MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rickettsia canadensis str. CA410 chromosome

Total Repeats: 586

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016929	TAAATT	2	12	955	966	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016929	AAAGTA	2	12	1212	1223	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379022406
3	NC_016929	TTTCTC	2	12	1505	1516	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379022407
4	NC_016929	ATCCAG	2	12	5192	5203	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379022409
5	NC_016929	TACCTG	2	12	7699	7710	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379022412
6	NC_016929	TTTTAT	2	12	9859	9870	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016929	ATTAAA	2	12	10555	10566	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379022414
8	NC_016929	CTAATT	2	12	12209	12220	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379022416
9	NC_016929	CAAAAT	2	12	14948	14959	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379022418
10	NC_016929	AATAAA	2	12	15683	15694	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379022418
11	NC_016929	CAGAAA	2	12	16038	16049	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379022418
12	NC_016929	CAGATG	2	12	16380	16391	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379022418
13	NC_016929	GAATTA	2	12	17189	17200	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379022418
14	NC_016929	GCATTA	2	12	17897	17908	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379022418
15	NC_016929	GAAGAT	2	12	17954	17965	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379022418
16	NC_016929	ATTTAA	2	12	18412	18423	50 %	50 %	0 %	0 %	379022418
17	NC_016929	AATTAT	2	12	18635	18646	50 %	50 %	0 %	0 %	379022418
18	NC_016929	TAAAGT	2	12	18796	18807	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379022418
19	NC_016929	CTGCAG	2	12	22963	22974	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379022422
20	NC_016929	ATCCAC	2	12	24257	24268	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	379022424
21	NC_016929	CTTTTT	2	12	24445	24456	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379022425
22	NC_016929	CATATA	2	12	26672	26683	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379022427
23	NC_016929	GCTAAA	2	12	28239	28250	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_016929	TATTTA	2	12	31655	31666	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016929	ATACTA	2	12	33912	33923	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_016929	TTTTTA	2	12	34229	34240	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379022434
27	NC_016929	ATTTCA	2	12	35381	35392	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_016929	TAAGAA	2	12	35669	35680	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016929	GTGAGC	2	12	39274	39285	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	379022435
30	NC_016929	ATTTAT	2	12	40280	40291	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016929	ATTTAT	2	12	41453	41464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379022437
32	NC_016929	ATAAGG	2	12	41652	41663	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379022437
33	NC_016929	ATCAGA	2	12	45102	45113	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379022441
34	NC_016929	ATTAAT	2	12	50828	50839	50 %	50 %	0 %	0 %	379022445
35	NC_016929	TCTATT	2	12	51153	51164	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	379022445
36	NC_016929	TAATAT	2	12	53724	53735	50 %	50 %	0 %	0 %	379022447
37	NC_016929	AAAAAG	2	12	55550	55561	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379022448
38	NC_016929	ATCCTG	2	12	59143	59154	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379022452
39	NC_016929	GTAATA	2	12	60201	60212	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379022452
40	NC_016929	AGTAAA	2	12	68809	68820	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379022461
41	NC_016929	CGTGAT	2	12	71195	71206	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379022463
42	NC_016929	TTGATT	2	12	73694	73705	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379022464
43	NC_016929	TCTTGC	2	12	74064	74075	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	379022464
44	NC_016929	TCCTGA	2	12	74454	74465	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379022465
45	NC_016929	GAAGCA	2	12	74680	74691	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	379022465
46	NC_016929	TAAAGG	2	12	76778	76789	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379022466
47	NC_016929	TTTTTA	2	12	79735	79746	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379022468
48	NC_016929	TATAAA	2	12	79899	79910	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016929	ACGGAT	2	12	80855	80866	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379022470
50	NC_016929	CCTATA	2	12	84755	84766	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379022473
51	NC_016929	TCTTTT	2	12	92198	92209	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379022478
52	NC_016929	TGGATT	2	12	92737	92748	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	379022478
53	NC_016929	TTACCA	2	12	93125	93136	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379022478
54	NC_016929	ATGAGA	2	12	96560	96571	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016929	ATAAAA	2	12	97675	97686	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379022480
56	NC_016929	AAATTA	2	12	98554	98565	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379022481
57	NC_016929	CTTTTT	2	12	100500	100511	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379022482
