MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hlp#2 chromosome

Total Repeats: 1175

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016915	TTTTA	2	10	2536	2545	20 %	80 %	0 %	0 %	379018507
2	NC_016915	ATTTA	2	10	2889	2898	40 %	60 %	0 %	0 %	379018507
3	NC_016915	GGTCA	2	10	4136	4145	20 %	20 %	40 %	20 %	379018508
4	NC_016915	TAAAT	2	10	4845	4854	60 %	40 %	0 %	0 %	379018508
5	NC_016915	GTAGT	2	10	5171	5180	20 %	40 %	40 %	0 %	379018508
6	NC_016915	TAATA	2	10	6031	6040	60 %	40 %	0 %	0 %	379018508
7	NC_016915	ACTTT	2	10	6610	6619	20 %	60 %	0 %	20 %	379018510
8	NC_016915	AATAC	2	10	7151	7160	60 %	20 %	0 %	20 %	379018510
9	NC_016915	ATCCA	2	10	7647	7656	40 %	20 %	0 %	40 %	379018511
10	NC_016915	AATTA	2	10	9217	9226	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016915	AGAAT	2	10	10936	10945	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016915	GAATT	2	10	11291	11300	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016915	TAACG	2	10	12534	12543	40 %	20 %	20 %	20 %	379018517
14	NC_016915	CGCTC	2	10	12713	12722	0 %	20 %	20 %	60 %	379018517
15	NC_016915	GGCTC	2	10	13250	13259	0 %	20 %	40 %	40 %	379018518
16	NC_016915	AGCAG	2	10	13675	13684	40 %	0 %	40 %	20 %	379018518
17	NC_016915	TTAAT	2	10	13818	13827	40 %	60 %	0 %	0 %	379018518
18	NC_016915	TAACT	2	10	15101	15110	40 %	40 %	0 %	20 %	379018521
19	NC_016915	ATTTA	2	10	16755	16764	40 %	60 %	0 %	0 %	379018523
20	NC_016915	TTTTA	2	10	17523	17532	20 %	80 %	0 %	0 %	379018523
21	NC_016915	TTTAA	2	10	20274	20283	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016915	TCAAG	2	10	21302	21311	40 %	20 %	20 %	20 %	379018527
23	NC_016915	ATAAA	2	10	21356	21365	80 %	20 %	0 %	0 %	379018527
24	NC_016915	AGAAA	2	10	21618	21627	80 %	0 %	20 %	0 %	379018527
25	NC_016915	AAAGC	2	10	21874	21883	60 %	0 %	20 %	20 %	379018527
26	NC_016915	GAATA	2	10	22080	22089	60 %	20 %	20 %	0 %	379018527
27	NC_016915	TAATA	2	10	22821	22830	60 %	40 %	0 %	0 %	379018527
28	NC_016915	CAAAG	2	10	22913	22922	60 %	0 %	20 %	20 %	379018527
29	NC_016915	TTAGT	2	10	23096	23105	20 %	60 %	20 %	0 %	379018527
30	NC_016915	AGCAG	2	10	23239	23248	40 %	0 %	40 %	20 %	379018527
31	NC_016915	TACCT	2	10	24552	24561	20 %	40 %	0 %	40 %	379018527
32	NC_016915	TATAA	2	10	26031	26040	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016915	ATATT	2	10	27582	27591	40 %	60 %	0 %	0 %	379018530
34	NC_016915	ATATT	2	10	27620	27629	40 %	60 %	0 %	0 %	379018530
35	NC_016915	AAATA	2	10	28068	28077	80 %	20 %	0 %	0 %	379018531
36	NC_016915	TTTGT	2	10	29491	29500	0 %	80 %	20 %	0 %	379018534
37	NC_016915	TCATT	2	10	31268	31277	20 %	60 %	0 %	20 %	379018538
38	NC_016915	TAGTA	2	10	32070	32079	40 %	40 %	20 %	0 %	379018538
39	NC_016915	AAGTG	2	10	34734	34743	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016915	ATTTT	2	10	34746	34755	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016915	TTAAT	2	10	36449	36458	40 %	60 %	0 %	0 %	379018543
42	NC_016915	TGAGT	2	10	36476	36485	20 %	40 %	40 %	0 %	379018544
43	NC_016915	TTAGT	2	10	38992	39001	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016915	TAATT	2	10	40838	40847	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016915	CTTTT	2	10	41049	41058	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_016915	TTATT	2	10	41466	41475	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016915	TTTTA	2	10	41570	41579	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016915	AGTTG	2	10	42318	42327	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016915	TAAGT	2	10	44852	44861	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016915	GAGAG	2	10	45534	45543	40 %	0 %	60 %	0 %	379018551
