MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hlp#2 chromosome

Total Repeats: 589

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016915	AAAGTA	2	12	1229	1240	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379018505
2	NC_016915	CAAAAC	2	12	5070	5081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379018508
3	NC_016915	CAAAAT	2	12	5923	5934	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379018508
4	NC_016915	ACCGTA	2	12	7302	7313	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379018511
5	NC_016915	AAAGAC	2	12	10881	10892	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_016915	AGAAAA	2	12	14142	14153	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379018519
7	NC_016915	ATTAAA	2	12	15318	15329	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018521
8	NC_016915	TTTAAA	2	12	16915	16926	50 %	50 %	0 %	0 %	379018523
9	NC_016915	CTAATT	2	12	16964	16975	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379018523
10	NC_016915	CTATAT	2	12	17579	17590	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379018523
11	NC_016915	AGAACA	2	12	18163	18174	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_016915	ATTTAG	2	12	22526	22537	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379018527
13	NC_016915	ATTTAG	2	12	23669	23680	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379018527
14	NC_016915	GCATTA	2	12	24643	24654	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379018527
15	NC_016915	TCCGAT	2	12	24760	24771	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379018527
16	NC_016915	AAATGC	2	12	24836	24847	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379018527
17	NC_016915	ATTTAA	2	12	25149	25160	50 %	50 %	0 %	0 %	379018527
18	NC_016915	AGAAAA	2	12	26153	26164	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379018528
19	NC_016915	CAAATA	2	12	26932	26943	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_016915	TAAAGT	2	12	27095	27106	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016915	TTTAGG	2	12	28473	28484	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016915	CATATA	2	12	33534	33545	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379018540
23	NC_016915	AATACA	2	12	37106	37117	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379018545
24	NC_016915	TTTTTG	2	12	37678	37689	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016915	AAGAAA	2	12	38590	38601	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016915	AGGTTT	2	12	40089	40100	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016915	ATCTTT	2	12	41007	41018	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_016915	ATATTA	2	12	45128	45139	50 %	50 %	0 %	0 %	379018551
29	NC_016915	AAAGCT	2	12	45312	45323	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379018551
30	NC_016915	ATTAAT	2	12	45874	45885	50 %	50 %	0 %	0 %	379018551
31	NC_016915	TTTTTA	2	12	46857	46868	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379018553
32	NC_016915	AGTATT	2	12	51482	51493	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016915	ATTGCT	2	12	55896	55907	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379018560
34	NC_016915	ATTTAT	2	12	56483	56494	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018561
35	NC_016915	ATAAGG	2	12	56682	56693	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379018561
36	NC_016915	TCTTGG	2	12	58131	58142	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	379018562
37	NC_016915	ATCAGA	2	12	60524	60535	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379018567
38	NC_016915	AAAACA	2	12	64306	64317	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	379018569
39	NC_016915	ATAAAA	2	12	68666	68677	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379018576
40	NC_016915	TAATAT	2	12	69517	69528	50 %	50 %	0 %	0 %	379018577
41	NC_016915	CAGCAA	2	12	70189	70200	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	379018578
42	NC_016915	ATAGTG	2	12	70520	70531	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379018578
43	NC_016915	AAAAAG	2	12	71348	71359	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379018578
44	NC_016915	TATAGT	2	12	74574	74585	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379018582
45	NC_016915	GAAAGA	2	12	74655	74666	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379018582
46	NC_016915	TACCCT	2	12	76217	76228	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	379018585
47	NC_016915	ATCCTG	2	12	76239	76250	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379018585
48	NC_016915	AAAGCT	2	12	76658	76669	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379018585
49	NC_016915	GTAATA	2	12	77297	77308	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379018585
50	NC_016915	AGTAAA	2	12	86051	86062	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379018594
51	NC_016915	TCAAAA	2	12	87481	87492	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379018595
52	NC_016915	AAGGAC	2	12	87801	87812	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_016915	CGTGAT	2	12	88759	88770	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379018598
54	NC_016915	TTGATT	2	12	91219	91230	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379018599
55	NC_016915	TCCTGA	2	12	92079	92090	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379018600
56	NC_016915	GAAGCA	2	12	92311	92322	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	379018600
57	NC_016915	TTTTAA	2	12	92574	92585	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016915	TAAAAA	2	12	95306	95317	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016915	TTTTTA	2	12	97668	97679	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379018604
60	NC_016915	CCTATA	2	12	102513	102524	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379018610
61	NC_016915	ACCTAT	2	12	102746	102757	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379018610
62	NC_016915	ACCGCT	2	12	104082	104093	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379018611
63	NC_016915	TCAAGA	2	12	113351	113362	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379018617
64	NC_016915	TAGCGG	2	12	118811	118822	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	379018622
65	NC_016915	CTCAAT	2	12	122076	122087	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379018625
66	NC_016915	TTTATT	2	12	124275	124286	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379018629
67	NC_016915	TAAAAT	2	12	128274	128285	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018635
68	NC_016915	CTTTGT	2	12	135480	135491	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379018647
