MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia massiliae str. AZT80 chromosome

Total Repeats: 433

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016931	AAAGTA	2	12	1293	1304	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379713089
2	NC_016931	AGGATA	2	12	3697	3708	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379713092
3	NC_016931	CTAATA	2	12	4618	4629	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379713092
4	NC_016931	CAAAAC	2	12	5072	5083	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379713092
5	NC_016931	CAAAAT	2	12	5925	5936	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379713092
6	NC_016931	CAACTA	2	12	6371	6382	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	379713094
7	NC_016931	CTTTTT	2	12	9885	9896	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379713097
8	NC_016931	TCACTA	2	12	10712	10723	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379713097
9	NC_016931	TGCTGT	2	12	11045	11056	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	379713097
10	NC_016931	ATATTA	2	12	11706	11717	50 %	50 %	0 %	0 %	379713098
11	NC_016931	CTTGTT	2	12	14910	14921	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379713101
12	NC_016931	CTCTTT	2	12	16785	16796	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379713103
13	NC_016931	ACAAAA	2	12	19119	19130	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	379713105
14	NC_016931	TTCTGA	2	12	21068	21079	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379713107
15	NC_016931	CTATTA	2	12	24120	24131	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379713111
16	NC_016931	TCCTTA	2	12	24888	24899	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379713112
17	NC_016931	TAAGAA	2	12	27192	27203	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379713114
18	NC_016931	TAAAAA	2	12	34745	34756	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379713120
19	NC_016931	ATTAAA	2	12	38052	38063	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379713122
20	NC_016931	CTAATT	2	12	39704	39715	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379713124
21	NC_016931	CTATAT	2	12	40319	40330	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379713124
22	NC_016931	ACCGGA	2	12	42210	42221	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379713126
23	NC_016931	AAAATA	2	12	43040	43051	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379713126
24	NC_016931	GAAAAA	2	12	44462	44473	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379713126
25	NC_016931	CAGATG	2	12	44849	44860	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379713126
26	NC_016931	GCATTA	2	12	46069	46080	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379713126
27	NC_016931	TCCGAT	2	12	46186	46197	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379713126
28	NC_016931	ATTTAA	2	12	46584	46595	50 %	50 %	0 %	0 %	379713126
29	NC_016931	GTTCTT	2	12	53942	53953	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379713134
30	NC_016931	CATATA	2	12	55642	55653	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379713136
31	NC_016931	ACTGCT	2	12	57764	57775	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379713138
32	NC_016931	AAGAAA	2	12	60316	60327	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379713139
33	NC_016931	ATCTTT	2	12	62563	62574	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	379713142
34	NC_016931	ATTAAT	2	12	66621	66632	50 %	50 %	0 %	0 %	379713147
35	NC_016931	ATTAAT	2	12	67137	67148	50 %	50 %	0 %	0 %	379713147
36	NC_016931	TTAAGG	2	12	67448	67459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379713148
37	NC_016931	GCACTA	2	12	67472	67483	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379713148
38	NC_016931	CAGCAA	2	12	67871	67882	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	379713149
39	NC_016931	AATTTT	2	12	73909	73920	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379713155
40	NC_016931	AAAAAG	2	12	83027	83038	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379713166
41	NC_016931	CCGCTA	2	12	83386	83397	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379713166
42	NC_016931	ATACTT	2	12	92966	92977	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379713171
43	NC_016931	AGCGGT	2	12	98165	98176	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	379713175
44	NC_016931	TATAGG	2	12	99746	99757	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379713176
45	NC_016931	TAGAAA	2	12	102342	102353	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379713179
46	NC_016931	ATCCGT	2	12	103528	103539	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379713180
47	NC_016931	TAAAAA	2	12	104598	104609	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379713182
48	NC_016931	AAATCA	2	12	111570	111581	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379713187
49	NC_016931	CGATCA	2	12	114065	114076	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379713188
50	NC_016931	GTCCTT	2	12	115035	115046	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	379713190
51	NC_016931	TTAAAT	2	12	115843	115854	50 %	50 %	0 %	0 %	379713193
52	NC_016931	TTAAAA	2	12	118344	118355	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379713197
53	NC_016931	TCTATT	2	12	121746	121757	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	379713200
54	NC_016931	GCTTCA	2	12	124075	124086	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379713202
55	NC_016931	TCAGGA	2	12	126955	126966	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379713204
56	NC_016931	CTTCAT	2	12	128431	128442	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379713206
57	NC_016931	ACCGTC	2	12	128492	128503	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379713206
58	NC_016931	ACCGTA	2	12	129473	129484	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379713208
59	NC_016931	CTTTGT	2	12	136563	136574	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379713217
60	NC_016931	TTGCTA	2	12	138653	138664	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379713218
61	NC_016931	AAGATA	2	12	138818	138829	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379713218
62	NC_016931	CTTTAG	2	12	138980	138991	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379713218
63	NC_016931	TTTAGT	2	12	139639	139650	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379713218
64	NC_016931	TAATGC	2	12	143788	143799	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379713220
65	NC_016931	AAAGAT	2	12	144611	144622	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379713220
66	NC_016931	TAAAGA	2	12	144835	144846	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379713220
67	NC_016931	TTTATC	2	12	157235	157246	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	379713226
68	NC_016931	GATTTT	2	12	157529	157540	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379713227
