MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hlp#2 chromosome

Total Repeats: 448

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016915	AAAGTA	2	12	1229	1240	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379018505
2	NC_016915	CAAAAC	2	12	5070	5081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379018508
3	NC_016915	CAAAAT	2	12	5923	5934	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379018508
4	NC_016915	ACCGTA	2	12	7302	7313	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379018511
5	NC_016915	AGAAAA	2	12	14142	14153	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379018519
6	NC_016915	ATTAAA	2	12	15318	15329	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018521
7	NC_016915	TTTAAA	2	12	16915	16926	50 %	50 %	0 %	0 %	379018523
8	NC_016915	CTAATT	2	12	16964	16975	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379018523
9	NC_016915	CTATAT	2	12	17579	17590	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379018523
10	NC_016915	ATTTAG	2	12	22526	22537	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379018527
11	NC_016915	ATTTAG	2	12	23669	23680	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379018527
12	NC_016915	GCATTA	2	12	24643	24654	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379018527
13	NC_016915	TCCGAT	2	12	24760	24771	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379018527
14	NC_016915	AAATGC	2	12	24836	24847	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379018527
15	NC_016915	ATTTAA	2	12	25149	25160	50 %	50 %	0 %	0 %	379018527
16	NC_016915	AGAAAA	2	12	26153	26164	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379018528
17	NC_016915	CATATA	2	12	33534	33545	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379018540
18	NC_016915	AATACA	2	12	37106	37117	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379018545
19	NC_016915	ATATTA	2	12	45128	45139	50 %	50 %	0 %	0 %	379018551
20	NC_016915	AAAGCT	2	12	45312	45323	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379018551
21	NC_016915	ATTAAT	2	12	45874	45885	50 %	50 %	0 %	0 %	379018551
22	NC_016915	TTTTTA	2	12	46857	46868	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379018553
23	NC_016915	ATTGCT	2	12	55896	55907	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379018560
24	NC_016915	ATTTAT	2	12	56483	56494	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018561
25	NC_016915	ATAAGG	2	12	56682	56693	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379018561
26	NC_016915	TCTTGG	2	12	58131	58142	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	379018562
27	NC_016915	ATCAGA	2	12	60524	60535	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379018567
28	NC_016915	AAAACA	2	12	64306	64317	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	379018569
29	NC_016915	ATAAAA	2	12	68666	68677	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379018576
30	NC_016915	TAATAT	2	12	69517	69528	50 %	50 %	0 %	0 %	379018577
31	NC_016915	CAGCAA	2	12	70189	70200	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	379018578
32	NC_016915	ATAGTG	2	12	70520	70531	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379018578
33	NC_016915	AAAAAG	2	12	71348	71359	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379018578
34	NC_016915	TATAGT	2	12	74574	74585	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379018582
35	NC_016915	GAAAGA	2	12	74655	74666	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379018582
36	NC_016915	TACCCT	2	12	76217	76228	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	379018585
37	NC_016915	ATCCTG	2	12	76239	76250	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379018585
38	NC_016915	AAAGCT	2	12	76658	76669	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379018585
39	NC_016915	GTAATA	2	12	77297	77308	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379018585
40	NC_016915	AGTAAA	2	12	86051	86062	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379018594
41	NC_016915	TCAAAA	2	12	87481	87492	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379018595
42	NC_016915	CGTGAT	2	12	88759	88770	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379018598
43	NC_016915	TTGATT	2	12	91219	91230	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379018599
44	NC_016915	TCCTGA	2	12	92079	92090	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379018600
45	NC_016915	GAAGCA	2	12	92311	92322	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	379018600
46	NC_016915	TTTTTA	2	12	97668	97679	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379018604
47	NC_016915	CCTATA	2	12	102513	102524	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379018610
48	NC_016915	ACCTAT	2	12	102746	102757	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379018610
49	NC_016915	ACCGCT	2	12	104082	104093	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379018611
50	NC_016915	TCAAGA	2	12	113351	113362	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379018617
51	NC_016915	TAGCGG	2	12	118811	118822	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	379018622
52	NC_016915	CTCAAT	2	12	122076	122087	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379018625
53	NC_016915	TTTATT	2	12	124275	124286	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379018629
54	NC_016915	TAAAAT	2	12	128274	128285	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018635
55	NC_016915	CTTTGT	2	12	135480	135491	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379018647
56	NC_016915	TTGCTA	2	12	137570	137581	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379018648
57	NC_016915	AAGATA	2	12	137735	137746	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379018648
58	NC_016915	CTTTAG	2	12	137897	137908	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379018648
59	NC_016915	TTTAGT	2	12	138556	138567	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379018648
60	NC_016915	TAATGC	2	12	142396	142407	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379018650
61	NC_016915	AAAGAT	2	12	143219	143230	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379018650
62	NC_016915	TAAAGA	2	12	143443	143454	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379018650
63	NC_016915	TTTATC	2	12	156289	156300	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	379018656
64	NC_016915	GATTTT	2	12	156583	156594	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379018657