58	NC_016929	CCTAAA	2	12	104982	104993	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	379022486
59	NC_016929	TAAAAT	2	12	108735	108746	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379022490
60	NC_016929	TATAGG	2	12	112330	112341	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016929	AATACT	2	12	115609	115620	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_016929	TTGCTA	2	12	116138	116149	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379022498
63	NC_016929	AAGATA	2	12	116303	116314	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379022498
64	NC_016929	TTTAGT	2	12	117130	117141	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379022498
65	NC_016929	TAATGC	2	12	121246	121257	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379022500
66	NC_016929	TAAAGA	2	12	122086	122097	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379022500
67	NC_016929	ATAAAG	2	12	122310	122321	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379022500
68	NC_016929	AGGCAC	2	12	124711	124722	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379022501
69	NC_016929	TTTATC	2	12	135391	135402	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	379022509
70	NC_016929	GATTTT	2	12	135684	135695	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379022510
71	NC_016929	CTTTTG	2	12	138156	138167	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379022512
72	NC_016929	TTAAAG	2	12	138824	138835	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379022512
73	NC_016929	ATTAAA	2	12	142422	142433	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379022517
74	NC_016929	TCAAGC	2	12	145034	145045	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379022519
75	NC_016929	GCTGAT	2	12	145526	145537	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379022520
76	NC_016929	GTTGAG	2	12	145686	145697	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	379022520
77	NC_016929	AAGTAA	2	12	147474	147485	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379022521
78	NC_016929	AATTTA	2	12	153245	153256	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016929	CAGTAG	2	12	159276	159287	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379022535
80	NC_016929	CAGAAG	2	12	160114	160125	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	379022536
81	NC_016929	AGAAAA	2	12	161519	161530	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379022537
82	NC_016929	TGCTAT	2	12	163759	163770	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379022537
83	NC_016929	ATAATT	2	12	169626	169637	50 %	50 %	0 %	0 %	379022539
84	NC_016929	ACGTAT	2	12	169704	169715	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379022539
85	NC_016929	GATGTT	2	12	171478	171489	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	379022540
86	NC_016929	AAAAAT	2	12	173904	173915	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379022543
87	NC_016929	GTGATG	2	12	175082	175093	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	379022543
88	NC_016929	AAGAAT	2	12	175715	175726	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379022543
89	NC_016929	TTTTAA	2	12	175813	175824	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016929	TATTAC	2	12	176036	176047	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379022544
91	NC_016929	TCAATA	2	12	178714	178725	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379022548
92	NC_016929	ATCAGG	2	12	179542	179553	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379022550
93	NC_016929	TATTTT	2	12	183861	183872	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379022555
94	NC_016929	AAATAC	2	12	184022	184033	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379022556
95	NC_016929	CCCTAG	2	12	184514	184525	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379022556
96	NC_016929	TATTTA	2	12	185732	185743	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016929	CTTTAG	2	12	188004	188015	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379022558
98	NC_016929	TTTTAG	2	12	189621	189632	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379022559
99	NC_016929	TTATAT	2	12	192199	192210	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379022562
100	NC_016929	TAGTTT	2	12	193143	193154	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379022563
101	NC_016929	AATTTA	2	12	193580	193591	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016929	ACTTTA	2	12	194602	194613	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_016929	CTCTAG	2	12	195073	195084	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379022565
104	NC_016929	ATTTTT	2	12	201164	201175	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016929	CTAAAA	2	12	201463	201474	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379022572
106	NC_016929	GAAGTA	2	12	207045	207056	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379022575
107	NC_016929	AAAGAA	2	12	208251	208262	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379022577
108	NC_016929	ATAAAG	2	12	209270	209281	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379022578
109	NC_016929	CTAGAA	2	12	210346	210357	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_016929	TTTAAC	2	12	217075	217086	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379022583
111	NC_016929	AATTTA	2	12	222913	222924	50 %	50 %	0 %	0 %	379022587
112	NC_016929	TTTCAC	2	12	222931	222942	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379022587
113	NC_016929	TCGTTC	2	12	227223	227234	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	379022590
