MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hlp#2 chromosome

Total Repeats: 141

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016915	AAAGAC	2	12	10881	10892	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_016915	AGAACA	2	12	18163	18174	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_016915	CAAATA	2	12	26932	26943	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_016915	TAAAGT	2	12	27095	27106	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016915	TTTAGG	2	12	28473	28484	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016915	TTTTTG	2	12	37678	37689	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016915	AAGAAA	2	12	38590	38601	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016915	AGGTTT	2	12	40089	40100	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016915	ATCTTT	2	12	41007	41018	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_016915	AGTATT	2	12	51482	51493	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016915	AAGGAC	2	12	87801	87812	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_016915	TTTTAA	2	12	92574	92585	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016915	TAAAAA	2	12	95306	95317	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016915	CAAAAA	2	12	153414	153425	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_016915	CAATAT	2	12	163339	163350	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_016915	AATTTA	2	12	173862	173873	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016915	TATTTA	2	12	210627	210638	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016915	TCATTA	2	12	212340	212351	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_016915	CACTAC	2	12	229126	229137	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_016915	TCTGTC	2	12	233484	233495	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_016915	TATTTT	2	12	255920	255931	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016915	TAATTA	2	12	256845	256856	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_016915	CTTTAA	2	12	263819	263830	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_016915	AAATAA	2	12	263965	263976	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016915	AAAATG	2	12	264031	264042	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016915	ATTATA	2	12	266152	266163	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016915	ATGACG	2	12	272753	272764	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_016915	ATTGCA	2	12	276779	276790	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_016915	ATTAAA	2	12	283441	283452	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016915	CCTGAA	2	12	287191	287202	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_016915	TATTGT	2	12	296052	296063	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016915	ATCTTT	2	12	307962	307973	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_016915	CAGAAA	2	12	333019	333030	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_016915	AATATT	2	12	344420	344431	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016915	GCTATA	2	12	367896	367907	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_016915	AAGATA	2	12	373791	373802	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016915	CAGTTT	2	12	375265	375276	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_016915	TTTTAC	2	12	376332	376343	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_016915	AATATA	2	12	381351	381362	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016915	TGAAAA	2	12	384842	384853	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016915	AGTACT	2	12	397600	397611	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_016915	ATTATA	2	12	397874	397885	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016915	TTTATG	2	12	422080	422091	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016915	TTATAT	2	12	455302	455313	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016915	AATTTA	2	12	455610	455621	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016915	GTTTTA	2	12	456663	456674	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016915	AGAAGC	2	12	457587	457598	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_016915	ATTAGC	2	12	508249	508260	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_016915	ATTAAT	2	12	510224	510235	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016915	TTTTGT	2	12	522722	522733	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016915	GCAACA	2	12	530816	530827	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_016915	ACAAGC	2	12	531269	531280	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_016915	AAATAA	2	12	535228	535239	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016915	TAATAT	2	12	538510	538521	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016915	TATATT	2	12	545287	545298	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016915	CATTGT	2	12	553761	553772	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_016915	TTGATA	2	12	565004	565015	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016915	ATATAG	2	12	565964	565975	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016915	AAATTA	3	18	575676	575693	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016915	TTAATA	2	12	576484	576495	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016915	AAACTA	2	12	579913	579924	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_016915	TTAAAT	2	12	583280	583291	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016915	TACTAG	2	12	596784	596795	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_016915	ATCGGT	2	12	610806	610817	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_016915	TTTATT	2	12	618475	618486	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016915	TTTATT	2	12	624564	624575	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016915	AAATTT	2	12	635180	635191	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016915	ACGCCA	2	12	635228	635239	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
69	NC_016915	CATTAT	2	12	644071	644082	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_016915	GATATT	2	12	644156	644167	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016915	CTTAAA	2	12	697978	697989	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_016915	ACAAGA	2	12	709218	709229	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_016915	ATGTTC	2	12	731173	731184	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_016915	TATAAA	2	12	740575	740586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016915	TAATTT	2	12	740773	740784	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016915	AATCAT	2	12	740877	740888	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_016915	ACAATA	2	12	742463	742474	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_016915	ATTTAT	2	12	751994	752005	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016915	TTTTAT	2	12	754406	754417	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016915	ATATTT	2	12	756018	756029	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016915	TAAAGC	2	12	761081	761092	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_016915	CTACTC	2	12	766417	766428	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_016915	TATTTT	2	12	771921	771932	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016915	GCTTCA	2	12	788987	788998	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_016915	ATAATT	2	12	793654	793665	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016915	AAATTT	2	12	794248	794259	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016915	ATAAAC	2	12	795051	795062	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_016915	TAAACA	2	12	796107	796118	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_016915	ATCGTC	2	12	804925	804936	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_016915	TATTTT	2	12	813160	813171	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016915	TATTTT	2	12	844077	844088	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016915	TTAATA	2	12	850992	851003	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016915	TGAACA	2	12	851483	851494	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_016915	TTAACT	2	12	851615	851626	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_016915	CTAAAC	2	12	854411	854422	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_016915	ATTTAA	2	12	860125	860136	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016915	GATATA	2	12	869221	869232	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016915	TGACTA	2	12	879348	879359	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_016915	AACATC	2	12	879609	879620	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_016915	CTCAAG	2	12	891541	891552	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_016915	TAGCAC	2	12	925255	925266	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_016915	AAATAC	2	12	927415	927426	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_016915	ACTTCC	2	12	929024	929035	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_016915	CTATAA	2	12	929807	929818	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_016915	TTTATC	2	12	951174	951185	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_016915	ACAAAA	2	12	956639	956650	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_016915	ATTATA	2	12	967880	967891	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016915	TAATTT	2	12	968292	968303	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016915	TGCTCT	2	12	969691	969702	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_016915	GCCATG	2	12	976986	976997	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_016915	ATATCC	2	12	985316	985327	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_016915	ATTAGG	2	12	990600	990611	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016915	AATTAT	2	12	993271	993282	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016915	ATCAAT	2	12	994218	994229	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_016915	CATTGT	2	12	995132	995143	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_016915	AATATG	2	12	1000047	1000058	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016915	AATTTA	2	12	1014404	1014415	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016915	GTTTTT	2	12	1031910	1031921	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016915	TTAATA	2	12	1033482	1033493	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016915	CAAGAA	2	12	1033584	1033595	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_016915	TACACC	2	12	1037268	1037279	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_016915	CTTTAT	2	12	1037363	1037374	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_016915	TTAAAT	2	12	1045991	1046002	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016915	TTATAT	2	12	1046199	1046210	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016915	TACTAG	2	12	1046687	1046698	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_016915	TTAGTT	2	12	1047868	1047879	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016915	ATCTGT	2	12	1065377	1065388	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_016915	CTTTTA	2	12	1072160	1072171	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_016915	AGCTTA	2	12	1084359	1084370	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_016915	AGTTTA	2	12	1084462	1084473	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_016915	AACACC	2	12	1102500	1102511	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_016915	TCTAGT	2	12	1106559	1106570	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_016915	ATAATG	2	12	1151940	1151951	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016915	GCCTGT	2	12	1164521	1164532	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_016915	TGTTCC	2	12	1168127	1168138	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_016915	TCATTT	2	12	1199218	1199229	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_016915	CCTAAT	2	12	1212463	1212474	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_016915	TCATTG	2	12	1213905	1213916	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_016915	TTTATC	2	12	1247758	1247769	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_016915	ATAAAA	2	12	1256202	1256213	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016915	AAAAGA	2	12	1263256	1263267	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.