MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hlp#2 chromosome

Total Repeats: 336

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016915	AATTA	2	10	9217	9226	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016915	AGAAT	2	10	10936	10945	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016915	GAATT	2	10	11291	11300	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_016915	TTTAA	2	10	20274	20283	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_016915	TATAA	2	10	26031	26040	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016915	AAGTG	2	10	34734	34743	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016915	ATTTT	2	10	34746	34755	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016915	TTAGT	2	10	38992	39001	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016915	TAATT	2	10	40838	40847	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016915	CTTTT	2	10	41049	41058	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_016915	TTATT	2	10	41466	41475	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016915	TTTTA	2	10	41570	41579	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016915	AGTTG	2	10	42318	42327	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016915	TAAGT	2	10	44852	44861	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_016915	AAGAG	2	10	49060	49069	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_016915	TTTAA	2	10	49735	49744	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_016915	TTTCT	2	10	50817	50826	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_016915	CATTA	2	10	51869	51878	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_016915	ATTAT	2	10	58503	58512	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016915	TAAAT	2	10	69936	69945	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016915	ACATA	2	10	72670	72679	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_016915	ATACA	2	10	83587	83596	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_016915	TTAAA	2	10	87196	87205	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016915	TAATA	2	10	97001	97010	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016915	TTGTA	2	10	97139	97148	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016915	CATTT	2	10	98294	98303	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_016915	AATTA	2	10	98444	98453	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016915	TCTAG	2	10	106216	106225	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_016915	TTTAT	2	10	106255	106264	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016915	TAATA	2	10	107171	107180	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016915	TGGAT	2	10	115811	115820	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016915	ATTCG	2	10	122144	122153	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_016915	AGCTA	2	10	125126	125135	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_016915	TTAAA	2	10	127302	127311	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016915	TATTT	2	10	129619	129628	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016915	CGCTC	2	10	131592	131601	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
37	NC_016915	GCAGA	2	10	151772	151781	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_016915	AAAGA	2	10	154835	154844	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016915	AAATC	2	10	181367	181376	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_016915	TTTAA	2	10	181435	181444	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_016915	TATTT	2	10	181473	181482	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016915	GAGAG	2	10	181652	181661	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016915	AAGAG	2	10	194628	194637	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016915	TTTAT	2	10	206382	206391	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016915	TAAAT	2	10	210501	210510	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016915	TAAAA	2	10	210536	210545	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016915	GTTTT	2	10	211080	211089	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016915	ATTAT	2	10	212659	212668	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016915	ATTTA	2	10	215146	215155	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016915	AAATT	2	10	216697	216706	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016915	TTTCT	2	10	216712	216721	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_016915	GTCAA	2	10	219178	219187	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_016915	AATTA	2	10	219268	219277	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016915	TAATA	2	10	225666	225675	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016915	ATTTA	2	10	227252	227261	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016915	TAAAT	2	10	227321	227330	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016915	TATAT	2	10	228691	228700	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016915	TATCG	2	10	229391	229400	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_016915	ATTAA	2	10	231193	231202	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_016915	ATTGT	2	10	234131	234140	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016915	TTTGA	2	10	248624	248633	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016915	TTTAT	2	10	250315	250324	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016915	GACAA	2	10	255979	255988	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_016915	CTACA	2	10	257831	257840	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_016915	GTATT	2	10	258855	258864	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016915	CCCAA	2	10	259987	259996	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
67	NC_016915	ATTAG	2	10	263624	263633	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016915	AGGAT	2	10	264594	264603	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016915	AAGGA	2	10	264815	264824	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016915	AAAAC	2	10	275320	275329	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_016915	CGAAG	2	10	287797	287806	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_016915	ATCCC	2	10	288859	288868	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
73	NC_016915	TGCAA	2	10	288944	288953	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_016915	TAATA	2	10	292490	292499	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016915	TCAAA	2	10	293414	293423	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_016915	AGATA	2	10	293554	293563	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016915	TAATT	2	10	295555	295564	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016915	CCTAA	2	10	307419	307428	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
79	NC_016915	AAAGA	2	10	308380	308389	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016915	ATTTT	2	10	309985	309994	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_016915	TAAAA	2	10	310033	310042	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016915	GTTAA	2	10	323519	323528	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016915	GATTT	2	10	323746	323755	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016915	AAAAT	2	10	323773	323782	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016915	TTTAA	2	10	327640	327649	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016915	TTAAA	2	10	328442	328451	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016915	TTTAT	2	10	330446	330455	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016915	TTTAT	2	10	337925	337934	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016915	TAAAA	2	10	348637	348646	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016915	AAATG	2	10	350948	350957	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016915	AGGAA	2	10	357302	357311	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016915	AATGA	2	10	357516	357525	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016915	ATAAA	2	10	358579	358588	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016915	CAACA	2	10	365024	365033	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_016915	TTACT	2	10	366153	366162	