114	NC_016929	TAATTT	2	12	228578	228589	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379022591
115	NC_016929	AAAAGA	2	12	229639	229650	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016929	AATATT	2	12	231475	231486	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016929	ACTTTT	2	12	238085	238096	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	379022600
118	NC_016929	TTATCG	2	12	238748	238759	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379022601
119	NC_016929	TATTCT	2	12	245234	245245	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_016929	CAAAAT	2	12	250176	250187	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379022609
121	NC_016929	TCCAAA	2	12	252509	252520	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	379022611
122	NC_016929	TAAACC	2	12	252554	252565	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	379022611
123	NC_016929	TATTAA	2	12	257134	257145	50 %	50 %	0 %	0 %	379022615
124	NC_016929	TTCTTT	2	12	257224	257235	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379022615
125	NC_016929	GCATTA	2	12	257404	257415	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_016929	TTAAAG	2	12	264447	264458	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379022620
127	NC_016929	AAATTA	2	12	268682	268693	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016929	CCTGAA	2	12	270299	270310	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_016929	TAAAAA	2	12	273467	273478	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379022626
130	NC_016929	CAAGAA	2	12	278170	278181	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379022629
131	NC_016929	ATGTTA	2	12	278327	278338	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379022629
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133	NC_016929	TAGAAG	2	12	281090	281101	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379022631
134	NC_016929	TTTGCA	2	12	282706	282717	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379022632
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140	NC_016929	AATGAA	2	12	295156	295167	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379022644
141	NC_016929	TGTACC	2	12	295776	295787	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379022644
142	NC_016929	ATTGCT	2	12	298085	298096	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379022645
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146	NC_016929	TTAAAA	2	12	305172	305183	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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148	NC_016929	TTTATA	2	12	306520	306531	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_016929	ACTCTC	2	12	308904	308915	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	379022657
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154	NC_016929	AATATT	2	12	327241	327252	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_016929	AATTTA	2	12	327986	327997	50 %	50 %	0 %	0 %	379022676
156	NC_016929	TTAATT	2	12	328249	328260	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379022676
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162	NC_016929	TTATGT	2	12	340514	340525	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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166	NC_016929	TTTCAG	2	12	350332	350343	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379022696
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171	NC_016929	TAAATA	2	12	353834	353845	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_016929	TAGATT	2	12	358452	358463	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379022703
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182	NC_016929	TACTTA	2	12	386358	386369	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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228	NC_016929	TTAGAG	2	12	453503	453514	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
229	NC_016929	TTTTGA	2	12	458051	458062	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379022788
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233	NC_016929	AATATA	2	12	464346	464357	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
234	NC_016929	ATAGGA	2	12	466857	466868	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379022796
235	NC_016929	ATCTGA	2	12	469805	469816	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
236	NC_016929	GCAGTT	2	12	470343	470354	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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238	NC_016929	GAAGTG	2	12	470904	470915	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
239	NC_016929	TATAAA	2	12	472503	472514	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379022800
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241	NC_016929	AGTGGT	2	12	483294	483305	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	379022810
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476	NC_016929	TTTTAA	2	12	931461	931472	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379023235
477	NC_016929	TTGATT	2	12	932660	932671	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
478	NC_016929	AATTTA	2	12	933209	933220	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
479	NC_016929	ATTATA	2	12	933479	933490	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
480	NC_016929	ACTGAG	2	12	934019	934030	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379023239
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483	NC_016929	GGAATT	2	12	947743	947754	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379023248
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