51	NC_016915	CAAAC	2	10	45586	45595	60 %	0 %	0 %	40 %	379018551
52	NC_016915	ACGTA	2	10	45756	45765	40 %	20 %	20 %	20 %	379018551
53	NC_016915	TAACT	2	10	46028	46037	40 %	40 %	0 %	20 %	379018552
54	NC_016915	AGAAA	2	10	46640	46649	80 %	0 %	20 %	0 %	379018553
55	NC_016915	GTTTC	2	10	47080	47089	0 %	60 %	20 %	20 %	379018553
56	NC_016915	ATTTT	2	10	47629	47638	20 %	80 %	0 %	0 %	379018553
57	NC_016915	AAGAG	2	10	49060	49069	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016915	AGTAC	2	10	49517	49526	40 %	20 %	20 %	20 %	379018556
59	NC_016915	TTTAA	2	10	49735	49744	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016915	TTTCT	2	10	50817	50826	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_016915	CATTA	2	10	51869	51878	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_016915	TTGAT	2	10	53779	53788	20 %	60 %	20 %	0 %	379018559
63	NC_016915	TAAAG	2	10	54806	54815	60 %	20 %	20 %	0 %	379018559
64	NC_016915	ATTAT	2	10	54879	54888	40 %	60 %	0 %	0 %	379018559
65	NC_016915	TTTGC	2	10	57370	57379	0 %	60 %	20 %	20 %	379018562
66	NC_016915	ATTAT	2	10	58503	58512	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016915	TCGGT	2	10	60352	60361	0 %	40 %	40 %	20 %	379018567
68	NC_016915	GCTTT	2	10	61778	61787	0 %	60 %	20 %	20 %	379018568
69	NC_016915	TAAAA	2	10	65909	65918	80 %	20 %	0 %	0 %	379018572
70	NC_016915	ACTTT	2	10	68941	68950	20 %	60 %	0 %	20 %	379018577
71	NC_016915	GCTTA	2	10	69130	69139	20 %	40 %	20 %	20 %	379018577
72	NC_016915	CATTT	2	10	69833	69842	20 %	60 %	0 %	20 %	379018577
73	NC_016915	TTAAA	2	10	69858	69867	60 %	40 %	0 %	0 %	379018577
74	NC_016915	TAAAT	2	10	69936	69945	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016915	ACATA	2	10	72670	72679	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_016915	TTTCT	2	10	75458	75467	0 %	80 %	0 %	20 %	379018584
77	NC_016915	ATTTA	2	10	75872	75881	40 %	60 %	0 %	0 %	379018585
78	NC_016915	AAAAG	2	10	76648	76657	80 %	0 %	20 %	0 %	379018585
79	NC_016915	GGGTT	2	10	76858	76867	0 %	40 %	60 %	0 %	379018585
80	NC_016915	TTTAT	2	10	77234	77243	20 %	80 %	0 %	0 %	379018585
81	NC_016915	GCTTA	2	10	78564	78573	20 %	40 %	20 %	20 %	379018586
82	NC_016915	ACAAT	2	10	78928	78937	60 %	20 %	0 %	20 %	379018587
83	NC_016915	GTTAT	2	10	79553	79562	20 %	60 %	20 %	0 %	379018588
84	NC_016915	GTAGA	2	10	79859	79868	40 %	20 %	40 %	0 %	379018588
85	NC_016915	CAATG	2	10	82211	82220	40 %	20 %	20 %	20 %	379018590
86	NC_016915	ATAAA	2	10	82674	82683	80 %	20 %	0 %	0 %	379018591
87	NC_016915	ATTAT	2	10	83109	83118	40 %	60 %	0 %	0 %	379018591
88	NC_016915	ATTAA	2	10	83380	83389	60 %	40 %	0 %	0 %	379018591
89	NC_016915	ATACA	2	10	83587	83596	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_016915	GAAAA	2	10	83915	83924	80 %	0 %	20 %	0 %	379018592
91	NC_016915	AATTA	2	10	84357	84366	60 %	40 %	0 %	0 %	379018592
92	NC_016915	TTAAA	2	10	87196	87205	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016915	CGCAT	3	15	91465	91479	20 %	20 %	20 %	40 %	379018599
94	NC_016915	TGAAA	2	10	94685	94694	60 %	20 %	20 %	0 %	379018601
95	NC_016915	TTGAT	2	10	96364	96373	20 %	60 %	20 %	0 %	379018603
