MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia canadensis str. CA410 chromosome

Total Repeats: 346

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016929	AGATA	2	10	10341	10350	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016929	AAAGT	2	10	11745	11754	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016929	ATTTA	2	10	27833	27842	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016929	TTATC	2	10	28165	28174	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_016929	GATTG	2	10	28275	28284	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016929	AATAT	2	10	30355	30364	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016929	ACGTT	2	10	30494	30503	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_016929	TAATT	2	10	30618	30627	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016929	TAAGT	2	10	33393	33402	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016929	TCTTT	2	10	37382	37391	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_016929	TTTAA	2	10	37566	37575	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016929	ACTTA	2	10	45504	45513	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_016929	TTTGT	2	10	50242	50251	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016929	GATAA	2	10	52861	52870	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016929	CCATA	2	10	57287	57296	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_016929	GGTAA	2	10	58350	58359	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016929	TTTCT	2	10	58470	58479	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_016929	TAATA	2	10	64077	64086	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016929	ATTTT	2	10	66221	66230	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016929	CAAAT	2	10	66242	66251	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_016929	ACAAT	2	10	69582	69591	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_016929	TATTT	2	10	74211	74220	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016929	ACTAA	2	10	77413	77422	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_016929	TTGTA	2	10	79206	79215	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016929	AGATA	2	10	80447	80456	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016929	AATTA	2	10	80566	80575	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016929	ATAAA	2	10	84623	84632	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016929	TTTAT	2	10	87989	87998	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016929	ATAAA	2	10	96646	96655	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016929	ATATA	2	10	99315	99324	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016929	ATGTT	2	10	107843	107852	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016929	TATAA	2	10	112359	112368	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016929	AATTT	2	10	130846	130855	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016929	TACTT	2	10	132813	132822	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_016929	AAATA	2	10	133196	133205	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016929	CAATA	2	10	135629	135638	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_016929	TATTT	2	10	159091	159100	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016929	AAAAT	3	15	170771	170785	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016929	TAAAT	2	10	185539	185548	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016929	TAAAA	2	10	185651	185660	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016929	AACTA	2	10	185682	185691	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_016929	ATTTA	2	10	189247	189256	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016929	ATTTT	2	10	194896	194905	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016929	AATAA	2	10	197266	197275	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016929	AGAGC	2	10	199483	199492	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_016929	ATTTC	2	10	202020	202029	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_016929	TTGAA	2	10	202591	202600	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016929	TAAAT	2	10	206179	206188	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016929	CAAGG	2	10	208530	208539	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_016929	ATATT	2	10	210514	210523	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016929	TTATT	2	10	218860	218869	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016929	AAAAT	2	10	221655	221664	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016929	TAAAA	2	10	224495	224504	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016929	TATTT	2	10	231100	231109	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016929	AATGA	2	10	231200	231209	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016929	AAAAT	2	10	241713	241722	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016929	ATAGA	2	10	244059	244068	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016929	CTAGA	2	10	244311	244320	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_016929	GCTTG	2	10	244403	244412	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_016929	ATTTT	2	10	254145	254154	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016929	CTTAA	2	10	254688	254697	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_016929	CTTTA	2	10	255873	255882	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_016929	TTATT	2	10	256887	256896	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_016929	ATTAT	2	10	257261	257270	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016929	TATAA	2	10	258261	258270	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016929	TTTAA	2	10	258416	258425	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016929	AAAAT	2	10	258532	258541	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016929	TAGAA	2	10	261428	261437	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016929	TAGCA	2	10	269828	269837	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_016929	CGAAG	2	10	270906	270915	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_016929	ATCCC	2	10	271954	271963	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