69	NC_016915	TTGCTA	2	12	137570	137581	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379018648
70	NC_016915	AAGATA	2	12	137735	137746	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379018648
71	NC_016915	CTTTAG	2	12	137897	137908	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379018648
72	NC_016915	TTTAGT	2	12	138556	138567	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379018648
73	NC_016915	TAATGC	2	12	142396	142407	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379018650
74	NC_016915	AAAGAT	2	12	143219	143230	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379018650
75	NC_016915	TAAAGA	2	12	143443	143454	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379018650
76	NC_016915	CAAAAA	2	12	153414	153425	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_016915	TTTATC	2	12	156289	156300	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	379018656
78	NC_016915	GATTTT	2	12	156583	156594	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379018657
79	NC_016915	TTTTGG	2	12	157038	157049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379018657
80	NC_016915	CTTTTG	2	12	159138	159149	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379018659
81	NC_016915	GTAAAA	2	12	160462	160473	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379018660
82	NC_016915	CAATAT	2	12	163339	163350	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_016915	ATTGAG	2	12	163691	163702	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379018665
84	NC_016915	TCAATT	2	12	165693	165704	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379018667
85	NC_016915	AAAGAA	2	12	166333	166344	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379018667
86	NC_016915	TCAAGC	2	12	166350	166361	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379018667
87	NC_016915	GTTGAG	2	12	166917	166928	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	379018668
88	NC_016915	AAGTAA	2	12	168710	168721	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379018669
89	NC_016915	TAGAGC	2	12	171537	171548	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379018673
90	NC_016915	AATTTA	2	12	173862	173873	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016915	GAACAA	2	12	175059	175070	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379018677
92	NC_016915	TGCAGT	2	12	175202	175213	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379018677
93	NC_016915	ATAAAA	2	12	176476	176487	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379018677
94	NC_016915	TTTTTA	2	12	177539	177550	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379018678
95	NC_016915	CTGTAG	2	12	180571	180582	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379018683
96	NC_016915	TTAAAA	2	12	182827	182838	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018684
97	NC_016915	GCTATT	2	12	184674	184685	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379018684
98	NC_016915	TCCATG	2	12	191657	191668	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379018686
99	NC_016915	GATGTT	2	12	192682	192693	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	379018687
100	NC_016915	AAAAAT	2	12	195159	195170	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379018690
101	NC_016915	AAGAAT	2	12	196970	196981	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379018690
102	NC_016915	AAGCCC	2	12	204219	204230	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	379018696
103	NC_016915	CCCTAA	2	12	209483	209494	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	379018703
104	NC_016915	TATTTA	2	12	210627	210638	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016915	TCATTA	2	12	212340	212351	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_016915	CTTTAG	2	12	213904	213915	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379018707
107	NC_016915	ATATTT	2	12	214893	214904	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018707
108	NC_016915	GTTTCA	2	12	218181	218192	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379018711
109	NC_016915	AAAAGC	2	12	219357	219368	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379018712
110	NC_016915	TTTCTT	2	12	220807	220818	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379018714
111	NC_016915	TTTTCT	2	12	220827	220838	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379018714
112	NC_016915	AAATTA	2	12	221986	221997	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018716
113	NC_016915	AGTTAA	2	12	223928	223939	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379018717
114	NC_016915	TCATAA	2	12	225920	225931	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379018718
115	NC_016915	TAATAT	2	12	226025	226036	50 %	50 %	0 %	0 %	379018718
116	NC_016915	TAAATT	2	12	227621	227632	50 %	50 %	0 %	0 %	379018720
117	NC_016915	CACTAC	2	12	229126	229137	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_016915	TCTGTC	2	12	233484	233495	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_016915	AAAGCA	2	12	235175	235186	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379018729
120	NC_016915	GTACGA	2	12	239216	239227	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379018734
121	NC_016915	CTTCTA	2	12	240213	240224	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379018734
122	NC_016915	ATCTCA	2	12	242980	242991	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379018736
123	NC_016915	TTCTTT	2	12	244373	244384	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379018737
124	NC_016915	TACTTC	2	12	246699	246710	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379018741
125	NC_016915	TATTTT	2	12	255920	255931	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_016915	CAATAT	2	12	256244	256255	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379018750
127	NC_016915	TAATTA	2	12	256845	256856	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016915	GCACCG	2	12	263493	263504	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	379018757
129	NC_016915	CTTTAA	2	12	263819	263830	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_016915	AAATAA	2	12	263965	263976	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_016915	AAAATG	2	12	264031	264042	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016915	GCACCG	2	12	265294	265305	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	379018760
133	NC_016915	ATTATA	2	12	266152	266163	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016915	TTACTC	2	12	266209	266220	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379018762
135	NC_016915	CATTAT	2	12	270680	270691	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379018767