96	NC_016915	TAATA	2	10	97001	97010	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016915	TTGTA	2	10	97139	97148	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016915	ATTTA	2	10	98078	98087	40 %	60 %	0 %	0 %	379018605
99	NC_016915	CATTT	2	10	98294	98303	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_016915	AATTA	2	10	98444	98453	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016915	TCAAA	2	10	99732	99741	60 %	20 %	0 %	20 %	379018607
102	NC_016915	TTAAT	2	10	100515	100524	40 %	60 %	0 %	0 %	379018608
103	NC_016915	AAACT	2	10	103087	103096	60 %	20 %	0 %	20 %	379018610
104	NC_016915	TTAGT	2	10	103426	103435	20 %	60 %	20 %	0 %	379018611
105	NC_016915	CCAAA	2	10	105865	105874	60 %	0 %	0 %	40 %	379018614
106	NC_016915	TCTAG	2	10	106216	106225	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_016915	TTTAT	2	10	106255	106264	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016915	CGGAT	2	10	106412	106421	20 %	20 %	40 %	20 %	379018615
109	NC_016915	TAATA	2	10	107171	107180	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016915	TTGAT	2	10	107866	107875	20 %	60 %	20 %	0 %	379018616
111	NC_016915	ATTAT	2	10	108047	108056	40 %	60 %	0 %	0 %	379018616
112	NC_016915	TTTGA	2	10	111888	111897	20 %	60 %	20 %	0 %	379018616
113	NC_016915	TGCTT	2	10	111983	111992	0 %	60 %	20 %	20 %	379018616
114	NC_016915	GCAAA	2	10	113862	113871	60 %	0 %	20 %	20 %	379018617
115	NC_016915	TGGAT	2	10	115811	115820	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016915	TTAGT	2	10	118541	118550	20 %	60 %	20 %	0 %	379018622
117	NC_016915	ATAAA	2	10	119758	119767	80 %	20 %	0 %	0 %	379018622
118	NC_016915	AAGTA	2	10	120364	120373	60 %	20 %	20 %	0 %	379018623
119	NC_016915	ATTCG	2	10	122144	122153	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_016915	AGATT	2	10	122162	122171	40 %	40 %	20 %	0 %	379018626
121	NC_016915	TAAAA	2	10	122479	122488	80 %	20 %	0 %	0 %	379018627
122	NC_016915	AAAAC	2	10	123175	123184	80 %	0 %	0 %	20 %	379018627
123	NC_016915	TTTAA	2	10	123251	123260	40 %	60 %	0 %	0 %	379018627
124	NC_016915	GTTAC	2	10	124340	124349	20 %	40 %	20 %	20 %	379018629
125	NC_016915	TGAAA	2	10	124701	124710	60 %	20 %	20 %	0 %	379018629
126	NC_016915	AGCTA	2	10	125126	125135	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_016915	GCAAG	2	10	125359	125368	40 %	0 %	40 %	20 %	379018630
128	NC_016915	TTAAA	2	10	127302	127311	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_016915	CTTGT	2	10	127792	127801	0 %	60 %	20 %	20 %	379018634
130	NC_016915	AGTAT	2	10	128099	128108	40 %	40 %	20 %	0 %	379018634
131	NC_016915	ATGAT	2	10	128855	128864	40 %	40 %	20 %	0 %	379018635
132	NC_016915	CTTGT	2	10	129193	129202	0 %	60 %	20 %	20 %	379018636
133	NC_016915	TATTT	2	10	129619	129628	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016915	TCTTT	2	10	130755	130764	0 %	80 %	0 %	20 %	379018639
135	NC_016915	TTGCT	2	10	130995	131004	0 %	60 %	20 %	20 %	379018640
136	NC_016915	CGCTC	2	10	131592	131601	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
137	NC_016915	AACCT	2	10	131788	131797	40 %	20 %	0 %	40 %	379018642
138	NC_016915	AAATC	2	10	132672	132681	60 %	20 %	0 %	20 %	379018644
139	NC_016915	TTAAC	2	10	133809	133818	40 %	40 %	0 %	20 %	379018645
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496	NC_016915	AATTA	2	10	522773	522782	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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