65	NC_016915	TTTTGG	2	12	157038	157049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379018657
66	NC_016915	CTTTTG	2	12	159138	159149	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379018659
67	NC_016915	GTAAAA	2	12	160462	160473	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379018660
68	NC_016915	ATTGAG	2	12	163691	163702	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379018665
69	NC_016915	TCAATT	2	12	165693	165704	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379018667
70	NC_016915	AAAGAA	2	12	166333	166344	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	379018667
71	NC_016915	TCAAGC	2	12	166350	166361	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379018667
72	NC_016915	GTTGAG	2	12	166917	166928	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	379018668
73	NC_016915	AAGTAA	2	12	168710	168721	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379018669
74	NC_016915	TAGAGC	2	12	171537	171548	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379018673
75	NC_016915	GAACAA	2	12	175059	175070	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379018677
76	NC_016915	TGCAGT	2	12	175202	175213	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379018677
77	NC_016915	ATAAAA	2	12	176476	176487	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379018677
78	NC_016915	TTTTTA	2	12	177539	177550	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	379018678
79	NC_016915	CTGTAG	2	12	180571	180582	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379018683
80	NC_016915	TTAAAA	2	12	182827	182838	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018684
81	NC_016915	GCTATT	2	12	184674	184685	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379018684
82	NC_016915	TCCATG	2	12	191657	191668	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379018686
83	NC_016915	GATGTT	2	12	192682	192693	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	379018687
84	NC_016915	AAAAAT	2	12	195159	195170	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379018690
85	NC_016915	AAGAAT	2	12	196970	196981	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379018690
86	NC_016915	AAGCCC	2	12	204219	204230	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	379018696
87	NC_016915	CCCTAA	2	12	209483	209494	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	379018703
88	NC_016915	CTTTAG	2	12	213904	213915	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379018707
89	NC_016915	ATATTT	2	12	214893	214904	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018707
90	NC_016915	GTTTCA	2	12	218181	218192	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379018711
91	NC_016915	AAAAGC	2	12	219357	219368	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379018712
92	NC_016915	TTTCTT	2	12	220807	220818	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379018714
93	NC_016915	TTTTCT	2	12	220827	220838	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379018714
94	NC_016915	AAATTA	2	12	221986	221997	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018716
95	NC_016915	AGTTAA	2	12	223928	223939	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379018717
96	NC_016915	TCATAA	2	12	225920	225931	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379018718
97	NC_016915	TAATAT	2	12	226025	226036	50 %	50 %	0 %	0 %	379018718
98	NC_016915	TAAATT	2	12	227621	227632	50 %	50 %	0 %	0 %	379018720
99	NC_016915	AAAGCA	2	12	235175	235186	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379018729
100	NC_016915	GTACGA	2	12	239216	239227	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379018734
101	NC_016915	CTTCTA	2	12	240213	240224	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379018734
102	NC_016915	ATCTCA	2	12	242980	242991	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379018736
103	NC_016915	TTCTTT	2	12	244373	244384	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379018737
104	NC_016915	TACTTC	2	12	246699	246710	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379018741
105	NC_016915	CAATAT	2	12	256244	256255	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379018750
106	NC_016915	GCACCG	2	12	263493	263504	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	379018757
107	NC_016915	GCACCG	2	12	265294	265305	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	379018760
108	NC_016915	TTACTC	2	12	266209	266220	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379018762
109	NC_016915	CATTAT	2	12	270680	270691	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379018767
110	NC_016915	TTAAAG	2	12	279584	279595	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379018775
111	NC_016915	AGGGTA	2	12	279902	279913	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	379018775
112	NC_016915	GCGGTA	2	12	280520	280531	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	379018775
113	NC_016915	TAAAAT	2	12	285564	285575	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018784
114	NC_016915	TAAAAA	2	12	290690	290701	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	379018785
115	NC_016915	GTCGTT	2	12	291883	291894	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	379018787
116	NC_016915	CCTGAA	2	12	294340	294351	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379018789
117	NC_016915	TTTTGC	2	12	299944	299955	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379018795
118	NC_016915	TACTAA	2	12	302927	302938	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379018798
119	NC_016915	TATTGA	2	12	303650	303661	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379018798
120	NC_016915	GGGATA	2	12	304546	304557	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	379018799
121	NC_016915	GGCAAT	2	12	305554	305565	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379018799
122	NC_016915	TTGTTC	2	12	308421	308432	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379018805
123	NC_016915	ATTAGA	2	12	308793	308804	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379018805
124	NC_016915	GAAGAT	2	12	311668	311679	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379018810
125	NC_016915	ATGATA	2	12	313562	313573	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379018812
126	NC_016915	GAAGTA	2	12	314775	314786	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	379018813
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130	NC_016915	CAAGAT	2	12	318009	318020	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379018815
