016931	TTAAAT	2	12	1017679	1017690	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016931	CTTAAA	2	12	1024205	1024216	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_016931	AATACT	2	12	1036986	1036997	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_016931	TTATTT	2	12	1049507	1049518	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_016931	GACTCT	2	12	1057352	1057363	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_016931	TAATTT	2	12	1067201	1067212	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016931	ATCATA	2	12	1067309	1067320	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_016931	ACAATA	2	12	1068908	1068919	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_016931	ATTTAT	2	12	1078438	1078449	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_016931	TATCTT	2	12	1083192	1083203	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_016931	ACTTGA	2	12	1086809	1086820	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_016931	CTATAT	2	12	1136293	1136304	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_016931	TATCCC	2	12	1136567	1136578	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_016931	AAAGAT	2	12	1151569	1151580	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
136	NC_016931	TTAATA	2	12	1153760	1153771	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016931	TGCCTG	2	12	1155572	1155583	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_016931	TATAAA	2	12	1180594	1180605	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016931	AAATAC	2	12	1189498	1189509	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_016931	TCATTT	2	12	1191575	1191586	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_016931	GTTTAT	2	12	1200046	1200057	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016931	CCTAAT	2	12	1204846	1204857	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_016931	TTAAAA	2	12	1210278	1210289	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016931	AATTGA	2	12	1220384	1220395	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
145	NC_016931	ATTAGA	2	12	1220554	1220565	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016931	TTCTTT	2	12	1221108	1221119	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_016931	GATAAA	2	12	1236958	1236969	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
148	NC_016931	CAATTT	2	12	1240261	1240272	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
149	NC_016931	TGATTA	2	12	1241174	1241185	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.