136	NC_016915	ATGACG	2	12	272753	272764	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_016915	ATTGCA	2	12	276779	276790	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_016915	TTAAAG	2	12	279584	279595	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379018775
139	NC_016915	AGGGTA	2	12	279902	279913	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	379018775
140	NC_016915	GCGGTA	2	12	280520	280531	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	379018775
141	NC_016915	ATTAAA	2	12	283441	283452	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016915	TAAAAT	2	12	285564	285575	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018784
143	NC_016915	CCTGAA	2	12	287191	287202	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_016915	TAAAAA	2	12	290690	290701	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379018785
145	NC_016915	GTCGTT	2	12	291883	291894	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	379018787
146	NC_016915	CCTGAA	2	12	294340	294351	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379018789
147	NC_016915	TATTGT	2	12	296052	296063	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
148	NC_016915	TTTTGC	2	12	299944	299955	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379018795
149	NC_016915	TACTAA	2	12	302927	302938	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379018798
150	NC_016915	TATTGA	2	12	303650	303661	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379018798
151	NC_016915	GGGATA	2	12	304546	304557	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	379018799
152	NC_016915	GGCAAT	2	12	305554	305565	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379018799
153	NC_016915	ATCTTT	2	12	307962	307973	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
154	NC_016915	TTGTTC	2	12	308421	308432	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379018805
155	NC_016915	ATTAGA	2	12	308793	308804	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379018805
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157	NC_016915	ATGATA	2	12	313562	313573	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379018812
158	NC_016915	GAAGTA	2	12	314775	314786	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379018813
159	NC_016915	TTTTAC	2	12	316480	316491	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	379018814
160	NC_016915	AGAGCT	2	12	316735	316746	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379018814
161	NC_016915	TCTGCC	2	12	317096	317107	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	379018814
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163	NC_016915	TTAATA	2	12	318064	318075	50 %	50 %	0 %	0 %	379018815
164	NC_016915	CGGTAT	2	12	319061	319072	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379018815
165	NC_016915	AGGAAA	2	12	322749	322760	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379018820
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172	NC_016915	AAGAAT	2	12	341722	341733	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379018844
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175	NC_016915	AATTTA	2	12	345339	345350	50 %	50 %	0 %	0 %	379018848
176	NC_016915	TTAATT	2	12	345602	345613	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018848
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181	NC_016915	TTCAGC	2	12	369906	369917	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379018873
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203	NC_016915	TAAAGA	2	12	405407	405418	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379018920
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209	NC_016915	GCCGCA	2	12	422446	422457	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	379018939
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224	NC_016915	AATTTA	2	12	455610	455621	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
225	NC_016915	CCGATA	2	12	455966	455977	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379018982
226	NC_016915	GTTTTA	2	12	456663	456674	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
227	NC_016915	AGAAGC	2	12	457587	457598	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
228	NC_016915	GCATAT	2	12	459912	459923	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379018984
229	NC_016915	AAATCT	2	12	462116	462127	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379018987
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232	NC_016915	ATAATT	2	12	469032	469043	50 %	50 %	0 %	0 %	379018990
233	NC_016915	TAAAAT	2	12	471241	471252	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018994
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235	NC_016915	TGTCCT	2	12	476227	476238	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	379018998
236	NC_016915	ATCTGA	2	12	476593	476604	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379018998
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238	NC_016915	TTTTAT	2	12	477799	477810	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379018999
239	NC_016915	GATAAA	2	12	482781	482792	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379019002
240	NC_016915	TTGGTT	2	12	486425	486436	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379019008
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351	NC_016915	TAATTT	2	12	740773	740784	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
352	NC_016915	AATCAT	2	12	740877	740888	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
353	NC_016915	TACTAA	2	12	741191	741202	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379019266
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360	NC_016915	TTTTAT	2	12	754406	754417	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
361	NC_016915	ATATTT	2	12	756018	756029	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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466	NC_016915	AATTTA	2	12	1014404	1014415	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
467	NC_016915	TTACCG	2	12	1017656	1017667	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379019548
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472	NC_016915	GTTTTT	2	12	1031910	1031921	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
473	NC_016915	AATCAA	2	12	1032031	1032042	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379019561
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478	NC_016915	TACACC	2	12	1037268	1037279	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
479	NC_016915	CTTTAT	2	12	1037363	1037374	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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