131	NC_016915	TTAATA	2	12	318064	318075	50 %	50 %	0 %	0 %	379018815
132	NC_016915	CGGTAT	2	12	319061	319072	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379018815
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137	NC_016915	AAGTTT	2	12	329332	329343	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379018830
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140	NC_016915	TAGCTG	2	12	342627	342638	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	379018846
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142	NC_016915	TTAATT	2	12	345602	345613	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018848
143	NC_016915	AGTTTA	2	12	348879	348890	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379018850
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149	NC_016915	ATTTAT	2	12	372508	372519	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018875
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220	NC_016915	ATCGGA	2	12	543463	543474	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	379019064
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222	NC_016915	GGGCTT	2	12	547471	547482	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	379019067
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226	NC_016915	TGCTTT	2	12	559148	559159	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379019078
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229	NC_016915	TCAATA	2	12	568283	568294	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379019088
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233	NC_016915	ACAATC	2	12	587665	587676	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	379019107
234	NC_016915	CATAAA	2	12	593491	593502	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379019112
235	NC_016915	TTATAA	2	12	594254	594265	50 %	50 %	0 %	0 %	379019113
236	NC_016915	CAAAAG	2	12	594433	594444	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379019113
237	NC_016915	TTATCT	2	12	595408	595419	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	379019115
238	NC_016915	TTCTTT	2	12	598640	598651	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379019119
239	NC_016915	ACGCTG	2	12	601447	601458	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	379019121
240	NC_016915	CTTTTT	2	12	605556	605567	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	379019126
241	NC_016915	ATCCCG	2	12	614814	614825	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379019135
242	NC_016915	CATAAT	2	12	623037	623048	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379019143
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256	NC_016915	GGCAAA	2	12	682792	682803	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	379019208
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259	NC_016915	TATTAA	2	12	691700	691711	50 %	50 %	0 %	0 %	379019214
260	NC_016915	AATTTC	2	12	696669	696680	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	379019219
261	NC_016915	TTATTG	2	12	698041	698052	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379019222
262	NC_016915	CATTTC	2	12	698843	698854	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379019223
263	NC_016915	CGATAT	2	12	699089	699100	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379019224
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270	NC_016915	CTATTG	2	12	727229	727240	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	379019249
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272	NC_016915	AAAGAT	2	12	732625	732636	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379019257
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291	NC_016915	TAAATC	2	12	800514	800525	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	379019317
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297	NC_016915	AAATTA	2	12	806774	806785	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379019327
298	NC_016915	CAAAGC	2	12	813457	813468	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	379019332
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301	NC_016915	AAGCTA	2	12	832829	832840	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	379019355
302	NC_016915	ACGAAA	2	12	838352	838363	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	379019360
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317	NC_016915	AGTTTA	2	12	871440	871451	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379019392
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319	NC_016915	CTTCAG	2	12	878479	878490	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	379019404
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323	NC_016915	TGGTTT	2	12	906742	906753	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379019435
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332	NC_016915	TTAAAT	2	12	936627	936638	50 %	50 %	0 %	0 %	379019468
333	NC_016915	ACCTTT	2	12	939594	939605	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	379019476
334	NC_016915	ATTAAT	2	12	940313	940324	50 %	50 %	0 %	0 %	379019477
335	NC_016915	TTAGCA	2	12	943477	943488	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	379019483
336	NC_016915	TTTTGC	2	12	945423	945434	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	379019486
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338	NC_016915	AAATTT	2	12	949267	949278	50 %	50 %	0 %	0 %	379019491
339	NC_016915	TTTTGA	2	12	966368	966379	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	379019506
340	NC_016915	AATTGA	2	12	966647	966658	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379019506
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342	NC_016915	TTAAAG	2	12	972485	972496	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379019511
343	NC_016915	ACCGCT	2	12	972549	972560	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	379019511
344	NC_016915	AGTCGG	2	12	973284	973295	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	379019512
345	NC_016915	TGAAAT	2	12	978757	978768	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	379019521
346	NC_016915	ATGATT	2	12	982837	982848	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	379019524
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348	NC_016915	CAAGCT	2	12	1009980	1009991	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	379019544
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