69	NC_016931	TTTTGT	2	12	160087	160098	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	379713229
70	NC_016931	GTAAAA	2	12	161410	161421	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379713230
71	NC_016931	ATTGAG	2	12	163967	163978	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379713234
72	NC_016931	CTTCAT	2	12	164193	164204	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379713234
73	NC_016931	AAAGAA	2	12	166607	166618	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379713236
74	NC_016931	TCAAGC	2	12	166624	166635	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379713236
75	NC_016931	GCTGAT	2	12	167036	167047	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379713237
76	NC_016931	GTTGAG	2	12	167196	167207	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	379713237
77	NC_016931	AGTAAA	2	12	168993	169004	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379713238
78	NC_016931	TAGAGC	2	12	171745	171756	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379713242
79	NC_016931	GAACAA	2	12	175224	175235	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379713246
80	NC_016931	TTTTTA	2	12	177690	177701	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379713247
81	NC_016931	CTGTAG	2	12	180725	180736	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379713252
82	NC_016931	TTAAAA	2	12	182880	182891	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379713253
83	NC_016931	ATAATT	2	12	190836	190847	50 %	50 %	0 %	0 %	379713255
84	NC_016931	TCCATG	2	12	191696	191707	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379713255
85	NC_016931	GATGTT	2	12	192717	192728	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	379713256
86	NC_016931	AAGCCC	2	12	203908	203919	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	379713264
87	NC_016931	AAATGA	2	12	211586	211597	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379713274
88	NC_016931	CTTTAG	2	12	213588	213599	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379713275
89	NC_016931	ATATTT	2	12	214577	214588	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379713275
90	NC_016931	GTTTCA	2	12	217863	217874	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379713279
91	NC_016931	AAAAGC	2	12	219061	219072	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379713280
92	NC_016931	TTTCTT	2	12	220519	220530	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379713282
93	NC_016931	AAAATT	2	12	221691	221702	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379713284
94	NC_016931	AGTTAA	2	12	223632	223643	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379713285
95	NC_016931	TAATAT	2	12	225733	225744	50 %	50 %	0 %	0 %	379713286
96	NC_016931	AAGTGA	2	12	227309	227320	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379713288
97	NC_016931	TAAATT	2	12	227329	227340	50 %	50 %	0 %	0 %	379713288
98	NC_016931	AAAGCA	2	12	235432	235443	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379713295
99	NC_016931	GTACGA	2	12	239491	239502	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379713300
100	NC_016931	CTTCTA	2	12	240488	240499	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379713300
101	NC_016931	ATCTCA	2	12	243267	243278	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379713301
102	NC_016931	TTCTTT	2	12	244660	244671	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379713302
103	NC_016931	CTTTTT	2	12	251900	251911	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379713308
104	NC_016931	CAATAT	2	12	256692	256703	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379713314
105	NC_016931	ATTGCA	2	12	271034	271045	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379713330
106	NC_016931	TTAAAG	2	12	273174	273185	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379713331
107	NC_016931	TCTTTT	2	12	275877	275888	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379713333
108	NC_016931	TAAAAT	2	12	278744	278755	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379713338
109	NC_016931	TAAAAA	2	12	283787	283798	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379713339
110	NC_016931	GTCGTT	2	12	284982	284993	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	379713341
111	NC_016931	CCTGAA	2	12	287527	287538	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379713344
112	NC_016931	TACTAA	2	12	296118	296129	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379713353
113	NC_016931	TGCTTT	2	12	296565	296576	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379713353
114	NC_016931	TATTGA	2	12	296850	296861	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379713353
115	NC_016931	GGGATA	2	12	297748	297759	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	379713354
116	NC_016931	GGCAAT	2	12	298756	298767	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379713354
117	NC_016931	GAGTTA	2	12	313934	313945	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379713367
118	NC_016931	TCGGAT	2	12	317739	317750	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379713370
119	NC_016931	TCCTGC	2	12	319205	319216	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	379713371
120	NC_016931	GCTATG	2	12	327974	327985	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379713378
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234	NC_016931	GCTACC	2	12	686731	686742	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379713711
235	NC_016931	TCGGCA	2	12	688455	688466	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379713712
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340	NC_016931	CCAACA	2	12	1019391	1019402	50 %	0 %	0 %	50 %	379714039
341	NC_016931	AATTTC	2	12	1022896	1022907	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379714041
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343	NC_016931	TGCACT	2	12	1034706	1034717	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379714053
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346	NC_016931	CTATTG	2	12	1053578	1053589	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379714069
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348	NC_016931	AAAGAT	2	12	1059016	1059027	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379714075
349	NC_016931	TCAATA	2	12	1060614	1060625	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379714076
350	NC_016931	TTTAGT	2	12	1061876	1061887	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379714077
351	NC_016931	GTTCTT	2	12	1062885	1062896	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379714078
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353	NC_016931	TACTAA	2	12	1067617	1067628	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379714083
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.