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_016915	GAAAA	2	10	373617	373626	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016915	GTTTG	2	10	374072	374081	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016915	TTTAA	2	10	374132	374141	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016915	GGATA	2	10	374628	374637	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016915	TGAGT	2	10	376288	376297	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016915	ATAAA	2	10	376505	376514	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016915	TGGAA	2	10	377081	377090	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016915	TATTT	2	10	377313	377322	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016915	CTATT	2	10	377743	377752	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_016915	AAGCA	2	10	377849	377858	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_016915	AATTC	2	10	382041	382050	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_016915	CAGTA	2	10	394518	394527	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_016915	GAGAA	2	10	397017	397026	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016915	ATGTC	2	10	397209	397218	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_016915	TACCA	2	10	398440	398449	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_016915	ATTAT	2	10	398510	398519	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016915	TTCAA	2	10	398754	398763	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_016915	TAATT	2	10	401797	401806	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016915	ACGGT	2	10	403607	403616	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
115	NC_016915	TTTTA	2	10	404732	404741	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016915	ATATC	2	10	406699	406708	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_016915	AAACT	2	10	410967	410976	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_016915	TTAAA	2	10	411012	411021	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016915	TGTAA	2	10	412783	412792	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016915	ATTTT	2	10	418226	418235	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016915	AGAAA	2	10	422331	422340	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016915	ATTAT	2	10	426252	426261	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016915	CCCAT	2	10	427256	427265	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
124	NC_016915	TGAAA	2	10	430135	430144	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_016915	AAAAT	2	10	430158	430167	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_016915	TGACT	2	10	433794	433803	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_016915	AATAA	2	10	436578	436587	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016915	TTTTC	2	10	438305	438314	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_016915	GTATG	2	10	439694	439703	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016915	TACCC	2	10	443659	443668	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
131	NC_016915	TATAA	2	10	445382	445391	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016915	TTATT	2	10	451560	451569	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_016915	TTATT	2	10	453648	453657	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016915	TTTTA	2	10	456728	456737	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_016915	AATTA	2	10	463557	463566	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_016915	TATTT	2	10	472353	472362	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016915	GAAAT	2	10	473337	473346	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016915	TTAAA	2	10	477442	477451	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016915	ACATA	2	10	477500	477509	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_016915	ATGAG	2	10	480684	480693	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016915	ATTAA	2	10	487773	487782	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016915	AAACT	2	10	489602	489611	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_016915	AATTA	2	10	490034	490043	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016915	TTTAA	2	10	490083	490092	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_016915	TTGAC	2	10	498259	498268	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_016915	CCCAT	2	10	500580	500589	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
147	NC_016915	CTATT	2	10	502733	502742	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_016915	ATTTT	2	10	503469	503478	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_016915	TTATA	2	10	506136	506145	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_016915	AACTG	2	10	508586	508595	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
151	NC_016915	TTACT	2	10	510842	510851	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
152	NC_016915	TTAAT	2	10	510862	510871	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_016915	TTATA	2	10	522036	522045	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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170	NC_016915	AATTA	2	10	604901	604910	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_016915	AACAT	2	10	614382	614391	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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173	NC_016915	ATTAT	2	10	618377	618386	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_016915	ATTAA	2	10	644817	644826	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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184	NC_016915	ATTAA	2	10	651967	651976	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_016915	ATATA	2	10	659520	659529	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_016915	TTTAA	2	10	660420	660429	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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259	NC_016915	GATAA	2	10	920827	920836	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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261	NC_016915	ATTTT	2	10	928502	928511	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
262	NC_016915	TTTTC	2	10	928720	928729	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
263	NC_016915	AAATA	2	10	938958	938967	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
264	NC_016915	ATTTT	2	10	949470	949479	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
265	NC_016915	CAAAT	2	10	951227	951236	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
266	NC_016915	CCACA	2	10	953511	953520	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
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282	NC_016915	ACTTT	2	10	994933	994942	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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286	NC_016915	TCGCT	2	10	1001750	1001759	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
287	NC_016915	ACAAA	2	10	1003837	1003846	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
288	NC_016915	TCATA	2	10	1013904	1013913	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
289	NC_016915	CCGAA	2	10	1014226	1014235	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
290	NC_016915	TTCTT	2	10	1022987	1022996	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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292	NC_016915	CATAA	2	10	1031965	1031974	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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294	NC_016915	GTAAA	2	10	1034093	1034102	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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331	NC_016915	ATATA	2	10	1253785	1253794	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
332	NC_016915	GTAAT	2	10	1255322	1255331	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
333	NC_016915	GGATT	2	10	1256955	1256964	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
334	NC_016915	AGTAA	2	10	1257100	1257109	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
335	NC_016915	AGAGA	2	10	1259321	1259330	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
336	NC_016915	ATTTA	2	10	1263060	1263069	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.