72	NC_016929	TGCAA	2	10	272039	272048	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_016929	ATGAT	2	10	275701	275710	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016929	TTTAT	2	10	276124	276133	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016929	ATTTA	2	10	278039	278048	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016929	AAAAT	2	10	280170	280179	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016929	CGATA	2	10	289665	289674	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_016929	TAAAA	2	10	292782	292791	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016929	AGCAA	2	10	307078	307087	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_016929	ACATT	2	10	307089	307098	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_016929	AGGTG	2	10	315117	315126	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016929	AAGAT	2	10	322694	322703	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016929	AAAAT	2	10	326118	326127	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016929	TAAAA	2	10	326255	326264	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016929	AGAAA	2	10	326296	326305	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016929	AATTA	2	10	328775	328784	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016929	ATAAA	2	10	337623	337632	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016929	ATATT	2	10	339906	339915	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016929	AATAA	2	10	342806	342815	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016929	TGTCA	2	10	354403	354412	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_016929	AGTAT	2	10	355175	355184	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016929	AAAAG	2	10	355188	355197	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016929	AATAT	2	10	357916	357925	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016929	TAAGC	2	10	359370	359379	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_016929	AAAAT	2	10	359956	359965	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016929	AGTCA	2	10	365726	365735	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_016929	TATAT	2	10	366467	366476	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016929	TTACT	2	10	367665	367674	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_016929	TTATC	2	10	367837	367846	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_016929	ATTTA	2	10	375786	375795	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016929	ATTAA	2	10	376724	376733	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016929	TAGAA	2	10	382516	382525	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016929	TCGTG	2	10	385869	385878	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_016929	TATTT	2	10	386673	386682	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016929	TCACG	2	10	393294	393303	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_016929	ATGAA	2	10	394204	394213	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016929	TAAAT	2	10	394533	394542	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016929	TATTT	2	10	394578	394587	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016929	GCACT	2	10	396371	396380	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_016929	GGTCG	2	10	398931	398940	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
111	NC_016929	AATTC	2	10	399024	399033	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_016929	TTTAT	2	10	415516	415525	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016929	TATTC	2	10	417475	417484	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_016929	TAGTT	2	10	417593	417602	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016929	AGCTT	2	10	417829	417838	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_016929	AATAA	2	10	427411	427420	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016929	TGTAT	2	10	428941	428950	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016929	ATTAT	2	10	429467	429476	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016929	CTAAC	2	10	429720	429729	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
120	NC_016929	ATAAA	2	10	442875	442884	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016929	AAATA	2	10	443468	443477	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016929	GATCA	2	10	443730	443739	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_016929	GAAGA	2	10	444729	444738	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016929	TCAAA	2	10	446080	446089	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_016929	ACATT	2	10	450673	450682	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_016929	TAAAA	2	10	451268	451277	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016929	ATTAT	2	10	451614	451623	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016929	ATCAT	2	10	451780	451789	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_016929	AAAAT	2	10	453365	453374	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016929	ATTAT	2	10	455442	455451	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_016929	AGTTA	2	10	455608	455617	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016929	ATAGG	2	10	459649	459658	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
133	NC_016929	AATTT	2	10	462694	462703	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016929	TGCTC	2	10	464171	464180	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
135	NC_016929	TTTTA	2	10	464232	464241	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_016929	TCATT	2	10	470712	470721	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_016929	ATTTT	2	10	471049	471058	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016929	AATTT	2	10	471795	471804	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016929	ATATA	2	10	474688	474697	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_016929	GTAAT	2	10	474835	474844	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016929	TAACT	2	10	476032	476041	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_016929	TTCTT	2	10	478926	478935	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_016929	ATAAA	2	10	480229	480238	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016929	TAATT	2	10	480835	480844	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_016929	CGCTC	2	10	490787	490796	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
146	NC_016929	TATAA	2	10	495349	495358	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_016929	ATAAA	2	10	502484	502493	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_016929	AAATT	2	10	511491	511500	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_016929	TCAAT	2	10	515890	515899	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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151	NC_016929	TAAAA	2	10	528506	528515	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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167	NC_016929	AAAAT	2	10	544763	544772	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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187	NC_016929	ATTTT	2	10	594987	594996	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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340	NC_016929	TAATA	2	10	1127715	1127724	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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343	NC_016929	TTTAT	2	10	1134358	1134367	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
344	NC_016929	AATAA	2	10	1137642	1137651	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
345	NC_016929	AATTA	2	10	1144940	1144949	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.